BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-071P08
Chromosome9 (Build37)
Map Location 85,005,564 - 85,158,050
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneBckdhb, EG666669, LOC666672
Downstream geneBC023892, Ibtk, 4933431K14Rik, EG434426, 9330154J02Rik, Tpbg
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-071P08.bB6Ng01-071P08.g
ACCDH889511DH889512
length1,1621,076
definitionDH889511|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-071P08, 5' end.DH889512|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-071P08, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(85,005,564 - 85,006,748)(85,156,956 - 85,158,050)
sequence
gaattcatacactttctcagaggaacaaagctgggtaactgcgagctcta
gccaattcagtcactacattttggtcggagtcaataaaatgtgtctaggt
tggagtagtattgtaaatcacggaaaacgttttcgataaagccattcctc
tgtccctgctagttatttgatgataaactgctttgtcttcccatagctca
gtttcttctgagaaatagacctggcagcacctatcttcttaggtaaggat
caaataggattgtattaagttaacaatacaacagtcctggtcctgtgggt
catggtaactcctactgtcttctcaaagaaataaagtagaatcacatact
tatataacattacacttctgggataaagacaaatagcaggagaatgctca
taaatgtcaccctgacagacaatgagtgatgccttgtgagtctgtcttct
ccattgctgactaatccaatgggatttgctttatatgtactgaaatccag
gatttcttcctacagatacttagtgtaggcatcttatgtctgagtcactc
agaggatttcaagtctgatgaggtacttgcccagagactgccccaaccta
gaaacttctagggcccagataagtctggggagggctggagagagatggct
aagccactaagactgtacaacactctctgatgagacctgagctcagatcc
ctgcaatacttttaggaacttcacaagctcatgtcaccccagctccaaaa
gggatcagatggccctgtcctatgtggggactcgcacacgtgcgtacact
cacacacataaatcagtactgtggattctacaggtagtcatgggctgcta
gaaagtccttgagaagggcaggcaacatgagtcactgcgcccccaggtgc
cttttcctgcaaaggtgggcaacagtgccacttacacagaagacaaaaag
tgtgactcactcttctaattgagactcctttcctgagcagaatgagacaa
gagcaaagctctatgatctttggcagcttttttttttgtggctctattta
ttttcaaatagaataaagtaacgaatagagggacttgtttttagagaggt
ttagataagaaaatgccttggggtgggggaaccctgtatctaagtagaaa
gcacctcctgct
gaattcttacatatgactaatagaaatacttaatggaagaagcatttggg
ggaaagagtctggcagtgccttgcacactgcattacagtttagcattcaa
cgccaccattctataatgtgtattcttggaaaaataaaagtatgcattta
tgcaaaaatattaaatgaatcaccataacatttttagccataatagccct
aaactgttttcttatgacagactgtttttcaataataaaagaggaccgca
aatgaatctcacaggcattgtgcagaccacaagcagccagatgcaaggag
cacacactcagtctatgtgtgattcttggaggaaccaaaccaatttaggc
aaagagaagccaatcagtggagactggatcccgacctaaggctgctgaat
gactgcgaggagatgtcagaaactgtaggggttagtggcaatgttctctg
ttttcaacactgatgaatgttagtcacacaagtgaatactttatctaaac
ccattcttgcaatgcatactttatccatgtatgtgaaatgagtatactga
tcgtatgtaaatttctctcaataaagttgagaattacaaaacaaaaaact
tacgaggtgctgcctaaatacagcctactacttctttagagcttatgaga
agtacccagtgtctggaactttcaaactataaacatgctttaatttaatc
tgctaaattaaccataattgaatgtttttatttcattagttaataaggtc
cctgttagggttaaatagcttccacaatctttctcagtcattaaggttag
agacctctgtcttccataaccctgtgttttctgtttctcttactggcaat
tcctctgttccttgtggtgcaatctaattaataccaacaattattcctta
aagccaaaagcacattactttgggaggcttgatcttgtcgcatctacttt
cagatacatagattagatgagggagagggctcccattggaggagctagag
aagacccaagagctagggatctcaccctaagtgacaacatatgactacag
taccctgatctctttgactcttgctg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr9_85005564_85006748
seq2: B6Ng01-071P08.b_44_1205

seq1  GAATTCATACACTTTCTCAGAGGAACAAAGCTGGGTAACTGCGAGCTCTA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATACACTTTCTCAGAGGAACAAAGCTGGGTAACTGCGAGCTCTA  50

seq1  GCCAATTCAGTCACTACATTTTGGTCGGAGTCAATAAAATGTGTCTAGGT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCAATTCAGTCACTACATTTTGGTCGGAGTCAATAAAATGTGTCTAGGT  100

seq1  TGGAGTAGTATTGTAAATCACGGAAAACGTTTTCGATAAAGCCATTCCTC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAGTAGTATTGTAAATCACGGAAAACGTTTTCGATAAAGCCATTCCTC  150

seq1  TGTCCCTGCTAGTTATTTGATGATAAACTGCTTTGTCTTCCCATAGCTCA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCCCTGCTAGTTATTTGATGATAAACTGCTTTGTCTTCCCATAGCTCA  200

seq1  GTTTCTTCTGAGAAATAGACCTGGCAGCACCTATCTTCTTAGGTAAGGAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTCTTCTGAGAAATAGACCTGGCAGCACCTATCTTCTTAGGTAAGGAT  250

seq1  CAAATAGGATTGTATTAAGTTAACAATACAACAGTCCTGGTCCTGTGGGT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAATAGGATTGTATTAAGTTAACAATACAACAGTCCTGGTCCTGTGGGT  300

seq1  CATGGTAACTCCTACTGTCTTCTCAAAGAAATAAAGTAGAATCACATACT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGGTAACTCCTACTGTCTTCTCAAAGAAATAAAGTAGAATCACATACT  350

seq1  TATATAACATTACACTTCTGGGATAAAGACAAATAGCAGGAGAATGCTCA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATATAACATTACACTTCTGGGATAAAGACAAATAGCAGGAGAATGCTCA  400

seq1  TAAATGTCACCCTGACAGACAATGAGTGATGCCTTGTGAGTCTGTCTTCT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAATGTCACCCTGACAGACAATGAGTGATGCCTTGTGAGTCTGTCTTCT  450

seq1  CCATTGCTGACTAATCCAATGGGATTTGCTTTATATGTACTGAAATCCAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATTGCTGACTAATCCAATGGGATTTGCTTTATATGTACTGAAATCCAG  500

seq1  GATTTCTTCCTACAGATACTTAGTGTAGGCATCTTATGTCTGAGTCACTC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTTCTTCCTACAGATACTTAGTGTAGGCATCTTATGTCTGAGTCACTC  550

seq1  AGAGGATTTCAAGTCTGATGAGGTACTTGCCCAGAGACTGCCCCAACCTA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGGATTTCAAGTCTGATGAGGTACTTGCCCAGAGACTGCCCCAACCTA  600

seq1  GAAACTTCTAGGGCCCAGATAAGTCTGGGGAGGGCTGGAGAGAGATGGCT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAACTTCTAGGGCCCAGATAAGTCTGGGGAGGGCTGGAGAGAGATGGCT  650

seq1  AAGCCACTAAGACTGTACAACACTCTCTGATGAGACCTGAGCTCAGATCC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCCACTAAGACTGTACAACACTCTCTGATGAGACCTGAGCTCAGATCC  700

seq1  CTGCAATACTTTTAGGAACTTCACAAGCTCATGTCACCCCAGCTCCAAAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCAATACTTTTAGGAACTTCACAAGCTCATGTCACCCCAGCTCCAAAA  750

seq1  GGGATCAGATGGCCCTGTCCTATGTGGGGACTCGCACACGTGCGTACACT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGATCAGATGGCCCTGTCCTATGTGGGGACTCGCACACGTGCGTACACT  800

seq1  CACACACATAAATCAGTACTGTGGATTCTACAGGTAGTCATGGGCTGCTA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACACATAAATCAGTACTGTGGATTCTACAGGTAGTCATGGGCTGCTA  850

seq1  GAAAGTCCTTGAGAAGGGCAGGCAACATGAGTCACTGCGCCCCCAGGTGC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAGTCCTTGAGAAGGGCAGGCAACATGAGTCACTGCGCCCCCAGGTGC  900

seq1  CTTTTCCTGCAAAGGTGGGCAACAGGTGCCACTTACACAGAAGACAAAAA  950
      |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||
seq2  CTTTTCCTGCAAAGGTGGGCAACA-GTGCCACTTACACAGAAGAC-AAAA  948

seq1  AGTGTGACTCACTCTTCTAATTGAGAACTCCTTTCCTGAGCAGGAATTGA  1000
      ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||  | |||
seq2  AGTGTGACTCACTCTTCTAATTGAG-ACTCCTTTCCTGAGCAG--AATGA  995

seq1  GACAAGAGGCAAAGGCTCTATTGATTCTTTGGCAGCTTTTTTTTTTTTTT  1050
      ||||||| ||||| |||||| ||| |||||||||||          ||||
seq2  GACAAGA-GCAAA-GCTCTA-TGA-TCTTTGGCAGC----------TTTT  1031

seq1  TTTTTTTTGGCTCTATTTATCTCCAAATTAGATAAAGTAACCGAAATAGA  1100
      |||||| ||||||||||||| | |||||   ||||||||||   ||||||
seq2  TTTTTTGTGGCTCTATTTATTTTCAAATAGAATAAAGTAAC--GAATAGA  1079

seq1  GGGAC-TGTTTCTAGAGAGGTTTAGATAAGAAAAAGGCTTGGGGTGGGGG  1149
      ||||| ||||| |||||||||||||||||||||| | |||||||||||||
seq2  GGGACTTGTTTTTAGAGAGGTTTAGATAAGAAAATGCCTTGGGGTGGGGG  1129

seq1  GAACCTGTATCTAAAGTAGGACAAGCACCTTCTGCT  1185
       | ||||||||| ||||||   |||||||| |||||
seq2  AACCCTGTATCT-AAGTAG--AAAGCACCTCCTGCT  1162

seq1: chr9_85156956_85158050
seq2: B6Ng01-071P08.g_68_1143 (reverse)

seq1  CAGCTAGAGTC-AAGAGCTCAGGGGTACTGGTTAGTTCATAATGTTGTTC  49
      |||| |||||| ||||| ||| ||||||||  ||| |||| |||||||  
seq2  CAGCAAGAGTCAAAGAGATCA-GGGTACTG--TAG-TCAT-ATGTTGT--  43

seq1  CACCTATAGGGTTGAAGATCCCTTTAGCTCCTTGGGTACTTTCTCTAGCT  99
      |||   ||||||   |||||||  ||||| |||||||   ||||||||||
seq2  CAC--TTAGGGT--GAGATCCC--TAGCT-CTTGGGT--CTTCTCTAGCT  84

seq1  CCTCCATTGGGAGCCCTTCTCCCTCATTCTTAATCTATGTATCTGAAAGT  149
      |||||| ||||||||| ||||||||||   ||||||||||||||||||||
seq2  CCTCCAATGGGAGCCC-TCTCCCTCAT--CTAATCTATGTATCTGAAAGT  131

seq1  AGATGCGACAAGATCAAGCCTCCCAAAGTAATGTGCTTTTGGCTTTAAGG  199
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATGCGACAAGATCAAGCCTCCCAAAGTAATGTGCTTTTGGCTTTAAGG  181

seq1  AATAATTGTTGGTATTAATTTAGATTGCACCACAAGGAACAGAGGAATTG  249
      |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAATTGTTGGTATTAA-TTAGATTGCACCACAAGGAACAGAGGAATTG  230

seq1  CCAGTAAGAGAAACAGAAAACACAGGGTTATGGAAGACAGAGGTCTCTAA  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGTAAGAGAAACAGAAAACACAGGGTTATGGAAGACAGAGGTCTCTAA  280

seq1  CCTTAATGACTGAGAAAGATTGTGGAAGCTATTTAACCCTAACAGGGACC  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTAATGACTGAGAAAGATTGTGGAAGCTATTTAACCCTAACAGGGACC  330

seq1  TTATTAACTAATGAAATAAAAACATTCAATTATGGTTAATTTAGCAGATT  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATTAACTAATGAAATAAAAACATTCAATTATGGTTAATTTAGCAGATT  380

seq1  AAATTAAAGCATGTTTATAGTTTGAAAGTTCCAGACACTGGGTACTTCTC  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATTAAAGCATGTTTATAGTTTGAAAGTTCCAGACACTGGGTACTTCTC  430

seq1  ATAAGCTCTAAAGAAGTAGTAGGCTGTATTTAGGCAGCACCTCGTAAGTT  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAGCTCTAAAGAAGTAGTAGGCTGTATTTAGGCAGCACCTCGTAAGTT  480

seq1  TTTTGTTTTGTAATTCTCAACTTTATTGAGAGAAATTTACATACGATCAG  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTGTTTTGTAATTCTCAACTTTATTGAGAGAAATTTACATACGATCAG  530

seq1  TATACTCATTTCACATACATGGATAAAGTATGCATTGCAAGAATGGGTTT  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATACTCATTTCACATACATGGATAAAGTATGCATTGCAAGAATGGGTTT  580

seq1  AGATAAAGTATTCACTTGTGTGACTAACATTCATCAGTGTTGAAAACAGA  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATAAAGTATTCACTTGTGTGACTAACATTCATCAGTGTTGAAAACAGA  630

seq1  GAACATTGCCACTAACCCCTACAGTTTCTGACATCTCCTCGCAGTCATTC  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACATTGCCACTAACCCCTACAGTTTCTGACATCTCCTCGCAGTCATTC  680

seq1  AGCAGCCTTAGGTCGGGATCCAGTCTCCACTGATTGGCTTCTCTTTGCCT  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAGCCTTAGGTCGGGATCCAGTCTCCACTGATTGGCTTCTCTTTGCCT  730

seq1  AAATTGGTTTGGTTCCTCCAAGAATCACACATAGACTGAGTGTGTGCTCC  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATTGGTTTGGTTCCTCCAAGAATCACACATAGACTGAGTGTGTGCTCC  780

seq1  TTGCATCTGGCTGCTTGTGGTCTGCACAATGCCTGTGAGATTCATTTGCG  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCATCTGGCTGCTTGTGGTCTGCACAATGCCTGTGAGATTCATTTGCG  830

seq1  GTCCTCTTTTATTATTGAAAAACAGTCTGTCATAAGAAAACAGTTTAGGG  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCTCTTTTATTATTGAAAAACAGTCTGTCATAAGAAAACAGTTTAGGG  880

seq1  CTATTATGGCTAAAAATGTTATGGTGATTCATTTAATATTTTTGCATAAA  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATTATGGCTAAAAATGTTATGGTGATTCATTTAATATTTTTGCATAAA  930

seq1  TGCATACTTTTATTTTTCCAAGAATACACATTATAGAATGGTGGCGTTGA  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCATACTTTTATTTTTCCAAGAATACACATTATAGAATGGTGGCGTTGA  980

seq1  ATGCTAAACTGTAATGCAGTGTGCAAGGCACTGCCAGACTCTTTCCCCCA  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCTAAACTGTAATGCAGTGTGCAAGGCACTGCCAGACTCTTTCCCCCA  1030

seq1  AATGCTTCTTCCATTAAGTATTTCTATTAGTCATATGTAAGAATTC  1095
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGCTTCTTCCATTAAGTATTTCTATTAGTCATATGTAAGAATTC  1076