BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-071D15
Chromosome9 (Build37)
Map Location 63,028,677 - 63,181,238
singlet/doubletdoublet
Overlap geneMap2k5
Upstream geneSpesp1, LOC100039897, Anp32a, Coro2b, Itga11, EG665478, Fem1b, Cln6, Calml4, Pias1, LOC100039976, Ppia-ps9_818.1, Lbxcor1
Downstream gene2300009A05Rik, Iqch, LOC621763, 2310007F21Rik, Smad3, LOC100040009, Smad6, 2600006L11Rik, Lctl, Zwilch, Rpl4, Snapc5, Map2k1, Uchl4, Tipin, Dis3l
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-071D15.bB6Ng01-071D15.g
ACCDH888984DH888985
length9391,100
definitionDH888984|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-071D15, 5' end.DH888985|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-071D15, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(63,180,300 - 63,181,238)(63,028,677 - 63,029,790)
sequence
gaattcacctttcaatctatgttcaccttgaaaccagaggagtttttctg
cctcaatcttcagagtgttaggattgtagatgtgaacaaccatgtccaac
tctaccttaacagaaactgtgggtgctgtgcctgtgcaccatgtgcatgc
agtgcctctggagcccagaagagggcatcagatgccttgaactggagtta
caggtggtcatgagcctctttgtgggtgttgggaatggaacctagatgct
ctgtaagaacagccagtgctctcaacccctgggccatttctctagcccat
ggccctctctttttattcttttatgctttggataaaagctggatgacgct
ttttggtttttcatgccaagacttgaaactaagaccccacccgtgttaaa
catgcgctctacctccgagtgctgctctcccttccctttaaactagattt
gcaaggctggatgctggcatgtcagtgggatcagtttcctcctgttactt
tcagtgtataagtcattctttggcatgggggaatgaccatttgttagact
gagcttattaacccacatggtgttcctaggtcataattactgattcaagc
cccactgccgaggtctttctaaacagcttggctttctccttctgtaaaat
gaggatgattaagctctctgtccgtccactggtagcataagattgatgaa
gctctgttaaggaatcatattttgtttcttggatgaaagacattttgtaa
aggccatgaatcaaagtgttattatttaagcttatgacataatggactat
ctgtggagagaccacagtggaagctctggttggttgcttgtgtctttaca
gtaagcagaattatcaaattgggagtcatttatggaaatacaaagactta
actatttctcagactctgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgt
gaattcttctgaatgcatcagtcacaagttctgtgcaagcatttctttta
tgtctgtcaggttggttctgaggaaacaaactaaggtaacaagtttgccc
agtgtgggtatcagagtatggtactctcccttatgatccaagctgagttt
cacatttgtgcataaatagtgataaatgcacacacagaacccccccaccc
ccatcctgtgaggcctggcccattggctactccatttacaaagtctcccc
agatgcccagagccaaaggaaaccctttcttctctcagaactcattttac
ccatcaaataaattcctattatttcaggtcggtagacatttgctgactgt
tggtctcaggtgaggctggatgctaaagatacaaagagggtgataaatag
gacttgatctgtcctctaggaaccatgatctggtctgtgaccaggtacag
tggtgtgaagggtaacatgctagagaaagctcccttcttaactgcagcag
gcctggaagacagcaggagcagaatcctggtggctcagtaagaaagagtt
gcccatgtggctggggagtgggctgtggcatagcacaggacagtgctcca
ggcacgcagagactgccagtggctgaggcaagggaaggggagacaggagg
gctgggtacaccatcagctccttcaagagtggctgattaatcctcactct
cctgctgggccgcaagctgacctgagtcaggacccaggggccacatgatg
cccctcacccccaaggctgggtggggcactgtgtgctgagttggggctca
gacgaaagcctggcgagtgctcactgaaattctcactctgcctctccaca
gctgagaaagctcacgaaacagcccgcacctgggcacacgcaggagccta
taatcttgctggccctgacagcccgccatgcctgcctcaagtgcttaacc
cacttttcaggagcccagcccaggctctggagaagacctttccagcatct
gcagcttctggggttgctgtctgtcttctgaagctggagggagatcattc
agaggcaggctgtgctaaaaaaatcatgttaattaaaaatagaaactgga

quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr9_63180300_63181238
seq2: B6Ng01-071D15.b_45_983 (reverse)

seq1  ACACACACACACACACACACACAGAGTCTGAGAAATAGTTAAGTCTTTGT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACACACACACACACACACACAGAGTCTGAGAAATAGTTAAGTCTTTGT  50

seq1  ATTTCCATAAATGACTCCCAATTTGATAATTCTGCTTACTGTAAAGACAC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTCCATAAATGACTCCCAATTTGATAATTCTGCTTACTGTAAAGACAC  100

seq1  AAGCAACCAACCAGAGCTTCCACTGTGGTCTCTCCACAGATAGTCCATTA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCAACCAACCAGAGCTTCCACTGTGGTCTCTCCACAGATAGTCCATTA  150

seq1  TGTCATAAGCTTAAATAATAACACTTTGATTCATGGCCTTTACAAAATGT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCATAAGCTTAAATAATAACACTTTGATTCATGGCCTTTACAAAATGT  200

seq1  CTTTCATCCAAGAAACAAAATATGATTCCTTAACAGAGCTTCATCAATCT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTCATCCAAGAAACAAAATATGATTCCTTAACAGAGCTTCATCAATCT  250

seq1  TATGCTACCAGTGGACGGACAGAGAGCTTAATCATCCTCATTTTACAGAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGCTACCAGTGGACGGACAGAGAGCTTAATCATCCTCATTTTACAGAA  300

seq1  GGAGAAAGCCAAGCTGTTTAGAAAGACCTCGGCAGTGGGGCTTGAATCAG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGAAAGCCAAGCTGTTTAGAAAGACCTCGGCAGTGGGGCTTGAATCAG  350

seq1  TAATTATGACCTAGGAACACCATGTGGGTTAATAAGCTCAGTCTAACAAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATTATGACCTAGGAACACCATGTGGGTTAATAAGCTCAGTCTAACAAA  400

seq1  TGGTCATTCCCCCATGCCAAAGAATGACTTATACACTGAAAGTAACAGGA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTCATTCCCCCATGCCAAAGAATGACTTATACACTGAAAGTAACAGGA  450

seq1  GGAAACTGATCCCACTGACATGCCAGCATCCAGCCTTGCAAATCTAGTTT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAACTGATCCCACTGACATGCCAGCATCCAGCCTTGCAAATCTAGTTT  500

seq1  AAAGGGAAGGGAGAGCAGCACTCGGAGGTAGAGCGCATGTTTAACACGGG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGGGAAGGGAGAGCAGCACTCGGAGGTAGAGCGCATGTTTAACACGGG  550

seq1  TGGGGTCTTAGTTTCAAGTCTTGGCATGAAAAACCAAAAAGCGTCATCCA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGGTCTTAGTTTCAAGTCTTGGCATGAAAAACCAAAAAGCGTCATCCA  600

seq1  GCTTTTATCCAAAGCATAAAAGAATAAAAAGAGAGGGCCATGGGCTAGAG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTTTATCCAAAGCATAAAAGAATAAAAAGAGAGGGCCATGGGCTAGAG  650

seq1  AAATGGCCCAGGGGTTGAGAGCACTGGCTGTTCTTACAGAGCATCTAGGT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATGGCCCAGGGGTTGAGAGCACTGGCTGTTCTTACAGAGCATCTAGGT  700

seq1  TCCATTCCCAACACCCACAAAGAGGCTCATGACCACCTGTAACTCCAGTT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCATTCCCAACACCCACAAAGAGGCTCATGACCACCTGTAACTCCAGTT  750

seq1  CAAGGCATCTGATGCCCTCTTCTGGGCTCCAGAGGCACTGCATGCACATG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGGCATCTGATGCCCTCTTCTGGGCTCCAGAGGCACTGCATGCACATG  800

seq1  GTGCACAGGCACAGCACCCACAGTTTCTGTTAAGGTAGAGTTGGACATGG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCACAGGCACAGCACCCACAGTTTCTGTTAAGGTAGAGTTGGACATGG  850

seq1  TTGTTCACATCTACAATCCTAACACTCTGAAGATTGAGGCAGAAAAACTC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTTCACATCTACAATCCTAACACTCTGAAGATTGAGGCAGAAAAACTC  900

seq1  CTCTGGTTTCAAGGTGAACATAGATTGAAAGGTGAATTC  939
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTGGTTTCAAGGTGAACATAGATTGAAAGGTGAATTC  939

seq1: chr9_63028677_63029790
seq2: B6Ng01-071D15.g_67_1166

seq1  GAATTCTTCTGAATGCATCAGTCACAAGTTCTGTGCAAGCATTTCTTTTA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTCTGAATGCATCAGTCACAAGTTCTGTGCAAGCATTTCTTTTA  50

seq1  TGTCTGTCAGGTTGGTTCTGAGGAAACAAACTAAGGTAACAAGTTTGCCC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCTGTCAGGTTGGTTCTGAGGAAACAAACTAAGGTAACAAGTTTGCCC  100

seq1  AGTGTGGGTATCAGAGTATGGTACTCTCCCTTATGATCCAAGCTGAGTTT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGTGGGTATCAGAGTATGGTACTCTCCCTTATGATCCAAGCTGAGTTT  150

seq1  CACATTTGTGCATAAATAGTGATAAATGCACACACAGAACCCCCCCACCC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACATTTGTGCATAAATAGTGATAAATGCACACACAGAACCCCCCCACCC  200

seq1  CCATCCTGTGAGGCCTGGCCCATTGGCTACTCCATTTACAAAGTCTCCCC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATCCTGTGAGGCCTGGCCCATTGGCTACTCCATTTACAAAGTCTCCCC  250

seq1  AGATGCCCAGAGCCAAAGGAAACCCTTTCTTCTCTCAGAACTCATTTTAC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATGCCCAGAGCCAAAGGAAACCCTTTCTTCTCTCAGAACTCATTTTAC  300

seq1  CCATCAAATAAATTCCTATTATTTCAGGTCGGTAGACATTTGCTGACTGT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATCAAATAAATTCCTATTATTTCAGGTCGGTAGACATTTGCTGACTGT  350

seq1  TGGTCTCAGGTGAGGCTGGATGCTAAAGATACAAAGAGGGTGATAAATAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTCTCAGGTGAGGCTGGATGCTAAAGATACAAAGAGGGTGATAAATAG  400

seq1  GACTTGATCTGTCCTCTAGGAACCATGATCTGGTCTGTGACCAGGTACAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTTGATCTGTCCTCTAGGAACCATGATCTGGTCTGTGACCAGGTACAG  450

seq1  TGGTGTGAAGGGTAACATGCTAGAGAAAGCTCCCTTCTTAACTGCAGCAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTGTGAAGGGTAACATGCTAGAGAAAGCTCCCTTCTTAACTGCAGCAG  500

seq1  GCCTGGAAGACAGCAGGAGCAGAATCCTGGTGGCTCAGTAAGAAAGAGTT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTGGAAGACAGCAGGAGCAGAATCCTGGTGGCTCAGTAAGAAAGAGTT  550

seq1  GCCCATGTGGCTGGGGAGTGGGCTGTGGCATAGCACAGGACAGTGCTCCA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCATGTGGCTGGGGAGTGGGCTGTGGCATAGCACAGGACAGTGCTCCA  600

seq1  GGCACGCAGAGACTGCCAGTGGCTGAGGCAAGGGAAGGGGAGACAGGAGG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCACGCAGAGACTGCCAGTGGCTGAGGCAAGGGAAGGGGAGACAGGAGG  650

seq1  GCTGGGTACACCATCAGCTCCTTCAAGAGTGGCTGATTAATCCTCACTCT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGGGTACACCATCAGCTCCTTCAAGAGTGGCTGATTAATCCTCACTCT  700

seq1  CCTGCTGGGCCGCAAGCTGACCTGAGTCAGGACCCAGGGGCCACATGATG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGCTGGGCCGCAAGCTGACCTGAGTCAGGACCCAGGGGCCACATGATG  750

seq1  CCCCTCACCCCCAAGGCTGGGTGGGGCACTGTGTGCTGAGTTGGGGCTCA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCTCACCCCCAAGGCTGGGTGGGGCACTGTGTGCTGAGTTGGGGCTCA  800

seq1  GGACGAAAGCCTGGCGAGTGCTCACTGAAATTCTCACTCTGCCTCTCCAC  850
       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  -GACGAAAGCCTGGCGAGTGCTCACTGAAATTCTCACTCTGCCTCTCCAC  849

seq1  AGCTGAGAAAGCTCAGGAAACAGCCCGCACCTGGGCACACGCAGGAGCCT  900
      ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTGAGAAAGCTCACGAAACAGCCCGCACCTGGGCACACGCAGGAGCCT  899

seq1  ATAATCTTGCTGGCCCTGACAGCCCGCCATGCCTGCCTCAAGTGCTTAAC  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAATCTTGCTGGCCCTGACAGCCCGCCATGCCTGCCTCAAGTGCTTAAC  949

seq1  CCACTTTTCAGGAGCCCAGCCCAGGCTCTGGAGAAAGACCTTTCCAGCAT  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
seq2  CCACTTTTCAGGAGCCCAGCCCAGGCTCTGGAG-AAGACCTTTCCAGCAT  998

seq1  CTGCCAGCTTCTGGGGTTGCCTGTCTGTCTTCTGAAAGCTGGAGGGAGAT  1050
      ||| ||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||
seq2  CTG-CAGCTTCTGGGGTTG-CTGTCTGTCTTCTG-AAGCTGGAGGGAGAT  1045

seq1  CATTCCAGAGGCAAGGCTGTGGCTTAAAAAAAAATCATGTTTAATTTAAA  1100
      |||| ||||||| ||||||| |||   |||||||||||| ||||||  ||
seq2  CATT-CAGAGGC-AGGCTGT-GCT---AAAAAAATCATG-TTAATT--AA  1086

seq1  AATTAGAAACTGGA  1114
      || |||||||||||
seq2  AAATAGAAACTGGA  1100