BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-060C08
Chromosome9 (Build37)
Map Location 27,397,996 - 27,530,718
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC666440, LOC100041202
Upstream geneB3gat1, BC038479, Glb1l3, Gm1110, LOC330907, Acad8, Thyn1, Vps26b, Ncapd3, Jam3, Igsf9b, Spata19
Downstream geneOpcml
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-060C08.bB6Ng01-060C08.g
ACCDH881210DH881211
length1,1221,016
definitionDH881210|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-060C08, 5' end.DH881211|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-060C08, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(27,529,577 - 27,530,718)(27,397,996 - 27,399,016)
sequence
gaattctcagaccatttatcaagcacttcgtaagtgccatgttatgtgtt
gtgcacacaaagtggagagaaacaagttaaatacataatcatgtggagtt
tgcaatctagccagaggaaacaaaagaaagcaaaaacttaagcttatcag
tgtcatcaaaggtcaatggatacactggagaaagtgtccgtcaaatgtgg
ttagtaatgagatgaccagtgaaagctctctaggggagaatgctgcactg
agctgaagccaagagaaatgaagagagtccagcattagccaggtagcaca
ggtgccttggagtcaaggcacagccaaaaggacatgaaaaccatgaagaa
caaagcatgatggggatcctagtgccaggacgacaacagcaaggactgcc
aggagggacaagactgacctccagctagattacatcagcctacttctggg
ccaggaccttctcccatggcctatgagaaatgattactacttgtaaggtc
actccacaaccagacttgcattctgaggactaaaacactgacattttagc
agaagatggatagcaaggaagacttgtttagacaggcattttggtggtcc
aggatgcaacactgagggactgctgactgtggcatacctggcagcaagaa
cagagatgcacaggcaaatcaaatatgaatgtggtttgaacatgaatgca
ttttagctatgactcctctagatggtaacaaacagaaattggtagcaggt
agtgatgaagtcagtttgcaacatactgagtttgaaaggcttttgtctca
tccaattggagtgtattagctctacaactagaaatttaaaaaaggggggg
gggacctctccaattgcttaacaaatacataaatgtttattatgttccaa
gtgtggcatgaagtattcaagagagagagtgaatgggaccttttagtaac
tctgcagaagtgtcttacctgagaggagaagtgtctggatcagagaacct
ttaatggatgatgcatttcagctcagagaaaagcagtcgacagagaatgg
gcaggaagcattttatagctactaaaaagaattcagagactggagagact
ggtgactgtcgagcaccctcat
gaattctgcccattgactcccatcctggattgtgttctgacagccctcaa
actcacagaattttctttcctattaggttacttgtatcttgcttatttaa
ttagtgtgtgcttatatatgaagtagaaaaaaaaagcagccctctctcca
ttgcacatgctggaagttacatatttcccagtagcctctccctattttca
cttgattaaatgtagctaatgtgctaacatcttttattacacagttgttg
tttttgtagacacacagatgaactgcaacataattacagtttaatgtata
ggtttgctgttttgcagtggggtgaaagcattatgcattcagtagaaacc
aggctttgattttgaagctagctctttcattgtcctgtggcttgtggcac
caaggcacagctttctgtcacccaagaaagagagcaagaagcagatgtgc
tatagtgtgctgtggctgtggccatgactgtggcaataatttaagtagta
tgtatgtaatttaattttttctttctgttttatttatttatttattaggt
attttcttcatttacatttcaaatgctatcccagaagtcccccttatcct
ccccccactcccctgcccacccactcccaattcttggccctggcgttccc
ctgtactggggcatataaagtttgcaagtccaatgggcctctctttccag
tgatggccgactaggccatcttctgatccatatgcagctagagtcaagag
ctccgggctactggttagtttatgttgttgttccacctatagggttgcag
atccctttagctccttggttactttctctagctcctccattggggtccct
gtgatccatccaatagctgactgtgagcatccacttctgtgtttggtagg
ccccagcatagcctcacagagacagctatatctgggtcctttcagcaaat
cttgctagtatatgcatggtgtcagcgtttggagctgattatgggatgga
tcccgggtatggcagt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr9_27529577_27530718
seq2: B6Ng01-060C08.b_47_1168 (reverse)

seq1  ATGAGTGTGCTCGACAGTCCACATGTCTTCTTCCAGTTCTCTTGAATTCT  50
      ||||| |||||||||||| |||  ||||   ||||| |||| ||||||| 
seq2  ATGAGGGTGCTCGACAGT-CACCAGTCT--CTCCAG-TCTC-TGAATTC-  44

seq1  GTTTTTAGTTTAGCTTATAAAATGCTATCTCTTGCCCATTTCTCTGTCGG  100
       |||||||  |||| |||||||||||   || |||||| ||||||||| |
seq2  -TTTTTAG--TAGC-TATAAAATGCT---TCCTGCCCA-TTCTCTGTC-G  85

seq1  ACTGCTTTTCTCTGAGCTGAAATGCATCATCCATTAAAAGGTTTCTCTGA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  | ||||||||
seq2  ACTGCTTTTCTCTGAGCTGAAATGCATCATCCATTAAA--GGTTCTCTGA  133

seq1  TCCAGACACTTCTCCTCTCAGGTAAGGACACTTCTTGCAGAGTTACTAAA  200
      ||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||
seq2  TCCAGACACTTCTCCTCTCAGGTAA-GACACTTC-TGCAGAGTTACTAAA  181

seq1  AGGTCCCATTCACCTCTCTCTCTTGAATACTTCATGCCACACTTGGAACA  250
      |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTCCCATTCA-CTCTCTCTCTTGAATACTTCATGCCACACTTGGAACA  230

seq1  TAATAAACATTTATGTATTTGTTAAGCAATTGGAGAGGTCCCCCCCCCCT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATAAACATTTATGTATTTGTTAAGCAATTGGAGAGGTCCCCCCCCCCT  280

seq1  TTTTTAAATTTCTAGTTGTAGAGCTAATACACTCCAATTGGATGAGACAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTAAATTTCTAGTTGTAGAGCTAATACACTCCAATTGGATGAGACAA  330

seq1  AAGCCTTTCAAACTCAGTATGTTGCAAACTGACTTCATCACTACCTGCTA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCCTTTCAAACTCAGTATGTTGCAAACTGACTTCATCACTACCTGCTA  380

seq1  CCAATTTCTGTTTGTTACCATCTAGAGGAGTCATAGCTAAAATGCATTCA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAATTTCTGTTTGTTACCATCTAGAGGAGTCATAGCTAAAATGCATTCA  430

seq1  TGTTCAAACCACATTCATATTTGATTTGCCTGTGCATCTCTGTTCTTGCT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTCAAACCACATTCATATTTGATTTGCCTGTGCATCTCTGTTCTTGCT  480

seq1  GCCAGGTATGCCACAGTCAGCAGTCCCTCAGTGTTGCATCCTGGACCACC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCAGGTATGCCACAGTCAGCAGTCCCTCAGTGTTGCATCCTGGACCACC  530

seq1  AAAATGCCTGTCTAAACAAGTCTTCCTTGCTATCCATCTTCTGCTAAAAT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATGCCTGTCTAAACAAGTCTTCCTTGCTATCCATCTTCTGCTAAAAT  580

seq1  GTCAGTGTTTTAGTCCTCAGAATGCAAGTCTGGTTGTGGAGTGACCTTAC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCAGTGTTTTAGTCCTCAGAATGCAAGTCTGGTTGTGGAGTGACCTTAC  630

seq1  AAGTAGTAATCATTTCTCATAGGCCATGGGAGAAGGTCCTGGCCCAGAAG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTAGTAATCATTTCTCATAGGCCATGGGAGAAGGTCCTGGCCCAGAAG  680

seq1  TAGGCTGATGTAATCTAGCTGGAGGTCAGTCTTGTCCCTCCTGGCAGTCC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGCTGATGTAATCTAGCTGGAGGTCAGTCTTGTCCCTCCTGGCAGTCC  730

seq1  TTGCTGTTGTCGTCCTGGCACTAGGATCCCCATCATGCTTTGTTCTTCAT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCTGTTGTCGTCCTGGCACTAGGATCCCCATCATGCTTTGTTCTTCAT  780

seq1  GGTTTTCATGTCCTTTTGGCTGTGCCTTGACTCCAAGGCACCTGTGCTAC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTTTCATGTCCTTTTGGCTGTGCCTTGACTCCAAGGCACCTGTGCTAC  830

seq1  CTGGCTAATGCTGGACTCTCTTCATTTCTCTTGGCTTCAGCTCAGTGCAG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGCTAATGCTGGACTCTCTTCATTTCTCTTGGCTTCAGCTCAGTGCAG  880

seq1  CATTCTCCCCTAGAGAGCTTTCACTGGTCATCTCATTACTAACCACATTT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTCTCCCCTAGAGAGCTTTCACTGGTCATCTCATTACTAACCACATTT  930

seq1  GACGGACACTTTCTCCAGTGTATCCATTGACCTTTGATGACACTGATAAG  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACGGACACTTTCTCCAGTGTATCCATTGACCTTTGATGACACTGATAAG  980

seq1  CTTAAGTTTTTGCTTTCTTTTGTTTCCTCTGGCTAGATTGCAAACTCCAC  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTAAGTTTTTGCTTTCTTTTGTTTCCTCTGGCTAGATTGCAAACTCCAC  1030

seq1  ATGATTATGTATTTAACTTGTTTCTCTCCACTTTGTGTGCACAACACATA  1100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGATTATGTATTTAACTTGTTTCTCTCCACTTTGTGTGCACAACACATA  1080

seq1  ACATGGCACTTACGAAGTGCTTGATAAATGGTCTGAGAATTC  1142
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATGGCACTTACGAAGTGCTTGATAAATGGTCTGAGAATTC  1122

seq1: chr9_27397996_27399016
seq2: B6Ng01-060C08.g_66_1081

seq1  GAATTCTGCCCATTGACTCCCATCCTGGATTGTGTTCTGACAGCCCTCAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTGCCCATTGACTCCCATCCTGGATTGTGTTCTGACAGCCCTCAA  50

seq1  ACTCACAGAATTTTCTTTCCTATTAGGTTACTTGTATCTTGCTTATTTAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCACAGAATTTTCTTTCCTATTAGGTTACTTGTATCTTGCTTATTTAA  100

seq1  TTAGTGTGTGCTTATATATGAAGTAGAAAAAAAAAGCAGCCCTCTCTCCA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGTGTGTGCTTATATATGAAGTAGAAAAAAAAAGCAGCCCTCTCTCCA  150

seq1  TTGCACATGCTGGAAGTTACATATTTCCCAGTAGCCTCTCCCTATTTTCA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCACATGCTGGAAGTTACATATTTCCCAGTAGCCTCTCCCTATTTTCA  200

seq1  CTTGATTAAATGTAGCTAATGTGCTAACATCTTTTATTACACAGTTGTTG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGATTAAATGTAGCTAATGTGCTAACATCTTTTATTACACAGTTGTTG  250

seq1  TTTTTGTAGACACACAGATGAACTGCAACATAATTACAGTTTAATGTATA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTGTAGACACACAGATGAACTGCAACATAATTACAGTTTAATGTATA  300

seq1  GGTTTGCTGTTTTGCAGTGGGGTGAAAGCATTATGCATTCAGTAGAAACC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTTGCTGTTTTGCAGTGGGGTGAAAGCATTATGCATTCAGTAGAAACC  350

seq1  AGGCTTTGATTTTGAAGCTAGCTCTTTCATTGTCCTGTGGCTTGTGGCAC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCTTTGATTTTGAAGCTAGCTCTTTCATTGTCCTGTGGCTTGTGGCAC  400

seq1  CAAGGCACAGCTTTCTGTCACCCAAGAAAGAGAGCAAGAAGCAGATGTGC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGGCACAGCTTTCTGTCACCCAAGAAAGAGAGCAAGAAGCAGATGTGC  450

seq1  TATAGTGTGCTGTGGCTGTGGCCATGACTGTGGCAATAATTTAAGTAGTA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAGTGTGCTGTGGCTGTGGCCATGACTGTGGCAATAATTTAAGTAGTA  500

seq1  TGTATGTAATTTAATTTTTTCTTTCTGTTTTATTTATTTATTTATTAGGT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTATGTAATTTAATTTTTTCTTTCTGTTTTATTTATTTATTTATTAGGT  550

seq1  ATTTTCTTCATTTACATTTCAAATGCTATCCCAGAAGTCCCCCTTATCCT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTTCTTCATTTACATTTCAAATGCTATCCCAGAAGTCCCCCTTATCCT  600

seq1  CCCCCCACTCCCCTGCCCACCCACTCCCAATTCTTGGCCCTGGCGTTCCC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCCCACTCCCCTGCCCACCCACTCCCAATTCTTGGCCCTGGCGTTCCC  650

seq1  CTGTACTGGGGCATATAAAGTTTGCAAGTCCAATGGGCCTCTCTTTCCAG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTACTGGGGCATATAAAGTTTGCAAGTCCAATGGGCCTCTCTTTCCAG  700

seq1  TGATGGCCGACTAGGCCATCTTCTGATCCATATGCAGCTAGAGTCAAGAG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATGGCCGACTAGGCCATCTTCTGATCCATATGCAGCTAGAGTCAAGAG  750

seq1  CTCCGGGCTACTGGTTAGTTTATGTTGTTGTTCCACCTATAGGGTTGCAG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCGGGCTACTGGTTAGTTTATGTTGTTGTTCCACCTATAGGGTTGCAG  800

seq1  ATCCCTTTAGCTCCTTGGTTACTTTCTCTAGCTCCTCCATTGGGGTCCCT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCCTTTAGCTCCTTGGTTACTTTCTCTAGCTCCTCCATTGGGGTCCCT  850

seq1  GTGATCCATCCAATAGCTGACTGTGAGCATCCACTTCTGTGTTTGGTAGG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGATCCATCCAATAGCTGACTGTGAGCATCCACTTCTGTGTTTGGTAGG  900

seq1  CCCCAGCATAGCCTCACAAGAGACAGCTATATCTGGGTCCTTTCAGCAAA  950
      ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||
seq2  CCCCAGCATAGCCTCAC-AGAGACAGCTATATCTGGGTCCTTTCAGC-AA  948

seq1  ATCTTGCTAGTATATGCAATGGTGTCAGCGTTTGGAGGCTGATTATGGGA  1000
      ||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||
seq2  ATCTTGCTAGTATATGC-ATGGTGTCAGCGTTTGGA-GCTGATTATGGGA  996

seq1  TGGATCCCCGGGTATGGCAGT  1021
      ||||| |||||||||||||||
seq2  TGGAT-CCCGGGTATGGCAGT  1016