BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-072G16
Chromosome9 (Build37)
Map Location 42,660,572 - 42,799,128
singlet/doubletdoublet
Overlap geneGrik4, Arhgef12, LOC545339
Upstream gene6720432D03Rik, Sorl1, Sc5d, Tecta, Tbcel
Downstream geneTmem136, Pou2f3, LOC628726, Oaf, D630033O11Rik, Trim29, LOC384931, Pvrl1, LOC100042548
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-072G16.bB6Ng01-072G16.g
ACCDH889841DH889842
length1,2801,119
definitionDH889841|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-072G16, 5' end.DH889842|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-072G16, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(42,660,572 - 42,661,839)(42,797,997 - 42,799,128)
sequence
gaattctttgttgtggtaggatctggaaagaaccagtatgaaatgcgcat
gcgaaactcttaacatggttcgtagcacacaggaaactgttgataaatgt
gcatctatcattaataagccatgtcacactgccagtctcctgcagaagta
aagctggcagagatccttctagaaccccgagggcagtcatcgtattctgt
tacattctacaagaaacatgctcaccccagactagacaagcaggtgtggc
ctggaggtaggctcggagaggacaagagaggccagggcccttccacacta
ctcacacacagtgatggcgttccgatgtggacccggaggctcatcgtgga
ccccaaattaccacttaccctagcatcctcacctcaagcctgcttttagg
gctcatggttagcatggaatgtagaacagacacacaagagccctttccta
agcacaatggagacactggggatgcagaggcaaccgaccaggacataggc
acagcctgctcgttgccagaagccagggacaggaagagagggtgattgac
aactttaggttcctgggagagaacagactgcactcggaagaggggcacag
aacataatatctcccggttcacagcttcccccaatccaaagttgtgggca
gctggcaatctggctgaaaagattagttttcagccagaccagtttcaatg
gtccaggcaccctgagacagtgagcaggttagagggcacagtgtacgtca
cctgaccatgggctgcaaagtcctccccttggaccacacaagtgcccctt
cagagctcaagggcttcctgccccagctgctgggtttaacgccacatagg
ttcccagcattcctgggacagaaatacatagactgtctcctctatgtgcc
atctgattcagagatacatatcagtcattctttgtatgcttaaggccagc
ataagccatgtgcacaagtacacacacacacacacacacacacacacaca
cacacacatctacacacgcactgtattaatgctgctccacactcctagtc
aattttctctgtgcctacttgggcttgcaaaacacagccgaacatccacc
cctacaccagagtaatggacttccacactttgtgtggaccatggtgctct
caaagctacccaaccaacagccaacccacatggacagggatgcctttttc
tctcggctgtgagaattgtgaatttccaaacaaaggtcaagtctcaccgc
gaagctgtggtttcccctgtggacatgaga
gaattcaaaaaaagtcagtgggacgctttaaggttatgttgtagacatag
attatcaagaatgagctaaatttaaggagactagctgagcaacaggcagt
gtgaaatgagagcacaggtaggacttaggtcacccatgtacaggtcacag
accattatcgaggggggtcaaagcaggagctcagtacagtcagtcccatc
acacctactgcggagcggagagagtgaggcttctatgcccttcctctgtg
cgcatcaagccttctcctgctctatatggccccagaccgctgcctaggga
atagtgctgcccatgatgtgctgggtcctacagtcagtctgttaacagga
cagcccctccccagtatgcccacacaccaacctgttacaggcgtttactc
aactgagactctttccccaggtgattctaagttgtggcaagttgacatca
cagttcccctaacgtgtacgtaacaagtatgtgacatagatgctgtatcc
tctgctatcactatggcttgatttcaataaatatcttctttttgatgaca
atgagatttagtaaagttacagaatgactccagaaatgaggttttatggg
ccaatatagaaaatttaatctactgttacttcagaagagtgcttaaggct
atctgttattagattttactgtattctggtgttataagttcatattgtaa
atgagttttgggagtatctgttaattaacttcctaatatacttctgaatg
atacttttcattattctgctgcataggaaatttcatgaatcagtttggtt
cttagagacataccatcctttctaaacactaaatttattacataatacat
ttgctacctaatggtcccatggaatgagtctaaataaagcaacattctgt
acctcttttccctcctctgcctagattgtctacactgagagagctcatgt
ccgacactgaaggttctgaccagtattctatcagcgagtgtcagagaagg
attctatcaccttcagaactacgcaggatttttcaacttgggagattcct
tcactttcatggtagcaaagttggctgggaccggttgtgtctcatttctg
tagaaagaagactgggtaa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr9_42660572_42661839
seq2: B6Ng01-072G16.b_42_1321

seq1  GAATTCTTTGTTGTGGTAGGATCTGGAAAGAACCAGTATGAAATGCGCAT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTTGTTGTGGTAGGATCTGGAAAGAACCAGTATGAAATGCGCAT  50

seq1  GCGAAACTCTTAACATGGTTCGTAGCACACAGGAAACTGTTGATAAATGT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCGAAACTCTTAACATGGTTCGTAGCACACAGGAAACTGTTGATAAATGT  100

seq1  GCATCTATCATTAATAAGCCATGTCACACTGCCAGTCTCCTGCAGAAGTA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATCTATCATTAATAAGCCATGTCACACTGCCAGTCTCCTGCAGAAGTA  150

seq1  AAGCTGGCAGAGATCCTTCTAGAACCCCGAGGGCAGTCATCGTATTCTGT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCTGGCAGAGATCCTTCTAGAACCCCGAGGGCAGTCATCGTATTCTGT  200

seq1  TACATTCTACAAGAAACATGCTCACCCCAGACTAGACAAGCAGGTGTGGC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACATTCTACAAGAAACATGCTCACCCCAGACTAGACAAGCAGGTGTGGC  250

seq1  CTGGAGGTAGGCTCGGAGAGGACAAGAGAGGCCAGGGCCCTTCCACACTA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGAGGTAGGCTCGGAGAGGACAAGAGAGGCCAGGGCCCTTCCACACTA  300

seq1  CTCACACACAGTGATGGCGTTCCGATGTGGACCCGGAGGCTCATCGTGGA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCACACACAGTGATGGCGTTCCGATGTGGACCCGGAGGCTCATCGTGGA  350

seq1  CCCCAAATTACCACTTACCCTAGCATCCTCACCTCAAGCCTGCTTTTAGG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCAAATTACCACTTACCCTAGCATCCTCACCTCAAGCCTGCTTTTAGG  400

seq1  GCTCATGGTTAGCATGGAATGTAGAACAGACACACAAGAGCCCTTTCCTA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCATGGTTAGCATGGAATGTAGAACAGACACACAAGAGCCCTTTCCTA  450

seq1  AGCACAATGGAGACACTGGGGATGCAGAGGCAACCGACCAGGACATAGGC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCACAATGGAGACACTGGGGATGCAGAGGCAACCGACCAGGACATAGGC  500

seq1  ACAGCCTGCTCGTTGCCAGAAGCCAGGGACAGGAAGAGAGGGTGATTGAC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGCCTGCTCGTTGCCAGAAGCCAGGGACAGGAAGAGAGGGTGATTGAC  550

seq1  AACTTTAGGTTCCTGGGAGAGAACAGACTGCACTCGGAAGAGGGGCACAG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTTTAGGTTCCTGGGAGAGAACAGACTGCACTCGGAAGAGGGGCACAG  600

seq1  AACATAATATCTCCCGGTTCACAGCTTCCCCCAATCCAAAGTTGTGGGCA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACATAATATCTCCCGGTTCACAGCTTCCCCCAATCCAAAGTTGTGGGCA  650

seq1  GCTGGCAATCTGGCTGAAAAGATTAGTTTTCAGCCAGACCAGTTTCAATG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGGCAATCTGGCTGAAAAGATTAGTTTTCAGCCAGACCAGTTTCAATG  700

seq1  GTCCAGGCACCCTGAGACAGTGAGCAGGTTAGAGGGCACAGTGTACGTCA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCAGGCACCCTGAGACAGTGAGCAGGTTAGAGGGCACAGTGTACGTCA  750

seq1  CCTGACCATGGGCTGCAAAGTCCTCCCCTTGGACCACACAAGTGCCCCTT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGACCATGGGCTGCAAAGTCCTCCCCTTGGACCACACAAGTGCCCCTT  800

seq1  CAGAGCTCAAGGGCTTCCTGCCCCAGCTGCTGGG-TTAACGCCACATAGG  849
      |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
seq2  CAGAGCTCAAGGGCTTCCTGCCCCAGCTGCTGGGTTTAACGCCACATAGG  850

seq1  TTCCCAGCATTCCTGGGACAGAAATACATAGACTGTCTCCTCTATGTGCC  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCCAGCATTCCTGGGACAGAAATACATAGACTGTCTCCTCTATGTGCC  900

seq1  ATCTGATTCAGAGATACATATCAGTCATTCTTTGTATGCTTAAGGCCAGC  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTGATTCAGAGATACATATCAGTCATTCTTTGTATGCTTAAGGCCAGC  950

seq1  ATAAGCCATGTGCACAAGTACACACACACACACACACACACACACACACA  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAGCCATGTGCACAAGTACACACACACACACACACACACACACACACA  1000

seq1  CACACACATCTACACACGCACTGTATATATGCTGCTCCACACTCCTAGTC  1049
      ||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||
seq2  CACACACATCTACACACGCACTGTATTAATGCTGCTCCACACTCCTAGTC  1050

seq1  AATTTTCTCTGTG-CTACTT-GGCTTGCAGATCACAGCCGTACATCCA-C  1096
      ||||||||||||| |||||| |||||||| | |||||||| ||||||| |
seq2  AATTTTCTCTGTGCCTACTTGGGCTTGCAAAACACAGCCGAACATCCACC  1100

seq1  CCTACA-CAGATTAAT-GACTTCCACACCTT-TGTGGAGCATTGTGTCTT  1143
      |||||| |||| |||| ||||||||||| || |||||| ||| ||| || 
seq2  CCTACACCAGAGTAATGGACTTCCACACTTTGTGTGGACCATGGTG-CTC  1149

seq1  CAAAAGCTCACCAA-CATCAGCCAA-CCACATGGACAGTGATGCC-CTTT  1190
        ||||||  |||| || ||||||| |||||||||||| ||||||  |||
seq2  TCAAAGCTACCCAACCAACAGCCAACCCACATGGACAGGGATGCCTTTTT  1199

seq1  CCCTCGGCTG-AAGTATGTGGAATTCCCAAGACATAGGTTCTAGTCCCAG  1239
      | ||||||||  || ||   ||||| |||| ||| ||| || |||| || 
seq2  CTCTCGGCTGTGAGAATTGTGAATTTCCAA-ACAAAGG-TCAAGTCTCAC  1247

seq1  CTGAGAGCTGT-GTTTCCC---TGGACATGAGA  1268
      |    |||||| |||||||   |||||||||||
seq2  CGCGAAGCTGTGGTTTCCCCTGTGGACATGAGA  1280

seq1: chr9_42797997_42799128
seq2: B6Ng01-072G16.g_68_1186 (reverse)

seq1  TTACACAGTCTTCTCTCTACTAGAAATGTAGACACAA-CGGTCACAAGCC  49
      |||| ||||||||| ||||| ||||||| |||||||| ||||| | ||||
seq2  TTACCCAGTCTTCTTTCTAC-AGAAATG-AGACACAACCGGTC-CCAGCC  47

seq1  AACTTTGCTTACCATGAAGTTGAAGGATATCTTCCAAGTTTGAAAAAATC  99
      |||||||| |||||||||  ||||||| |||| |||||||   |||||||
seq2  AACTTTGC-TACCATGAAAGTGAAGGA-ATCTCCCAAGTT--GAAAAATC  93

seq1  TTGCGTAGTTCTGAAGGTGATAGAATCCCTTCTCTGGACACTCGCTGATA  149
       ||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||
seq2  CTGCGTAGTTCTGAAGGTGATAGAAT-CCTTCTCT-GACACTCGCTGATA  141

seq1  GAATACTTGGTCAAGAACCTTCAGTGTCCGGACATGAGCTCTCTCAGTGT  199
      |||||| ||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
seq2  GAATAC-TGGTC-AGAACCTTCAGTGT-CGGACATGAGCTCTCTCAGTGT  188

seq1  AGAACAATTCTAGGCAGAGGAGGGAAAAGGAGGTACAGAATGTTGCTTTA  249
      || |||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
seq2  AG-ACAA-TCTAGGCAGAGGAGGGAAAA-GAGGTACAGAATGTTGCTTTA  235

seq1  TTTAGACTCATTCCATGGGACCATTAGGTAGCAAATGTATTATGTAATAA  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAGACTCATTCCATGGGACCATTAGGTAGCAAATGTATTATGTAATAA  285

seq1  ATTTAGTGTTTAGAAAGGATGGTATGTCTCTAAGAACCAAACTGATTCAT  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTAGTGTTTAGAAAGGATGGTATGTCTCTAAGAACCAAACTGATTCAT  335

seq1  GAAATTTCCTATGCAGCAGAATAATGAAAAGTATCATTCAGAAGTATATT  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAATTTCCTATGCAGCAGAATAATGAAAAGTATCATTCAGAAGTATATT  385

seq1  AGGAAGTTAATTAACAGATACTCCC-AAACTCATTTACAATATGAACTTA  448
      ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAAGTTAATTAACAGATACTCCCAAAACTCATTTACAATATGAACTTA  435

seq1  TAACACCAGAATACAGTAAAATCTAATAACAGATAGCCTTAAGCACTCTT  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACACCAGAATACAGTAAAATCTAATAACAGATAGCCTTAAGCACTCTT  485

seq1  CTGAAGTAACAGTAGATTAAATTTTCTATATTGGCCCATAAAACCTCATT  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAAGTAACAGTAGATTAAATTTTCTATATTGGCCCATAAAACCTCATT  535

seq1  TCTGGAGTCATTCTGTAACTTTACTAAATCTCATTGTCATCAAAAAGAAG  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGGAGTCATTCTGTAACTTTACTAAATCTCATTGTCATCAAAAAGAAG  585

seq1  ATATTTATTGAAATCAAGCCATAGTGATAGCAGAGGATACAGCATCTATG  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATTTATTGAAATCAAGCCATAGTGATAGCAGAGGATACAGCATCTATG  635

seq1  TCACATACTTGTTACGTACACGTTAGGGGAACTGTGATGTCAACTTGCCA  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACATACTTGTTACGTACACGTTAGGGGAACTGTGATGTCAACTTGCCA  685

seq1  CAACTTAGAATCACCTGGGGAAAGAGTCTCAGTTGAGTAAACGCCTGTAA  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACTTAGAATCACCTGGGGAAAGAGTCTCAGTTGAGTAAACGCCTGTAA  735

seq1  CAGGTTGGTGTGTGGGCATACTGGGGAGGGGCTGTCCTGTTAACAGACTG  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGTTGGTGTGTGGGCATACTGGGGAGGGGCTGTCCTGTTAACAGACTG  785

seq1  ACTGTAGGACCCAGCACATCATGGGCAGCACTATTCCCTAGGCAGCGGTC  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGTAGGACCCAGCACATCATGGGCAGCACTATTCCCTAGGCAGCGGTC  835

seq1  TGGGGCCATATAGAGCAGGAGAAGGCTTGATGCGCACAGAGGAAGGGCAT  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGGCCATATAGAGCAGGAGAAGGCTTGATGCGCACAGAGGAAGGGCAT  885

seq1  AGAAGCCTCACTCTCTCCGCTCCGCAGTAGGTGTGATGGGACTGACTGTA  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAGCCTCACTCTCTCCGCTCCGCAGTAGGTGTGATGGGACTGACTGTA  935

seq1  CTGAGCTCCTGCTTTGACCCCCCTCGATAATGGTCTGTGACCTGTACATG  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAGCTCCTGCTTTGACCCCCCTCGATAATGGTCTGTGACCTGTACATG  985

seq1  GGTGACCTAAGTCCTACCTGTGCTCTCATTTCACACTGCCTGTTGCTCAG  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGACCTAAGTCCTACCTGTGCTCTCATTTCACACTGCCTGTTGCTCAG  1035

seq1  CTAGTCTCCTTAAATTTAGCTCATTCTTGATAATCTATGTCTACAACATA  1098
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGTCTCCTTAAATTTAGCTCATTCTTGATAATCTATGTCTACAACATA  1085

seq1  ACCTTAAAGCGTCCCACTGACTTTTTTTGAATTC  1132
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTTAAAGCGTCCCACTGACTTTTTTTGAATTC  1119