BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-073G03
Chromosome9 (Build37)
Map Location 53,874,978 - 54,028,948
singlet/doubletdoublet
Overlap geneTnfaip8l3, Cyp19a1
Upstream geneDdx10, Exph5, Kdelc2, 4930550C14Rik, Atm, Npat, Acat1, Cul5, Rab39, EG434404, LOC100038958, Slc35f2, Sln, LOC100038996, Elmod1
Downstream geneLOC100039064, Gldn, Dmxl2, 4933412E14Rik, Cib2, Idh3a, Acsbg1, LOC100039151, EG664850, Dnaja4, Wdr61, Crabp1, Rab7-ps1, Ireb2, C630028N24Rik, AY074887, Psma4, Chrna5, Chrna3, Chrnb4, EG640554, LOC664897, 1700071A11Rik, Ube2q2
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-073G03.bB6Ng01-073G03.g
ACCDH890534DH890535
length1,1961,164
definitionDH890534|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-073G03, 5' end.DH890535|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-073G03, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(53,874,978 - 53,876,170)(54,027,780 - 54,028,948)
sequence
gaattccacatcagcaaagtggttgaagacatggtttatgcgtccatggg
ttctgggtgtcaagtgtcgctgtaccagttcatgtaccaggtccttgcac
tcatgcagaagcttagagagcacattcgtatcaaaggtatactctacttc
gtagaagctgaccatggtcatcgcagtctggttcagtttcttccggagtt
tctccacaattataacctcctcttgactgaactgtttgttccggtagaga
atgccaattttgattgccaccttgatagcatccttcatgatcttgtgggc
ctccttcttgttgtgggtgtgtatttctgtgactttgtacagctcatcaa
agatctcactgctggtgtcatcaatcagcatgttggccacagttttgctg
gctatcttgctcaggatcttcttctgggcttgaagggcgagattcttgga
actaaacacatgaggacctatggtaaagagatacaagcaggaacatgaga
actgttgccttttgtctttctttttcaaataaaatacattaagttgaact
tatattctcagagcaaaacctcatgcctatatccacaactaccctaacta
aactctaccccagatcttcccaagtgtcaccataccctagtcaccaatgt
ttttgttaactttaaattacatttatctatctatctatctatctatctat
ctatctatctataatctatctatctatctatctatctataatctatctac
ttatttatctatttatttatttattcatgctgtgcacatgtgtgggcacg
tctgtggtggtcacatgtgtttttgtgggagtcagctctctccttctacc
atgtggatcccaagaattaaactcagttcatcagacttggtaaacacctt
gatataactgcttcactcttagcagcacccaccactggtcttgacagtat
aaggaaagactgttttggggaaatggacaccaataacagtgtcaaaccgc
catctgttctacccccttcacatatggcttgcctcatcccgagaacttta
aatggcacaccaggctcatccctttcgtgtagtgtctttcctctcagcaa
gacaaatcgtaccattttaagacctacttccatgcatatgggctctctgg
actgacatcttacccaaaattttcctatggctgcagttcatggaaa
gaattcaacttgaaacatctgatttttttctttttgtttataaaacgagt
cattttataaatattattgggaattaaattgagaggcaatttgattcgat
ggtttttattttgaattttttcctgaaataaatgccaactaaataagcta
tttcaagcattatgttggagttttacctcattttaaaaattaattttagt
ggaataatcctctggcaacccctcacccgcaagctcagcgtgtttattac
agagttgagtgggaaggccgggtcagtacatacagctgagcaaggaagtg
gggtgctacatacggataaccaaggagctcaggtacacagctggatcaag
gagtaggcttggctaacctcagcaggagcagtcttcagtcttcagtccct
aaatatcaggggaagagagtgatgccagatgttttctgaatgcactgtca
acagccacacttggactagaagggaatactcagcacacatccacccaggg
cttctccacctgctcaaggcctctcgtcgccctacagcgatacccaagga
gtcagaaagtacaaacgagttactcaagcagggatgttctcaggctacct
ggcatacttatttaacctgagcactggacatcgtactttctgtttggatc
aacacgcgtctgttgggaaagccaccacacagtcaggagaactgccataa
agcccctcccctctgttggagcccctcccctctgtcggagcccctcccct
ctgtcggagcccctcccctctgtcggattgacagtacggctcgctttctt
gacaggtcctcaagcatgttccatgtcatgaagcacagtcactacatctc
ccgattcggcagcaagcgtgggctgcagtgcatcggcatgcatgagaacg
gcatcatatttaacacaacccgagcctttggagaacaattcgcccttttc
tttatgaaaggtaaatgggaatcctacattattttttttaggtctgcaca
gtgctcctttaaaaaaaaaaaaaaaagagcatgctttaaattgggctgcc
acattaatttttggatctaagcatgacttaagaaatccactgggcgccca
actggctcccagcagaattttggggaaaaaacacaccagcaatgaaccag
atatcttagccagg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr9_53874978_53876170
seq2: B6Ng01-073G03.b_45_1240

seq1  GAATTCCACATCAGCAAAGTGGTTGAAGACATGGTTTATGCGTCCATGGG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCACATCAGCAAAGTGGTTGAAGACATGGTTTATGCGTCCATGGG  50

seq1  TTCTGGGTGTCAAGTGTCGCTGTACCAGTTCATGTACCAGGTCCTTGCAC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTGGGTGTCAAGTGTCGCTGTACCAGTTCATGTACCAGGTCCTTGCAC  100

seq1  TCATGCAGAAGCTTAGAGAGCACATTCGTATCAAAGGTATACTCTACTTC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATGCAGAAGCTTAGAGAGCACATTCGTATCAAAGGTATACTCTACTTC  150

seq1  GTAGAAGCTGACCATGGTCATCGCAGTCTGGTTCAGTTTCTTCCGGAGTT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGAAGCTGACCATGGTCATCGCAGTCTGGTTCAGTTTCTTCCGGAGTT  200

seq1  TCTCCACAATTATAACCTCCTCTTGACTGAACTGTTTGTTCCGGTAGAGA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCCACAATTATAACCTCCTCTTGACTGAACTGTTTGTTCCGGTAGAGA  250

seq1  ATGCCAATTTTGATTGCCACCTTGATAGCATCCTTCATGATCTTGTGGGC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCCAATTTTGATTGCCACCTTGATAGCATCCTTCATGATCTTGTGGGC  300

seq1  CTCCTTCTTGTTGTGGGTGTGTATTTCTGTGACTTTGTACAGCTCATCAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCTTCTTGTTGTGGGTGTGTATTTCTGTGACTTTGTACAGCTCATCAA  350

seq1  AGATCTCACTGCTGGTGTCATCAATCAGCATGTTGGCCACAGTTTTGCTG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATCTCACTGCTGGTGTCATCAATCAGCATGTTGGCCACAGTTTTGCTG  400

seq1  GCTATCTTGCTCAGGATCTTCTTCTGGGCTTGAAGGGCGAGATTCTTGGA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTATCTTGCTCAGGATCTTCTTCTGGGCTTGAAGGGCGAGATTCTTGGA  450

seq1  ACTAAACACATGAGGACCTATGGTAAAGAGATACAAGCAGGAACATGAGA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTAAACACATGAGGACCTATGGTAAAGAGATACAAGCAGGAACATGAGA  500

seq1  ACTGTTGCCTTTTGTCTTTCTTTTTCAAATAAAATACATTAAGTTGAACT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGTTGCCTTTTGTCTTTCTTTTTCAAATAAAATACATTAAGTTGAACT  550

seq1  TATATTCTCAGAGCAAAACCTCATGCCTATATCCACAACTACCCTAACTA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATATTCTCAGAGCAAAACCTCATGCCTATATCCACAACTACCCTAACTA  600

seq1  AACTCTACCCCAGATCTTCCCAAGTGTCACCATACCCTAGTCACCAATGT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTCTACCCCAGATCTTCCCAAGTGTCACCATACCCTAGTCACCAATGT  650

seq1  TTTTGTTAACTTTAAATTACATTTATCTATCTATCTATCTATCTATCTAT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTGTTAACTTTAAATTACATTTATCTATCTATCTATCTATCTATCTAT  700

seq1  CTATCTATCTATAATCTATCTATCTATCTATCTATCTATAATCTATCTAC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATCTATCTATAATCTATCTATCTATCTATCTATCTATAATCTATCTAC  750

seq1  TTATTTATCTATTTATTTATTTATTCATGCTGTGCACATGTGTGGGCACG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATTTATCTATTTATTTATTTATTCATGCTGTGCACATGTGTGGGCACG  800

seq1  TCTGTGGTGGTCACATGTGTTTTTGTGGGAGTCAGCTCTCTCCTTCTACC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGTGGTGGTCACATGTGTTTTTGTGGGAGTCAGCTCTCTCCTTCTACC  850

seq1  ATGTGGATCCCAAGAATTAAACTCAGTTCATCAGACTTGGTAAACACCTT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTGGATCCCAAGAATTAAACTCAGTTCATCAGACTTGGTAAACACCTT  900

seq1  GATAATAACTGCTTCACTCTTAGCAGCACCCACCACTGGTCTTGACAGTA  950
      ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAT-ATAACTGCTTCACTCTTAGCAGCACCCACCACTGGTCTTGACAGTA  949

seq1  TAAGGAAAGACTG-TTTGGGGAAATGGACACCAATAACAGTGCCAAACCG  999
      ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||
seq2  TAAGGAAAGACTGTTTTGGGGAAATGGACACCAATAACAGTGTCAAACCG  999

seq1  CCATCTGTTCTACCCCCTTCACATATGCCT--GCTCATCCCGAGAACTTT  1047
      ||||||||||||||||||||||||||| ||   |||||||||||||||||
seq2  CCATCTGTTCTACCCCCTTCACATATGGCTTGCCTCATCCCGAGAACTTT  1049

seq1  AAATGGCACA-CAGGCTCATCCCTCTGTGGTAGTGTC-TTCCTCTCAGCC  1095
      |||||||||| ||||||||||||| |   |||||||| ||||||||||| 
seq2  AAATGGCACACCAGGCTCATCCCTTTCGTGTAGTGTCTTTCCTCTCAGCA  1099

seq1  AGACCAAATCGTACCATTTT-AGACCTAC-TCCATGCATATGGCTTCTCT  1143
      ||| |||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||  |||||
seq2  AGA-CAAATCGTACCATTTTAAGACCTACTTCCATGCATATGGGCTCTCT  1148

seq1  GACTTGACTACTTACCCAAAATTTCCCTATGGCTGCAGGTTCCATGGAAA  1193
      |   ||||  |||||||||||||| |||||||||||||  | ||||||||
seq2  GGACTGACATCTTACCCAAAATTTTCCTATGGCTGCAG--TTCATGGAAA  1196

seq1: chr9_54027780_54028948
seq2: B6Ng01-073G03.g_67_1230 (reverse)

seq1  CCTGTGCTAAGATTCTCTGGTTTCATTTGCTGGT-TGTTTTCTCCCCAAA  49
      |||| ||||||| | ||||| |||| |||||||| |||||| ||||||||
seq2  CCTG-GCTAAGA-TATCTGG-TTCA-TTGCTGGTGTGTTTTTTCCCCAAA  46

seq1  CATCTGGCCTGGGAGACAGTTGGGGCTGCCAGTGTA-TTCTTTAGTCATG  98
        ||||  ||||||| ||||| ||||  |||||| | ||||| |||||||
seq2  ATTCTG--CTGGGAGCCAGTT-GGGCGCCCAGTGGATTTCTTAAGTCATG  93

seq1  CTTAGATCAAAAAATT-ATGTGGCAGCCCAATTTAAAGCATGCTCTTTTT  147
      |||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTAGATCCAAAAATTAATGTGGCAGCCCAATTTAAAGCATGCTCTTTTT  143

seq1  TTTTTTTTTTTAAAAGGAGCACTGTTGCAGACCT-AAAAAAATAATGTAG  196
      ||||||||||| |||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||
seq2  TTTTTTTTTTT-AAAGGAGCACTG-TGCAGACCTAAAAAAAATAATGTAG  191

seq1  GATTCCCATTTACCTTTCATAAAG-AAAGGGCGAATTGTTCTCCAAAGGC  245
      |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTCCCATTTACCTTTCATAAAGAAAAGGGCGAATTGTTCTCCAAAGGC  241

seq1  TCGGGTTGTTGTTAAATATGATGCCGTTCTCATGCATGCCGATGCACTGC  295
      |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCGGGTTG-TGTTAAATATGATGCCGTTCTCATGCATGCCGATGCACTGC  290

seq1  AGCCCACGCTTGCTGCCGAATCGGGAGATGTAGTGACTGTGCTTCATGAC  345
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCCACGCTTGCTGCCGAATCGGGAGATGTAGTGACTGTGCTTCATGAC  340

seq1  ATGGAACATGCTTGAGGACCTGTCAAGAAAGCGAGCCGTACTGTCAATCC  395
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGAACATGCTTGAGGACCTGTCAAGAAAGCGAGCCGTACTGTCAATCC  390

seq1  GACAGAGGGGAGGGGCTCCGACAGAGGGGAGGGGCTCCGACAGAGGGGAG  445
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACAGAGGGGAGGGGCTCCGACAGAGGGGAGGGGCTCCGACAGAGGGGAG  440

seq1  GGGCTCCAACAGAGGGGAGGGGCTTTATGGCAGTTCTCCTGACTGTGTGG  495
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGCTCCAACAGAGGGGAGGGGCTTTATGGCAGTTCTCCTGACTGTGTGG  490

seq1  TGGCTTTCCCAACAGACGCGTGTTGATCCAAACAGAAAGTACGATGTCCA  545
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCTTTCCCAACAGACGCGTGTTGATCCAAACAGAAAGTACGATGTCCA  540

seq1  GTGCTCAGGTTAAATAAGTATGCCAGGTAGCCTGAGAACATCCCTGCTTG  595
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCTCAGGTTAAATAAGTATGCCAGGTAGCCTGAGAACATCCCTGCTTG  590

seq1  AGTAACTCGTTTGTACTTTCTGACTCCTTGGGTATCGCTGTAGGGCGACG  645
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTAACTCGTTTGTACTTTCTGACTCCTTGGGTATCGCTGTAGGGCGACG  640

seq1  AGAGGCCTTGAGCAGGTGGAGAAGCCCTGGGTGGATGTGTGCTGAGTATT  695
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGGCCTTGAGCAGGTGGAGAAGCCCTGGGTGGATGTGTGCTGAGTATT  690

seq1  CCCTTCTAGTCCAAGTGTGGCTGTTGACAGTGCATTCAGAAAACATCTGG  745
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTTCTAGTCCAAGTGTGGCTGTTGACAGTGCATTCAGAAAACATCTGG  740

seq1  CATCACTCTCTTCCCCTGATATTTAGGGACTGAAGACTGAAGACTGCTCC  795
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCACTCTCTTCCCCTGATATTTAGGGACTGAAGACTGAAGACTGCTCC  790

seq1  TGCTGAGGTTAGCCAAGCCTACTCCTTGATCCAGCTGTGTACCTGAGCTC  845
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTGAGGTTAGCCAAGCCTACTCCTTGATCCAGCTGTGTACCTGAGCTC  840

seq1  CTTGGTTATCCGTATGTAGCACCCCACTTCCTTGCTCAGCTGTATGTACT  895
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGGTTATCCGTATGTAGCACCCCACTTCCTTGCTCAGCTGTATGTACT  890

seq1  GACCCGGCCTTCCCACTCAACTCTGTAATAAACACGCTGAGCTTGCGGGT  945
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACCCGGCCTTCCCACTCAACTCTGTAATAAACACGCTGAGCTTGCGGGT  940

seq1  GAGGGGTTGCCAGAGGATTATTCCACTAAAATTAATTTTTAAAATGAGGT  995
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGGGTTGCCAGAGGATTATTCCACTAAAATTAATTTTTAAAATGAGGT  990

seq1  AAAACTCCAACATAATGCTTGAAATAGCTTATTTAGTTGGCATTTATTTC  1045
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAACTCCAACATAATGCTTGAAATAGCTTATTTAGTTGGCATTTATTTC  1040

seq1  AGGAAAAAATTCAAAATAAAAACCATCGAATCAAATTGCCTCTCAATTTA  1095
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAAAAAATTCAAAATAAAAACCATCGAATCAAATTGCCTCTCAATTTA  1090

seq1  ATTCCCAATAATATTTATAAAATGACTCGTTTTATAAACAAAAAGAAAAA  1145
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCCCAATAATATTTATAAAATGACTCGTTTTATAAACAAAAAGAAAAA  1140

seq1  AATCAGATGTTTCAAGTTGAATTC  1169
      ||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCAGATGTTTCAAGTTGAATTC  1164