BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-060M16
Chromosome9 (Build37)
Map Location 32,210,363 - 32,307,686
singlet/doubletdoublet
Overlap geneFli1
Upstream geneNfrkb, Tmem45b, LOC666558, EG666576, Barx2, LOC100042266, Tpi-rs4, LOC666619, LOC666622, Grit, Kcnj5, Kcnj1
Downstream geneLOC669759, LOC100041398, Ets1, LOC100041426
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-060M16.bB6Ng01-060M16.g
ACCDH881669DH881670
length1,074979
definitionDH881669|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-060M16, 5' end.DH881670|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-060M16, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(32,210,363 - 32,211,445)(32,306,707 - 32,307,686)
sequence
gaattccataattggtgtttgcattggtctgtaattattttctgtactga
gagtgaaatactgagccacatccctagtccagactgttttctttgaataa
ttatgtaaagaattcatatgattctgatgtcacagagcagggcttagaaa
cacatttgtatcctcatggcctacactctgcctcttccttgtgctgtcaa
tagctttaatctgctgccctttacttactaaaagttttatttgtaactga
taaaatagtaattgtatatatttatggggaacaatgtgatttttgatcct
tgtaagtacagtagaatgatcaaattaatctatacattggatggtcatca
tctccaatgtttatcattgctttctttttctctcacctcccgcctctggg
aggccagagtctctctgtatccctgactatcctggagctcactataaacc
aggctggccttgaactcacaaggatctgccagcctctatctctgagtggt
aggcttaaggcatttccatcacaaccagcttaatatttatgatttatttt
tagtgaggacagctacaattctctgtttgaagtaacttgcaacacgcagt
ctgccattcttggctcggtcatcatgctggaaagtaggtcactacgtggt
ctccttttggaaaatataagcagttcatatgcatttatacccctacttct
tttacactgggcagaattctgggaaccttgtcctgtagcttttgccactt
aacagtttctcccaaggatgatcactttttagatagatcactatataggg
atacttgctgagggtgccaacatctgtggaacccccctcttatgtttctt
catatcactttggagtagctgctaagacccagccctgctgttctgaacat
aagagactctaactgtggctgtctggtgtctgaagcctgttccttttgca
agcttactctgcccacccaccctagatgaagctggaatctagacgagagt
tcccagggtgagatagaattttctggggctagcagcttttcaggttccat
ctgggctagtgaaagtcaggacag
gaattcattaaaggttcagctcaatgagagagaaatagacatcacaggta
actgagttactgggcatcttgacaagaagggaaacacataaggtaacttt
aatgctatttgtgaccgatgctcctggtgtccaaataactaggggtgggc
atttagaaaggaggtttggggtttttgtttgttttgttttgttctgtttt
tatgactcctcaagataatcaacttcatctcattttgaagggagaatagg
gcaaaggaaaactgagacacacatctggaatttggggtgctgagcctgtg
gtttactgatgggaaacttcctgtggggttcagagacaagactcgggctg
aggttccccgaacatccctgatgctggccgtccagggcagtgttgagtct
ttcccctttcaacttttcacctaaccccagtaaacaggaaatgcaagcta
ctagagctgaacgcacagccactccctgggtcctctggctccctgccccc
acatagtcaaagcacattatagtttgttttcctttctgacaggttgtaca
gctcattgaaaatacacacagcaatccgaactcgttacaaattacagcag
gcagtaatccttactctggaactctagaaaacctccccttggaagggaaa
tgtgtgcttgtgagctagtgggagcactgtccgtttggaatgcctggaag
tcatgaagtgtgctgatagtgggatgtcatacctgaagtttcacctggtg
acttgatatcaagtttgtcacttgagggacttcggttgagaacataggaa
ctcagaaagacttttagactcatgcccaatgcaaacatgcaggacgcatt
tcaagtagagattaaaaatgtccacagtggctaaaacatttcaaaacaga
cacagctatgccacctggatgccatggtgtttatggcttcgcaggacaag
tattctgtattttgttatgcttattatgt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr9_32210363_32211445
seq2: B6Ng01-060M16.b_47_1120

seq1  GAATTCCATAATTGGTGTTTGCATTGGTCTGTTTTTATTTTCTGTACTGA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||
seq2  GAATTCCATAATTGGTGTTTGCATTGGTCTGTAATTATTTTCTGTACTGA  50

seq1  GAGTGAAATACTGAGCCACATCCCCAGTCCAGACTGTTTTCTTTGAATAA  100
      |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTGAAATACTGAGCCACATCCCTAGTCCAGACTGTTTTCTTTGAATAA  100

seq1  TTATGTAAAGAATTCATATGATTCTGATGTCACAGAGCAGGGCTTAGAAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATGTAAAGAATTCATATGATTCTGATGTCACAGAGCAGGGCTTAGAAA  150

seq1  CACATTTGTATCCTCATGGCCTACACTCTGCCTCTTCCTTGTGCTGTCAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACATTTGTATCCTCATGGCCTACACTCTGCCTCTTCCTTGTGCTGTCAA  200

seq1  TAGCTTTAATCTGCTGCCCTTTACTTACTAAAAGTTTTATTTGTAACTGA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCTTTAATCTGCTGCCCTTTACTTACTAAAAGTTTTATTTGTAACTGA  250

seq1  TAAAATAGTAATTGTATATATTTATGGGGAACAATGTGATTTTTGATCCT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAATAGTAATTGTATATATTTATGGGGAACAATGTGATTTTTGATCCT  300

seq1  TGTAAGTACAGTAGAATGATCAAATTAATCTATACATTGGATGGTCATCA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTAAGTACAGTAGAATGATCAAATTAATCTATACATTGGATGGTCATCA  350

seq1  TCTCCAATGTTTATCATTGCTTTCTTTTTCTCTCACCTCCCGCCTCTGGG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCCAATGTTTATCATTGCTTTCTTTTTCTCTCACCTCCCGCCTCTGGG  400

seq1  AGGCCAGAGTCTCTCTGTATCCCTGACTATCCTGGAGCTCACTATAAACC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCCAGAGTCTCTCTGTATCCCTGACTATCCTGGAGCTCACTATAAACC  450

seq1  AGGCTGGCCTTGAACTCACAAGGATCTGCCAGCCTCTATCTCTGAGTGGT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCTGGCCTTGAACTCACAAGGATCTGCCAGCCTCTATCTCTGAGTGGT  500

seq1  AGGCTTAAGGCATTTCCATCACAACCAGCTTAATATTTATGATTTATTTT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCTTAAGGCATTTCCATCACAACCAGCTTAATATTTATGATTTATTTT  550

seq1  TAGTGAGGACAGCTACAATTCTCTGTTTGAAGTAACTTGCAACACGCAGT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTGAGGACAGCTACAATTCTCTGTTTGAAGTAACTTGCAACACGCAGT  600

seq1  CTGCCATTCTTGGCTCGGTCATCATGCTGGAAAGTAGGTCACTACGTGGT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCCATTCTTGGCTCGGTCATCATGCTGGAAAGTAGGTCACTACGTGGT  650

seq1  CTCCTTTTGGAAAATATAAGCAGTTCATATGCATTTATACCCCTACTTCT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCTTTTGGAAAATATAAGCAGTTCATATGCATTTATACCCCTACTTCT  700

seq1  TTTACACTGGGCAGAATTCTGGGAACCTTGTCCTGTAGCTTTTGCCACTT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTACACTGGGCAGAATTCTGGGAACCTTGTCCTGTAGCTTTTGCCACTT  750

seq1  AACAGTTTCTCCCAAGGATGATCACTTTTTAGATAGATCACTATATAGGG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAGTTTCTCCCAAGGATGATCACTTTTTAGATAGATCACTATATAGGG  800

seq1  ATACTTGCTGAGGGTGCCAACATCTGTGGAACCCCCCTCTTATGTTTCTT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACTTGCTGAGGGTGCCAACATCTGTGGAACCCCCCTCTTATGTTTCTT  850

seq1  CATATCACTTTGGAGTAGCTGCTAAGACCCAGCCCTGCTGTTCTGAACAT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATATCACTTTGGAGTAGCTGCTAAGACCCAGCCCTGCTGTTCTGAACAT  900

seq1  AAGAGACTCTAACTGTGGCTGTCTGGTGTCTGAAAGCCTTGTTCCTTTTG  950
      |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||
seq2  AAGAGACTCTAACTGTGGCTGTCTGGTGTCTG-AAGCC-TGTTCCTTTTG  948

seq1  CAAAGCTTACTCTGCCCACCCACCCTAAGATGAAGCTGGAATCTTAGAAC  1000
      | |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||| ||
seq2  C-AAGCTTACTCTGCCCACCCACCCT-AGATGAAGCTGGAATC-TAG-AC  994

seq1  GAGAGTTCCCAGGGTGAGATAGAA-TATCTGGGGCTAGCAGCTTTTCAAG  1049
      |||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||| ||
seq2  GAGAGTTCCCAGGGTGAGATAGAATTTTCTGGGGCTAGCAGCTTTTC-AG  1043

seq1  GTTCAAATCTGGGCTAGTTGAAAAGTCAGGACAG  1083
      ||||  ||||||||||||   |||||||||||||
seq2  GTTC-CATCTGGGCTAGT--GAAAGTCAGGACAG  1074

seq1: chr9_32306707_32307686
seq2: B6Ng01-060M16.g_68_1046 (reverse)

seq1  ACATAATAAGCATAAACAAAATACAGAATACTTGTCTTGCGAAGCCAATA  50
      ||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||| |||
seq2  ACATAATAAGCAT-AACAAAATACAGAATACTTGTCCTGCGAAGCC-ATA  48

seq1  AACACCATGGCAT-CAGGTGGCATAGCTGTGTCTGTTTTGAAATGTTTTA  99
      ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACACCATGGCATCCAGGTGGCATAGCTGTGTCTGTTTTGAAATGTTTTA  98

seq1  GCCACTGTGGACATTTTTAATCTCTACTTGAAATGCGTCCTGCATGTTTG  149
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCACTGTGGACATTTTTAATCTCTACTTGAAATGCGTCCTGCATGTTTG  148

seq1  CATTGGGCATGAGTCTAAAAGTCTTTCTGAGTTCCTATGTTCTCAACCGA  199
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTGGGCATGAGTCTAAAAGTCTTTCTGAGTTCCTATGTTCTCAACCGA  198

seq1  AGTCCCTCAAGTGACAAACTTGATATCAAGTCACCAGGTGAAACTTCAGG  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCCCTCAAGTGACAAACTTGATATCAAGTCACCAGGTGAAACTTCAGG  248

seq1  TATGACATCCCACTATCAGCACACTTCATGACTTCCAGGCATTCCAAACG  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGACATCCCACTATCAGCACACTTCATGACTTCCAGGCATTCCAAACG  298

seq1  GACAGTGCTCCCACTAGCTCACAAGCACACATTTCCCTTCCAAGGGGAGG  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACAGTGCTCCCACTAGCTCACAAGCACACATTTCCCTTCCAAGGGGAGG  348

seq1  TTTTCTAGAGTTCCAGAGTAAGGATTACTGCCTGCTGTAATTTGTAACGA  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTCTAGAGTTCCAGAGTAAGGATTACTGCCTGCTGTAATTTGTAACGA  398

seq1  GTTCGGATTGCTGTGTGTATTTTCAATGAGCTGTACAACCTGTCAGAAAG  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCGGATTGCTGTGTGTATTTTCAATGAGCTGTACAACCTGTCAGAAAG  448

seq1  GAAAACAAACTATAATGTGCTTTGACTATGTGGGGGCAGGGAGCCAGAGG  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAACAAACTATAATGTGCTTTGACTATGTGGGGGCAGGGAGCCAGAGG  498

seq1  ACCCAGGGAGTGGCTGTGCGTTCAGCTCTAGTAGCTTGCATTTCCTGTTT  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCAGGGAGTGGCTGTGCGTTCAGCTCTAGTAGCTTGCATTTCCTGTTT  548

seq1  ACTGGGGTTAGGTGAAAAGTTGAAAGGGGAAAGACTCAACACTGCCCTGG  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGGGGTTAGGTGAAAAGTTGAAAGGGGAAAGACTCAACACTGCCCTGG  598

seq1  ACGGCCAGCATCAGGGATGTTCGGGGAACCTCAGCCCGAGTCTTGTCTCT  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACGGCCAGCATCAGGGATGTTCGGGGAACCTCAGCCCGAGTCTTGTCTCT  648

seq1  GAACCCCACAGGAAGTTTCCCATCAGTAAACCACAGGCTCAGCACCCCAA  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACCCCACAGGAAGTTTCCCATCAGTAAACCACAGGCTCAGCACCCCAA  698

seq1  ATTCCAGATGTGTGTCTCAGTTTTCCTTTGCCCTATTCTCCCTTCAAAAT  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCCAGATGTGTGTCTCAGTTTTCCTTTGCCCTATTCTCCCTTCAAAAT  748

seq1  GAGATGAAGTTGATTATCTTGAGGAGTCATAAAAACAGAACAAAACAAAA  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGATGAAGTTGATTATCTTGAGGAGTCATAAAAACAGAACAAAACAAAA  798

seq1  CAAACAAAAACCCCAAACCTCCTTTCTAAATGCCCACCCCTAGTTATTTG  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAACAAAAACCCCAAACCTCCTTTCTAAATGCCCACCCCTAGTTATTTG  848

seq1  GACACCAGGAGCATCGGTCACAAATAGCATTAAAGTTACCTTATGTGTTT  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACACCAGGAGCATCGGTCACAAATAGCATTAAAGTTACCTTATGTGTTT  898

seq1  CCCTTCTTGTCAAGATGCCCAGTAACTCAGTTACCTGTGATGTCTATTTC  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTTCTTGTCAAGATGCCCAGTAACTCAGTTACCTGTGATGTCTATTTC  948

seq1  TCTCTCATTGAGCTGAACCTTTAATGAATTC  980
      |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTCATTGAGCTGAACCTTTAATGAATTC  979