BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-078C04
Chromosome9 (Build37)
Map Location 91,648,164 - 91,763,703
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneEG434428, LOC621576, Zic1, Zic4
Downstream geneLOC331000, Plscr1, Plscr2, 1700057G04Rik, LOC666850, Plscr4, Plod2, LOC100039921, LOC100039931, LOC100039944, LOC667009
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-078C04.bB6Ng01-078C04.g
ACCDH893919DH893920
length1,1741,183
definitionDH893919|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-078C04, 5' end.DH893920|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-078C04, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(91,648,164 - 91,649,327)(91,762,498 - 91,763,703)
sequence
gaattctgtgtggaacttaatttaattcaccccccccccccacactgtgg
agatggtgcatctggacaattcatattgtctaattttgctatgtttctta
tgatcctgccttgtggctccttcagcttagataattagtatgttcaagtt
gaactagggcatagtaatttctccacctttttctgggattacagttcagt
gcttcaaccctcaaaacacatgtccagaataccaggtgagttctccagca
tcatgaagactagaaacaactacaagtaacacaggggcccttattaaata
tagcaatagcaagttaaacactgccatgccttaaattctaataacttcag
tgggataatggacccaggatggtatggtttatgtgaaggtattacctaaa
atatatgttaaaatattcagtgtgtgactgaatagtaaataaattcattg
taagtagggtagcagaagaggagaggagttgggagaaaagaaagagaaag
aaaggcaattatagctaagttagaataaaaagagaatgaggtaaagaaat
gcagtcctatcatctaaagcaataccagtattcgagagactggagagccc
cgactcagaccaaactttaccctttcagtctactaagttcaacataaata
ttaactgagtcttgttctatgtgctcacttgcctgcctaaagttgctagc
tataaccatgcatccacttaccagccacaagccttacttgtctttaacct
gccttcctttgcctgtttgggttggtgtttttcaaagaagtcaccaccac
cttagtgatattacatgtctgttcatcttcatgctgttttctatgccacc
agagatgtgcttcatgggtagatcatgggtattgtaactgacatagcatt
cagtttctagaaactatacaaggctgtgggtaagctttacagaggtatac
ttcatacccgggtatcttttaagtacttgctgctgctcatttgttcttct
agggagctataagagtggatcataggctttggcttacaccaatatttgtc
attatggaaaatcactacagaaaatttttccttccaagttaggcagcact
gttgaagttgagatcttagagggcacaccctctcctcataaaaattgatg
gggatagcagttgcataacatttt
gaattctgcacagatggctcctattggtgtatttattatttgttaataaa
taccttgcttcaatatataataaatggaaagagcaaaggagccctacaaa
gaagaaaagaataaagtaacaagctgtggtgttagcagtagcaaaaattg
aacataatgagaacaaaacaattttagctgaaattaaaacacaatgaacc
atcaaagcttagagagtaaatagtgtcctattttattgagctataatatt
tttcttttcttatgtatcaggctatccatgctataatctgcccccactag
tcaaaaccaactcctcttttatgtgaactgtatcgttttctcagaacatt
gtgccctcaggtcacatttgcgacactctggtcgcatcacaaactccttg
gaatacacattcccattgaattggattcccatttggacctcttccagagt
cattgctttgagagtggctcacaaaacatcaaatggcacaggctggttta
gctcgcttagtttcttgttgagggtaagcatgcgggaacatcaagaacat
aagtataatgcgggaaccgtgcagacagattgcactgcagatagtgcagc
atttatcttcagttgtactcaaagctccctacatttcagtggacatctct
gtgagggctcatgacagataagtgacaacagcagaggactgagactaaac
ggccattctggccacactgctcaaccagctgtctgcagaaattagtcttc
ttttctactgaagtttcttccagtgagtaatgggctataaggatttagta
ttctttttatataagtatggtgtcagacaaaggtaactatgtttggaact
agtgtgactcaaaggaaaacagaggagcagtaagcaatatcgagacattt
tggggacaatgtgtcagaagactgaggaatttgttctgtcccaacttact
aggggattaacaataatgtgcttctaaagaaatatctagatttgataccc
aaataccagtgaagttcaacatgccgcaaagttttcagatcgtatttgtt
caacataactaggtgccatcaacatggcttatgaactggaatggggtgaa
ttgcttccatttcctccatattgtcatgaatccaagcttgaatactacag
ctaccaagtccatgacgggatggcagtgcttaa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr9_91648164_91649327
seq2: B6Ng01-078C04.b_48_1221

seq1  GAATTCTGTGTGGAACTTAATTTAATTCACCCCCCCCCCCCACACTGTGG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTGTGTGGAACTTAATTTAATTCACCCCCCCCCCCCACACTGTGG  50

seq1  AGATGGTGCATCTGGACAATTCATATTGTCTAATTTTGCTATGTTTCTTA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATGGTGCATCTGGACAATTCATATTGTCTAATTTTGCTATGTTTCTTA  100

seq1  TGATCCTGCCTTGTGGCTCCTTCAGCTTAGATAATTAGTATGTTCAAGTT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATCCTGCCTTGTGGCTCCTTCAGCTTAGATAATTAGTATGTTCAAGTT  150

seq1  GAACTAGGGCATAGTAATTTCTCCACCTTTTTCTGGGATTACAGTTCAGT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACTAGGGCATAGTAATTTCTCCACCTTTTTCTGGGATTACAGTTCAGT  200

seq1  GCTTCAACCCTCAAAACACATGTCCAGAATACCAGGTGAGTTCTCCAGCA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTCAACCCTCAAAACACATGTCCAGAATACCAGGTGAGTTCTCCAGCA  250

seq1  TCATGAAGACTAGAAACAACTACAAGTAACACAGGGGCCCTTATTAAATA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATGAAGACTAGAAACAACTACAAGTAACACAGGGGCCCTTATTAAATA  300

seq1  TAGCAATAGCAAGTTAAACACTGCCATGCCTTAAATTCTAATAACTTCAG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCAATAGCAAGTTAAACACTGCCATGCCTTAAATTCTAATAACTTCAG  350

seq1  TGGGATAATGGACCCAGGATGGTATGGTTTATGTGAAGGTATTACCTAAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGATAATGGACCCAGGATGGTATGGTTTATGTGAAGGTATTACCTAAA  400

seq1  ATATATGTTAAAATATTCAGTGTGTGACTGAATAGTAAATAAATTCATTG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATATGTTAAAATATTCAGTGTGTGACTGAATAGTAAATAAATTCATTG  450

seq1  TAAGTAGGGTAGCAGAAGAGGAGAGGAGTTGGGAGAAAAGAAAGAGAAAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGTAGGGTAGCAGAAGAGGAGAGGAGTTGGGAGAAAAGAAAGAGAAAG  500

seq1  AAAGGCAATTATAGCTAAGTTAGAATAAAAAGAGAATGAGGTAAAGAAAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGGCAATTATAGCTAAGTTAGAATAAAAAGAGAATGAGGTAAAGAAAT  550

seq1  GCAGTCCTATCATCTAAAGCAATACCAGTATTCGAGAGACTGGAGAGCCC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGTCCTATCATCTAAAGCAATACCAGTATTCGAGAGACTGGAGAGCCC  600

seq1  CGACTCAGACCAAACTTTACCCTTTCAGTCTACTAAGTTCAACATAAATA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGACTCAGACCAAACTTTACCCTTTCAGTCTACTAAGTTCAACATAAATA  650

seq1  TTAACTGAGTCTTGTTCTATGTGCTCACTTGCCTGCCTAAAGTTGCTAGC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAACTGAGTCTTGTTCTATGTGCTCACTTGCCTGCCTAAAGTTGCTAGC  700

seq1  TATAACCATGCATCCACTTACCAGCCACAAGCCTTACTTGTCTTTAACCT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAACCATGCATCCACTTACCAGCCACAAGCCTTACTTGTCTTTAACCT  750

seq1  GCCTTCCTTTGCCTGTTTGGGTTGGTGTTTTTCAAAGAAGTCACCACCAC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTTCCTTTGCCTGTTTGGGTTGGTGTTTTTCAAAGAAGTCACCACCAC  800

seq1  CTTAGTGATATTACATGTCTGTTCATCTTCATGCTGTTTTCTATGCCACC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTAGTGATATTACATGTCTGTTCATCTTCATGCTGTTTTCTATGCCACC  850

seq1  AGAGATGTGCTTCATGGGTAGATCATGGGTATTGTAACTGACATAGCATT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGATGTGCTTCATGGGTAGATCATGGGTATTGTAACTGACATAGCATT  900

seq1  CAGTTTCTAGAAACTATACAAGGCTGTGGGTAAGCTTTACAGAGGTATAC  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTTTCTAGAAACTATACAAGGCTGTGGGTAAGCTTTACAGAGGTATAC  950

seq1  TTCATACCCGGGTATCTTTTAAGTACTTGCTGCTGCTCATTTG-TCTTCT  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
seq2  TTCATACCCGGGTATCTTTTAAGTACTTGCTGCTGCTCATTTGTTCTTCT  1000

seq1  AGGGAGCTATAAGAGT-GATCATAGGCTTTGGCTTACACC-ATATTTG-C  1046
      |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||| |
seq2  AGGGAGCTATAAGAGTGGATCATAGGCTTTGGCTTACACCAATATTTGTC  1050

seq1  ATTAT-GAAAATCACTACAGAACTTTTTTCCTTCC-AGTTA-GCAGCACT  1093
      ||||| ||||||||||||||||  ||||||||||| ||||| ||||||||
seq2  ATTATGGAAAATCACTACAGAAAATTTTTCCTTCCAAGTTAGGCAGCACT  1100

seq1  GTGGAGGTT-AGATCTTAGAGGCCACACCCTCAC--CATAAAAATATGAT  1140
      || || ||| |||||||||||| ||||||||| |  ||||||||| ||||
seq2  GTTGAAGTTGAGATCTTAGAGGGCACACCCTCTCCTCATAAAAAT-TGAT  1149

seq1  GGGAATAGCAGTTGCAT-ACATTTT  1164
      ||| ||||||||||||| |||||||
seq2  GGGGATAGCAGTTGCATAACATTTT  1174

seq1: chr9_91762498_91763703
seq2: B6Ng01-078C04.g_70_1252 (reverse)

seq1  TTAAGCACTGCCACTCACAGTCATGGAGACTGTGTGTAGCTGTAAGTACT  50
      ||||||||||||| || | ||||||  |||| || |||||||| |||| |
seq2  TTAAGCACTGCCA-TC-CCGTCATG--GACT-TG-GTAGCTGT-AGTATT  43

seq1  CAAAGCTTGGGATTTCATGAACAATAATGAGGGAAAATGGGAAGGCAATT  100
      | ||||||||   |||||| ||||||  ||||  ||||||  | |||| |
seq2  C-AAGCTTGG--ATTCATG-ACAATATGGAGG--AAATGG--AAGCAA-T  84

seq1  TCACCACAATCCAGGTACATAAAACCATGTTGATTGGCACCTAGTTTATG  150
      ||||| || |||| || ||| || ||||||||| |||||||||| |||||
seq2  TCACCCCATTCCA-GTTCAT-AAGCCATGTTGA-TGGCACCTAG-TTATG  130

seq1  TTTGAACAAATACGATCTGAAAACTTTGCGGCATGTGGAACTTCACTGGT  200
       ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
seq2  -TTGAACAAATACGATCTGAAAACTTTGCGGCATGTTGAACTTCACTGGT  179

seq1  ATTTGGGTATCAAATCTAGATATTTCTTTAGAAGCACATTATTTGTGTAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| || 
seq2  ATTTGGGTATCAAATCTAGATATTTCTTTAGAAGCACATTA-TTGT-TAA  227

seq1  TCCCCTAGTAAGTTGGGACAGAACAAATTCCTCAGTCTTCTGACACATTG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCCTAGTAAGTTGGGACAGAACAAATTCCTCAGTCTTCTGACACATTG  277

seq1  TCCCCAAAATGTCTCGATATTGCTTACTGCTCCTCTGTTTTCCTTTGAGT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCCAAAATGTCTCGATATTGCTTACTGCTCCTCTGTTTTCCTTTGAGT  327

seq1  CACACTAGTTCCAAACATAGTTACCTTTGTCTGACACCATACTTATATAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACTAGTTCCAAACATAGTTACCTTTGTCTGACACCATACTTATATAA  377

seq1  AAAGAATACTAAATCCTTATAGCCCATTACTCACTGGAAGAAACTTCAGT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGAATACTAAATCCTTATAGCCCATTACTCACTGGAAGAAACTTCAGT  427

seq1  AGAAAAGAAGACTAATTTCTGCAGACAGCTGGTTGAGCAGTGTGGCCAGA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAAAGAAGACTAATTTCTGCAGACAGCTGGTTGAGCAGTGTGGCCAGA  477

seq1  ATGGCCGTTTAGTCTCAGTCCTCTGCTGTTGTCACTTATCTGTCATGAGC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGCCGTTTAGTCTCAGTCCTCTGCTGTTGTCACTTATCTGTCATGAGC  527

seq1  CCTCACAGAGATGTCCACTGAAATGTAGGGAGCTTTGAGTACAACTGAAG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCACAGAGATGTCCACTGAAATGTAGGGAGCTTTGAGTACAACTGAAG  577

seq1  ATAAATGCTGCACTATCTGCAGTGCAATCTGTCTGCACGGTTCCCGCATT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAATGCTGCACTATCTGCAGTGCAATCTGTCTGCACGGTTCCCGCATT  627

seq1  ATACTTATGTTCTTGATGTTCCCGCATGCTTACCCTCAACAAGAAACTAA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACTTATGTTCTTGATGTTCCCGCATGCTTACCCTCAACAAGAAACTAA  677

seq1  GCGAGCTAAACCAGCCTGTGCCATTTGATGTTTTGTGAGCCACTCTCAAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCGAGCTAAACCAGCCTGTGCCATTTGATGTTTTGTGAGCCACTCTCAAA  727

seq1  GCAATGACTCTGGAAGAGGTCCAAATGGGAATCCAATTCAATGGGAATGT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAATGACTCTGGAAGAGGTCCAAATGGGAATCCAATTCAATGGGAATGT  777

seq1  GTATTCCAAGGAGTTTGTGATGCGACCAGAGTGTCGCAAATGTGACCTGA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATTCCAAGGAGTTTGTGATGCGACCAGAGTGTCGCAAATGTGACCTGA  827

seq1  GGGCACAATGTTCTGAGAAAACGATACAGTTCACATAAAAGAGGAGTTGG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGCACAATGTTCTGAGAAAACGATACAGTTCACATAAAAGAGGAGTTGG  877

seq1  TTTTGACTAGTGGGGGCAGATTATAGCATGGATAGCCTGATACATAAGAA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTGACTAGTGGGGGCAGATTATAGCATGGATAGCCTGATACATAAGAA  927

seq1  AAGAAAAATATTATAGCTCAATAAAATAGGACACTATTTACTCTCTAAGC  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAAAAATATTATAGCTCAATAAAATAGGACACTATTTACTCTCTAAGC  977

seq1  TTTGATGGTTCATTGTGTTTTAATTTCAGCTAAAATTGTTTTGTTCTCAT  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGATGGTTCATTGTGTTTTAATTTCAGCTAAAATTGTTTTGTTCTCAT  1027

seq1  TATGTTCAATTTTTGCTACTGCTAACACCACAGCTTGTTACTTTATTCTT  1100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGTTCAATTTTTGCTACTGCTAACACCACAGCTTGTTACTTTATTCTT  1077

seq1  TTCTTCTTTGTAGGGCTCCTTTGCTCTTTCCATTTATTATATATTGAAGC  1150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTTCTTTGTAGGGCTCCTTTGCTCTTTCCATTTATTATATATTGAAGC  1127

seq1  AAGGTATTTATTAACAAATAATAAATACACCAATAGGAGCCATCTGTGCA  1200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGTATTTATTAACAAATAATAAATACACCAATAGGAGCCATCTGTGCA  1177

seq1  GAATTC  1206
      ||||||
seq2  GAATTC  1183