BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-058I02
Chromosome9 (Build37)
Map Location 10,488,246 - 10,615,818
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneCntn5, LOC665154, LOC100039970
Downstream geneLOC665178
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-058I02.bB6Ng01-058I02.g
ACCDH880065DH880066
length9591,139
definitionDH880065|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-058I02, 5' end.DH880066|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-058I02, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(10,488,246 - 10,489,212)(10,614,652 - 10,615,818)
sequence
gaattcaagtctatagagtggtgaaaatcgtgtatctatttacttactga
ctatttttgtggtgttgaagattgaacttaaggccttttgaatgttagcc
acatgctttaacaataagctacatccctcaccaaagaaagaacacatttt
gaaagctctatctgtccatttaatgcgaatatgaatttaaatctggatgt
tctttagttcttgattatcgtgtaacatttcagttttaaatataaaatac
agacatttctgttacttacatcactatgggtccattaaatgtatacaata
tttaaactttttggaacaatgcttttgtttagtaaaaaaaagacagacaa
acaaaaaacaacaacaaaaaataccctgcaacttttccttgttctgtaat
tttagtagatttatttatatctgtattgtgtatgtttatgaatggtgtat
gtatgtatgcatgtatgtatgtgtatgacacatgtataaggttgcttaag
gaaaccaggagaaggtattggttccctgcagatggagttacaggatgttg
tgaacctcttgacagggatgtcagatacctgggaagagtacaaagtcctt
ttaaccactgagccatctctttgtctgactttttttgttcatgtatacag
attactcatttctgtaaaaagatatacctctgtatgtttctgatttctca
agctatgaaatattttataagaaaatttagaaaatatctggatattttaa
gcatggcttttctatataatgccaaaagacaatacaaatttaagccaaac
caaaactccatagatgttaatttatcattaaaaggaaaggactaaagcca
gacaaatagtcaggcttactgctgtagctgtcatttgggccttgagattt
gaatagtgagatggcaacaatccctattaggtgacttcttattatatctc
ccatgaaga
gaattctcatcattttaatgccaattagaaccttctgattccttaggtat
ataccttttctccctctttcctcccgctgaccccaccgatacacagtccc
ctccataaaatctcacaggtgacacaagtatattcagaattgatgtcctt
ttgaccctgtgatcaacaaaggcatttttatcaacaaattttattttagc
cacagtgcaattagtggagtggtactacccagttccatgaagaacactat
gcagtaaagacaggaattacataccaagactcacaaacaaaatagggcag
agcgaagaattgatctcacttcattgcagtgatgaaacctgaacctgttg
ctttcggaactgttgcaagaatagcgtgcttcagatagactttcactcta
atacttcagccagcttctttgagacagaaattttaagagttagtaataag
taaacacaaaatgtcaggtgtttacatcaaaacttttaaaataaagcatg
cattagggttgactacttatatcaatgaatgtatcaaatattaggacaat
ctatgagaaccatagctaacaaacattcatagcacattgttttgctctaa
ggtaagaaataatctgacattgctgcaatcccagtacagacataattgta
tttgactgttttacttgataataggccagcctcatatggatatagcctta
agttttgcctcctctatttgcacttaggtagtgaagcagaagaatactgg
ttatttgatggttccacaggaaggaaattatgataattttgaagacatca
catcaaacttgtaaatgaattttcaagagtgtctgcatgtttagcaggca
cttggtttttgttctcacctataaacaccgggtagggtctgtgcctgtag
gtctgggcccccttatgccatctggaggagcaggatcagcactctcaggg
gtagttgtatatcggcctgtggggagactaagcaactgtcactcacccac
agtctctggaaatattcacactctgaagactagtcctctgcggtttgagc
atttataccgaggactcaatgggtgctgaatcacggtacgtgagagcaaa
tccggtgcactaactggctttagctagcagaatggcatt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr9_10488246_10489212
seq2: B6Ng01-058I02.b_37_995

seq1  GAATTCAAGTCTATAGAGTGGTGAAAATCGTGTATCTATTTACTTACTGA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAAGTCTATAGAGTGGTGAAAATCGTGTATCTATTTACTTACTGA  50

seq1  CTATTTTTGTGGTGTTGAAGATTGAACTTAAGGCCTTTTGAATGTTAGCC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATTTTTGTGGTGTTGAAGATTGAACTTAAGGCCTTTTGAATGTTAGCC  100

seq1  ACATGCTTTAACAATAAGCTACATCCCTCACCAAAGAAAGAACACATTTT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATGCTTTAACAATAAGCTACATCCCTCACCAAAGAAAGAACACATTTT  150

seq1  GAAAGCTCTATCTGTCCATTTAATGCGAATATGAATTTAAATCTGGATGT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAGCTCTATCTGTCCATTTAATGCGAATATGAATTTAAATCTGGATGT  200

seq1  TCTTTAGTTCTTGATTATCGTGTAACATTTCAGTTTTAAATATAAAATAC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTTAGTTCTTGATTATCGTGTAACATTTCAGTTTTAAATATAAAATAC  250

seq1  AGACATTTCTGTTACTTACATCACTATGGGTCCATTAAATGTATACAATA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACATTTCTGTTACTTACATCACTATGGGTCCATTAAATGTATACAATA  300

seq1  TTTAAACTTTTTGGAACAATGCTTTTGTTTAGTAAAAAAAAGACAGACAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAAACTTTTTGGAACAATGCTTTTGTTTAGTAAAAAAAAGACAGACAA  350

seq1  ACAAAAAACAACAACAAAAAATACCCTGCAACTTTTCCTTGTTCTGTAAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAAAAACAACAACAAAAAATACCCTGCAACTTTTCCTTGTTCTGTAAT  400

seq1  TTTAGTAGATTTATTTATATCTGTATTGTGTATGTTTATGAATGGTGTAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAGTAGATTTATTTATATCTGTATTGTGTATGTTTATGAATGGTGTAT  450

seq1  GTATGTATGCATGTATGTATGTGTATGACACATGTATAAGGTTGCTTAAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATGTATGCATGTATGTATGTGTATGACACATGTATAAGGTTGCTTAAG  500

seq1  GAAACCAGGAGAAGGTATTGGTTCCCTGCAGATGGAGTTACAGGATGTTG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAACCAGGAGAAGGTATTGGTTCCCTGCAGATGGAGTTACAGGATGTTG  550

seq1  TGAACCTCTTGACAGGGATGTCAGATACCTGGGAAGAGTACAAAGTCCTT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAACCTCTTGACAGGGATGTCAGATACCTGGGAAGAGTACAAAGTCCTT  600

seq1  TTAACCACTGAGCCATCTCTTTGTCTGACTTTTTTTGTTCATGTATACAG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAACCACTGAGCCATCTCTTTGTCTGACTTTTTTTGTTCATGTATACAG  650

seq1  ATTACTCATTTCTGT-AAAAGATATACCTCTGTATGTTTCTGATTTCTCA  699
      ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTACTCATTTCTGTAAAAAGATATACCTCTGTATGTTTCTGATTTCTCA  700

seq1  AGCTATGAAAATATTTTATAAGAAAATTTAGAAAATATCTGGATATTTTA  749
      ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTATG-AAATATTTTATAAGAAAATTTAGAAAATATCTGGATATTTTA  749

seq1  AGCATGGC-TTTCTATATAATGCCAAAAGACAATACAAATTTAAG-CAAA  797
      |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
seq2  AGCATGGCTTTTCTATATAATGCCAAAAGACAATACAAATTTAAGCCAAA  799

seq1  CCAAAACTCCATAGATGTTAATTTATCATTAAAAAGGAAAGGACTAAAGC  847
      |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
seq2  CCAAAACTCCATAGATGTTAATTTATCATT-AAAAGGAAAGGACTAAAGC  848

seq1  CAGAC-AATAGTCAGGCTTACTGCTGTAGCTGTCATTTGGGCCTTGAGAT  896
      ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
seq2  CAGACAAATAGTCAGGCTTACTGCTGTAGCTGTCATTTGGGCCTTGAGA-  897

seq1  TTTTGAAATTAATTGAGATGGCAACCAATCCCTATTAGGTGGACTTCATT  946
       ||||||    | ||||||||||| ||||||||||||||| |||||| ||
seq2  -TTTGAA---TAGTGAGATGGCAA-CAATCCCTATTAGGT-GACTTC-TT  940

seq1  ATTTAAATCTTCCCATGAAGA  967
      | ||| ||| |||||||||||
seq2  A-TTATATC-TCCCATGAAGA  959

seq1: chr9_10614652_10615818
seq2: B6Ng01-058I02.g_69_1207 (reverse)

seq1  AATGCCCATTCTTGCTAGCTAAAGGCAGTTAGTGGCACCGATACTGGCCT  50
      |||| |||||| |||||||||||| |||||||| ||||||     |   |
seq2  AATG-CCATTC-TGCTAGCTAAAGCCAGTTAGT-GCACCG-----GATTT  42

seq1  TCCCTCAACTGTCACAGTGATTCAGCGACCCCATCTGAGTCCTCTGGTAT  100
       | ||||  |   || ||||||||||   ||||| ||||||||| |||||
seq2  GCTCTCACGT---ACCGTGATTCAGC--ACCCAT-TGAGTCCTC-GGTAT  85

seq1  AAATGCTCCAAACCCGCAGAGGGACTTAAGTTCTTTCCAGAGTTGTGAAT  150
      ||||||||  || ||||||| |||||  || ||||  ||||| |||||||
seq2  AAATGCTC--AAACCGCAGA-GGACT--AG-TCTT--CAGAG-TGTGAAT  126

seq1  ATTTCCAGGAGACTGTGGGTGAGTTGACAGTTGCTTAGTCT-CCCACAGG  199
      ||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||
seq2  ATTTCCA-GAGACTGTGGGTGAG-TGACAGTTGCTTAGTCTCCCCACAGG  174

seq1  CCGATATAACAACCTAACCCCTGAGAGTGCTGATCCTGCTCCTCCAGATG  249
      ||||||| |||||   ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCGATAT-ACAAC--TACCCCTGAGAGTGCTGATCCTGCTCCTCCAGATG  221

seq1  GCATAAGGGGGCCCAGACCTACAGGCACAGACCCTACCCGGTGTTTATAG  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATAAGGGGGCCCAGACCTACAGGCACAGACCCTACCCGGTGTTTATAG  271

seq1  GTGAGAACAAAAACCAAGTGCCTGCTAAACATGCAGACACTCTTGAAAAT  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGAGAACAAAAACCAAGTGCCTGCTAAACATGCAGACACTCTTGAAAAT  321

seq1  TCATTTACAAGTTTGATGTGATGTCTTCAAAATTATCATAATTTCCTTCC  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATTTACAAGTTTGATGTGATGTCTTCAAAATTATCATAATTTCCTTCC  371

seq1  TGTGGAACCATCAAATAACCAGTATTCTTCTGCTTCACTACCTAAGTGCA  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGGAACCATCAAATAACCAGTATTCTTCTGCTTCACTACCTAAGTGCA  421

seq1  AATAGAGGAGGCAAAACTTAAGGCTATATCCATATGAGGCTGGCCTATTA  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAGAGGAGGCAAAACTTAAGGCTATATCCATATGAGGCTGGCCTATTA  471

seq1  TCAAGTAAAACAGTCAAATACAATTATGTCTGTACTGGGATTGCAGCAAT  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAGTAAAACAGTCAAATACAATTATGTCTGTACTGGGATTGCAGCAAT  521

seq1  GTCAGATTATTTCTTACCTTAGAGCAAAACAATGTGCTATGAATGTTTGT  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCAGATTATTTCTTACCTTAGAGCAAAACAATGTGCTATGAATGTTTGT  571

seq1  TAGCTATGGTTCTCATAGATTGTCCTAATATTTGATACATTCATTGATAT  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCTATGGTTCTCATAGATTGTCCTAATATTTGATACATTCATTGATAT  621

seq1  AAGTAGTCAACCCTAATGCATGCTTTATTTTAAAAGTTTTGATGTAAACA  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTAGTCAACCCTAATGCATGCTTTATTTTAAAAGTTTTGATGTAAACA  671

seq1  CCTGACATTTTGTGTTTACTTATTACTAACTCTTAAAATTTCTGTCTCAA  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGACATTTTGTGTTTACTTATTACTAACTCTTAAAATTTCTGTCTCAA  721

seq1  AGAAGCTGGCTGAAGTATTAGAGTGAAAGTCTATCTGAAGCACGCTATTC  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAGCTGGCTGAAGTATTAGAGTGAAAGTCTATCTGAAGCACGCTATTC  771

seq1  TTGCAACAGTTCCGAAAGCAACAGGTTCAGGTTTCATCACTGCAATGAAG  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCAACAGTTCCGAAAGCAACAGGTTCAGGTTTCATCACTGCAATGAAG  821

seq1  TGAGATCAATTCTTCGCTCTGCCCTATTTTGTTTGTGAGTCTTGGTATGT  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGATCAATTCTTCGCTCTGCCCTATTTTGTTTGTGAGTCTTGGTATGT  871

seq1  AATTCCTGTCTTTACTGCATAGTGTTCTTCATGGAACTGGGTAGTACCAC  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTCCTGTCTTTACTGCATAGTGTTCTTCATGGAACTGGGTAGTACCAC  921

seq1  TCCACTAATTGCACTGTGGCTAAAATAAAATTTGTTGATAAAAATGCCTT  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCACTAATTGCACTGTGGCTAAAATAAAATTTGTTGATAAAAATGCCTT  971

seq1  TGTTGATCACAGGGTCAAAAGGACATCAATTCTGAATATACTTGTGTCAC  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTGATCACAGGGTCAAAAGGACATCAATTCTGAATATACTTGTGTCAC  1021

seq1  CTGTGAGATTTTATGGAGGGGACTGTGTATCGGTGGGGTCAGCGGGAGGA  1099
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTGAGATTTTATGGAGGGGACTGTGTATCGGTGGGGTCAGCGGGAGGA  1071

seq1  AAGAGGGAGAAAAGGTATATACCTAAGGAATCAGAAGGTTCTAATTGGCA  1149
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAGGGAGAAAAGGTATATACCTAAGGAATCAGAAGGTTCTAATTGGCA  1121

seq1  TTAAAATGATGAGAATTC  1167
      ||||||||||||||||||
seq2  TTAAAATGATGAGAATTC  1139