BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-063A07
Chromosome9 (Build37)
Map Location 68,224,275 - 68,279,763
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneTln2, LOC100041390, LOC100040253, EG640799, LOC665794, 3300001A09Rik, EG244911, Vps13c, LOC100041451
Downstream geneRora, 9530091C08Rik, Narg2
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-063A07.bB6Ng01-063A07.g
ACCDH883241DH883242
length1,162898
definitionDH883241|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-063A07, 5' end.DH883242|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-063A07, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(68,278,596 - 68,279,763)(68,224,275 - 68,225,172)
sequence
gaattctctaatatcctgccatccataaagaaatatttgctataaatttc
atataattttttactaccaaaactgagttacattttcttctttaaaatgg
agtcattatctatactaagtctactttgcactgcactgtgtgtatcttat
caaatcaatgtaatatctacaaggtctaatgaccacagtcccccttagat
tacacctcagatattcacaatgataactatagctaggttaacaatgactg
tgtgtcagacactgctaagagcttttcatgtatcatctgttccattttca
tattacttgctgtgaccatagactttgaatcatcaataggccaaattgta
atttttagcataaagttgaaattttctttggcattgacttgacatataca
ccacttccctgtacattttgtatctgtctgctcttattttctgaggccca
ttcaatgcaatgttctacctgttgaatgtgccctggacagtatgtgacca
caaaaacatattttgtttgacatattgattcaaagctggcaactctctgt
ggtgaatgatgtgaatccttttaaattatgctgttttatctcccagtcct
tcactgtaggtcactaagttgttcccatgtttttacatattgaacagtaa
tgaatatccctgtgtgcacattagtttactacatcatgaagatccaacga
cttgcctgattgccgatgatctctggaaactaaagtccatacttggtgta
gagtttgaaatcattcagtgataatgggagtaaacttctgtcatttgtaa
gttgatacccatgtctctcattacaactagaaattaagctacattgcact
acgggggtagcatgtatgacacaaaaatcagtggccactatatataaatc
tggagcatccccccttcccaaactccagggtcctttgttcacatttacca
atacattcctgtctcattgatgagttaatagaggtctctttatgcagtac
catgcagtgactcagttggcatcattactcagttggcatctttcctaatc
aatataaagtttctaccagccaagtagtctgcaaaaagcacactgaatat
gtgatgtgggccaaagtctacagcagttaggtggcgaagtcggattctaa
acctgcggtgtt
gaattccttcagtgactaaaattattactcatgcctgaggcagaacatcc
catctttcactggccttacatggaagctcttcccaacattacatcaagat
cttttcctaggacaactcttacatcctgagccatttccccagccccttta
tgccccagtacagggaaacgccagggccaaaaaaggggagtgggtatggg
ggacttttgggatagcattggaaatgtaaacgaggaaaatacctaatttt
aaaaaaaggaaaaaaaaagaagaaaactagaaaaaaaattttaattaatt
aattaattaatttttgaggcagggtctcttacctgcctgaagctctccaa
tttggctagactggttgatgaactccagggatccttctgtctctgcctgg
gaatgcaagcacataccaccatacctgtctttattactattattgttttt
gttgggttttgttgatgttgtcattttaacatagattctggggctactga
ggaccttgtgtttatatactagtatcttcctgactgagctgtctcccaga
accctgctgttataaagaacaaatgcaacagtatactctagtatcttcca
ctggatctacccttcaaacaatggtacttacatgttttcctccaacaaaa
ccaaaaaggcaaataagaaaggagatggcactcacaccaagggcagccac
tctgcttctcaggactctgttaggctcttgtgatgatctgatatcgaaat
tttgccacaggatctctttgaagagtcatctgtgtgtgtgattcagaaga
gggctctcttgtggattttctacccctgtcctgtccccttgtttgtattt
ccttatgaatctctctctctctctctctctctctctctctctctctct
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr9_68278596_68279763
seq2: B6Ng01-063A07.b_47_1208 (reverse)

seq1  AACACCGCAGGGTTAGAATCCCGACTCTGCCACTTACTGGCTGTATGACC  50
      ||||||||||| ||||||| ||||||  ||||| ||   |||||| ||| 
seq2  AACACCGCAGGTTTAGAAT-CCGACTTCGCCACCTAACTGCTGTA-GACT  48

seq1  TTGGGCCACACTACATATTCAGTGTTGCTCTGTTGCAGACTACTTGGCTG  100
      |||| |||||  |||||||||||| |||| | ||||||||||||||||||
seq2  TTGGCCCACATCACATATTCAGTG-TGCT-TTTTGCAGACTACTTGGCTG  96

seq1  GTAGACAACTCTATATTGATTAGGAAAGATGCCAACTGAGTAATGATGCC  150
      ||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGA-AACTTTATATTGATTAGGAAAGATGCCAACTGAGTAATGATGCC  145

seq1  AACTGAGTCACTGCATGGTACTGCATAAAGAGACCTCTATTAACTCATCA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTGAGTCACTGCATGGTACTGCATAAAGAGACCTCTATTAACTCATCA  195

seq1  ATGAGAACAGGAATGTATTGGTAAATGTGAACAAAGGACCCTGGAGTTTG  250
      ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAG-ACAGGAATGTATTGGTAAATGTGAACAAAGGACCCTGGAGTTTG  244

seq1  GGAAGGGGGGATGCTCCAGATTTATATATAGTGGCCACTGATTTTTGTGT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAGGGGGGATGCTCCAGATTTATATATAGTGGCCACTGATTTTTGTGT  294

seq1  CATACATGCTACCCCCGTAGTGCAATGTAGCTTAATTTCTAGTTGTAATG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATACATGCTACCCCCGTAGTGCAATGTAGCTTAATTTCTAGTTGTAATG  344

seq1  AGAGACATGGGTATCAACTTACAAATGACAGAAGTTTACTCCCATTATCA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGACATGGGTATCAACTTACAAATGACAGAAGTTTACTCCCATTATCA  394

seq1  CTGAATGATTTCAAACTCTACACCAAGTATGGACTTTAGTTTCCAGAGAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAATGATTTCAAACTCTACACCAAGTATGGACTTTAGTTTCCAGAGAT  444

seq1  CATCGGCAATCAGGCAAGTCGTTGGATCTTCATGATGTAGTAAACTAATG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCGGCAATCAGGCAAGTCGTTGGATCTTCATGATGTAGTAAACTAATG  494

seq1  TGCACACAGGGATATTCATTACTGTTCAATATGTAAAAACATGGGAACAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCACACAGGGATATTCATTACTGTTCAATATGTAAAAACATGGGAACAA  544

seq1  CTTAGTGACCTACAGTGAAGGACTGGGAGATAAAACAGCATAATTTAAAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTAGTGACCTACAGTGAAGGACTGGGAGATAAAACAGCATAATTTAAAA  594

seq1  GGATTCACATCATTCACCACAGAGAGTTGCCAGCTTTGAATCAATATGTC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATTCACATCATTCACCACAGAGAGTTGCCAGCTTTGAATCAATATGTC  644

seq1  AAACAAAATATGTTTTTGTGGTCACATACTGTCCAGGGCACATTCAACAG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACAAAATATGTTTTTGTGGTCACATACTGTCCAGGGCACATTCAACAG  694

seq1  GTAGAACATTGCATTGAATGGGCCTCAGAAAATAAGAGCAGACAGATACA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGAACATTGCATTGAATGGGCCTCAGAAAATAAGAGCAGACAGATACA  744

seq1  AAATGTACAGGGAAGTGGTGTATATGTCAAGTCAATGCCAAAGAAAATTT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATGTACAGGGAAGTGGTGTATATGTCAAGTCAATGCCAAAGAAAATTT  794

seq1  CAACTTTATGCTAAAAATTACAATTTGGCCTATTGATGATTCAAAGTCTA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACTTTATGCTAAAAATTACAATTTGGCCTATTGATGATTCAAAGTCTA  844

seq1  TGGTCACAGCAAGTAATATGAAAATGGAACAGATGATACATGAAAAGCTC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTCACAGCAAGTAATATGAAAATGGAACAGATGATACATGAAAAGCTC  894

seq1  TTAGCAGTGTCTGACACACAGTCATTGTTAACCTAGCTATAGTTATCATT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGCAGTGTCTGACACACAGTCATTGTTAACCTAGCTATAGTTATCATT  944

seq1  GTGAATATCTGAGGTGTAATCTAAGGGGGACTGTGGTCATTAGACCTTGT  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGAATATCTGAGGTGTAATCTAAGGGGGACTGTGGTCATTAGACCTTGT  994

seq1  AGATATTACATTGATTTGATAAGATACACACAGTGCAGTGCAAAGTAGAC  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATATTACATTGATTTGATAAGATACACACAGTGCAGTGCAAAGTAGAC  1044

seq1  TTAGTATAGATAATGACTCCATTTTAAAGAAGAAAATGTAACTCAGTTTT  1100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGTATAGATAATGACTCCATTTTAAAGAAGAAAATGTAACTCAGTTTT  1094

seq1  GGTAGTAAAAAATTATATGAAATTTATAGCAAATATTTCTTTATGGATGG  1150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTAGTAAAAAATTATATGAAATTTATAGCAAATATTTCTTTATGGATGG  1144

seq1  CAGGATATTAGAGAATTC  1168
      ||||||||||||||||||
seq2  CAGGATATTAGAGAATTC  1162

seq1: chr9_68224275_68225172
seq2: B6Ng01-063A07.g_68_965

seq1  GAATTCCTTCAGTGACTAAAATTATTACTCATGCCTGAGGCAGAACATCC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTTCAGTGACTAAAATTATTACTCATGCCTGAGGCAGAACATCC  50

seq1  CATCTTTCACTGGCCTTACATGGAAGCTCTTCCCAACATTACATCAAGAT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCTTTCACTGGCCTTACATGGAAGCTCTTCCCAACATTACATCAAGAT  100

seq1  CTTTTCCTAGGACAACTCTTACATCCTGAGCCATTTCCCCAGCCCCTTTA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTTCCTAGGACAACTCTTACATCCTGAGCCATTTCCCCAGCCCCTTTA  150

seq1  TGCCCCAGTACAGGGAAACGCCAGGGCCAAAAAAGGGGAGTGGGTATGGG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCCCAGTACAGGGAAACGCCAGGGCCAAAAAAGGGGAGTGGGTATGGG  200

seq1  GGACTTTTGGGATAGCATTGGAAATGTAAACGAGGAAAATACCTAATTTT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACTTTTGGGATAGCATTGGAAATGTAAACGAGGAAAATACCTAATTTT  250

seq1  AAAAAAAGGAAAAAAAAAGAAGAAAACTAGAAAAAAAATTTTAATTAATT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAAAAGGAAAAAAAAAGAAGAAAACTAGAAAAAAAATTTTAATTAATT  300

seq1  AATTAATTAATTTTTGAGGCAGGGTCTCTTACCTGCCTGAAGCTCTCCAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTAATTAATTTTTGAGGCAGGGTCTCTTACCTGCCTGAAGCTCTCCAA  350

seq1  TTTGGCTAGACTGGTTGATGAACTCCAGGGATCCTTCTGTCTCTGCCTGG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGGCTAGACTGGTTGATGAACTCCAGGGATCCTTCTGTCTCTGCCTGG  400

seq1  GAATGCAAGCACATACCACCATACCTGTCTTTATTACTATTATTGTTTTT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATGCAAGCACATACCACCATACCTGTCTTTATTACTATTATTGTTTTT  450

seq1  GTTGGGTTTTGTTGATGTTGTCATTTTAACATAGATTCTGGGGCTACTGA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGGGTTTTGTTGATGTTGTCATTTTAACATAGATTCTGGGGCTACTGA  500

seq1  GGACCTTGTGTTTATATACTAGTATCTTCCTGACTGAGCTGTCTCCCAGA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACCTTGTGTTTATATACTAGTATCTTCCTGACTGAGCTGTCTCCCAGA  550

seq1  ACCCTGCTGTTATAAAGAACAAATGCAACAGTATACTCTAGTATCTTCCA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCTGCTGTTATAAAGAACAAATGCAACAGTATACTCTAGTATCTTCCA  600

seq1  CTGGATCTACCCTTCAAACAATGGTACTTACATGTTTTCCTCCAACAAAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGATCTACCCTTCAAACAATGGTACTTACATGTTTTCCTCCAACAAAA  650

seq1  CCAAAAAGGCAAATAAGAAAGGAGATGGCACTCACACCAAGGGCAGCCAC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAAAAGGCAAATAAGAAAGGAGATGGCACTCACACCAAGGGCAGCCAC  700

seq1  TCTGCTTCTCAGGACTCTGTTAGGCTCTTGTGATGATCTGATATCGAAAT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGCTTCTCAGGACTCTGTTAGGCTCTTGTGATGATCTGATATCGAAAT  750

seq1  TTTGCCACAGGATCTCTTTGAAGAGTCATCTGTGTGTGTGATTCAGAAGA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGCCACAGGATCTCTTTGAAGAGTCATCTGTGTGTGTGATTCAGAAGA  800

seq1  GGGCTCTCTTGTGGATTTTCTACCCCTGTCCTGTCTCCTTG-TTGTATTT  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||
seq2  GGGCTCTCTTGTGGATTTTCTACCCCTGTCCTGTCCCCTTGTTTGTATTT  850

seq1  CCTTAATGAATCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCT  898
      |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTT-ATGAATCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCT  898