BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-069J21
Chromosome9 (Build37)
Map Location 101,629,566 - 101,822,471
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneStag1, LOC100040990, Pccb, LOC100041013, LOC100040707, Msl2l1, 3222402P14Rik, LOC100041065, EG382099
Downstream geneEphb1, 9630041A04Rik, Ky, LOC664843, Cep63, Anapc13, Amotl2, EG434510, Ryk
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-069J21.bB6Ng01-069J21.g
ACCDH887873DH887874
length1,1881,053
definitionDH887873|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-069J21, 5' end.DH887874|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-069J21, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(101,629,566 - 101,630,784)(101,821,408 - 101,822,471)
sequence
gaattcctgcagtttagtgaagtaaagtgttacaaacaacagctaagagt
ggatgtgcatttcaagttgtgggagtgctaattttaaattttttgttcca
gaaaaggattatagaaatgtaaaacaaaaatatttcgacttgaaaaatac
ttcgtaattatatgtcataaaataattaggtcatggcaaattagcacaaa
tgtttacagcaaaattgccatgtaaaacattatcggtaatattatgctaa
ttgcttcagaagcaaaagctgattatgtttcggcaggattaaaatttgcc
acgtttgcatttctcttcggtgtcacccattttccatgtgagcaccaaac
ctgtgattactatagaaatcaaactgcccatttgaagagggacctttctt
ccaaataccaagccagcgcattaaagaaagggagattcctgggggaaaac
ttacccatcttgttggggcacagcaaggtgggcagctgaattatgtgctc
tgaggggcagacctggaacaccagatcctgctggagtggcatctcaagga
atctcccaagccttaatgagcatccgagtctgttaaaatacagctgttac
cagcacatctggaataagccaatcctaacaatcctaacaagatctcaggg
atgctggcatatctggtctatggatcatgctttgagtaatctgctctggg
gttgcaaattcaaatatctttggaacaaagataaacaacaacaaaagatt
gagctgggagagtctgaaatgctaggccctgtattgaacaagaggatgag
ctgtccagttaaaggaatcctagggcaactgatggaagaggagagaagac
atagaagaaggaccatcctgctgtctgggtgtgtaagcccaaattccaat
tttatggactcaatcctaagtcagcttgcacagaatacttgtttcagtca
tatctgactaggcatctaggactggcttctcttgcactcaaggaacatgc
tggactgggaacaacctggcattatagagcacacattgcctttgacttga
cttcactggtcctataaggagacaaatcttcttttgtttgttgttgtttc
cgcactactagagatgatcccgagctccattctcggtgcgacaggggaga
tctatgtgttcaggagcagctcgaagtccttcccctca
gaattcatgacaagcactctatcaactgagccacattcttgggtcaagag
cttcacttttttaatataataatttactatttgagatctcatgcacacac
acatatacatatgtacatatgtatatataatatatattgtgaatagctat
ccttcactttcttactccccctggaacctcccatatcctcctcccacatt
ttgttctttactttttataacccattgagtccagacactgctgcttataa
gtacagagatatagagccatccactggtccttaggcaacttaccagtggt
cacatccttgaagaaaaatgactctctagcagccatcaactgccaatagc
tccccagatatgggtggaagcttatgagcccctccctcaattgtgatagg
atgttaactggcttggttctgtcaaggtagccatagctcctgagggcaaa
agaaaatcccatatcacatctagaacttaaaacctgtgtagaacttaaaa
acctagcttgtgggctaacaagccaaactaacaggatgcaatttgcaacc
ttgcagtgcggtgcagggtgttgttcacacaaaggagacaacaaagagtc
agcaggtgtggtctgataggcatgtggttctgagaacggacacggcttgt
gtgggggaagccttagagacacccgtctcctcctgttccctctctgccac
tccaacactctcaaggaggaaggaaggcttatgaagagaacacggagagc
agtgtctatggagacaggattctaggactactagggtggaggtgagtgag
acagcagacaagagggacaactacactgttccacaagaagggcagaattc
caataactctgtctgttctaagaagatttttgtgaagtacctggggattt
ttatcatcatttcaaaaaataatgtctttgtcaccaactagatgaggata
cattagtctcataaatgacgtaagggaagctgcatggaaacctgcagcac
atgggctcaatactcaaagagattgagaccacagcaggctgatctctgga
gcc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr9_101629566_101630784
seq2: B6Ng01-069J21.b_47_1234

seq1  GAATTCCTGCAGTTTAGTGAAGTAAAGTGTTACAAACAACAGCTAAGAGT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTGCAGTTTAGTGAAGTAAAGTGTTACAAACAACAGCTAAGAGT  50

seq1  GGATGTGCATTTCAAGTTGTGGGAGTGCTAATTTTAAATTTTTTGTTCCA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATGTGCATTTCAAGTTGTGGGAGTGCTAATTTTAAATTTTTTGTTCCA  100

seq1  GAAAAGGATTATAGAAATGTAAAACAAAAATATTTCGACTTGAAAAATAC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAAGGATTATAGAAATGTAAAACAAAAATATTTCGACTTGAAAAATAC  150

seq1  TTCGTAATTATATGTCATAAAATAATTAGGTCATGGCAAATTAGCACAAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCGTAATTATATGTCATAAAATAATTAGGTCATGGCAAATTAGCACAAA  200

seq1  TGTTTACAGCAAAATTGCCATGTAAAACATTATCGGTAATATTATGCTAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTTACAGCAAAATTGCCATGTAAAACATTATCGGTAATATTATGCTAA  250

seq1  TTGCTTCAGAAGCAAAAGCTGATTATGTTTCGGCAGGATTAAAATTTGCC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCTTCAGAAGCAAAAGCTGATTATGTTTCGGCAGGATTAAAATTTGCC  300

seq1  ACGTTTGCATTTCTCTTCGGTGTCACCCATTTTCCATGTGAGCACCAAAC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACGTTTGCATTTCTCTTCGGTGTCACCCATTTTCCATGTGAGCACCAAAC  350

seq1  CTGTGATTACTATAGAAATCAAACTGCCCATTTGAAGAGGGACCTTTCTT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTGATTACTATAGAAATCAAACTGCCCATTTGAAGAGGGACCTTTCTT  400

seq1  CCAAATACCAAGCCAGCGCATTAAAGAAAGGGAGATTCCTGGGGGAAAAC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAATACCAAGCCAGCGCATTAAAGAAAGGGAGATTCCTGGGGGAAAAC  450

seq1  TTACCCATCTTGTTGGGGCACAGCAAGGTGGGCAGCTGAATTATGTGCTC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACCCATCTTGTTGGGGCACAGCAAGGTGGGCAGCTGAATTATGTGCTC  500

seq1  TGAGGGGCAGACCTGGAACACCAGATCCTGCTGGAGTGGCATCTCAAGGA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGGGGCAGACCTGGAACACCAGATCCTGCTGGAGTGGCATCTCAAGGA  550

seq1  ATCTCCCAAGCCTTAATGAGCATCCGAGTCTGTTAAAATACAGCTGTTAC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTCCCAAGCCTTAATGAGCATCCGAGTCTGTTAAAATACAGCTGTTAC  600

seq1  CAGCACATCTGGAATAAGCCAATCCTAACAATCCTAACAAGATCTCAGGG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCACATCTGGAATAAGCCAATCCTAACAATCCTAACAAGATCTCAGGG  650

seq1  ATGCTGGCATATCTGGTCTATGGATCATGCTTTGAGTAATCTGCTCTGGG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCTGGCATATCTGGTCTATGGATCATGCTTTGAGTAATCTGCTCTGGG  700

seq1  GTTGCAAATTCAAATATCTTTGGAACAAAGATAAACAACAACAAAAGATT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGCAAATTCAAATATCTTTGGAACAAAGATAAACAACAACAAAAGATT  750

seq1  GAGCTGGGAGAGTCTGAAATGCTAGGCCCTGTATTGAACAAGAGGATGAG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCTGGGAGAGTCTGAAATGCTAGGCCCTGTATTGAACAAGAGGATGAG  800

seq1  CTGTCCAGTTAAAGGAATCCTAGGGCAACTGATGGAAGAGGAGAGAAGAC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTCCAGTTAAAGGAATCCTAGGGCAACTGATGGAAGAGGAGAGAAGAC  850

seq1  ATAGAAGAAGGACCATCCTGCTGTCTGGGTGTGTAAGCCCAAAATTCCAA  900
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
seq2  ATAGAAGAAGGACCATCCTGCTGTCTGGGTGTGTAAGCCC-AAATTCCAA  899

seq1  TTTTATGGACTCAATCCTAAGTCAGCTTGCACAGAAATAACTTGTTTCAG  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||   |||||||||||
seq2  TTTTATGGACTCAATCCTAAGTCAGCTTGCACAGAA--TACTTGTTTCAG  947

seq1  GTCCATATCTGACTAGGCATCTAGGACCTGGCTTCCTCTGCCACTCAAGG  1000
         ||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||  |||||||||
seq2  --TCATATCTGACTAGGCATCTAGGA-CTGGCTT-CTCTTGCACTCAAGG  993

seq1  AACAATGCTGGACTGGGAAACAAACCTGGCATTATTAGAAGCACACATTG  1050
      ||| |||||||||||||||   |||||||||||| ||| |||||||||||
seq2  AAC-ATGCTGGACTGGGAA--CAACCTGGCATTA-TAG-AGCACACATTG  1038

seq1  CCTTTGAACTTGACTCAACTGGGTCCCTATAAGGAGACAAAATCTTCCTT  1100
      |||||| ||||||||  |||||   ||||||||||||| ||||||||  |
seq2  CCTTTG-ACTTGACTTCACTGG--TCCTATAAGGAGAC-AAATCTTC--T  1082

seq1  TTTGTTTGTTTGTTTGTTTTCAGCAACATACTAGAGATGATTCACGAAGC  1150
      |||||||| |||||   |||| |||   |||||||||||| || || |||
seq2  TTTGTTTG-TTGTT--GTTTCCGCA--CTACTAGAGATGA-TCCCG-AGC  1125

seq1  TCCCAATGTCTCCTGTTGCAGCAGGGGAGTTCATATGTGTTCAG--GCAG  1198
      |||  || ||||  | |||  |||||||| || |||||||||||  ||||
seq2  TCC--AT-TCTC--GGTGCGACAGGGGAGATC-TATGTGTTCAGGAGCAG  1169

seq1  CGTCAGACTCCTTCCCTCTCA  1219
      | ||  | |||||||| ||||
seq2  C-TCGAAGTCCTTCCC-CTCA  1188

seq1: chr9_101821408_101822471
seq2: B6Ng01-069J21.g_70_1122 (reverse)

seq1  GGCTGCAGAGCTCAGCCTGCTGTGGGTCTTCACATCTCTTTGGGTATTGG  50
      |||| ||||| |||||||||||| |||| ||| ||||||||| |||||| 
seq2  GGCTCCAGAGATCAGCCTGCTGT-GGTC-TCA-ATCTCTTTGAGTATTGA  47

seq1  GCCCATGTGCTGCAGGTCTCCATTGCAGCCTTCCCTTTACGTCATTTTTA  100
      ||||||||||||||||| |||| ||||| |||||| ||||||||  ||||
seq2  GCCCATGTGCTGCAGGTTTCCA-TGCAG-CTTCCC-TTACGTCA--TTTA  92

seq1  TGGGACTTAATGTATCCTCATCTAGTTGGTGACAAAGACATTATTTTTTG  150
      || ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGAC-TAATGTATCCTCATCTAGTTGGTGACAAAGACATTATTTTTTG  141

seq1  AAATGATGATAAAAATCCCCAGGTTACTTCACAAAGATCCTCTTAGAACA  200
      ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||| ||||||||||
seq2  AAATGATGATAAAAATCCCCAGG-TACTTCACAAAAATCTTCTTAGAACA  190

seq1  GACAGAGTTATTGGAATTCTGCCCTTCTTGTGGAACAGTGTAGTTTGTCC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
seq2  GACAGAGTTATTGGAATTCTGCCCTTCTTGTGGAACAGTGTAG-TTGTCC  239

seq1  CTCTTGTCTGCTGTCTCACTCACCTCCACCCTAGTAGTCCTAGAATCCTG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTTGTCTGCTGTCTCACTCACCTCCACCCTAGTAGTCCTAGAATCCTG  289

seq1  TCTCCATAGACACTGCTCTCCGTGTTCTCTTCATAAGCCTTCCTTCCTCC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCCATAGACACTGCTCTCCGTGTTCTCTTCATAAGCCTTCCTTCCTCC  339

seq1  TTGAGAGTGTTGGAGTGGCAGAGAGGGAACAGGAGGAGACGGGTGTCTCT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAGAGTGTTGGAGTGGCAGAGAGGGAACAGGAGGAGACGGGTGTCTCT  389

seq1  AAGGCTTCCCCCACACAAGCCGTGTCCGTTCTCAGAACCACATGCCTATC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGCTTCCCCCACACAAGCCGTGTCCGTTCTCAGAACCACATGCCTATC  439

seq1  AGACCACACCTGCTGACTCTTTGTTGTCTCCTTTGTGTGAACAACACCCT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACCACACCTGCTGACTCTTTGTTGTCTCCTTTGTGTGAACAACACCCT  489

seq1  GCACCGCACTGCAAGGTTGCAAATTGCATCCTGTTAGTTTGGCTTGTTAG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACCGCACTGCAAGGTTGCAAATTGCATCCTGTTAGTTTGGCTTGTTAG  539

seq1  CCCACAAGCTAGGTTTTTAAGTTCTACACAGGTTTTAAGTTCTAGATGTG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCACAAGCTAGGTTTTTAAGTTCTACACAGGTTTTAAGTTCTAGATGTG  589

seq1  ATATGGGATTTTCTTTTGCCCTCAGGAGCTATGGCTACCTTGACAGAACC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATGGGATTTTCTTTTGCCCTCAGGAGCTATGGCTACCTTGACAGAACC  639

seq1  AAGCCAGTTAACATCCTATCACAATTGAGGGAGGGGCTCATAAGCTTCCA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCCAGTTAACATCCTATCACAATTGAGGGAGGGGCTCATAAGCTTCCA  689

seq1  CCCATATCTGGGGAGCTATTGGCAGTTGATGGCTGCTAGAGAGTCATTTT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCATATCTGGGGAGCTATTGGCAGTTGATGGCTGCTAGAGAGTCATTTT  739

seq1  TCTTCAAGGATGTGACCACTGGTAAGTTGCCTAAGGACCAGTGGATGGCT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTCAAGGATGTGACCACTGGTAAGTTGCCTAAGGACCAGTGGATGGCT  789

seq1  CTATATCTCTGTACTTATAAGCAGCAGTGTCTGGACTCAATGGGTTATAA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATATCTCTGTACTTATAAGCAGCAGTGTCTGGACTCAATGGGTTATAA  839

seq1  AAAGTAAAGAACAAAATGTGGGAGGAGGATATGGGAGGTTCCAGGGGGAG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGTAAAGAACAAAATGTGGGAGGAGGATATGGGAGGTTCCAGGGGGAG  889

seq1  TAAGAAAGTGAAGGATAGCTATTCACAATATATATTATATATACATATGT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGAAAGTGAAGGATAGCTATTCACAATATATATTATATATACATATGT  939

seq1  ACATATGTATATGTGTGTGTGCATGAGATCTCAAATAGTAAATTATTATA  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATATGTATATGTGTGTGTGCATGAGATCTCAAATAGTAAATTATTATA  989

seq1  TTAAAAAAGTGAAGCTCTTGACCCAAGAATGTGGCTCAGTTGATAGAGTG  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAAAAAGTGAAGCTCTTGACCCAAGAATGTGGCTCAGTTGATAGAGTG  1039

seq1  CTTGTCATGAATTC  1064
      ||||||||||||||
seq2  CTTGTCATGAATTC  1053