BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-054L10
Chromosome9 (Build37)
Map Location 10,397,171 - 10,519,323
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneCntn5, LOC665154, LOC100039970
Downstream geneLOC665178
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-054L10.bB6Ng01-054L10.g
ACCDH877385DH877386
length1,0991,085
definitionDH877385|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-054L10, 5' end.DH877386|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-054L10, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(10,518,210 - 10,519,323)(10,397,171 - 10,398,282)
sequence
gaattcagtggttttacccagtgcactgtcttgttagaacctactaatgc
ttttcaattacattatacttctggatcaaaatttttccttagctccctgg
gtgctctgtcttctatcacccaagtggatttataaattaagtgttctcca
actttgtacttctgctcactgttaacaggagacagcagctttattttgaa
tctcacctactccttctctattgcagcccagggatgctatgtttatcatt
tgtaattataagggttgtaaaagaatgagcaatatttggtaaacactcag
ataaacagaggaagacttctgctagtaggtaacatgatctagagatttag
aacataggaagaatgttgaatgagacaggtcatttattatgtttatagtg
tatctacatggtttaagaaattatctttgaagaggtatatgggaaaaaca
gagtatgagattgcatatgtgccatggagatatttgaacttacagcacaa
ttactttacttatcagatagagtggaattcagattgaagtggcatattcg
tgatgtcatcaaattttcaaagctatttcagagctgagtatgcattctga
ggttctgtggactaggcaggcataactcaccctgccatgacgttgctgcc
cacatcccttgataacataagcacgaagagactggagagagtggcacctg
atttcagtccccactgactgtcgtggcagtgacataactgagggcttatg
ggcaaattgtgataaacactacaaatattaccttagttgtttacatagag
aactctatcacgtatctgcttcacagatagatatgtgaggacggggagac
tgaattacttgtgctaagattgagaacgaagtagagtgggcattttggtg
aagtgattgttattattttgcttaaaactattcttgcttttcgttacata
ttgtatagaatggggttcagtgtttagagggatgtgtatgtgacctggtg
ctatgagaggtagatgacagtgttcctgcaagttcaaatttgttcctcct
gtcaatcatgcagtcttgatttgtttcacaggtgatcaactggacgtag
gaattctgagaacctcagaaatctttcctccaagtgctgtagagctggag
ttataggggtagacaagcctggaaaacaacgccaggtgccacaattgagc
agctcaaccactgagctattactgcatctccaatggtagttttaaaggct
aagtgcaatgggtgttctgaaatgccatccatggacttttccctgcatct
ctttaacgtttcagcatcatatattgggtcgtttggaaaactgcaagtca
tccagctgtgtacactttgttaaatagactataaagccctttgtcgtcat
aagagtgttcgaatgtgactgaagcaactaaaatgttttagtctagtttg
gggatgaactattgaattttttgttgctggtaacaaatgatctcagtggt
acggttaaagtgaaggcttaggtaacttttaaagaattttttgaatttaa
agaatttttgacttaagtatgaaagatcagataacagcttccctctctct
ttcaagtaaccatgtaaacacacacacacacacacacacacacacacaca
cacacatagtgtgtgtgtctgatagagagctctgcttcttatctgtcgtc
tttacacacccaagttgaagtgtgttatgcacacaacttcttctgtcgta
gaaatatcaaatgtatacaaaggttttgttaaatgaactttaatttacat
agagtttcatcaaggatattttaaataagattggattttttaaaagtcct
tcctgtatgtgtggcagaaggatgcaaacctaggccttggtgtggggctc
aaagcacagtgtgcctctgttgcttctctcttcctgccatgtgggttctg
cacatcaagtcagattgccaggcttgacagcaaatgggagacaaacaaga
agatgcttttacacaggacaggttttacttgaagcaaagaggcaagtgat
gttgagtttgcatactgacaaaatattcttcaaaggtaccagctgctcta
agcaaatactggaggtgtttgtctttcgtcacagagcccttcaggatcac
tttaaagatcatctttgacgaccctgccctagagt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr9_10518210_10519323
seq2: B6Ng01-054L10.b_45_1143 (reverse)

seq1  CTACGTCCCCAAGTTTGATCCACCTGGTGAAACAAATCAAGACCTGCATG  50
      ||||||||   || ||||| ||||| |||||||||||||||| |||||||
seq2  CTACGTCC---AG-TTGAT-CACCT-GTGAAACAAATCAAGA-CTGCATG  43

seq1  ATTTGACAGGAGGAACAAATTTGAACTTGCAGGAACAACTTGTCATCTGA  100
      | |||||||||||||||||||||||||||||||||||   |||||||| |
seq2  A-TTGACAGGAGGAACAAATTTGAACTTGCAGGAACA--CTGTCATCT-A  89

seq1  CCTCTTCATAAGCACCAGGTCACATACACATCCCTCTAAACACTGAACCC  150
      |||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTC-TCAT-AGCACCAGGTCACATACACATCCCTCTAAACACTGAACCC  137

seq1  CATTCTATACAAATATGTAACGAAAAGCAAGAATAGTTTTTAAGCAAAAT  200
      |||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
seq2  CATTCTATAC-AATATGTAACGAAAAGCAAGAATAG-TTTTAAGCAAAAT  185

seq1  AATAACAATCACTTCACCAAAATGCCCACTCTACTTCGTTCTCAATCTTA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAACAATCACTTCACCAAAATGCCCACTCTACTTCGTTCTCAATCTTA  235

seq1  GCACAAGTAATTCAGTCTCCCCGTCCTCACATATCTATCTGTGAAGCAGA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACAAGTAATTCAGTCTCCCCGTCCTCACATATCTATCTGTGAAGCAGA  285

seq1  TACCTGATAGAGTTCTCTATGTAAACAACTAAGGTAATATTTGTAGTGTT  350
      ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACGTGATAGAGTTCTCTATGTAAACAACTAAGGTAATATTTGTAGTGTT  335

seq1  TATCACAATTTGCCCATAAGCCCTCAGTTATGTCACTGCCACGACAGTCA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCACAATTTGCCCATAAGCCCTCAGTTATGTCACTGCCACGACAGTCA  385

seq1  GTGGGGACTGAAATCAGGTGCCACTCTCTCCAGTCTCTTCGTGCTTATGT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGGGACTGAAATCAGGTGCCACTCTCTCCAGTCTCTTCGTGCTTATGT  435

seq1  TATCAAGGGATGTGGGCAGCAACGTCATGGCAGGGTGAGTTATGCCTGCC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCAAGGGATGTGGGCAGCAACGTCATGGCAGGGTGAGTTATGCCTGCC  485

seq1  TAGTCCACAGAACCTCAGAATGCATACTCAGCTCTGAAATAGCTTTGAAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTCCACAGAACCTCAGAATGCATACTCAGCTCTGAAATAGCTTTGAAA  535

seq1  ATTTGATGACATCACGAATATGCCACTTCAATCTGAATTCCACTCTATCT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTGATGACATCACGAATATGCCACTTCAATCTGAATTCCACTCTATCT  585

seq1  GATAAGTAAAGTAATTGTGCTGTAAGTTCAAATATCTCCATGGCACATAT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATAAGTAAAGTAATTGTGCTGTAAGTTCAAATATCTCCATGGCACATAT  635

seq1  GCAATCTCATACTCTGTTTTTCCCATATACCTCTTCAAAGATAATTTCTT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAATCTCATACTCTGTTTTTCCCATATACCTCTTCAAAGATAATTTCTT  685

seq1  AAACCATGTAGATACACTATAAACATAATAAATGACCTGTCTCATTCAAC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACCATGTAGATACACTATAAACATAATAAATGACCTGTCTCATTCAAC  735

seq1  ATTCTTCCTATGTTCTAAATCTCTAGATCATGTTACCTACTAGCAGAAGT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCTTCCTATGTTCTAAATCTCTAGATCATGTTACCTACTAGCAGAAGT  785

seq1  CTTCCTCTGTTTATCTGAGTGTTTACCAAATATTGCTCATTCTTTTACAA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCCTCTGTTTATCTGAGTGTTTACCAAATATTGCTCATTCTTTTACAA  835

seq1  CCCTTATAATTACAAATGATAAACATAGCATCCCTGGGCTGCAATAGAGA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTTATAATTACAAATGATAAACATAGCATCCCTGGGCTGCAATAGAGA  885

seq1  AGGAGTAGGTGAGATTCAAAATAAAGCTGCTGTCTCCTGTTAACAGTGAG  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAGTAGGTGAGATTCAAAATAAAGCTGCTGTCTCCTGTTAACAGTGAG  935

seq1  CAGAAGTACAAAGTTGGAGAACACTTAATTTATAAATCCACTTGGGTGAT  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAAGTACAAAGTTGGAGAACACTTAATTTATAAATCCACTTGGGTGAT  985

seq1  AGAAGACAGAGCACCCAGGGAGCTAAGGAAAAATTTTGATCCAGAAGTAT  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAGACAGAGCACCCAGGGAGCTAAGGAAAAATTTTGATCCAGAAGTAT  1035

seq1  AATGTAATTGAAAAGCATTAGTAGGTTCTAACAAGACAGTGCACTGGGTA  1100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGTAATTGAAAAGCATTAGTAGGTTCTAACAAGACAGTGCACTGGGTA  1085

seq1  AAACCACTGAATTC  1114
      ||||||||||||||
seq2  AAACCACTGAATTC  1099

seq1: chr9_10397171_10398282
seq2: B6Ng01-054L10.g_69_1153

seq1  GAATTCTGAGAACCTCAGAAATCTTTCCTCCAAGTGCTGTAGAGCTGGAG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTGAGAACCTCAGAAATCTTTCCTCCAAGTGCTGTAGAGCTGGAG  50

seq1  TTATAGGGGTAGACAAGCCTGGAAAACAACGCCAGGTGCCACAATTGAGC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATAGGGGTAGACAAGCCTGGAAAACAACGCCAGGTGCCACAATTGAGC  100

seq1  AGCTCAACCACTGAGCTATTACTGCATCTCCAATGGTAGTTTTAAAGGCT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTCAACCACTGAGCTATTACTGCATCTCCAATGGTAGTTTTAAAGGCT  150

seq1  AAGTGCAATGGGTGTTCTGAAATGCCATCCATGGACTTTTCCCTGCATCT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTGCAATGGGTGTTCTGAAATGCCATCCATGGACTTTTCCCTGCATCT  200

seq1  CTTTAACGTTTCAGCATCATATATTGGGTCGTTTGGAAAACTGCAAGTCA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTAACGTTTCAGCATCATATATTGGGTCGTTTGGAAAACTGCAAGTCA  250

seq1  TCCAGCTGTGTACACTTTGTTAAATAGACTATAAAGCCCTTTGTCGTCAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAGCTGTGTACACTTTGTTAAATAGACTATAAAGCCCTTTGTCGTCAT  300

seq1  AAGAGTGTTCGAATGTGACTGAAGCAACTAAAATGTTTTAGTCTAGTTTG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAGTGTTCGAATGTGACTGAAGCAACTAAAATGTTTTAGTCTAGTTTG  350

seq1  GGGATGAACTATTGAATTTTTTGTTGCTGGTAACAAATGATCTCAGTGGT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGATGAACTATTGAATTTTTTGTTGCTGGTAACAAATGATCTCAGTGGT  400

seq1  ACGGTTAAAGTGAAGGCTTAGGTAACTTTTAAAGAATTTTTTGAATTTAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACGGTTAAAGTGAAGGCTTAGGTAACTTTTAAAGAATTTTTTGAATTTAA  450

seq1  AGAATTTTTGACTTAAGTATGAAAGATCAGATAACAGCTTCCCTCTCTCT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAATTTTTGACTTAAGTATGAAAGATCAGATAACAGCTTCCCTCTCTCT  500

seq1  TTCAAGTAACCATGTAAACACACACACACACACACACACACACACACACA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAAGTAACCATGTAAACACACACACACACACACACACACACACACACA  550

seq1  CACACATAGTGTGTGTGTCTGATAGAGAGCTCTGCTTCTTATCTGTCGTC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACATAGTGTGTGTGTCTGATAGAGAGCTCTGCTTCTTATCTGTCGTC  600

seq1  TTTACACACCCAAGTTGAAGTGTGTTATGCACACAACTTCTTCTGTCGTA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTACACACCCAAGTTGAAGTGTGTTATGCACACAACTTCTTCTGTCGTA  650

seq1  GAAATATCAAATGTATACAAAGGTTTTGTTAAATGAACTTTAATTTACAT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAATATCAAATGTATACAAAGGTTTTGTTAAATGAACTTTAATTTACAT  700

seq1  AGAGTTTCATCAAGGATATTTTAAATAAGATTGGATTTTTTAAAAGTCCT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGTTTCATCAAGGATATTTTAAATAAGATTGGATTTTTTAAAAGTCCT  750

seq1  TCCTGTATGTGTGGCAGAAGGATGCAAACCTAGGCCTTGGTGTGGGGCTC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTGTATGTGTGGCAGAAGGATGCAAACCTAGGCCTTGGTGTGGGGCTC  800

seq1  AAAGCACAGTGTGCCTCTGTTGCTTCTCTCTTCCTGCCATGTGGGTTCTG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGCACAGTGTGCCTCTGTTGCTTCTCTCTTCCTGCCATGTGGGTTCTG  850

seq1  CACATCAAAGTCAGATTGCCAGGCTTGACAGCAAATGGGAGACAAACAAG  900
      |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACATC-AAGTCAGATTGCCAGGCTTGACAGCAAATGGGAGACAAACAAG  899

seq1  AAGATGCTTTTACACAGGACAAGGTTTTTACTTGAAGCAAAGAGGCAAGG  950
      |||||||||||||||||||||  | ||||||||||||||||||||||| |
seq2  AAGATGCTTTTACACAGGACA--GGTTTTACTTGAAGCAAAGAGGCAA-G  946

seq1  TGATGTTTGAGTTTGCATACTTGACAAAAATATTCTTCAAAAGGTAACCC  1000
      ||||| |||||||||||||| |||| |||||||||||| |||||||  ||
seq2  TGATG-TTGAGTTTGCATAC-TGAC-AAAATATTCTTC-AAAGGTA--CC  990

seq1  AGCCTGCCTTCTAAGCAAAATAACTGGAGGTGTTTGTCTTTTCTGTCACA  1050
      || ||||  ||||||||||   |||||||||||||||||||   ||||||
seq2  AG-CTGC--TCTAAGCAAA--TACTGGAGGTGTTTGTCTTT--CGTCACA  1033

seq1  GAGCCACTTCAGGGTTTCACTTTTTAAAAGATCATCCTTTGTACGGCCCC  1100
      ||||| |||||||   |||||||   ||||||||| ||||| || | |||
seq2  GAGCC-CTTCAGG--ATCACTTT---AAAGATCAT-CTTTG-AC-GACCC  1074

seq1  TGCCCCTAGAGT  1112
      || |||||||||
seq2  TG-CCCTAGAGT  1085