BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-054K08
Chromosome9 (Build37)
Map Location 122,661,406 - 122,784,789
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC666218, LOC671232, D9Ertd402e, Zfp445
Upstream geneNktr, Kbtbd5, Hhatl, Ccdc13, Higd1a, Ccbp2, Cyp8b1, C730027P07Rik, C85492, LOC100040121, Snrk, Tmem16k, Abhd5, LOC100040193, LOC100040204, 9530059O14Rik
Downstream geneLOC623874, Zfp167, EG666257, Zfp660, Zfp105, 1110059G10Rik, Kif15, Tmem42, Tgm4, Zdhhc3, Exosc7, Clec3b, Cdcp1, Tmem158, Scp2-ps2, Lars2, Limd1, Sacm1l, Slc6a20, Xtrp3s1, Ccr9, LOC100043855, Lztfl1, Fyco1, Cxcr6, Xcr1, LOC100040443
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-054K08.bB6Ng01-054K08.g
ACCDH877335DH877336
length1,0931,177
definitionDH877335|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-054K08, 5' end.DH877336|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-054K08, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(122,783,682 - 122,784,789)(122,661,406 - 122,662,593)
sequence
gaattctacttcctgttattcccagattgtgaggtcccctgaagaccacc
agagaccaccaggagttgagctcatatgcaaaagcaaagagtctttattc
aagctcaagattagaccctccaacctccccggcacagtgaaggcatggaa
ggtcctaagcggatacaagccttgactatttatggttactgtagcatggg
gagggactttccaatttggcagttacatgtttggttgacatttgcttggc
atatttctattggctagtaatgatttcagcttggtatgaacaatggttgc
tagtttaatcaatatactttaagacattaggtactttccccttaaatact
gattagttgttgataggagtggagtggttatttgcccaggggaattgtga
ttgttgtcaaggtgacctggttcttggaaaaagttggggtttttcccagt
agctgagttcattcagagggcaagtcaatcataaaataaagtctgaaaac
aacatgaaatttgtaatgtaatctgggcccttcatttccctcttcacaag
tacctaagagggcccaatcatgggacctcggtgtctaaggtcttaagttc
taatggttgatatcgagacttaaggaccaagatctgtacaggattaactc
agtctttctcaaagttatctagtctattaaggatacaggagcagtatgat
aagtgggccagccaaagaagacagtagggtaattaactagggaacccatt
gaaccgacttcaactgccccagtagtcctcctcttgactataaagccaga
gacacatgccaaagctgccaaagttctgctgcttcctggggctggaacat
ggccccccttgttctattacatcatcaccagctttctgttttctaactcc
ttcactgcctagctcagctgtctagaacttgctctgtagattgaccttga
actcagagacttgcatggctctgcctctgggattaaaggcttgacttcat
gcctggacttaaacctagctgggtgagatcttgcccaggtcatcatttcc
ttatcattaaatctttgaagacgaatttagctcatttacttct
gaattctcacatgtgcgcacacacaaaaggtatagaccccaagggcacat
acctgatgacttatctcctccagccaagatcctcttccaaactttctagc
acctcccaataacattgagcccatcagtggattaacccattggtcaggtc
aacccctcatcacctagttacttctcaatgattagatccacctggggccc
aatctttggccacacaagcctttgaaatgacacttcacagtccacccgta
acagggtacagtaagaggtagtcattaaagaccttttgaaaacatgttat
tccatgatttatttgaagaatacaaaggaaaattaagatagatcctacat
ttaaaaataacatcttgaggttgcacaggtagctcagcagtttagagcac
tggctactcttctagaggactcgggtttgatacccagcagtcacatggta
acttgtagccatctgtatctccagttctggaacatccaaagccttttttg
ggtctcctaggcatgcatatagtacacagacatacagggaggcaaaacac
ccatacacataaaatagcaagtatctttgatgtctgggagatggagataa
acatagtaaaataaagtgtaggacattttcttttgtttaattgatttgtg
agtatggtgctagggtacgcatatgctaggcaaactttctattactgagg
cataccctaaccctcaaaatttttctctggtaacttttctaatttcttta
gacttgatttgtcctcagataaagagtaccaactacactttattcattct
ttgcctttcatatctgcttctaaatttcagttattaaataaacttatttt
cttcagttgcttaataattttatttttgttctgcagtgggacataatgct
ttccattcatctacagtgctaaattaagccttaaaagagaaagaaaagct
tcccatagccagaggatctgccagtggttgcacaaaaggtaaatctagaa
gtaaacagtgctaaactatggctataggtttcagctctgttcctttttct
ttcaatactaactcatgtgctgctttctgctaggagagtcatacctctga
cctgcctcttatggtaagcaagagcacagcctgaacaaggcctactgatt
gtcgtagtattcctcgacctgttgggg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr9_122783682_122784789
seq2: B6Ng01-054K08.b_46_1138 (reverse)

seq1  AGAAGTAAAATGGAGCTAAATTCTGTCTTCAAAGATATTAAATTGAATTA  50
      |||||||||   ||||||||||| |||||||||||| ||||  |||  ||
seq2  AGAAGTAAA--TGAGCTAAATTC-GTCTTCAAAGAT-TTAA--TGA--TA  42

seq1  AGGGAATGATGACCCTGGGGCAAGATCTCACCCAGCTAGGTTTTAGGTCC  100
      ||| ||||||||||   ||||||||||||||||||||||| |||| ||||
seq2  AGGAAATGATGACC--TGGGCAAGATCTCACCCAGCTAGG-TTTAAGTCC  89

seq1  AGGCATGGAAGTTCAAGCCTTTAATCCCAGGAGGCAGAGCCATGCAAGTC  150
      |||||| |||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
seq2  AGGCAT-GAAG-TCAAGCCTTTAATCCCA-GAGGCAGAGCCATGCAAGTC  136

seq1  TCTGAGTTCAAGGTCAATCTACAGAGCAAGTTCTAGGACAGCTGAGCTAG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
seq2  TCTGAGTTCAAGGTCAATCTACAGAGCAAGTTCTA-GACAGCTGAGCTAG  185

seq1  GCAGTGAAGGAGTTAGAAAACAGAAAGCTGGTGATGATGTAATAGAACAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGTGAAGGAGTTAGAAAACAGAAAGCTGGTGATGATGTAATAGAACAA  235

seq1  GGGGGGCCATGTTCCAGCCCCAGGAAGCAGCAGAACTTTGGCAGCTTTGG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGGGCCATGTTCCAGCCCCAGGAAGCAGCAGAACTTTGGCAGCTTTGG  285

seq1  CATGTGTCTCTGGCTTTATAGTCAAGAGGAGGACTACTGGGGCAGTTGAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGTGTCTCTGGCTTTATAGTCAAGAGGAGGACTACTGGGGCAGTTGAA  335

seq1  GTCGGTTCAATGGGTTCCCTAGTTAATTACCCTACTGTCTTCTTTGGCTG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCGGTTCAATGGGTTCCCTAGTTAATTACCCTACTGTCTTCTTTGGCTG  385

seq1  GCCCACTTATCATACTGCTCCTGTATCCTTAATAGACTAGATAACTTTGA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCACTTATCATACTGCTCCTGTATCCTTAATAGACTAGATAACTTTGA  435

seq1  GAAAGACTGAGTTAATCCTGTACAGATCTTGGTCCTTAAGTCTCGATATC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAGACTGAGTTAATCCTGTACAGATCTTGGTCCTTAAGTCTCGATATC  485

seq1  AACCATTAGAACTTAAGACCTTAGACACCGAGGTCCCATGATTGGGCCCT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCATTAGAACTTAAGACCTTAGACACCGAGGTCCCATGATTGGGCCCT  535

seq1  CTTAGGTACTTGTGAAGAGGGAAATGAAGGGCCCAGATTACATTACAAAT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTAGGTACTTGTGAAGAGGGAAATGAAGGGCCCAGATTACATTACAAAT  585

seq1  TTCATGTTGTTTTCAGACTTTATTTTATGATTGACTTGCCCTCTGAATGA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCATGTTGTTTTCAGACTTTATTTTATGATTGACTTGCCCTCTGAATGA  635

seq1  ACTCAGCTACTGGGAAAAACCCCAACTTTTTCCAAGAACCAGGTCACCTT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCAGCTACTGGGAAAAACCCCAACTTTTTCCAAGAACCAGGTCACCTT  685

seq1  GACAACAATCACAATTCCCCTGGGCAAATAACCACTCCACTCCTATCAAC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACAACAATCACAATTCCCCTGGGCAAATAACCACTCCACTCCTATCAAC  735

seq1  AACTAATCAGTATTTAAGGGGAAAGTACCTAATGTCTTAAAGTATATTGA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTAATCAGTATTTAAGGGGAAAGTACCTAATGTCTTAAAGTATATTGA  785

seq1  TTAAACTAGCAACCATTGTTCATACCAAGCTGAAATCATTACTAGCCAAT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAACTAGCAACCATTGTTCATACCAAGCTGAAATCATTACTAGCCAAT  835

seq1  AGAAATATGCCAAGCAAATGTCAACCAAACATGTAACTGCCAAATTGGAA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAATATGCCAAGCAAATGTCAACCAAACATGTAACTGCCAAATTGGAA  885

seq1  AGTCCCTCCCCATGCTACAGTAACCATAAATAGTCAAGGCTTGTATCCGC  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCCCTCCCCATGCTACAGTAACCATAAATAGTCAAGGCTTGTATCCGC  935

seq1  TTAGGACCTTCCATGCCTTCACTGTGCCGGGGAGGTTGGAGGGTCTAATC  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGGACCTTCCATGCCTTCACTGTGCCGGGGAGGTTGGAGGGTCTAATC  985

seq1  TTGAGCTTGAATAAAGACTCTTTGCTTTTGCATATGAGCTCAACTCCTGG  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAGCTTGAATAAAGACTCTTTGCTTTTGCATATGAGCTCAACTCCTGG  1035

seq1  TGGTCTCTGGTGGTCTTCAGGGGACCTCACAATCTGGGAATAACAGGAAG  1100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTCTCTGGTGGTCTTCAGGGGACCTCACAATCTGGGAATAACAGGAAG  1085

seq1  TAGAATTC  1108
      ||||||||
seq2  TAGAATTC  1093

seq1: chr9_122661406_122662593
seq2: B6Ng01-054K08.g_68_1244

seq1  GAATTCTCACATGTGCGCACACACAAAAGGTATAGACCCCAAGGGCACAT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCACATGTGCGCACACACAAAAGGTATAGACCCCAAGGGCACAT  50

seq1  ACCTGATGACTTATCTCCTCCAGCCAAGATCCTCTTCCAAACTTTCTAGC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTGATGACTTATCTCCTCCAGCCAAGATCCTCTTCCAAACTTTCTAGC  100

seq1  ACCTCCCAATAACATTGAGCCCATCAGTGGATTAACCCATTGGTCAGGTC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTCCCAATAACATTGAGCCCATCAGTGGATTAACCCATTGGTCAGGTC  150

seq1  AACCCCTCATCACCTAGTTACTTCTCAATGATTAGATCCACCTGGGGCCC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCCCTCATCACCTAGTTACTTCTCAATGATTAGATCCACCTGGGGCCC  200

seq1  AATCTTTGGCCACACAAGCCTTTGAAATGACACTTCACAGTCCACCCGTA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCTTTGGCCACACAAGCCTTTGAAATGACACTTCACAGTCCACCCGTA  250

seq1  ACAGGGTACAGTAAGAGGTAGTCATTAAAGACCTTTTGAAAACATGTTAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGGGTACAGTAAGAGGTAGTCATTAAAGACCTTTTGAAAACATGTTAT  300

seq1  TCCATGATTTATTTGAAGAATACAAAGGAAAATTAAGATAGATCCTACAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCATGATTTATTTGAAGAATACAAAGGAAAATTAAGATAGATCCTACAT  350

seq1  TTAAAAATAACATCTTGAGGTTGCACAGGTAGCTCAGCAGTTTAGAGCAC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAAAATAACATCTTGAGGTTGCACAGGTAGCTCAGCAGTTTAGAGCAC  400

seq1  TGGCTACTCTTCTAGAGGACTCGGGTTTGATACCCAGCAGTCACATGGTA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCTACTCTTCTAGAGGACTCGGGTTTGATACCCAGCAGTCACATGGTA  450

seq1  ACTTGTAGCCATCTGTATCTCCAGTTCTGGAACATCCAAAGCCTTTTTTG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTGTAGCCATCTGTATCTCCAGTTCTGGAACATCCAAAGCCTTTTTTG  500

seq1  GGTCTCCTAGGCATGCATATAGTACACAGACATACAGGGAGGCAAAACAC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCTCCTAGGCATGCATATAGTACACAGACATACAGGGAGGCAAAACAC  550

seq1  CCATACACATAAAATAGCAAGTATCTTTGATGTCTGGGAGATGGAGATAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATACACATAAAATAGCAAGTATCTTTGATGTCTGGGAGATGGAGATAA  600

seq1  ACATAGTAAAATAAAGTGTAGGACATTTTCTTTTGTTTAATTGATTTGTG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATAGTAAAATAAAGTGTAGGACATTTTCTTTTGTTTAATTGATTTGTG  650

seq1  AGTATGGTGCTAGGGTACGCATATGCTAGGCAAACTTTCTATTACTGAGG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTATGGTGCTAGGGTACGCATATGCTAGGCAAACTTTCTATTACTGAGG  700

seq1  CATACCCTAACCCTCAAAATTTTTCTCTGGTAACTTTTCTAATTTCTTTA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATACCCTAACCCTCAAAATTTTTCTCTGGTAACTTTTCTAATTTCTTTA  750

seq1  GACTTGATTTGTCCTCAGATAAAGAGTACCAACTACACTTTATTCATTCT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTTGATTTGTCCTCAGATAAAGAGTACCAACTACACTTTATTCATTCT  800

seq1  TTGCCTTTCATATCTGCTTCTAAAATTTCAGTTATTAAATAAACTTATTT  850
      ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCCTTTCATATCTGCTTCT-AAATTTCAGTTATTAAATAAACTTATTT  849

seq1  TCTTCAGTTGCTTAATAATTTTATTTTTGTTCTGCAGT-GGACAT-ATGC  898
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||
seq2  TCTTCAGTTGCTTAATAATTTTATTTTTGTTCTGCAGTGGGACATAATGC  899

seq1  TTTCCATTCATCTACAGTGCTAAATTAAGCCTTAAAAGAGAAAGAAAAGC  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCCATTCATCTACAGTGCTAAATTAAGCCTTAAAAGAGAAAGAAAAGC  949

seq1  -TCCCATAGCCAGAGGATCTGCCAGTGGTTGCACAGAAGGTTAAATTCTA  997
       |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||  || ||||
seq2  TTCCCATAGCCAGAGGATCTGCCAGTGGTTGCACAAAAGGT--AAATCTA  997

seq1  GAAGTAAACAGTGCTTAAACTATGGCTATAGGTTTCAGCTCTGTTCCTTT  1047
      |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGTAAACAGTGC-TAAACTATGGCTATAGGTTTCAGCTCTGTTCCTTT  1046

seq1  TTCCTTTCAATTACTAACTCATGTGCTGCTTTTCCTGCTATGAGAGTCAT  1097
      || ||||||| |||||||||||||||||||||  |||||| |||||||||
seq2  TT-CTTTCAA-TACTAACTCATGTGCTGCTTT--CTGCTAGGAGAGTCAT  1092

seq1  A-CTCTGAACTGCCTCTTATTGGTAAAGCAAGAGGCACAAGCCTGAGCAA  1146
      | |||||| |||||||||| |||| |||||||| |||| ||||||| |||
seq2  ACCTCTGACCTGCCTCTTA-TGGT-AAGCAAGA-GCAC-AGCCTGAACAA  1138

seq1  -GCCTACTGATTGGGCGGTTAGTATTCTCAGACCTGGTTGGGG  1188
       ||||||||||| | ||  ||||||||   ||||| |||||||
seq2  GGCCTACTGATT-GTCG--TAGTATTCCTCGACCT-GTTGGGG  1177