BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-080N23
Chromosome9 (Build37)
Map Location 34,830,249 - 34,976,300
singlet/doubletdoublet
Overlap geneKirrel3, St3gal4, Dcps
Upstream genenone
Downstream geneTirap, Foxred1, Srpr, C030004A17Rik, Rpusd4, EG434394, Cdon, Ddx25, Pus3, EG627480, LOC100042442, Svs7, Gm846, D730048I06Rik, 9230110F15Rik, LOC100041605, 9230113P08Rik, EG546123, LOC100041618
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-080N23.bB6Ng01-080N23.g
ACCDH895888DH895889
length1,139407
definitionDH895888|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-080N23, 5' end.DH895889|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-080N23, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(34,975,163 - 34,976,300)(34,830,249 - 34,830,661)
sequence
gaattccagactctattgcagactacagaactcagcccttgtgctagctg
gacttccgtacaagtcatatggacattatagttagaaagatattagtctt
taaaagacactgtttgctggggatgcctgccattatttctcattcttggc
ctttccaaaaaccttcagctggtattgaaataaatttgtggtttgcattt
gaagttctcataggtactgcataggtgaaattcaagaatatatttgtgca
ttattcagaagcagtcagcatctatttagtagtagttactatgattattt
tggtgtgctggcctcagtgctaagtaccgttgcttcagagtccagtaaga
tgctatctctgaccttaggcatgtttagggcagggcaagagggctgtgag
ttattgtgaagagacagagagacaaatgctgtgggtcctcctacctgaat
ggaaactttggataagagttcagctttgggcataggcctgtagtcctagc
tcctggaaaggtgaagcaaaaggctcaaatgtgtgggccatagagggagt
tcaggactggcctgaacaatttagtgagatgctgtctgaaaataaaaagt
gaaagaacactaaggttgtggcttaacagtggagtgcttgcacgggtctg
aggccctaggtgtaatcccctttactacatgtaggaagacaggcaatcac
gtcataggcggttaaggagaagctcttcatgtgctggtctttgacagctt
gtctatctcccagtgcttgacagttgtggtagcaaccatgcagccggcag
gcattcaagcatgcagacacagtgttccatccagtccttgttcaggcctc
agatatcaagacccttagctcagagtgttagagttcttgtgtaagtcagt
attccatagcatttgatactagccagtgttgcagcttttgtcttaggtgt
ctgataatgttgattttaatgagttcatggtttccaggagctctttctag
cgaacagagcccgtagttcctcctatctgtctccttattagtctttaatc
ccttttcaccctctgcccttcttgtcttcttccctcttaaaaaaaaaatt
tgtattttaacaaaatgtttgggtgtttgtttgcatgtg
agtttctgatgtgccatttggtgtcatggaatgtatatgtatatacagta
catgtatgtgtagtatatggtttgtaatgtatatatataaacatatgtat
gtttgtactgtgggtatgtgatatggttgatatgcatagatggtatggca
tatgtttctatgttgtgactatatttatgtgaacagtggtacatacacac
atgtgtattgtgatgtgatatgtcatatgaatagttctgaatgcatggtt
tgtgttacacacatgtgtattgtgatgtgatatgtcatatgaatagttct
gaatgcatggtttgtgttgtgtgtatgtatagtgtttgtagtatgtgtgc
ttatgccatacacgtgtgtaatgtgttgttcatgtgtatatattttcata
gtttgtg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr9_34975163_34976300
seq2: B6Ng01-080N23.b_50_1188 (reverse)

seq1  CACATGCAAACAAACACCCACATAT----GTAAAATACAAATTTTTTTTT  46
      |||||||||||||||||||| | ||     |||||||||||   ||||||
seq2  CACATGCAAACAAACACCCAAACATTTTGTTAAAATACAAA---TTTTTT  47

seq1  TTTTAAGAAGGGAGAAGACAAGAAGGGGCAGA-GGTGAAAAGGGATAAAA  95
      |||||||| || |||||||||||| ||||||| ||||||||||||| |||
seq2  TTTTAAGAGGGAAGAAGACAAGAA-GGGCAGAGGGTGAAAAGGGATTAAA  96

seq1  GACTAATAAGGAGACAGATAGGAGGAACTACGGGCTCTGTTCGCTAG-AA  144
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
seq2  GACTAATAAGGAGACAGATAGGAGGAACTACGGGCTCTGTTCGCTAGAAA  146

seq1  GAGCTCCTGGAAACCATGAACTCATTAAAATCAACATTATCAGACACCCT  194
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
seq2  GAGCTCCTGGAAACCATGAACTCATTAAAATCAACATTATCAGACA-CCT  195

seq1  AAGACAAAAGCTGCAACACTGGCTAGTATCAAATGCTATGGAATACTGAC  244
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGACAAAAGCTGCAACACTGGCTAGTATCAAATGCTATGGAATACTGAC  245

seq1  TTACACAAGAACTCTAACACTCTGAGCTAAGGGTCTTGATATCTGAGGCC  294
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACACAAGAACTCTAACACTCTGAGCTAAGGGTCTTGATATCTGAGGCC  295

seq1  TGAACAAGGACTGGATGGAACACTGTGTCTGCATGCTTGAATGCCTGCCG  344
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAACAAGGACTGGATGGAACACTGTGTCTGCATGCTTGAATGCCTGCCG  345

seq1  GCTGCATGGTTGCTACCACAACTGTCAAGCACTGGGAGATAGACAAGCTG  394
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGCATGGTTGCTACCACAACTGTCAAGCACTGGGAGATAGACAAGCTG  395

seq1  TCAAAGACCAGCACATGAAGAGCTTCTCCTTAACCGCCTATGACGTGATT  444
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAAGACCAGCACATGAAGAGCTTCTCCTTAACCGCCTATGACGTGATT  445

seq1  GCCTGTCTTCCTACATGTAGTAAAGGGGATTACACCTAGGGCCTCAGACC  494
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTGTCTTCCTACATGTAGTAAAGGGGATTACACCTAGGGCCTCAGACC  495

seq1  CGTGCAAGCACTCCACTGTTAAGCCACAACCTTAGTGTTCTTTCACTTTT  544
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGTGCAAGCACTCCACTGTTAAGCCACAACCTTAGTGTTCTTTCACTTTT  545

seq1  TATTTTCAGACAGCATCTCACTAAATTGTTCAGGCCAGTCCTGAACTCCC  594
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTTTCAGACAGCATCTCACTAAATTGTTCAGGCCAGTCCTGAACTCCC  595

seq1  TCTATGGCCCACACATTTGAGCCTTTTGCTTCACCTTTCCAGGAGCTAGG  644
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTATGGCCCACACATTTGAGCCTTTTGCTTCACCTTTCCAGGAGCTAGG  645

seq1  ACTACAGGCCTATGCCCAAAGCTGAACTCTTATCCAAAGTTTCCATTCAG  694
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTACAGGCCTATGCCCAAAGCTGAACTCTTATCCAAAGTTTCCATTCAG  695

seq1  GTAGGAGGACCCACAGCATTTGTCTCTCTGTCTCTTCACAATAACTCACA  744
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGGAGGACCCACAGCATTTGTCTCTCTGTCTCTTCACAATAACTCACA  745

seq1  GCCCTCTTGCCCTGCCCTAAACATGCCTAAGGTCAGAGATAGCATCTTAC  794
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCTCTTGCCCTGCCCTAAACATGCCTAAGGTCAGAGATAGCATCTTAC  795

seq1  TGGACTCTGAAGCAACGGTACTTAGCACTGAGGCCAGCACACCAAAATAA  844
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGACTCTGAAGCAACGGTACTTAGCACTGAGGCCAGCACACCAAAATAA  845

seq1  TCATAGTAACTACTACTAAATAGATGCTGACTGCTTCTGAATAATGCACA  894
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATAGTAACTACTACTAAATAGATGCTGACTGCTTCTGAATAATGCACA  895

seq1  AATATATTCTTGAATTTCACCTATGCAGTACCTATGAGAACTTCAAATGC  944
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATATATTCTTGAATTTCACCTATGCAGTACCTATGAGAACTTCAAATGC  945

seq1  AAACCACAAATTTATTTCAATACCAGCTGAAGGTTTTTGGAAAGGCCAAG  994
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACCACAAATTTATTTCAATACCAGCTGAAGGTTTTTGGAAAGGCCAAG  995

seq1  AATGAGAAATAATGGCAGGCATCCCCAGCAAACAGTGTCTTTTAAAGACT  1044
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGAGAAATAATGGCAGGCATCCCCAGCAAACAGTGTCTTTTAAAGACT  1045

seq1  AATATCTTTCTAACTATAATGTCCATATGACTTGTACGGAAGTCCAGCTA  1094
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATATCTTTCTAACTATAATGTCCATATGACTTGTACGGAAGTCCAGCTA  1095

seq1  GCACAAGGGCTGAGTTCTGTAGTCTGCAATAGAGTCTGGAATTC  1138
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACAAGGGCTGAGTTCTGTAGTCTGCAATAGAGTCTGGAATTC  1139

seq1: chr9_34830249_34830661
seq2: B6Ng01-080N23.g_70_482

seq1  GAATTCAGTTTCTGATGTGCCATTTGGTGTCATGGAATGTATATGTATAT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGTTTCTGATGTGCCATTTGGTGTCATGGAATGTATATGTATAT  50

seq1  ACAGTACATGTATGTGTAGTATATGGTTTGTAATGTATATATATAAACAT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGTACATGTATGTGTAGTATATGGTTTGTAATGTATATATATAAACAT  100

seq1  ATGTATGTTTGTACTGTGGGTATGTGATATGGTTGATATGCATAGATGGT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTATGTTTGTACTGTGGGTATGTGATATGGTTGATATGCATAGATGGT  150

seq1  ATGGCATATGTTTCTATGTTGTGACTATATTTATGTGAACAGTGGTACAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGCATATGTTTCTATGTTGTGACTATATTTATGTGAACAGTGGTACAT  200

seq1  ACACACATGTGTATTGTGATGTGATATGTCATATGAATAGTTCTGAATGC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACACATGTGTATTGTGATGTGATATGTCATATGAATAGTTCTGAATGC  250

seq1  ATGGTTTGTGTTACACACATGTGTATTGTGATGTGATATGTCATATGAAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGTTTGTGTTACACACATGTGTATTGTGATGTGATATGTCATATGAAT  300

seq1  AGTTCTGAATGCATGGTTTGTGTTGTGTGTATGTATAGTGTTTGTAGTAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTCTGAATGCATGGTTTGTGTTGTGTGTATGTATAGTGTTTGTAGTAT  350

seq1  GTGTGCTTATGCCATACACGTGTGTAATGTGTTGTTCATGTGTATTTATT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
seq2  GTGTGCTTATGCCATACACGTGTGTAATGTGTTGTTCATGTGTATATATT  400

seq1  TTCATAGTTTGTG  413
      |||||||||||||
seq2  TTCATAGTTTGTG  413