BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-086K01
Chromosome9 (Build37)
Map Location 68,406,276 - 68,547,944
singlet/doubletdoublet
Overlap geneRora
Upstream geneLOC100040253, EG640799, LOC665794, 3300001A09Rik, EG244911, Vps13c, LOC100041451
Downstream gene9530091C08Rik, Narg2, EG665815, EG244913, Anxa2
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-086K01.bB6Ng01-086K01.g
ACCDH899973DH899974
length1,1161,158
definitionDH899973|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-086K01, 5' end.DH899974|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-086K01, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(68,546,828 - 68,547,944)(68,406,276 - 68,407,453)
sequence
gaattctgcaggcctaggattagttttggcaaaggcatgggtataaacta
agccatttccatgtttgtcctggccatatggtaagaactgaggtattgcc
cagaatctagcatggctgagacgtgtgcacactccaaaagaggagaaaaa
ccaggaggctagaggggatgtctgagattggacagctaaaggcaatctga
tctcatgaacagcttcagaggggaaaggtctccaagcataaagagcgcat
ccggcccgacaccattctaatctaattaaatgagatccttctgtcagaca
ctgaaaacaccaatttatttctcattcatcaaattgattcaaacctccct
tatcagatatctcaattatcaaagactccaaggtcatgtaacactcagac
accgctttatatctgttctctttatactattataattcactttcccttgt
aagggttacagtcttagcctagggaaaaactcaccacagaacccagaaca
ttagaggtgaaggatgctgactaatatggccttggccacattaaggatac
tgaggcccaaagaacttggtccctggcccaaggccacacagctcaagttc
caagatgaggccatcttcaggccatccttcctcccttcagtggggtttcc
cagaggctgctcagggaaagagtgggtcaaggtgagccagggcaaggggg
ccatatgcaagcttagaggagtgagttttccttgaagggttgtctgacca
ccaaggataaaacagtgatttcatagtggatgagtctcacagatacttat
taaataggtgctctagtttcatgatgcagaaacaggcgagtggattaacc
aagacattgactagatgtgacatgagttagggagggcatgtttgtttgtt
tgttgtttaaatccacagcctccctccattaaccaggacaagataaatag
cttctcttaagtacctggcccagactataaaaacaagcacgtccgggaac
agttgtagcttggaagtgatggagcaagtgagctgaaagcaacatggaat
catggactggagtgctggaacagcaacggctgtgaatgggaggtggaaga
aaagctgaagtactct
gaattctcctggagagggttttctgtattagagctgacagaataaccact
gcattcacctgctatgaaaaggaagcttttagagaactgataaagggttc
tactgaggattgagttagtgatggaacatcaaggctaagcaaaaaaaaaa
aaaaaaaaaaaaaaaaaaaaccctaaaggcaaccatcatcattgtttact
taaagtaaaaccagaaagggagtcatggtctcagtttctagtagctctta
tgcaatgtctaaagaaaatgcggatgtgaccacactaaggtgtgttctaa
gcactctaccaggatgccaggaaagtagaaagaagtccgtgcatgtgcag
gagcaagggaaggaaaggcagataacacttttttccatggggcaggaaat
cgatgtgttactagaaatgaacattcaagagcaacacaggagagctttct
ggtaatcttggggtaaatgtgtaatcatgaagaagtcttgtccttggagg
agaaaaatggtaggtaacaggtgcttggaatgaagcaccttgggcttgtt
tgggtagtagaggtaaacaacttaagacaaactatattattcctgaaaga
gcatgcatttataactttaattttttacaaaagattctaaaagttgagaa
agaaagaatagggagccttactataaaggttttacatccttatatgaacg
tgaacttataggccgatctcaattatgaatatagatatagaaatttatgt
ctgattagtggtgttttaaaaatatactatcaaacatggtgaaatcctaa
ctaaaagaataaacaagcataacagtgtattcacatctggctaaaaaagt
aaagacaaaacatgccattgttatagattatgaagaatcacttacaaaac
tctgtatttacttagcttgtatgtcactagcagactaatttgggaaataa
tacattctatgtacagtagcagctatttccaaatgaaatggacttacagg
ttcacgaacacatcagcaatagcagaaaggccttcgatatttacatcact
tcaacatgtttgtgatacctgaatgtgaaacaggtaacactgaaattcat
aaagatgtagagctagaagagatggtcaggctcagtatgtctgccttcga
tttgcttc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr9_68546828_68547944
seq2: B6Ng01-086K01.b_41_1156 (reverse)

seq1  AGAGCTACTTCAGC-TTTCTCTCACCTCCCAATCACAGCCCTTTGCTGTT  49
      |||| ||||||||| |||||  ||||||||| |||||| || ||||||||
seq2  AGAG-TACTTCAGCTTTTCTTCCACCTCCCATTCACAG-CCGTTGCTGTT  48

seq1  CCAGCACT-CAGTCCATGATTCCATGTTGCTTTCAGCTCACTTGCTCCAT  98
      |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGCACTCCAGTCCATGATTCCATGTTGCTTTCAGCTCACTTGCTCCAT  98

seq1  CACCTCCAAGCTACAACTGTTCCCGGACGTGCCTTGTTTTTATAGTCTGG  148
      ||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
seq2  CACTTCCAAGCTACAACTGTTCCCGGACGTG-CTTGTTTTTATAGTCTGG  147

seq1  GCCAGGTACTTAAGAGAAGCTATTTATCTTGTCCTGGTTAATGGAGGGAG  198
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCAGGTACTTAAGAGAAGCTATTTATCTTGTCCTGGTTAATGGAGGGAG  197

seq1  GCTGTGGATTTAAACAACAAACAAACAAACATGCCCTCCCTAACTCATGT  248
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGTGGATTTAAACAACAAACAAACAAACATGCCCTCCCTAACTCATGT  247

seq1  CACATCTAGTCAATGTCTTGGTTAATCCACTCGCCTGTTTCTGCATCATG  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACATCTAGTCAATGTCTTGGTTAATCCACTCGCCTGTTTCTGCATCATG  297

seq1  AAACTAGAGCACCTATTTAATAAGTATCTGTGAGACTCATCCACTATGAA  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACTAGAGCACCTATTTAATAAGTATCTGTGAGACTCATCCACTATGAA  347

seq1  ATCACTGTTTTATCCTTGGTGGTCAGACAACCCTTCAAGGAAAACTCACT  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCACTGTTTTATCCTTGGTGGTCAGACAACCCTTCAAGGAAAACTCACT  397

seq1  CCTCTAAGCTTGCATATGGCCCCCTTGCCCTGGCTCACCTTGACCCACTC  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCTAAGCTTGCATATGGCCCCCTTGCCCTGGCTCACCTTGACCCACTC  447

seq1  TTTCCCTGAGCAGCCTCTGGGAAACCCCACTGAAGGGAGGAAGGATGGCC  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCCCTGAGCAGCCTCTGGGAAACCCCACTGAAGGGAGGAAGGATGGCC  497

seq1  TGAAGATGGCCTCATCTTGGAACTTGAGCTGTGTGGCCTTGGGCCAGGGA  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAGATGGCCTCATCTTGGAACTTGAGCTGTGTGGCCTTGGGCCAGGGA  547

seq1  CCAAGTTCTTTGGGCCTCAGTATCCTTAATGTGGCCAAGGCCATATTAGT  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAGTTCTTTGGGCCTCAGTATCCTTAATGTGGCCAAGGCCATATTAGT  597

seq1  CAGCATCCTTCACCTCTAATGTTCTGGGTTCTGTGGTGAGTTTTTCCCTA  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCATCCTTCACCTCTAATGTTCTGGGTTCTGTGGTGAGTTTTTCCCTA  647

seq1  GGCTAAGACTGTAACCCTTACAAGGGAAAGTGAATTATAATAGTATAAAG  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTAAGACTGTAACCCTTACAAGGGAAAGTGAATTATAATAGTATAAAG  697

seq1  AGAACAGATATAAAGCGGTGTCTGAGTGTTACATGACCTTGGAGTCTTTG  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAACAGATATAAAGCGGTGTCTGAGTGTTACATGACCTTGGAGTCTTTG  747

seq1  ATAATTGAGATATCTGATAAGGGAGGTTTGAATCAATTTGATGAATGAGA  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAATTGAGATATCTGATAAGGGAGGTTTGAATCAATTTGATGAATGAGA  797

seq1  AATAAATTGGTGTTTTCAGTGTCTGACAGAAGGATCTCATTTAATTAGAT  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAAATTGGTGTTTTCAGTGTCTGACAGAAGGATCTCATTTAATTAGAT  847

seq1  TAGAATGGTGTCGGGCCGGATGCGCTCTTTATGCTTGGAGACCTTTCCCC  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAATGGTGTCGGGCCGGATGCGCTCTTTATGCTTGGAGACCTTTCCCC  897

seq1  TCTGAAGCTGTTCATGAGATCAGATTGCCTTTAGCTGTCCAATCTCAGAC  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGAAGCTGTTCATGAGATCAGATTGCCTTTAGCTGTCCAATCTCAGAC  947

seq1  ATCCCCTCTAGCCTCCTGGTTTTTCTCCTCTTTTGGAGTGTGCACACGTC  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCCCTCTAGCCTCCTGGTTTTTCTCCTCTTTTGGAGTGTGCACACGTC  997

seq1  TCAGCCATGCTAGATTCTGGGCAATACCTCAGTTCTTACCATATGGCCAG  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGCCATGCTAGATTCTGGGCAATACCTCAGTTCTTACCATATGGCCAG  1047

seq1  GACAAACATGGAAATGGCTTAGTTTATACCCATGCCTTTGCCAAAACTAA  1098
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACAAACATGGAAATGGCTTAGTTTATACCCATGCCTTTGCCAAAACTAA  1097

seq1  TCCTAGGCCTGCAGAATTC  1117
      |||||||||||||||||||
seq2  TCCTAGGCCTGCAGAATTC  1116

seq1: chr9_68406276_68407453
seq2: B6Ng01-086K01.g_67_1224

seq1  GAATTCTCCTGGAGAGGGTTTTCTGTATTAGAGCTGACAGAATAACCACT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCCTGGAGAGGGTTTTCTGTATTAGAGCTGACAGAATAACCACT  50

seq1  GCATTCACCTGCTATGAAAAGGAAGCTTTTAGAGAACTGATAAAGGGTTC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATTCACCTGCTATGAAAAGGAAGCTTTTAGAGAACTGATAAAGGGTTC  100

seq1  TACTGAGGATTGAGTTAGTGATGGAACATCAAGGCTAAGCAAAAAAAAAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTGAGGATTGAGTTAGTGATGGAACATCAAGGCTAAGCAAAAAAAAAA  150

seq1  AAAAAAAAAAAAAAAAAAAACCCTAAAGGCAACCATCATCATTGTTTACT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAAAAAAAAAAAAAAAAACCCTAAAGGCAACCATCATCATTGTTTACT  200

seq1  TAAAGTAAAACCAGAAAGGGAGTCATGGTCTCAGTTTCTAGTAGCTCTTA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAGTAAAACCAGAAAGGGAGTCATGGTCTCAGTTTCTAGTAGCTCTTA  250

seq1  TGCAATGTCTAAAGAAAATGCGGATGTGACCACACTAAGGTGTGTTCTAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCAATGTCTAAAGAAAATGCGGATGTGACCACACTAAGGTGTGTTCTAA  300

seq1  GCACTCTACCAGGATGCCAGGAAAGTAGAAAGAAGTCCGTGCATGTGCAG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACTCTACCAGGATGCCAGGAAAGTAGAAAGAAGTCCGTGCATGTGCAG  350

seq1  GAGCAAGGGAAGGAAAGGCAGATAACACTTTTTTCCATGGGGCAGGAAAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCAAGGGAAGGAAAGGCAGATAACACTTTTTTCCATGGGGCAGGAAAT  400

seq1  CGATGTGTTACTAGAAATGAACATTCAAGAGCAACACAGGAGAGCTTTCT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGATGTGTTACTAGAAATGAACATTCAAGAGCAACACAGGAGAGCTTTCT  450

seq1  GGTAATCTTGGGGTAAATGTGTAATCATGAAGAAGTCTTGTCCTTGGAGG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTAATCTTGGGGTAAATGTGTAATCATGAAGAAGTCTTGTCCTTGGAGG  500

seq1  AGAAAAATGGTAGGTAACAGGTGCTTGGAATGAAGCACCTTGGGCTTGTT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAAAATGGTAGGTAACAGGTGCTTGGAATGAAGCACCTTGGGCTTGTT  550

seq1  TGGGTAGTAGAGGTAAACAACTTAAGACAAACTATATTATTCCTGAAAGA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGTAGTAGAGGTAAACAACTTAAGACAAACTATATTATTCCTGAAAGA  600

seq1  GCATGCATTTATAACTTTAATTTTTTACAAAAGATTCTAAAAGTTGAGAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATGCATTTATAACTTTAATTTTTTACAAAAGATTCTAAAAGTTGAGAA  650

seq1  AGAAAGAATAGGGAGCCTTACTATAAAGGTTTTACATCCTTATATGAACG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAAGAATAGGGAGCCTTACTATAAAGGTTTTACATCCTTATATGAACG  700

seq1  TGAACTTATAGGCCGATCTCAATTATGAATATAGATATAGAAATTTATGT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAACTTATAGGCCGATCTCAATTATGAATATAGATATAGAAATTTATGT  750

seq1  CTGATTAGTGGTGTTTTAAAAATATACTATCAAACATGGTGAAATCCTAA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGATTAGTGGTGTTTTAAAAATATACTATCAAACATGGTGAAATCCTAA  800

seq1  CT-AAAGAATAAACAAGCATAACAGTGTATTCACATCTGGCTAAAAAAGT  849
      || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
seq2  CTAAAAGAATAAACAAGCATAACAGTGTATTCACATCTGGCTAAAAAAG-  849

seq1  TAAAGACAAAAACATGCCATTGTTATAGATTATGAAGAATCACTTAACAA  899
      ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
seq2  TAAAGAC-AAAACATGCCATTGTTATAGATTATGAAGAATCACTT-ACAA  897

seq1  AACTCTGTATTTACTTAGCTTGTATGTCACTAGCAGACTAAATTTGGGAA  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
seq2  AACTCTGTATTTACTTAGCTTGTATGTCACTAGCAGACT-AATTTGGGAA  946

seq1  ATAATACATTCTATGTACAGTAAGCAGCTATTTCCAAATGAAATGGACTT  999
      ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAATACATTCTATGTACAGT-AGCAGCTATTTCCAAATGAAATGGACTT  995

seq1  AACAGTTTCACGAACAACATCAGCAATAGCAGAAAAGCCCTCAAATAATT  1049
       |||| ||||||||| ||||||||||||||||||| ||| || |   |||
seq2  -ACAGGTTCACGAAC-ACATCAGCAATAGCAGAAAGGCCTTCGA--TATT  1041

seq1  TACACCAACTTCAACATG-TTGTGATAACTG-ATGTGAAAAACAGGGAAA  1097
      |||| | ||||||||||| |||||||| ||| |||||  |||||||   |
seq2  TACATC-ACTTCAACATGTTTGTGATACCTGAATGTG--AAACAGG--TA  1086

seq1  ACACTGAAATCCATAAAAGATGGTAGGAGGGCTAG-AGAGATGGTTCTAG  1146
      |||||||||| ||| ||||||    | || ||||| ||||||||   |  
seq2  ACACTGAAATTCAT-AAAGAT----GTAGAGCTAGAAGAGATGG---TCA  1128

seq1  GGCTCAGTATGTGCTGCGCTTCGATTTGCTTC  1178
      |||||||||||| |||| ||||||||||||||
seq2  GGCTCAGTATGT-CTGC-CTTCGATTTGCTTC  1158