BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-085D06
Chromosome9 (Build37)
Map Location 66,031,255 - 66,169,028
singlet/doubletdoublet
Overlap geneDapk2
Upstream genePunc, Parp16, Cilp, Clpx, Pdcd7, Gm514, 5430433E21Rik, Rasl12, Ostb, Mtfmt, Spg21, Ankdd1a, Plekhq1, Pif1, LOC100041121, Rbpms2, Oaz2, Zfp609, LOC100041180, Trip4, 2810417H13Rik, Csnk1g1, Ppib, Snx22, Snx1, 5730536A07Rik
Downstream geneHerc1, Fbxl22, Usp3, Car12, Aph1b, LOC623488, Aph1c, Rab8b, Rps27l, Lactb, Tpm1, Tln2
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-085D06.bB6Ng01-085D06.g
ACCDH898940DH898941
length6811,058
definitionDH898940|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-085D06, 5' end.DH898941|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-085D06, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(66,031,255 - 66,031,935)(66,167,963 - 66,169,028)
sequence
gaattcctgccccgacttctctcgatgaaggactgtgatctggaaatgta
agatgaaataaaccctttcctctcccaagttggtattagtcatggtgttt
atcccagcaagagaaagtaaactagaacagggtttagtgtctgctgagtg
agggtcctggagatgagccatgctatgtaacttcaccgttgcatcaagac
taagaagactatggccattactgcagggtgcttttgttatgatgtaaacc
atgacaataataattgccagcacttattatgggtctactgtgtagaccca
cacgctggatattttacatgtgctatatctaataacataaccctgtgagg
cagccgttgttggccttagttggcagaagagatgcaactcatgttctaag
tcaccctatggttatagttggagtactattgactacaaatccagaacagt
ttttgctgaaccatatcacctctctttgatgatgagctttgagtaacccc
atagagaacgatggatgattctagcatcttctggaagcttctagtgaaaa
cgggtcaggtatgacagggctcaggtatgtggattagaccatggctctgg
cagagaaactgagaggtttttataccctgccagttggcagcagatacctg
agagagagagagagaggagggtgtgtggggg
gaattccaaacatcacacaatcccagaaactatctgcagctagcaaaacc
actcctctgctagagcttgaggcaaatcatagctgctacaaagcagactc
atagcctcacacctgggatgaaaatgaaaacatattcttaaaaatatttc
tgtggttgttttttaaatgaacactacacacacacacacacacacacaca
cacacacacacatctccttagctcacccccagcaacacaccatctccaac
aaagtcacaccttctaatcctttccaaacagttccacgactagaattcaa
gtgttcaagtacatgagcctatgggagtcattttcactcaagcaaccaca
gttcccatcacaaccaaaggcatcttagaggtggtgccctggaggagtgg
caagtggcaaaactggttcaaccttaaaacagtaggacagaaaagatttg
ggatcctagccagaagccccaagttcctctctgcataatatctgctagaa
ttcagagactaaacccagtgatttttaaaatgtaccttggaaccaggtgg
tggtggtggtggcacatgcctttaattccagccctcaggtaggacgtctg
agttccgggtcagcttcgtctacagagtgagttccaggacaaccaggggc
tacacagagacacactgtcttgaaattacaacaaaatttacaacaataaa
aaataccttggggctgggagtaatgatgtatgacttttattcctagcatt
taggaaggaggaagagttctagacttcccttgtatagacaaaggagttcc
agaccagccgaggtttcataataagaccctgtccttattatgagcctggt
aatgtgggccaaccagataaagtattggactatagtgctcagaactcact
ttaaaaggtcagattcagggatgtaaggatgagtcagtggtaaaagcact
ggcctctgggcccagagccaaatggtaaaaaaagaattgattccatcaat
cgttttgactttctacttgctcactggggcccatacaaacaaataattta
aaaaccac
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr9_66031255_66031935
seq2: B6Ng01-085D06.b_46_726

seq1  GAATTCCTGCCCCGACTTCTCTCGATGAAGGACTGTGATCTGGAAATGTA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTGCCCCGACTTCTCTCGATGAAGGACTGTGATCTGGAAATGTA  50

seq1  AGATGAAATAAACCCTTTCCTCTCCCAAGTTGGTATTAGTCATGGTGTTT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATGAAATAAACCCTTTCCTCTCCCAAGTTGGTATTAGTCATGGTGTTT  100

seq1  ATCCCAGCAAGAGAAAGTAAACTAGAACAGGGTTTAGTGTCTGCTGAGTG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCCAGCAAGAGAAAGTAAACTAGAACAGGGTTTAGTGTCTGCTGAGTG  150

seq1  AGGGTCCTGGAGATGAGCCATGCTATGTAACTTCACCGTTGCATCAAGAC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGTCCTGGAGATGAGCCATGCTATGTAACTTCACCGTTGCATCAAGAC  200

seq1  TAAGAAGACTATGGCCATTACTGCAGGGTGCTTTTGTTATGATGTAAACC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGAAGACTATGGCCATTACTGCAGGGTGCTTTTGTTATGATGTAAACC  250

seq1  ATGACAATAATAATTGCCAGCACTTATTATGGGTCTACTGTGTAGACCCA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGACAATAATAATTGCCAGCACTTATTATGGGTCTACTGTGTAGACCCA  300

seq1  CACGCTGGATATTTTACATGTGCTATATCTAATAACATAACCCTGTGAGG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACGCTGGATATTTTACATGTGCTATATCTAATAACATAACCCTGTGAGG  350

seq1  CAGCCGTTGTTGGCCTTAGTTGGCAGAAGAGATGCAACTCATGTTCTAAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCCGTTGTTGGCCTTAGTTGGCAGAAGAGATGCAACTCATGTTCTAAG  400

seq1  TCACCCTATGGTTATAGTTGGAGTACTATTGACTACAAATCCAGAACAGT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACCCTATGGTTATAGTTGGAGTACTATTGACTACAAATCCAGAACAGT  450

seq1  TTTTGCTGAACCATATCACCTCTCTTTGATGATGAGCTTTGAGTAACCCC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTGCTGAACCATATCACCTCTCTTTGATGATGAGCTTTGAGTAACCCC  500

seq1  ATAGAGAACGATGGATGATTCTAGCATCTTCTGGAAGCTTCTAGTGAAAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGAGAACGATGGATGATTCTAGCATCTTCTGGAAGCTTCTAGTGAAAA  550

seq1  CGGGTCAGGTATGACAGGGCTCAGGTATGTGGATTAGACCATGGCTCTGG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGGGTCAGGTATGACAGGGCTCAGGTATGTGGATTAGACCATGGCTCTGG  600

seq1  CAGAGAAACTGAGAGGTTTTTATACCCTGCCAGTTGGCAGCAGATACCTG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAGAAACTGAGAGGTTTTTATACCCTGCCAGTTGGCAGCAGATACCTG  650

seq1  AGAGAGAGAGAGAGAGGAGGGTGTGTGGGGG  681
      |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGAGAGAGAGAGAGGAGGGTGTGTGGGGG  681

seq1: chr9_66167963_66169028
seq2: B6Ng01-085D06.g_72_1129 (reverse)

seq1  GTGGTTTTTAAAATTTATTTTTGTTTTGTTATTGTGCCACAGTGTGCAAG  50
      ||||||||||||  ||||||    |||||   || ||| ||||| |||||
seq2  GTGGTTTTTAAA--TTATTT---GTTTGT--ATGGGCCCCAGTGAGCAAG  43

seq1  T-GGAAGTC-AAACAGCTGATGGGAATCAATTCTCTTTCTACCATGTGGG  98
      | | ||||| ||||   |||| |||||||||||| ||| |||||| | ||
seq2  TAGAAAGTCAAAACGATTGAT-GGAATCAATTCTTTTTTTACCAT-TTGG  91

seq1  CTCTGGGCCCAGAGGCCAGTGCTTTTAACCACTGACTCATCCTTACATCC  148
      |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTGGGCCCAGAGGCCAGTGCTTTT-ACCACTGACTCATCCTTACATCC  140

seq1  CTGAATCTGGCTTTTTAATGTGAGTTCTGAGCACTATAGTCCAAATACTT  198
      ||||||||| | |||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| |
seq2  CTGAATCTGACCTTTTAAAGTGAGTTCTGAGCACTATAGTCC-AATAC-T  188

seq1  TTATCTGGTTGGCCCACCTTACCAGGCTCATAATAAGGACAGGGTCTTAT  248
      ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATCTGGTTGGCCCACATTACCAGGCTCATAATAAGGACAGGGTCTTAT  238

seq1  TATGAAACCTCGGCTGGTCTGGAACTCCTTTGTCTATACAAGGGAAGTCT  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGAAACCTCGGCTGGTCTGGAACTCCTTTGTCTATACAAGGGAAGTCT  288

seq1  AGAACTCTTCCTCCTTCCTAAATGCTAGGAATTAAAGTCATACATCATTA  348
      |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
seq2  AGAACTCTTCCTCCTTCCTAAATGCTAGGAATAAAAGTCATACATCATTA  338

seq1  CTCCCAGCCCCAAGGTATTTTTTATTGTTGTAAA-TTTGTTGTAATTTCA  397
      |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
seq2  CTCCCAGCCCCAAGGTATTTTTTATTGTTGTAAATTTTGTTGTAATTTCA  388

seq1  AGACAGTGTGTCTCTGTGTAG-CCCTGGTTGTCCTGGAACTCACTCTGTA  446
      ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACAGTGTGTCTCTGTGTAGCCCCTGGTTGTCCTGGAACTCACTCTGTA  438

seq1  GACGAAGCTGACCCGGAACTCAGACGTCCTACCTGAGGGCTGGAATTAAA  496
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACGAAGCTGACCCGGAACTCAGACGTCCTACCTGAGGGCTGGAATTAAA  488

seq1  GGCATGTGCCACCACCACCACCACCTGGTTCCAAGGTACATTTTAAAAAT  546
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCATGTGCCACCACCACCACCACCTGGTTCCAAGGTACATTTTAAAAAT  538

seq1  CACTGGGTTTAGTCTCTGAATTCTAGCAGATATTATGCAGAGAGGAACTT  596
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTGGGTTTAGTCTCTGAATTCTAGCAGATATTATGCAGAGAGGAACTT  588

seq1  GGGGCTTCTGGCTAGGATCCCAAATCTTTTCTGTCCTACTGTTTTAAGGT  646
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGCTTCTGGCTAGGATCCCAAATCTTTTCTGTCCTACTGTTTTAAGGT  638

seq1  TGAACCAGTTTTGCCACTTGCCACTCCTCCAGGGCACCACCTCTAAGATG  696
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAACCAGTTTTGCCACTTGCCACTCCTCCAGGGCACCACCTCTAAGATG  688

seq1  CCTTTGGTTGTGATGGGAACTGTGGTTGCTTGAGTGAAAATGACTCCCAT  746
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTTGGTTGTGATGGGAACTGTGGTTGCTTGAGTGAAAATGACTCCCAT  738

seq1  AGGCTCATGTACTTGAACACTTGAATTCTAGTCGTGGAACTGTTTGGAAA  796
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCTCATGTACTTGAACACTTGAATTCTAGTCGTGGAACTGTTTGGAAA  788

seq1  GGATTAGAAGGTGTGACTTTGTTGGAGATGGTGTGTTGCTGGGGGTGAGC  846
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATTAGAAGGTGTGACTTTGTTGGAGATGGTGTGTTGCTGGGGGTGAGC  838

seq1  TAAGGAGATGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTAGTGT  896
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGGAGATGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTAGTGT  888

seq1  TCATTTAAAAAACAACCACAGAAATATTTTTAAGAATATGTTTTCATTTT  946
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATTTAAAAAACAACCACAGAAATATTTTTAAGAATATGTTTTCATTTT  938

seq1  CATCCCAGGTGTGAGGCTATGAGTCTGCTTTGTAGCAGCTATGATTTGCC  996
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCCCAGGTGTGAGGCTATGAGTCTGCTTTGTAGCAGCTATGATTTGCC  988

seq1  TCAAGCTCTAGCAGAGGAGTGGTTTTGCTAGCTGCAGATAGTTTCTGGGA  1046
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAGCTCTAGCAGAGGAGTGGTTTTGCTAGCTGCAGATAGTTTCTGGGA  1038

seq1  TTGTGTGATGTTTGGAATTC  1066
      ||||||||||||||||||||
seq2  TTGTGTGATGTTTGGAATTC  1058