BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-078B13
Chromosome9 (Build37)
Map Location 37,407,296 - 37,554,645
singlet/doubletdoublet
Overlap geneSpa17, Siae, Tbrg1, Panx3, LOC666881, EG627798, Olfr160, Olfr151, Olfr874
Upstream geneA630095E13Rik, Acrv1, Chek1, Stt3a, Ei24, LOC627681, Fez1, Pknox2, LOC100042545, 1810021J13Rik, Slc37a2, LOC100042561, Ccdc15, Hepacam, Robo4, Robo3, BC024479, Esam1, Vsig2, Nrgn
Downstream geneOlfr875, Olfr876, Olfr877, Olfr145, EG627852, Olfr878, GA_x5J8B7W60AJ-1667802-1666911, Olfr880-ps1, Olfr881, Olfr882-ps1, Olfr883, Olfr884, Olfr1550-ps1, Olfr885, Olfr886-ps1, Olfr887, Olfr888, Olfr889, Olfr890, Olfr891, Olfr892-ps1, Olfr893, Olfr894, Olfr143, Olfr895, Olfr896-ps1, Olfr897-ps1, Olfr25, Olfr898, Olfr899, Olfr900, Olfr147, Olfr901, Olfr902, Olfr903-ps1, Olfr904, Olfr905, Olfr906, Olfr907, Olfr908, Olfr909, Olfr910, Olfr912, Olfr913, Olfr914, Olfr915, Olfr916, Olfr917, Olfr918, GA_x5J8B7W60AJ-925630-926226, Olfr919, Loh11cr2a
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-078B13.bB6Ng01-078B13.g
ACCDH893892DH893893
length1,056975
definitionDH893892|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-078B13, 5' end.DH893893|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-078B13, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(37,553,587 - 37,554,645)(37,407,296 - 37,408,271)
sequence
gaattctcttacccaaggttttcctcagagcaactttgacatccttattt
ctcaagctatagatcagagggttcaacatgggcaccacaatcatatagaa
caaggaagacacttttccttggtcaagaggcaaaatggaaggaggtttga
ggtacatgaaagccccagaaccaaagaaaagacaaaccacaatcaagtgg
gagctgcaggtgctgaaagccttggacctgccctctgtggaatgcatgcg
aagaatgctagagaggatgagggcataagaaatgaagatggtgacaatgg
gcacaccaatatcaaaggccacaacaataaagattacgagctcatttatg
aaggtgctattgcaagagagctcaagaaggggaagaatatcacacatgaa
gtgattgatgaggttgtcagcacagaaagtcagattcatgaggttccctg
tatgggccatggccccagagaagcccatcacatagactcccagcaaaaga
agtaaatatacctgaggagacatggtgactgtgtacatcagggggttaca
gatggcaacataacggtcatatgccatggctgacaggatgaaggactcag
agacaacaaagaaacagaagaaaaacaactgtgtcatgcaccctgagtgt
gagatgatgttcttccttgagataaaattcataagcatttttgggatgat
agtggaggaataacagaaatctattacagaaagattgaagagaaagaagt
acataggggtatgaaggtgagagttcagcccaatcagggagatcaaaccc
aggttcccaaccacagtcaccatgtagaaacctagaaacaagaagaagag
gggcatgcggagtcctggttggtctgtcagcctgcgaggatgaactctat
cacagaggaattcttggcagtcattcttcttgggtgggaagcctgtgtag
cagagaggagaaccagtagaggaaagcatcgccaccatcattacaaatct
atcctgactttgagaagagaaagaggagggatggaagagagggaggagaa
agagag
gaattcaaaggtttctacaccaggaaaagatagatctggaccccatagag
attatgagttcctagacttcagatttgatggacctttctgggggttagga
tcaagagtggatgtatttcacatgcgggaagggtgtaatcatagccgaga
gtaaccatagaaggataagttggtccccattcctcccgatctgaatgtct
tattttgcatacagaatgctttgctctgcctgcaaataggcaagtccttt
ggtcaatgaatgagcacaagtgacaagtgcaaacccctgagatagttgcc
tgctgctcttcctgcttgtgcttctgtggtcatcatgggaagggtgtatg
tggggttgtgtttttcagcagaagcactgcaggtgactctgagattagag
catgcaatatgcctcgacattaaggctcctgcagcacttcacaagaaaga
tgatgggaactgggattgatgtgctaccgtgaaagtggtgagattgggag
ctcctgggtagattttataggtagaggatacatttgatgggagagaaagt
gatgaattaaggatcaggacatctgggcctggaaaaatggaagaatggag
tggctatttgctatgtagttatattaataagttatcatgtgttgtttcaa
atcaccgagtagctaacactgaacactgatctgccccacccttcatttac
agacatttttgccttaaagtttcgtctccaagatgagagataaagacgat
agcccgatgtgagtagcctccctactacctgaggccatggtaaagtcttg
gcctgcactgccagctgggagctatgtctgggtccatggccatgcagaca
caggggtctgtattgatgtccatggctcatgtcacaactaaagaacaggt
agacatcccctgtcagagccaccgcttgtgatcatgttgaggtcttaggg
atgtgtaaagcttgtcctgcctctc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr9_37553587_37554645
seq2: B6Ng01-078B13.b_49_1104 (reverse)

seq1  CTCTCTTTCTTCCTCCTCTC-TCCATCCCTCCTCTTTCTCCTTCTTCAAA  49
      |||||||||| |  |||||| |||||||||||||||||| |||| |||||
seq2  CTCTCTTTCTCCTCCCTCTCTTCCATCCCTCCTCTTTCT-CTTC-TCAAA  48

seq1  GTCAGGATAGATTTGTAATGATGGTGGCGATGCTTTTCCTCTACTGGTTC  99
      ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
seq2  GTCAGGATAGATTTGTAATGATGGTGGCGATGC-TTTCCTCTACTGGTTC  97

seq1  TCCTCTCTGCTACACAGGCTTCCCACCCAAGAAGAATGACTGCCAAGAAT  149
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTCTCTGCTACACAGGCTTCCCACCCAAGAAGAATGACTGCCAAGAAT  147

seq1  TCCTCTGTGATAGAGTTCATCCTCGCAGGCCTGACAGACCAACCAGGACT  199
      ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
seq2  TCCTCTGTGATAGAGTTCATCCTCGCAGG-CTGACAGACCAACCAGGACT  196

seq1  CCGCATGCCCCTCTTCTTCTTGTTTCTAGGTTTCTACATGGTGACTGTGG  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCGCATGCCCCTCTTCTTCTTGTTTCTAGGTTTCTACATGGTGACTGTGG  246

seq1  TTGGGAACCTGGGTTTGATCTCCCTGATTGGGCTGAACTCTCACCTTCAT  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGGAACCTGGGTTTGATCTCCCTGATTGGGCTGAACTCTCACCTTCAT  296

seq1  ACCCCTATGTACTTCTTTCTCTTCAATCTTTCTGTAATAGATTTCTGTTA  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCCTATGTACTTCTTTCTCTTCAATCTTTCTGTAATAGATTTCTGTTA  346

seq1  TTCCTCCACTATCATCCCAAAAATGCTTATGAATTTTATCTCAAGGAAGA  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCTCCACTATCATCCCAAAAATGCTTATGAATTTTATCTCAAGGAAGA  396

seq1  ACATCATCTCACACTCAGGGTGCATGACACAGTTGTTTTTCTTCTGTTTC  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATCATCTCACACTCAGGGTGCATGACACAGTTGTTTTTCTTCTGTTTC  446

seq1  TTTGTTGTCTCTGAGTCCTTCATCCTGTCAGCCATGGCATATGACCGTTA  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGTTGTCTCTGAGTCCTTCATCCTGTCAGCCATGGCATATGACCGTTA  496

seq1  TGTTGCCATCTGTAACCCCCTGATGTACACAGTCACCATGTCTCCTCAGG  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTGCCATCTGTAACCCCCTGATGTACACAGTCACCATGTCTCCTCAGG  546

seq1  TATATTTACTTCTTTTGCTGGGAGTCTATGTGATGGGCTTCTCTGGGGCC  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATATTTACTTCTTTTGCTGGGAGTCTATGTGATGGGCTTCTCTGGGGCC  596

seq1  ATGGCCCATACAGGGAACCTCATGAATCTGACTTTCTGTGCTGACAACCT  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGCCCATACAGGGAACCTCATGAATCTGACTTTCTGTGCTGACAACCT  646

seq1  CATCAATCACTTCATGTGTGATATTCTTCCCCTTCTTGAGCTCTCTTGCA  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCAATCACTTCATGTGTGATATTCTTCCCCTTCTTGAGCTCTCTTGCA  696

seq1  ATAGCACCTTCATAAATGAGCTCGTAATCTTTATTGTTGTGGCCTTTGAT  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGCACCTTCATAAATGAGCTCGTAATCTTTATTGTTGTGGCCTTTGAT  746

seq1  ATTGGTGTGCCCATTGTCACCATCTTCATTTCTTATGCCCTCATCCTCTC  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGGTGTGCCCATTGTCACCATCTTCATTTCTTATGCCCTCATCCTCTC  796

seq1  TAGCATTCTTCGCATGCATTCCACAGAGGGCAGGTCCAAGGCTTTCAGCA  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCATTCTTCGCATGCATTCCACAGAGGGCAGGTCCAAGGCTTTCAGCA  846

seq1  CCTGCAGCTCCCACTTGATTGTGGTTTGTCTTTTCTTTGGTTCTGGGGCT  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGCAGCTCCCACTTGATTGTGGTTTGTCTTTTCTTTGGTTCTGGGGCT  896

seq1  TTCATGTACCTCAAACCTCCTTCCATTTTGCCTCTTGACCAAGGAAAAGT  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCATGTACCTCAAACCTCCTTCCATTTTGCCTCTTGACCAAGGAAAAGT  946

seq1  GTCTTCCTTGTTCTATATGATTGTGGTGCCCATGTTGAACCCTCTGATCT  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTTCCTTGTTCTATATGATTGTGGTGCCCATGTTGAACCCTCTGATCT  996

seq1  ATAGCTTGAGAAATAAGGATGTCAAAGTTGCTCTGAGGAAAACCTTGGGT  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGCTTGAGAAATAAGGATGTCAAAGTTGCTCTGAGGAAAACCTTGGGT  1046

seq1  AAGAGAATTC  1059
      ||||||||||
seq2  AAGAGAATTC  1056

seq1: chr9_37407296_37408271
seq2: B6Ng01-078B13.g_69_1043

seq1  GAATTCAAAGGTTTCTACACCAGGAAAAGATAGATCTGGACCCCATAGAG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAAAGGTTTCTACACCAGGAAAAGATAGATCTGGACCCCATAGAG  50

seq1  ATTATGAGTTCCTAGACTTCAGATTTGATGGACCTTTCTGGGGGTTAGGA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTATGAGTTCCTAGACTTCAGATTTGATGGACCTTTCTGGGGGTTAGGA  100

seq1  TCAAGAGTGGATGTATTTCACATGCGGGAAGGGTGTAATCATAGCCGAGA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAGAGTGGATGTATTTCACATGCGGGAAGGGTGTAATCATAGCCGAGA  150

seq1  GTAACCATAGAAGGATAAGTTGGTCCCCATTCCTCCCGATCTGAATGTCT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAACCATAGAAGGATAAGTTGGTCCCCATTCCTCCCGATCTGAATGTCT  200

seq1  TATTTTGCATACAGAATGCTTTGCTCTGCCTGCAAATAGGCAAGTCCTTT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTTTGCATACAGAATGCTTTGCTCTGCCTGCAAATAGGCAAGTCCTTT  250

seq1  GGTCAATGAATGAGCACAAGTGACAAGTGCAAACCCCTGAGATAGTTGCC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCAATGAATGAGCACAAGTGACAAGTGCAAACCCCTGAGATAGTTGCC  300

seq1  TGCTGCTCTTCCTGCTTGTGCTTCTGTGGTCATCATGGGAAGGGTGTATG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTGCTCTTCCTGCTTGTGCTTCTGTGGTCATCATGGGAAGGGTGTATG  350

seq1  TGGGGTTGTGTTTTTCAGCAGAAGCACTGCAGGTGACTCTGAGATTAGAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGGTTGTGTTTTTCAGCAGAAGCACTGCAGGTGACTCTGAGATTAGAG  400

seq1  CATGCAATATGCCTCGACATTAAGGCTCCTGCAGCACTTCACAAGAAAGA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGCAATATGCCTCGACATTAAGGCTCCTGCAGCACTTCACAAGAAAGA  450

seq1  TGATGGGAACTGGGATTGATGTGCTACCGTGAAAGTGGTGAGATTGGGAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATGGGAACTGGGATTGATGTGCTACCGTGAAAGTGGTGAGATTGGGAG  500

seq1  CTCCTGGGTAGATTTTATAGGTAGAGGATACATTTGATGGGAGAGAAAGT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCTGGGTAGATTTTATAGGTAGAGGATACATTTGATGGGAGAGAAAGT  550

seq1  GATGAATTAAGGATCAGGACATCTGGGCCTGGAAAAATGGAAGAATGGAG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGAATTAAGGATCAGGACATCTGGGCCTGGAAAAATGGAAGAATGGAG  600

seq1  TGGCTATTTGCTATGTAGTTATATTAATAAGTTATCATGTGTTGTTTCAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCTATTTGCTATGTAGTTATATTAATAAGTTATCATGTGTTGTTTCAA  650

seq1  ATCACCGAGTAGCTAACACTGAACACTGATCTGCCCCACCCTTCATTTAC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCACCGAGTAGCTAACACTGAACACTGATCTGCCCCACCCTTCATTTAC  700

seq1  AGACATTTTTGCCTTAAAGTTTCGTCTCCAAGATGAGAGATAAAGACGAA  750
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
seq2  AGACATTTTTGCCTTAAAGTTTCGTCTCCAAGATGAGAGATAAAGACG-A  749

seq1  TAGCCCGATGTGAGTAGCCTCCCTACTACCTGAGGCCATGGTAAAGTCTT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCCCGATGTGAGTAGCCTCCCTACTACCTGAGGCCATGGTAAAGTCTT  799

seq1  GGCCTGCACTGCCAGCTGGGAGCTATGTCTGGGTCCATGGCCATGCAGAC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCTGCACTGCCAGCTGGGAGCTATGTCTGGGTCCATGGCCATGCAGAC  849

seq1  ACAGGGGTCTGTATTGATGTCCATGGCTCATGTCACCACCAAAGACCAGG  900
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||| ||||
seq2  ACAGGGGTCTGTATTGATGTCCATGGCTCATGTCACAACTAAAGAACAGG  899

seq1  TAGACATCCCCTGTCAGAGCCACCGCCTGAGATCATGTTGAGGTCTTAGG  950
      |||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||
seq2  TAGACATCCCCTGTCAGAGCCACCGCTTGTGATCATGTTGAGGTCTTAGG  949

seq1  GATGTGTAAAGCTGTCCCTGCCTCTC  976
      |||||||||||||   ||||||||||
seq2  GATGTGTAAAGCTTGTCCTGCCTCTC  975