BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-068E03
Chromosome9 (Build37)
Map Location 60,657,431 - 60,801,241
singlet/doubletdoublet
Overlap geneUaca, ENSMUSG00000052143
Upstream geneMyo9a, LOC100040361, Nr2e3, EG665389, Thsd4, LOC100039792, EG384942, Lrrc49, Larp6, LOC100040447
Downstream geneA430102L10, LOC100040481, Tle3, LOC100039851, Rplp1, Kif23
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-068E03.bB6Ng01-068E03.g
ACCDH886900DH886901
length1,1621,099
definitionDH886900|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-068E03, 5' end.DH886901|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-068E03, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(60,657,431 - 60,658,608)(60,800,114 - 60,801,241)
sequence
gaattcagcaggcaacttgaaggaggtggtttctctctcttccacatggg
ttcaagggattaaactcaagtcatcaggctcagcaccaagtgcctttaca
tgctgaggcatcttgcaattctggctgtattttctctgcatttgaatatg
taaacaaaataaagtctatatactatgaaccatttgaaggcaagttgtag
aattatatctcagcttaaatactacatcacatcccacttaaggacagctt
tagttagagagatggctcagcagttaagaccactggctgctcttccagag
ggcctgtgttgaattcccagtactcacatggaagctcacaactgcctgta
acttcagtttctgaggatctgactccctcttctggcctttgtcagcactg
cacacatgcagtgagcaaacacatgcaggccaaacacccacgtaaaacaa
aaacacatcttaaaaaagaaaaagcaaaagcaataggacccttatgtatc
tcccgtgtaaggcgctgtgtgaaactgtagctcaaagatgagaaaataga
aaggtggtgtaaataagagcccgaagacgtagtgaagcttgctctctcag
gctgtctttcaaagcctagccacgggaaggcatgccgtggatgattcctg
tcgtacctgtggacgttcatgctagctggtaatgtgtttttatattgact
cccttaaggcactataaataccacgatgcccagttaggcaggaaactgtg
tatctagccaataggtgtatgggtgctggtgctccttatagactctatag
ggagcagtcatgattactgactgggatgggtgtgaacaggatgttggtat
gtcaggcaggtggcctcagctgtgtgtgagctttggagctggctcctgtt
gggcctattactccagagtgattcctgcagccgaatgacatgaaacttca
gatggactccctagaaactgctgctgacagccatagcaacgccgactcgg
gctctgactctttgcgctggataagtaatgctttcctgtgtgcgggctga
cttgataggtgccgttggatggtcataatatatttcaagtatgggcctgt
gggagccagagaatctatgttgggagttggttccctggttgtatacccac
tgtattttggtt
gaattcccattgaagccatggtcatctccgatccactgacattacgctca
atatttttttataccttgctgctcagaagccactcattttgccatgtcta
taaattaatttttgagggtgtcaatcaactttctttactccagatttcat
tatttaaattttaggcaaataacattgtttcaatgtgcttgtctttgtag
gcttgtctcatctggtactcaccttctatctatgggagaagtctaaatgt
ttccattaaaataagattacatgcactagagtctgagacagatgaaaagg
gatccattgaatgagatggtggcacagtgatgtgacggtagtcatccact
agtagccacatgacctgccatccaaactcaacttgctaagttctaaggga
aatcagagccatgggggtgtctacacccaggaacaggatgctaacatttc
ctcctggaagagcagtgcacatggacctaacatggaatcccttaatgccg
aggccacagagaatgcatgcaggggcatcttgagacacaaacaagggatc
agtattttgagataacatgtgtgcagcaaatttaaaatgcttcctgaggg
tcccaggtctgtgtcctagttggtagaatgcttgtctagcattctcaatg
ccccgagtttgagtctcagcacagcctgaactgtgtgtggagtaagcctg
taatcccagagggaagaggtagacaggaagaccagagttcaaggtcatca
tcatctacaaagaaagtgcaggatagcttgggctggctttttataatgtg
tacttcctagactctggactacaagcaggccaagtgcttcagaagctgaa
tacaaaccaatgagcatctcagtggcattgccaagttatcatcctccact
attttcaagaatgggcccgactttaaatagtaagtgacatagaaccagac
accatagggtctactcagctctgtattcatccacccccaaacatcatgat
acccacactcggatctgcactgctcttcacatgttttgatttcttttctg
cttggaaaaacacgtgacaatgccactcagaaaaaaagatcgattggct
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr9_60657431_60658608
seq2: B6Ng01-068E03.b_45_1206

seq1  GAATTCAGCAGGCAACTTGAAGGAGGTGGTTTCTCTCTCTTCCACATGGG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGCAGGCAACTTGAAGGAGGTGGTTTCTCTCTCTTCCACATGGG  50

seq1  TTCAAGGGATTAAACTCAAGTCATCAGGCTCAGCACCAAGTGCCTTTACA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAAGGGATTAAACTCAAGTCATCAGGCTCAGCACCAAGTGCCTTTACA  100

seq1  TGCTGAGGCATCTTGCAATTCTGGCTGTATTTTCTCTGCATTTGAATATG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTGAGGCATCTTGCAATTCTGGCTGTATTTTCTCTGCATTTGAATATG  150

seq1  TAAACAAAATAAAGTCTATATACTATGAACCATTTGAAGGCAAGTTGTAG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAACAAAATAAAGTCTATATACTATGAACCATTTGAAGGCAAGTTGTAG  200

seq1  AATTATATCTCAGCTTAAATACTACATCACATCCCACTTAAGGACAGCTT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTATATCTCAGCTTAAATACTACATCACATCCCACTTAAGGACAGCTT  250

seq1  TAGTTAGAGAGATGGCTCAGCAGTTAAGACCACTGGCTGCTCTTCCAGAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTTAGAGAGATGGCTCAGCAGTTAAGACCACTGGCTGCTCTTCCAGAG  300

seq1  GGCCTGTGTTGAATTCCCAGTACTCACATGGAAGCTCACAACTGCCTGTA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCTGTGTTGAATTCCCAGTACTCACATGGAAGCTCACAACTGCCTGTA  350

seq1  ACTTCAGTTTCTGAGGATCTGACTCCCTCTTCTGGCCTTTGTCAGCACTG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTCAGTTTCTGAGGATCTGACTCCCTCTTCTGGCCTTTGTCAGCACTG  400

seq1  CACACATGCAGTGAGCAAACACATGCAGGCCAAACACCCACGTAAAACAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACATGCAGTGAGCAAACACATGCAGGCCAAACACCCACGTAAAACAA  450

seq1  AAACACATCTTAAAAAAGAAAAAGCAAAAGCAATAGGACCCTTATGTATC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACACATCTTAAAAAAGAAAAAGCAAAAGCAATAGGACCCTTATGTATC  500

seq1  TCCCGTGTAAGGCGCTGTGTGAAACTGTAGCTCAAAGATGAGAAAATAGA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCGTGTAAGGCGCTGTGTGAAACTGTAGCTCAAAGATGAGAAAATAGA  550

seq1  AAGGTGGTGTAAATAAGAGCCCGAAGACGTAGTGAAGCTTGCTCTCTCAG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGTGGTGTAAATAAGAGCCCGAAGACGTAGTGAAGCTTGCTCTCTCAG  600

seq1  GCTGTCTTTCAAAGCCTAGCCACGGGAAGGCATGCCGTGGATGATTCCTG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGTCTTTCAAAGCCTAGCCACGGGAAGGCATGCCGTGGATGATTCCTG  650

seq1  TCGTACCTGTGGACGTTCATGCTAGCTGGTAATGTGTTTTTATATTGACT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCGTACCTGTGGACGTTCATGCTAGCTGGTAATGTGTTTTTATATTGACT  700

seq1  CCCTTAAGGCACTATAAATACCAGGATGCCCAGTTAGGCAGGAAACTGTG  750
      ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTTAAGGCACTATAAATACCACGATGCCCAGTTAGGCAGGAAACTGTG  750

seq1  TATCTAGCCAATAGGTGTAGGGGTGCTGGTGCTCCTTATAGACTCTATAG  800
      ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCTAGCCAATAGGTGTATGGGTGCTGGTGCTCCTTATAGACTCTATAG  800

seq1  GGAGCAGTCATGATTACTGACTGGGATGGGTGTGAACAGGATGTTGGTAT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGCAGTCATGATTACTGACTGGGATGGGTGTGAACAGGATGTTGGTAT  850

seq1  GTCAGGCAGGTGGCCTCAGGCTGTGTGTGAGCTTTGGAGCTGGCTCCTGT  900
      |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCAGGCAGGTGGCCTCA-GCTGTGTGTGAGCTTTGGAGCTGGCTCCTGT  899

seq1  TGGGCCTATTACTCCAGAGTGAATTCCTGCAGCCGAATGACATGAAACTT  950
      ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGCCTATTACTCCAGAGTG-ATTCCTGCAGCCGAATGACATGAAACTT  948

seq1  CAGATGGACTCCCTAGGAAACTGCTGCCTGACAGCCATAGCAACGCCGTA  1000
      ||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||| |
seq2  CAGATGGACTCCCTA-GAAACTGCTG-CTGACAGCCATAGCAACGCCG-A  995

seq1  CTCCGTGGCTCTGACTCTTTGCGCTGTGATAAGTAAATGCTTTCCTGTGT  1050
      |||   |||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||
seq2  CTC--GGGCTCTGACTCTTTGCGCTG-GATAAGT-AATGCTTTCCTGTGT  1041

seq1  GTGGGCTGACTTGTATGTGTGCGTTTGTGTGGTGCGATAATATATTTTCA  1100
      | ||||||||||| ||  ||||  |||  ||||   |||||||| |||||
seq2  GCGGGCTGACTTG-ATAGGTGCCGTTGGATGGT--CATAATATA-TTTCA  1087

seq1  TGTATGTGCGCCTGTGGGGGCCAGAG-ATCTATGTTGGGTGTCTGTCTCC  1149
       |||  || ||||||||| ||||||| |||||||||||| || ||  |||
seq2  AGTA--TGGGCCTGTGGGAGCCAGAGAATCTATGTTGGGAGT-TGGTTCC  1134

seq1  CTGTGTGATTACCCACTTGTATTTTGGTT  1178
      |||  ||  ||||||| ||||||||||||
seq2  CTGGTTGTATACCCAC-TGTATTTTGGTT  1162

seq1: chr9_60800114_60801241
seq2: B6Ng01-068E03.g_67_1165 (reverse)

seq1  AGCCAAATCGATCTTTTCTTCTCCTGAGTTGCCTGTGGTCA-GTGTTTTC  49
      |||| |||||||||||| ||   |||||| ||   | |||| ||||||| 
seq2  AGCC-AATCGATCTTTTTTT---CTGAGTGGC--ATTGTCACGTGTTTT-  43

seq1  TCACAGCAAGGAAAAGAAAATCAGAATACATGGTGAAGGAGCAGTTGCAG  99
      ||  ||||  |||||| |||||  || |||| ||||| |||||| |||||
seq2  TCCAAGCA--GAAAAG-AAATC--AAAACAT-GTGAA-GAGCAG-TGCAG  85

seq1  ATTCCGAGTGTTGGGTATCATGGATGTTTGGGGGGTGGGATGAAATACAG  149
      | |||||||| |||||||||| ||||||||||||   ||||| |||||||
seq2  A-TCCGAGTG-TGGGTATCAT-GATGTTTGGGGG--TGGATG-AATACAG  129

seq1  AGCTGAGTAGACCCTATGGTGTTCTGGTTTCTATTGTTCACTTACTATTT  199
      ||||||||||||||||||||| ||||| ||||||   |||||||||| ||
seq2  AGCTGAGTAGACCCTATGGTG-TCTGG-TTCTAT--GTCACTTACTA-TT  174

seq1  TAAAGTCGGGGCCCATTTCTTGAAAAATAGTGGAGGATGATAACTTGGCA  249
      ||||||| ||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAGTC-GGGCCCA-TTCTTG-AAAATAGTGGAGGATGATAACTTGGCA  221

seq1  ATGCCACTGAGATGCTCATTGGTTTGTATTCAGCTTCTGGAAGCACTTGG  299
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
seq2  ATGCCACTGAGATGCTCATTGGTTTGTATTCAGCTTCT-GAAGCACTTGG  270

seq1  CCTGCTTGTAGTCCAGAGTCTAGGAAGTACACATTATAAAAAGCCAGCCC  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGCTTGTAGTCCAGAGTCTAGGAAGTACACATTATAAAAAGCCAGCCC  320

seq1  AAGCTATCCTGCACTTTCTTTGTAGATGATGATGACCTTGAACTCTGGTC  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCTATCCTGCACTTTCTTTGTAGATGATGATGACCTTGAACTCTGGTC  370

seq1  TTCCTGTCTACCTCTTCCCTCTGGGATTACAGGCTTACTCCACACACAGT  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCTGTCTACCTCTTCCCTCTGGGATTACAGGCTTACTCCACACACAGT  420

seq1  TCAGGCTGTGCTGAGACTCAAACTCGGGGCATTGAGAATGCTAGACAAGC  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGGCTGTGCTGAGACTCAAACTCGGGGCATTGAGAATGCTAGACAAGC  470

seq1  ATTCTACCAACTAGGACACAGACCTGGGACCCTCAGGAAGCATTTTAAAT  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCTACCAACTAGGACACAGACCTGGGACCCTCAGGAAGCATTTTAAAT  520

seq1  TTGCTGCACACATGTTATCTCAAAATACTGATCCCTTGTTTGTGTCTCAA  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCTGCACACATGTTATCTCAAAATACTGATCCCTTGTTTGTGTCTCAA  570

seq1  GATGCCCCTGCATGCATTCTCTGTGGCCTCGGCATTAAGGGATTCCATGT  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGCCCCTGCATGCATTCTCTGTGGCCTCGGCATTAAGGGATTCCATGT  620

seq1  TAGGTCCATGTGCACTGCTCTTCCAGGAGGAAATGTTAGCATCCTGTTCC  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGTCCATGTGCACTGCTCTTCCAGGAGGAAATGTTAGCATCCTGTTCC  670

seq1  TGGGTGTAGACACCCCCATGGCTCTGATTTCCCTTAGAACTTAGCAAGTT  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGTGTAGACACCCCCATGGCTCTGATTTCCCTTAGAACTTAGCAAGTT  720

seq1  GAGTTTGGATGGCAGGTCATGTGGCTACTAGTGGATGACTACCGTCACAT  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTTTGGATGGCAGGTCATGTGGCTACTAGTGGATGACTACCGTCACAT  770

seq1  CACTGTGCCACCATCTCATTCAATGGATCCCTTTTCATCTGTCTCAGACT  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTGTGCCACCATCTCATTCAATGGATCCCTTTTCATCTGTCTCAGACT  820

seq1  CTAGTGCATGTAATCTTATTTTAATGGAAACATTTAGACTTCTCCCATAG  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGTGCATGTAATCTTATTTTAATGGAAACATTTAGACTTCTCCCATAG  870

seq1  ATAGAAGGTGAGTACCAGATGAGACAAGCCTACAAAGACAAGCACATTGA  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGAAGGTGAGTACCAGATGAGACAAGCCTACAAAGACAAGCACATTGA  920

seq1  AACAATGTTATTTGCCTAAAATTTAAATAATGAAATCTGGAGTAAAGAAA  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAATGTTATTTGCCTAAAATTTAAATAATGAAATCTGGAGTAAAGAAA  970

seq1  GTTGATTGACACCCTCAAAAATTAATTTATAGACATGGCAAAATGAGTGG  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGATTGACACCCTCAAAAATTAATTTATAGACATGGCAAAATGAGTGG  1020

seq1  CTTCTGAGCAGCAAGGTATAAAAAAATATTGAGCGTAATGTCAGTGGATC  1099
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCTGAGCAGCAAGGTATAAAAAAATATTGAGCGTAATGTCAGTGGATC  1070

seq1  GGAGATGACCATGGCTTCAATGGGAATTC  1128
      |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGATGACCATGGCTTCAATGGGAATTC  1099