BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-054G06
Chromosome9 (Build37)
Map Location 117,010,558 - 117,060,314
singlet/doubletdoublet
Overlap geneRbms3
Upstream geneTgfbr2, LOC100043817, LOC100043819, D730003K21Rik
Downstream geneLOC665840, LOC100039650, LOC100039681, Azi2, 2010110K16Rik
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-054G06.bB6Ng01-054G06.g
ACCDH877145DH877146
length1,1151,148
definitionDH877145|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-054G06, 5' end.DH877146|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-054G06, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(117,059,178 - 117,060,314)(117,010,558 - 117,011,728)
sequence
gaattccctaccacaatggactagctgtgcagtcagattatgagccaaaa
gaacccttctttcatgaacttgctttttgttagatacttattatagcagt
gaggagagtaattaatgaagcattacaataacaagtgaatagataaatga
aggaataaataacagcttgcacaggaaaagagagctcttgactccttttg
cagagaccacctaatcgttctgcctttcctagacacctccccttcccgtc
ttaggctcctccccttccggtcttaggttcttcctcttcctgttctccga
tcagacctctccgcattttgctgcaaacaaatttcttgtcagtgattctt
tatattgttcagaccattctcagctctcatttatttctacatcttggcaa
catttaacatacttcttcaattttctctgtcaaagctaacacagtgaagg
acttgggatgagactcaatggagcaacctctgcagttatcatggtcaaag
ctccaagtttagtccctggtaccatacaataaataaatgagagattaaat
cagacaccatgcgctatataatctatattagagaatgtgctattgactat
tttgttgtcctcatatcaactttgtggctttgctaatgttttccttatgg
taacaagatgccctattgtcttgctctagttttgttatgttgctgtgaca
aaacagtttgactaaaagcttcttggagaaattatttatttgagttaaac
tttcaggtcacattccattattaagagaagtcatggcaggaactcaaagc
tgaaatcacacagggacactgttattaacgcccacacagattcatgctta
gcaagtctccttatacagttcagggccatctacctagggaatggttttgc
ccacagtgggcttggccctccaatatcaatttacaattgcaacaatttcc
catcaagccatgccagagccagtctatctggaacatccctcatagatccc
tttgcagtagcctagctttaagagttttaaagcacagaatgcatctcttc
tgctataatttcttacacaatgcatgctgatcatacactgatcttttctc
tgcattgtggaaaaa
gaattctcacatcagccaacggagccagggacctacaaatgatgttctta
gtgcatggatgatttgaatgttgtgagtaaaggctttgaagcaagagtcc
gacactaaatctgagctctgtcagaacttgttcccgttccctagcctttc
tgagcctcctttgatggatttactcagaaatgatgtccatgtcagagggg
tatcctgagcactgggcaaaatgatgtacaggcttagcggaggacacagc
atgggatcctcacacatttttcttttatttgcatgtgtgtgtgtgtgtgg
cgggggggttagctacacgtgtgtgcacatgaagttagaggccggaggac
aacttcaagtaccaattccctagcttttcccatcatttcttttagtcaaa
aggtcacagtatcctgaagctcaccgaataggctaggctggccagtgaga
aggtccctgggatccactgtctctgcctcccccatgctgacattacaagt
actcatgccagccttcctgcctggctattttacatgggggttgactaaaa
acaggtcctcatgtgtgcatgtcaagggcttctctggctgaattatcttc
ctagtcccgccattaatgcccttaatagtatatatactcataacaatgca
ttagtaatgccaattagtcactaggcactaatcaaatggcatgtctagca
tacaagatatgattgctaatctcgcctaaaggaaaatatgactgatgatg
gagccaactgtcagagcctggcagacacagggatctcagcctccgccttt
agggtcctctcctttataagacacaagcatggttcaaagattctagaact
cacctccacccacacctgccaccacagatttatggtgcctcagaagcagc
tgtgtaacttgagtgtgacctgctgaagaaagcggctataaatttctttg
cgtctattagaaggacttttaatctcatgacacatggagcaaaggatggg
aggggaatccagacgctcccttcttttattccttcagttacccgggcgcc
tctgttttcttttgtgatctcagcagtttgacgaaactgtggacaggtac
ttttactgtaaagttgatgggtctagccattgtcaaactgtctgacac
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr9_117059178_117060314
seq2: B6Ng01-054G06.b_39_1153 (reverse)

seq1  TTTTTCCACAAATGCAAGAGAAAAAGAATCAGTGTAATGAATCAGCATTG  50
      ||||||||| ||||| ||||||||   |||||||| ||| ||||||| ||
seq2  TTTTTCCAC-AATGC-AGAGAAAA--GATCAGTGT-ATG-ATCAGCA-TG  43

seq1  CATTGTGTAAGAAAATTTATAGCAAGAAGAGATGCATTCTGGTTGGCTTT  100
      ||||||||||||||  ||||||| |||||||||||||||||    |||||
seq2  CATTGTGTAAGAAA--TTATAGC-AGAAGAGATGCATTCTG---TGCTTT  87

seq1  AAAAACTCCTTAAAGCCTAGGCTACCTGCAAAGGGATCTTAATTGAGGGA  150
       |||||| ||||||| |||||||| ||||||||||||||    |||||||
seq2  -AAAACT-CTTAAAG-CTAGGCTA-CTGCAAAGGGATCT---ATGAGGGA  130

seq1  TGTTCCAGATAAGACTGGCCTCTGGCATGGCTTGATGGGAAATTGTTGCA  200
      |||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTCCAGAT-AGACTGG-CTCTGGCATGGCTTGATGGGAAATTGTTGCA  178

seq1  ATTGTAAATTGATATTGGAGGGCCAAGCCCACTGTGGGCAAAACCATTCC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGTAAATTGATATTGGAGGGCCAAGCCCACTGTGGGCAAAACCATTCC  228

seq1  CTAGGTAGATGGCCCTGAACTGTATAAGGAGACTTGCTAAGCATGAATCT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGGTAGATGGCCCTGAACTGTATAAGGAGACTTGCTAAGCATGAATCT  278

seq1  GTGTGGGCGTTAATAACAGTGTCCCTGTGTGATTTCAGCTTTGAGTTCCT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGGGCGTTAATAACAGTGTCCCTGTGTGATTTCAGCTTTGAGTTCCT  328

seq1  GCCCTGACTTCTCTTAATAATGGAATGTGACCTGAAAGTTTAACTCAAAT  400
      ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCATGACTTCTCTTAATAATGGAATGTGACCTGAAAGTTTAACTCAAAT  378

seq1  AAATAATTTCTCCAAGAAGCTTTTAGTCAAACTGTTTTGTCACAGCAACA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATAATTTCTCCAAGAAGCTTTTAGTCAAACTGTTTTGTCACAGCAACA  428

seq1  TAACAAAACTAGAGCAAGACAATAGGGCATCTTGTTACCATAAGGAAAAC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACAAAACTAGAGCAAGACAATAGGGCATCTTGTTACCATAAGGAAAAC  478

seq1  ATTAGCAAAGCCACAAAGTTGATATGAGGACAACAAAATAGTCAATAGCA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAGCAAAGCCACAAAGTTGATATGAGGACAACAAAATAGTCAATAGCA  528

seq1  CATTCTCTAATATAGATTATATAGCGCATGGTGTCTGATTTAATCTCTCA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTCTCTAATATAGATTATATAGCGCATGGTGTCTGATTTAATCTCTCA  578

seq1  TTTATTTATTGTATGGTACCAGGGACTAAACTTGGAGCTTTGACCATGAT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATTTATTGTATGGTACCAGGGACTAAACTTGGAGCTTTGACCATGAT  628

seq1  AACTGCAGAGGTTGCTCCATTGAGTCTCATCCCAAGTCCTTCACTGTGTT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTGCAGAGGTTGCTCCATTGAGTCTCATCCCAAGTCCTTCACTGTGTT  678

seq1  AGCTTTGACAGAGAAAATTGAAGAAGTATGTTAAATGTTGCCAAGATGTA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTTTGACAGAGAAAATTGAAGAAGTATGTTAAATGTTGCCAAGATGTA  728

seq1  GAAATAAATGAGAGCTGAGAATGGTCTGAACAATATAAAGAATCACTGAC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAATAAATGAGAGCTGAGAATGGTCTGAACAATATAAAGAATCACTGAC  778

seq1  AAGAAATTTGTTTGCAGCAAAATGCGGAGAGGTCTGATCGGAGAACAGGA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAAATTTGTTTGCAGCAAAATGCGGAGAGGTCTGATCGGAGAACAGGA  828

seq1  AGAGGAAGAACCTAAGACCGGAAGGGGAGGAGCCTAAGACGGGAAGGGGA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGGAAGAACCTAAGACCGGAAGGGGAGGAGCCTAAGACGGGAAGGGGA  878

seq1  GGTGTCTAGGAAAGGCAGAACGATTAGGTGGTCTCTGCAAAAGGAGTCAA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGTCTAGGAAAGGCAGAACGATTAGGTGGTCTCTGCAAAAGGAGTCAA  928

seq1  GAGCTCTCTTTTCCTGTGCAAGCTGTTATTTATTCCTTCATTTATCTATT  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCTCTCTTTTCCTGTGCAAGCTGTTATTTATTCCTTCATTTATCTATT  978

seq1  CACTTGTTATTGTAATGCTTCATTAATTACTCTCCTCACTGCTATAATAA  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTTGTTATTGTAATGCTTCATTAATTACTCTCCTCACTGCTATAATAA  1028

seq1  GTATCTAACAAAAAGCAAGTTCATGAAAGAAGGGTTCTTTTGGCTCATAA  1100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATCTAACAAAAAGCAAGTTCATGAAAGAAGGGTTCTTTTGGCTCATAA  1078

seq1  TCTGACTGCACAGCTAGTCCATTGTGGTAGGGAATTC  1137
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGACTGCACAGCTAGTCCATTGTGGTAGGGAATTC  1115

seq1: chr9_117010558_117011728
seq2: B6Ng01-054G06.g_62_1209

seq1  GAATTCTCACATCAGCCAACGGAGCCAGGGACCTACAAATGATGTTCTTA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCACATCAGCCAACGGAGCCAGGGACCTACAAATGATGTTCTTA  50

seq1  GTGCATGGATGATTTGAATGTTGTGAGTAAAGGCTTTGAAGCAAGAGTCC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCATGGATGATTTGAATGTTGTGAGTAAAGGCTTTGAAGCAAGAGTCC  100

seq1  GACACTAAATCTGAGCTCTGTCAGAACTTGTTCCCGTTCCCTAGCCTTTC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACACTAAATCTGAGCTCTGTCAGAACTTGTTCCCGTTCCCTAGCCTTTC  150

seq1  TGAGCCTCCTTTGATGGATTTACTCAGAAATGATGTCCATGTCAGAGGGG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGCCTCCTTTGATGGATTTACTCAGAAATGATGTCCATGTCAGAGGGG  200

seq1  TATCCTGAGCACTGGGCAAAATGATGTACAGGCTTAGCGGAGGACACAGC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCCTGAGCACTGGGCAAAATGATGTACAGGCTTAGCGGAGGACACAGC  250

seq1  ATGGGATCCTCACACATTTTTCTTTTATTTGCATGTGTGTGTGTGTGTGG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGGATCCTCACACATTTTTCTTTTATTTGCATGTGTGTGTGTGTGTGG  300

seq1  CGGGGGGGTTAGCTACACGTGTGTGCACATGAAGTTAGAGGCCGGAGGAC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGGGGGGGTTAGCTACACGTGTGTGCACATGAAGTTAGAGGCCGGAGGAC  350

seq1  AACTTCAAGTACCAATTCCCTAGCTTTTCCCATCATTTCTTTTAGTCAAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTTCAAGTACCAATTCCCTAGCTTTTCCCATCATTTCTTTTAGTCAAA  400

seq1  AGGTCACAGTATCCTGAAGCTCACCGAATAGGCTAGGCTGGCCAGTGAGA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTCACAGTATCCTGAAGCTCACCGAATAGGCTAGGCTGGCCAGTGAGA  450

seq1  AGGTCCCTGGGATCCACTGTCTCTGCCTCCCCCATGCTGACATTACAAGT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTCCCTGGGATCCACTGTCTCTGCCTCCCCCATGCTGACATTACAAGT  500

seq1  ACTCATGCCAGCCTTCCTGCCTGGCTATTTTACATGGGGGTTGACTAAAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCATGCCAGCCTTCCTGCCTGGCTATTTTACATGGGGGTTGACTAAAA  550

seq1  ACAGGTCCTCATGTGTGCATGTCAAGGGCTTCTCTGGCTGAATTATCTTC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGGTCCTCATGTGTGCATGTCAAGGGCTTCTCTGGCTGAATTATCTTC  600

seq1  CTAGTCCCGCCATTAATGCCCTTAATAGTATATATACTCATAACAATGCA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGTCCCGCCATTAATGCCCTTAATAGTATATATACTCATAACAATGCA  650

seq1  TTAGTAATGCCAATTAGTCACTAGGCACTAATCAAATGGCATGTCTAGCA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGTAATGCCAATTAGTCACTAGGCACTAATCAAATGGCATGTCTAGCA  700

seq1  TACAAGATATGATTGCTAATCTCGCCTAAAGGAAAATATGACTGATGATG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACAAGATATGATTGCTAATCTCGCCTAAAGGAAAATATGACTGATGATG  750

seq1  GAGCCAACTGTCAGAGCCTGGCAGACACAGGGATCTCAGCCTCCGCCTTT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCCAACTGTCAGAGCCTGGCAGACACAGGGATCTCAGCCTCCGCCTTT  800

seq1  AGGGTCCTCTCCTTTATAAGACACAAGCATGGTTCAAAGATTCTAGAACT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGTCCTCTCCTTTATAAGACACAAGCATGGTTCAAAGATTCTAGAACT  850

seq1  CACCTCCACCCACACCTGCCACCACAGATTTATGGTGCCTCAGAAGCAGC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCTCCACCCACACCTGCCACCACAGATTTATGGTGCCTCAGAAGCAGC  900

seq1  TGTGTAACTTGAGTGTGACCTGCTGAAGAAAGCGGCTAATAAATTTCCTT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||
seq2  TGTGTAACTTGAGTGTGACCTGCTGAAGAAAGCGGCT-ATAAATTTCTTT  949

seq1  GCGTCTTATTAGAAGGGACTTTTAAATCTTCAATGACACAT-GAGCAAAA  999
      ||||| |||||||| |||||||| |||||   ||||||||| |||| |||
seq2  GCGTC-TATTAGAA-GGACTTTT-AATCT--CATGACACATGGAGC-AAA  993

seq1  GGAAGGGAGGGGATTCCCAGACGCATCCCTCCTCTTATTCCCTCAGTTAC  1049
      ||| ||||||||| | |||||||| ||||| || ||||||| ||||||||
seq2  GGATGGGAGGGGAAT-CCAGACGC-TCCCTTCTTTTATTCCTTCAGTTAC  1041

seq1  CCGGGCGCTCCTTGTTTTTCTTTTGTTGTATCTCAGCAGTTTGACGGATA  1099
      |||||||  |||   |||||||||||   |||||||||||||||| || |
seq2  CCGGGCG--CCTCTGTTTTCTTTTGT--GATCTCAGCAGTTTGAC-GAAA  1086

seq1  CTGT-GACAGGGTTACTTTTAAATTGATAAAAGGTTTGATTGTGTCAGCC  1148
      |||| ||||||  ||||||||   |    ||||  |||| || |||   |
seq2  CTGTGGACAGG--TACTTTTACTGT----AAAG--TTGA-TGGGTCTAGC  1127

seq1  CATTTGTCAAAACTGTCTGACAC  1171
      || ||||| ||||||||||||||
seq2  CA-TTGTC-AAACTGTCTGACAC  1148