BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-066N23
Chromosome9 (Build37)
Map Location 56,369,808 - 56,555,466
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC640537, Lingo1
Upstream geneIsl2, Zfp291, LOC664980, 4930563M21Rik, LOC664995, LOC665005, Rcn2, Pstpip1, Tspan3, C230081A13Rik, Hmg20a, LOC100039535, LOC100039549
Downstream geneOdf3l1, Cspg4, Sh3px3, Imp3, Snupn, Ptpn9, 2700012I20Rik, Sin3a, Man2c1, Neil1, Commd4, 1700041C23Rik, Trcg1, 1700017B05Rik, EG330948, Ppcdc, Scamp5, D9Wsu149, LOC620603, Rpp25, Cox5a, 2310046O06Rik, Mpi1, Scamp2, Ulk3, Cplx3, Lman1l, Csk, Cyp1a2, Cyp1a1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-066N23.bB6Ng01-066N23.g
ACCDH885927DH885928
length1,0461,026
definitionDH885927|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-066N23, 5' end.DH885928|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-066N23, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(56,369,808 - 56,370,856)(56,554,446 - 56,555,466)
sequence
gaattcaagaccagccttgtctacatagtgagttccaagatagtcaggat
tacatagtgagatcctgtgtcaagataaacaaacaaataaaagccattat
cattagtaatggggcaaattgagcacacgcacgcatcccaacagcctcaa
gggaagggtaccacttcatctctgagaacacaggatcagaaaaactgaaa
tcgagggacaaagaacaaaagagtcagcctgtaatctttacaagtgtcaa
ggtcacaaaagtagagattgaggaactgccaggggctgaaggcgactaaa
gacacttgacaactaaatcaaggagtggtcgaagatgagcctttccatgg
tgaaattggaaaggggtctatggattagatgccgttaggaacacaatgtc
ttgacttcatttgctcttgaatggtgcccctcccctaacatgcaccccga
cccagccttatgttgcactcctggagacagctgcacgggaagaaagcact
gtgtctttggggagggtgttctaaagcagctttgctcaccacggcccctt
ccttactcaggctgccctaacagaatgccacacccggaacatcagacttc
tgatgattctggaggctcacggcccagatcaaaggggcagctcggcttct
gatgaaacctttcttcctggccaagtcacggctgcttctctcagggtcct
catggtgccttggatgtgtgcagcctgggcctttccctcttctcctaagg
acactcatgacactctctaaccttaattaattccttaaatgtctgtctcc
aaataaagttacaccagatataagagctttgtttacacaccgtgagaggc
cacagcacagtcagtagtatgactcaaatactcgttgacagtggaataga
gtgactgtgaatagtggcatatctatacaagggaccactaagctgcaatg
agctggaatgaattactagttgagtcttgctagacatggataaagtttcc
catagattcctgagtaaagaatacagactaccaacaacaaaagcaa
gaattcatgtatgtgggctacaggcctgcttctgtgggtgtgacctttaa
acacgcatctctggggctatcttcagacaatgcttctgctcactaggtcc
tggcctgatgtgtgggtggatcagtcccttgggaaccttccagtgactcc
cacccaacactcatgccaatgacagagcaggagtccttgggtccacctca
tctgaggacctagtaagacaccggaatcttgctagataccccggcttcaa
acccctgaagtgtaagtaagctacctgctggcaagaaaggccagcaccca
tccagtcagccaggctgacttccgggagtagttgatcacttgggagaaag
gaacctggatggaagatatggggcagggttcaaggccaagcgtgtgtgtg
tgtgtgtgtgtgtgtgtacgcttacatgcacatgtttctgtgtgtgcttg
ctctgcacagtcatggagttccatggccatcttccagcataacccccagc
cttccatgggactctgaacttactcctctgggccggagattgctagtaca
tgtgctatttgtctcccccaatatttgatattgatatcgtcttaggctcc
tgctgagtctatgacccttaacccccagagagcccttgttcccagatgga
gcagccccaagtcttcagaatcgcgtgctagtgcagggattcttacagga
cactggtggtgattcttgcatgcatgtggaagcctggtccaggagtatct
gggcctgcccccccatacacacagcctgcttggggctgccccctctcacc
tccactgtatttacgtgtctatttttatgatttcaatttttaatgcctct
gctctttgaagacgcttaatgctttcgagtggaacattttccttccagga
cctgagcgcagatttgaggaccagagcaataaatcaactaataactggga
cctcattttctgctccacggcaaaaggttaaccctctgcctccccgtcct
cactcccttgcatccttgggggcggt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr9_56369808_56370856
seq2: B6Ng01-066N23.b_49_1094

seq1  GAATTCAAGACCAGCCTTGTCTACATAGTGAGTTCCAAGATAGTCAGGAT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAAGACCAGCCTTGTCTACATAGTGAGTTCCAAGATAGTCAGGAT  50

seq1  TACATAGTGAGATCCTGTGTCAAGATAAACAAACAAATAAAAGCCATTAT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACATAGTGAGATCCTGTGTCAAGATAAACAAACAAATAAAAGCCATTAT  100

seq1  CATTAGTAATGGGGCAAATTGAGCACACGCACGCATCCCAACAGCCTCAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTAGTAATGGGGCAAATTGAGCACACGCACGCATCCCAACAGCCTCAA  150

seq1  GGGAAGGGTACCACTTCATCTCTGAGAACACAGGATCAGAAAAACTGAAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAAGGGTACCACTTCATCTCTGAGAACACAGGATCAGAAAAACTGAAA  200

seq1  TCGAGGGACAAAGAACAAAAGAGTCAGCCTGTAATCTTTACAAGTGTCAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCGAGGGACAAAGAACAAAAGAGTCAGCCTGTAATCTTTACAAGTGTCAA  250

seq1  GGTCACAAAAGTAGAGATTGAGGAACTGCCAGGGGCTGAAGGCGACTAAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCACAAAAGTAGAGATTGAGGAACTGCCAGGGGCTGAAGGCGACTAAA  300

seq1  GACACTTGACAACTAAATCAAGGAGTGGTCGAAGATGAGCCTTTCCATGG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACACTTGACAACTAAATCAAGGAGTGGTCGAAGATGAGCCTTTCCATGG  350

seq1  TGAAATTGGAAAGGGGTCTATGGATTAGATGCCGTTAGGAACACAATGTC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAATTGGAAAGGGGTCTATGGATTAGATGCCGTTAGGAACACAATGTC  400

seq1  TTGACTTCATTTGCTCTTGAATGGTGCCCCTCCCCTAACATGCACCCCGA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGACTTCATTTGCTCTTGAATGGTGCCCCTCCCCTAACATGCACCCCGA  450

seq1  CCCAGCCTTATGTTGCACTCCTGGAGACAGCTGCACGGGAAGAAAGCACT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAGCCTTATGTTGCACTCCTGGAGACAGCTGCACGGGAAGAAAGCACT  500

seq1  GTGTCTTTGGGGAGGGTGTTCTAAAGCAGCTTTGCTCACCACGGCCCCTT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTCTTTGGGGAGGGTGTTCTAAAGCAGCTTTGCTCACCACGGCCCCTT  550

seq1  CCTTACTCAGGCTGCCCTAACAGAATGCCACACCCGGAACATCAGACTTC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTACTCAGGCTGCCCTAACAGAATGCCACACCCGGAACATCAGACTTC  600

seq1  TGATGATTCTGGAGGCTCACGGCCCAGATCAAAGGGGCAGCTCGGCTTCT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATGATTCTGGAGGCTCACGGCCCAGATCAAAGGGGCAGCTCGGCTTCT  650

seq1  GATGAAACCTTTCTTCCTGGCCAAGTCACGGCTGCTTCTCTCAGGGTCCT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGAAACCTTTCTTCCTGGCCAAGTCACGGCTGCTTCTCTCAGGGTCCT  700

seq1  CATGGTGCCTTGGATGTGTGCAGCCTGGGCCTTTCCCTCTTCTCCTAAGG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGGTGCCTTGGATGTGTGCAGCCTGGGCCTTTCCCTCTTCTCCTAAGG  750

seq1  ACACTCATGACACTCTCTAACCTTAATTAATTCCTTAAATGTCTGTCTCC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACTCATGACACTCTCTAACCTTAATTAATTCCTTAAATGTCTGTCTCC  800

seq1  AAATAAAGTTACACCAGATATAAGAGCTTTGTTTACACACCGTGAGAGGC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATAAAGTTACACCAGATATAAGAGCTTTGTTTACACACCGTGAGAGGC  850

seq1  CACAGCACAGTCAGTAGTATGACTCAAATACTCGTTGACAGTGGAATAGA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAGCACAGTCAGTAGTATGACTCAAATACTCGTTGACAGTGGAATAGA  900

seq1  GTGACTGTGAATAGTGGCATATCTATACAAGGGACCACTAAGCTGCAATG  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGACTGTGAATAGTGGCATATCTATACAAGGGACCACTAAGCTGCAATG  950

seq1  AGCTGGAATGAATTACTAGTTGAGTCTTGCTAGACATGGATAAAGTTTCC  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTGGAATGAATTACTAGTTGAGTCTTGCTAGACATGGATAAAGTTTCC  1000

seq1  CATAGATTCCTGAGTAAAGAATACAGACTAACCAAACAACAAAAAGCAA  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||  | |||||| ||||||||
seq2  CATAGATTCCTGAGTAAAGAATACAGACTA--CCAACAAC-AAAAGCAA  1046

seq1: chr9_56554446_56555466
seq2: B6Ng01-066N23.g_69_1093 (reverse)

seq1  CCGCCCCCAAGGCTGCCAGTGAGTGGAGCACGGCGAGGCAG-GGGTTAAC  49
      |||||||||||| ||| || |||| ||| |||| ||||||| ||||||||
seq2  CCGCCCCCAAGGATGCAAGGGAGT-GAGGACGGGGAGGCAGAGGGTTAAC  49

seq1  TCTCTGCCGTGGAGCAGAAAATGAGGTTCCAGTTATTAGTTGATTTATTG  99
        | ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTTGCCGTGGAGCAGAAAATGAGGTCCCAGTTATTAGTTGATTTATTG  99

seq1  CTCT-GTCCTC-AATCTGCGCTCAGGTCCTGGAAGG-AAATGTTCCACTC  146
      |||| |||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
seq2  CTCTGGTCCTCAAATCTGCGCTCAGGTCCTGGAAGGAAAATGTTCCACTC  149

seq1  GAAAGCATTAAGCGTCTTCAAAGAGCAGAGGCATTAAAAATTGAAATCAT  196
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAGCATTAAGCGTCTTCAAAGAGCAGAGGCATTAAAAATTGAAATCAT  199

seq1  -AAAATAGACACGTAAATACAGTGGAGGTGAGAGGGGGCAGCCCCAAGCA  245
       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAATAGACACGTAAATACAGTGGAGGTGAGAGGGGGCAGCCCCAAGCA  249

seq1  GGCTGTGTGTATGGGGGGGCAGGCCCAGATACTCCTGGACCAGGCTTCCA  295
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTGTGTGTATGGGGGGGCAGGCCCAGATACTCCTGGACCAGGCTTCCA  299

seq1  CATGCATGCAAGAATCACCACCAGTGTCCTGTAAGAATCCCTGCACTAGC  345
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGCATGCAAGAATCACCACCAGTGTCCTGTAAGAATCCCTGCACTAGC  349

seq1  ACGCGATTCTGAAGACTTGGGGCTGCTCCATCTGGGAACAAGGGCTCTCT  395
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACGCGATTCTGAAGACTTGGGGCTGCTCCATCTGGGAACAAGGGCTCTCT  399

seq1  GGGGGTTAAGGGTCATAGACTCAGCAGGAGCCTAAGACGATATCAATATC  445
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGGTTAAGGGTCATAGACTCAGCAGGAGCCTAAGACGATATCAATATC  449

seq1  AAATATTGGGGGAGACAAATAGCACATGTACTAGCAATCTCCGGCCCAGA  495
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATATTGGGGGAGACAAATAGCACATGTACTAGCAATCTCCGGCCCAGA  499

seq1  GGAGTAAGTTCAGAGTCCCATGGAAGGCTGGGGGTTATGCTGGAAGATGG  545
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGTAAGTTCAGAGTCCCATGGAAGGCTGGGGGTTATGCTGGAAGATGG  549

seq1  CCATGGAACTCCATGACTGTGCAGAGCAAGCACACACAGAAACATGTGCA  595
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATGGAACTCCATGACTGTGCAGAGCAAGCACACACAGAAACATGTGCA  599

seq1  TGTAAGCGTACACACACACACACACACACACACACGCTTGGCCTTGAACC  645
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTAAGCGTACACACACACACACACACACACACACGCTTGGCCTTGAACC  649

seq1  CTGCCCCATATCTTCCATCCAGGTTCCTTTCTCCCAAGTGATCAACTACT  695
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCCCCATATCTTCCATCCAGGTTCCTTTCTCCCAAGTGATCAACTACT  699

seq1  CCCGGAAGTCAGCCTGGCTGACTGGATGGGTGCTGGCCTTTCTTGCCAGC  745
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCGGAAGTCAGCCTGGCTGACTGGATGGGTGCTGGCCTTTCTTGCCAGC  749

seq1  AGGTAGCTTACTTACACTTCAGGGGTTTGAAGCCGGGGTATCTAGCAAGA  795
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTAGCTTACTTACACTTCAGGGGTTTGAAGCCGGGGTATCTAGCAAGA  799

seq1  TTCCGGTGTCTTACTAGGTCCTCAGATGAGGTGGACCCAAGGACTCCTGC  845
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCGGTGTCTTACTAGGTCCTCAGATGAGGTGGACCCAAGGACTCCTGC  849

seq1  TCTGTCATTGGCATGAGTGTTGGGTGGGAGTCACTGGAAGGTTCCCAAGG  895
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGTCATTGGCATGAGTGTTGGGTGGGAGTCACTGGAAGGTTCCCAAGG  899

seq1  GACTGATCCACCCACACATCAGGCCAGGACCTAGTGAGCAGAAGCATTGT  945
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTGATCCACCCACACATCAGGCCAGGACCTAGTGAGCAGAAGCATTGT  949

seq1  CTGAAGATAGCCCCAGAGATGCGTGTTTAAAGGTCACACCCACAGAAGCA  995
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAAGATAGCCCCAGAGATGCGTGTTTAAAGGTCACACCCACAGAAGCA  999

seq1  GGCCTGTAGCCCACATACATGAATTC  1021
      ||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCTGTAGCCCACATACATGAATTC  1025