BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-059A13
Chromosome9 (Build37)
Map Location 26,607,281 - 26,653,213
singlet/doubletdoublet
Overlap geneBC038479, Glb1l3
Upstream geneB3gat1
Downstream geneGm1110, LOC330907, Acad8, Thyn1, Vps26b, Ncapd3, Jam3, Igsf9b, Spata19, LOC666440, LOC100041202, Opcml
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-059A13.bB6Ng01-059A13.g
ACCDH880448DH880449
length1,123828
definitionDH880448|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-059A13, 5' end.DH880449|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-059A13, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(26,652,074 - 26,653,213)(26,607,281 - 26,608,108)
sequence
gaattcagatcggctctgtcaatggaggtactgatttatagtcatttttc
ttagccagccaatagaaactaaaaaagtaccaaagagaaccagatgcact
tatgatcctctttctcatgtcaattgaaatgaatcccagagatttgatac
gatacaaaacgaggttcaacagtaaagctaagagtccaaacatcacatgt
gtgatccaaccccctctttgaacagagcactgatggagctcttcattttg
actacatattttaatttttaaaataatttccataggtagggatctaggct
ggtgcaggacgttgtttagatccctgcacatcccatcatcatgggtagtc
tcacagggaacaatagaatggatgtaaatgacacacaatatatggctaca
ttctcagttctggcatcataaatcttagtctactcaaggtagatacttgg
cagatcccaaagaatttagttgaaccccaaagtgataatagtatgggaaa
ttaccaagatatgatgtcttagtcagggtttctattcctgcacaaacatc
atgaccaagaagcaagttggggaaggaaagggtttattcagcttacactt
ccatactgctgtttatcaccaaaggaagtcaggactggaactcaagcagg
tcagaaagtaggagctgatgcagaggccatggagggatgttctttactgg
cttgcttcccctggcttgctcagcctgctctcttatagaaccaagactac
cagcccatagatggtcccacccacaaggggcctttcccccttgatcacta
attgagaaaatgccttacagttgtatctcatggaggcatttcttcaactg
aagctcctttctctgtgataactccagctgtgtcaagttgacacaaaact
agccagtacatatgagcatgtggttggtccagaaaacatgatgaggtgat
ctttagtgcatataggtagctattgtgaactgctttcattttttgtgggg
cgggtgtatagctttgatctattactatactgaaagtttgaactgggatc
agaaactttcttcagttctaggcattgttatgtagctgcttgctgtcacc
tatttgttcaagtgtggtataaa
gaattcactgtaagaaagagatgatgcaagggagaccttcatataccaaa
ggacaaaactccctgcaaatagttattaacactaatcatgatcattaata
ctaataatcatcatattaagaataaaccccataatttcctgggtaattaa
ctcagtactattagaatacaggaaatgccaactgtgtggctctgaatggc
tggtttaaagatcataggggcttcactcctaagttaggcttgttaccaag
gccataagcaaaccctagggaatccagtgcattctgttgttttccttagc
gagcagttcactcatgatagcagtttcttggatgaaaccataggtaccta
ccttctttggagctgggagcttatattactttttttctagaacttctgtt
gcttttgtatcttggctttatttttaaaaataaataaatttctttcttta
ttaaagaagaaatttaggagaaggactgtgccctgcagcctaaggtctgc
tctgctcagtcatgttttgttcttctgcctaagaagaaagggtagtcttg
ctcacattctagataagggtcctagacaaagatgtatgtgtgcatgcgag
catgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtatttgtatgtgtattcctaat
ggagcctcatgtaagtcattccaactagtggcaagtgaaaatacagtgtc
ccctgcagctatggagggctacagacatagaaacaggctgcagcgaagag
acgtgagttatgccctgtgaggactcctcatcaggctgagccttgtgagg
acagggtggagatggatagtttcttgac
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr9_26652074_26653213
seq2: B6Ng01-059A13.b_48_1170 (reverse)

seq1  TTTA-ACCACACTTTGAACAAATAGGTGGACCAAGGCAAGGCAGCTAACA  49
      |||| ||||||| |||||||||||||||    |  |||| |||||| |||
seq2  TTTATACCACAC-TTGAACAAATAGGTG----ACAGCAA-GCAGCT-ACA  43

seq1  TAACAATGCCTAGAAACTGAAGGAAAGTTTCTGATCCCAGTTTCAAAACT  99
      ||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||   |||||
seq2  TAACAATGCCTAG-AACTGAA-GAAAGTTTCTGATCCCAGTT--CAAACT  89

seq1  TTCCAAGGTATAGTAATAGGATCAAAGCTATACACCCCGCCCCACAAAAA  149
      |||    ||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||| ||||
seq2  TTC---AGTATAGTAATA-GATCAAAGCTATACA-CCCGCCCCAC-AAAA  133

seq1  AATGAAAGCAGTTCACAATAGCTACCTATATGCACTAAAGATCACCTCAT  199
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGAAAGCAGTTCACAATAGCTACCTATATGCACTAAAGATCACCTCAT  183

seq1  CATGTTTTCTGGACCCAACCACATGCTCATATGTACTGGCTAGTTTTGTG  249
      ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGTTTTCTGGA-CCAACCACATGCTCATATGTACTGGCTAGTTTTGTG  232

seq1  TCAACTTGACACAGCTGGAGTTATCACAGAGAAAGGAGCTTCAGTTGAAG  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAACTTGACACAGCTGGAGTTATCACAGAGAAAGGAGCTTCAGTTGAAG  282

seq1  AAATGCCTCCATGAGATACAACTGTAAGGCATTTTCTCAATTAGTGATCA  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATGCCTCCATGAGATACAACTGTAAGGCATTTTCTCAATTAGTGATCA  332

seq1  AGGGGGAAAGGCCCCTTGTGGGTGGGACCATCTATGGGCTGGTAGTCTTG  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGGGAAAGGCCCCTTGTGGGTGGGACCATCTATGGGCTGGTAGTCTTG  382

seq1  GTTCTATAAGAGAGCAGGCTGAGCAAGCCAGGGGAAGCAAGCCAGTAAAG  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCTATAAGAGAGCAGGCTGAGCAAGCCAGGGGAAGCAAGCCAGTAAAG  432

seq1  AACATCCCTCCATGGCCTCTGCATCAGCTCCTACTTTCTGACCTGCTTGA  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACATCCCTCCATGGCCTCTGCATCAGCTCCTACTTTCTGACCTGCTTGA  482

seq1  GTTCCAGTCCTGACTTCCTTTGGTGATAAACAGCAGTATGGAAGTGTAAG  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCCAGTCCTGACTTCCTTTGGTGATAAACAGCAGTATGGAAGTGTAAG  532

seq1  CTGAATAAACCCTTTCCTTCCCCAACTTGCTTCTTGGTCATGATGTTTGT  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAATAAACCCTTTCCTTCCCCAACTTGCTTCTTGGTCATGATGTTTGT  582

seq1  GCAGGAATAGAAACCCTGACTAAGACATCATATCTTGGTAATTTCCCATA  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGGAATAGAAACCCTGACTAAGACATCATATCTTGGTAATTTCCCATA  632

seq1  CTATTATCACTTTGGGGTTCAACTAAATTCTTTGGGATCTGCCAAGTATC  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATTATCACTTTGGGGTTCAACTAAATTCTTTGGGATCTGCCAAGTATC  682

seq1  TACCTTGAGTAGACTAAGATTTATGATGCCAGAACTGAGAATGTAGCCAT  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACCTTGAGTAGACTAAGATTTATGATGCCAGAACTGAGAATGTAGCCAT  732

seq1  ATATTGTGTGTCATTTACATCCATTCTATTGTTCCCTGTGAGACTACCCA  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATTGTGTGTCATTTACATCCATTCTATTGTTCCCTGTGAGACTACCCA  782

seq1  TGATGATGGGATGTGCAGGGATCTAAACAACGTCCTGCACCAGCCTAGAT  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATGATGGGATGTGCAGGGATCTAAACAACGTCCTGCACCAGCCTAGAT  832

seq1  CCCTACCTATGGAAATTATTTTAAAAATTAAAATATGTAGTCAAAATGAA  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTACCTATGGAAATTATTTTAAAAATTAAAATATGTAGTCAAAATGAA  882

seq1  GAGCTCCATCAGTGCTCTGTTCAAAGAGGGGGTTGGATCACACATGTGAT  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCTCCATCAGTGCTCTGTTCAAAGAGGGGGTTGGATCACACATGTGAT  932

seq1  GTTTGGACTCTTAGCTTTACTGTTGAACCTCGTTTTGTATCGTATCAAAT  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTGGACTCTTAGCTTTACTGTTGAACCTCGTTTTGTATCGTATCAAAT  982

seq1  CTCTGGGATTCATTTCAATTGACATGAGAAAGAGGATCATAAGTGCATCT  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTGGGATTCATTTCAATTGACATGAGAAAGAGGATCATAAGTGCATCT  1032

seq1  GGTTCTCTTTGGTACTTTTTTAGTTTCTATTGGCTGGCTAAGAAAAATGA  1099
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTCTCTTTGGTACTTTTTTAGTTTCTATTGGCTGGCTAAGAAAAATGA  1082

seq1  CTATAAATCAGTACCTCCATTGACAGAGCCGATCTGAATTC  1140
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATAAATCAGTACCTCCATTGACAGAGCCGATCTGAATTC  1123

seq1: chr9_26607281_26608108
seq2: B6Ng01-059A13.g_70_897

seq1  GAATTCACTGTAAGAAAGAGATGATGCAAGGGAGACCTTCATATACCAAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACTGTAAGAAAGAGATGATGCAAGGGAGACCTTCATATACCAAA  50

seq1  GGACAAAACTCCCTGCAAATAGTTATTAACACTAATCATGATCATTAATA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACAAAACTCCCTGCAAATAGTTATTAACACTAATCATGATCATTAATA  100

seq1  CTAATAATCATCATATTAAGAATAAACCCCATAATTTCCTGGGTAATTAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAATAATCATCATATTAAGAATAAACCCCATAATTTCCTGGGTAATTAA  150

seq1  CTCAGTACTATTAGAATACAGGAAATGCCAACTGTGTGGCTCTGAATGGC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAGTACTATTAGAATACAGGAAATGCCAACTGTGTGGCTCTGAATGGC  200

seq1  TGGTTTAAAGATCATAGGGGCTTCACTCCTAAGTTAGGCTTGTTACCAAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTTTAAAGATCATAGGGGCTTCACTCCTAAGTTAGGCTTGTTACCAAG  250

seq1  GCCATAAGCAAACCCTAGGGAATCCAGTGCATTCTGTTGTTTTCCTTAGC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCATAAGCAAACCCTAGGGAATCCAGTGCATTCTGTTGTTTTCCTTAGC  300

seq1  GAGCAGTTCACTCATGATAGCAGTTTCTTGGATGAAACCATAGGTACCTA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCAGTTCACTCATGATAGCAGTTTCTTGGATGAAACCATAGGTACCTA  350

seq1  CCTTCTTTGGAGCTGGGAGCTTATATTACTTTTTTTCTAGAACTTCTGTT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTCTTTGGAGCTGGGAGCTTATATTACTTTTTTTCTAGAACTTCTGTT  400

seq1  GCTTTTGTATCTTGGCTTTATTTTTAAAAATAAATAAATTTCTTTCTTTA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTTTGTATCTTGGCTTTATTTTTAAAAATAAATAAATTTCTTTCTTTA  450

seq1  TTAAAGAAGAAATTTAGGAGAAGGACTGTGCCCTGCAGCCTAAGGTCTGC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAAGAAGAAATTTAGGAGAAGGACTGTGCCCTGCAGCCTAAGGTCTGC  500

seq1  TCTGCTCAGTCATGTTTTGTTCTTCTGCCTAAGAAGAAAGGGTAGTCTTG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGCTCAGTCATGTTTTGTTCTTCTGCCTAAGAAGAAAGGGTAGTCTTG  550

seq1  CTCACATTCTAGATAAGGGTCCTAGACAAAGATGTATGTGTGCATGCGAG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCACATTCTAGATAAGGGTCCTAGACAAAGATGTATGTGTGCATGCGAG  600

seq1  CATGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTATTTGTATGTGTATTCCTAAT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTATTTGTATGTGTATTCCTAAT  650

seq1  GGAGCCTCATGTAAGTCA-TCCAACTAGTGGCAAGTGAAAATACAGTGTC  699
      |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGCCTCATGTAAGTCATTCCAACTAGTGGCAAGTGAAAATACAGTGTC  700

seq1  CCCTGCAGCTATGGAGGGCTACAGACATAGAAACAGGCTGCAGCGAAGAG  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTGCAGCTATGGAGGGCTACAGACATAGAAACAGGCTGCAGCGAAGAG  750

seq1  ACGTGAGTTAGGCCCTGTGAGGACTCCTCATCAGGCTGAGCCTTGTGAAG  799
      |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
seq2  ACGTGAGTTATGCCCTGTGAGGACTCCTCATCAGGCTGAGCCTTGTG-AG  799

seq1  GAGCAGGGTGGAGATGGA-AGCTTCTTGAC  828
      || ||||||||||||||| || ||||||||
seq2  GA-CAGGGTGGAGATGGATAGTTTCTTGAC  828