BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-086K14
Chromosome9 (Build37)
Map Location 67,238,334 - 67,313,536
singlet/doubletdoublet
Overlap geneTln2, LOC100041390
Upstream geneHerc1, Fbxl22, Usp3, Car12, Aph1b, LOC623488, Aph1c, Rab8b, Rps27l, Lactb, Tpm1
Downstream geneLOC100040253, EG640799, LOC665794, 3300001A09Rik, EG244911, Vps13c, LOC100041451
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-086K14.bB6Ng01-086K14.g
ACCDH899999DH900000
length1,183683
definitionDH899999|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-086K14, 5' end.DH900000|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-086K14, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(67,238,334 - 67,239,520)(67,312,854 - 67,313,536)
sequence
gaattctgggtgctgagctggctgtggtttgggagaaggctgtggaagct
ttggctggtggcgtctcccaggaggaaatgggttctacagtctggccctc
cttcctgatgatgctgaggatgcaggatgagcatccagcctcttcttgtc
ccttcatgctgcccctgccaagatggaacatatcccttggaaggcaaacc
agagcaatcccttccttgaatagctgcttttcttgcttttcttgtgttag
ttacattttatctatccatccatctatctatctatctatctatctatcta
tctatctatctatctatctatctatctatctaatgtgtgtatgttgcaga
aaaggctatgttgtgtagtgcaggtaggacacatgggaatgggttgtctc
tttgtaccacatgggtcacaggaattgaactcagagcatcaggcttgttg
gaaagtgcctttacccactgagccatctcacctgtacttaaagatcttgt
ctgatcacagcaacaagacaaatatctaacactttaagagttttccttgg
aatcaagtacttacttcagtcttatctagtgaaatggtttaaagacagta
ggcatagcgagtttctctgctctcagatagaaaatagggagaaaattaaa
gtcatgaggtggtggtacagagactcaaaactaaaggctagagatgatat
ctgtacccataggccagcttgactctgacatcatcctaagaatcctgtcc
tcacattgtggtgtatagacatatacatcagccattcctctgctcactcc
ctgaagccctctgtgtcctccacacctcactgagtctctgttttctctct
gtctctctcatgcacacacgtgcatgtgtatacacacacacacacacaca
cacacacacccatactcactgtgttaagtatttatgaccaacctcaccaa
atgctaagcaactctggcataagtaacctgtctgacagacctcctctccc
agagtcactgggagggtactgtgcacacattaataaatccttgagatttg
tctactgaaggcttctggaaagagtctgtaactgaaatttaatgagtaga
aaagagaaggagagcaaaggagactcgaagaaatggcagcctctcaaaga
tcgataactatgaaggtatgatgtcattagagc
gaattctagaacaataaagacttcctaaccccgctcacatttttgatctg
gaaagcccataaagaggaaatacaacaaaacagaaggattgcagcctctc
acgtggcctctgcataaagacacactttaccccactttgcattcacatcc
tttgcaccattaactgaacatttacaggattgtttttagtcatttaatta
atgcaaagtatgtctttaataatcatttgcataaaataactaattaaaac
attttccaaagtagtatatgggacatttgtcctaagatgtagaccacaaa
aataaagttatctgtgcctgtgtaattgttggactcatttagtcctaata
acagcatattaaagcatctaaaatgtttctgtggtagaaaactcctttta
atttttgttaagccagcgtttcccacattcaatgaagaaacttttgttaa
tgcaatactttttatttttaagattttatttttttgtgaaagtgcttatc
tctgtgtctgtatgtgtactgtgtctacatattatgaccaggggagggta
gattccccagaactgtgaggcactccatgtggatgctgggaactgaactc
aggcctgaactaaactgagttgttctatgccccagtataggggaatgcct
gagccaagaagcgggagtgggtggggagggggg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr9_67238334_67239520
seq2: B6Ng01-086K14.b_45_1227

seq1  GAATTCTGGGTGCTGAGCTGGCTGTGGTTTGGGAGAAGGCTGTGGAAGCT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTGGGTGCTGAGCTGGCTGTGGTTTGGGAGAAGGCTGTGGAAGCT  50

seq1  TTGGCTGGTGGCGTCTCCCAGGAGGAAATGGGTTCTACAGTCTGGCCCTC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGCTGGTGGCGTCTCCCAGGAGGAAATGGGTTCTACAGTCTGGCCCTC  100

seq1  CTTCCTGATGATGCTGAGGATGCAGGATGAGCATCCAGCCTCTTCTTGTC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCCTGATGATGCTGAGGATGCAGGATGAGCATCCAGCCTCTTCTTGTC  150

seq1  CCTTCATGCTGCCCCTGCCAAGATGGAACATATCCCTTGGAAGGCAAACC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTCATGCTGCCCCTGCCAAGATGGAACATATCCCTTGGAAGGCAAACC  200

seq1  AGAGCAATCCCTTCCTTGAATAGCTGCTTTTCTTGCTTTTCTTGTGTTAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGCAATCCCTTCCTTGAATAGCTGCTTTTCTTGCTTTTCTTGTGTTAG  250

seq1  TTACATTTTATCTATCCATCC----ATCTATCTATCTATCTATCTATCTA  296
      |||||||||||||||||||||    |||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACATTTTATCTATCCATCCATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTA  300

seq1  TCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTAATGTGTGTATGTTGCAGA  346
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTAATGTGTGTATGTTGCAGA  350

seq1  AAAGGCTATGTTGTGTAGTGCAGGTAGGACACATGGGAATGGGTTGTCTC  396
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGGCTATGTTGTGTAGTGCAGGTAGGACACATGGGAATGGGTTGTCTC  400

seq1  TTTGTACCACATGGGTCACAGGAATTGAACTCAGAGCATCAGGCTTGTTG  446
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGTACCACATGGGTCACAGGAATTGAACTCAGAGCATCAGGCTTGTTG  450

seq1  GAAAGTGCCTTTACCCACTGAGCCATCTCACCTGTACTTAAAGATCTTGT  496
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAGTGCCTTTACCCACTGAGCCATCTCACCTGTACTTAAAGATCTTGT  500

seq1  CTGATCACAGCAACAAGACAAATATCTAACACTTTAAGAGTTTTCCTTGG  546
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGATCACAGCAACAAGACAAATATCTAACACTTTAAGAGTTTTCCTTGG  550

seq1  AATCAAGTACTTACTTCAGTCTTATCTAGTGAAATGGTTTAAAGACAGTA  596
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCAAGTACTTACTTCAGTCTTATCTAGTGAAATGGTTTAAAGACAGTA  600

seq1  GGCATAGCGAGTTTCTCTGCTCTCAGATAGAAAATAGGGAGAAAATTAAA  646
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCATAGCGAGTTTCTCTGCTCTCAGATAGAAAATAGGGAGAAAATTAAA  650

seq1  GTCATGAGGTGGTGGTACAGAGACTCAAAACTAAAGGCTAGAGATGATAT  696
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCATGAGGTGGTGGTACAGAGACTCAAAACTAAAGGCTAGAGATGATAT  700

seq1  CTGTACCCATAGGCCAGCTTGACTCTGACATCATCCTAAGAATCCTGTCC  746
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTACCCATAGGCCAGCTTGACTCTGACATCATCCTAAGAATCCTGTCC  750

seq1  TCACATTGTGGTGTATAGACATATACATCAGCCATTCCTCTGCTCACTCC  796
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACATTGTGGTGTATAGACATATACATCAGCCATTCCTCTGCTCACTCC  800

seq1  CTGAAGCCCTCTGTGTCCTCCACACCTCACTGAGTCTCTG-TTTCTCTCT  845
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
seq2  CTGAAGCCCTCTGTGTCCTCCACACCTCACTGAGTCTCTGTTTTCTCTCT  850

seq1  GTCTCTCTCATGCACACACGTGCATGTGTATACACACACACACACACACA  895
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTCTCTCATGCACACACGTGCATGTGTATACACACACACACACACACA  900

seq1  CACACACA-CCATACTCACTGTGTTAAGTATTTATGACCAACCTCACCAA  944
      |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACACACCCATACTCACTGTGTTAAGTATTTATGACCAACCTCACCAA  950

seq1  ATGCTAAGCAACTCTGGCATAAGTAACCTGTCTGACAGACCTCCTCTCCC  994
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCTAAGCAACTCTGGCATAAGTAACCTGTCTGACAGACCTCCTCTCCC  1000

seq1  AGAGTCACCTGGGAGGGTACTGTGCACACATTAATAAATCCTTGAGATTT  1044
      ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGTCA-CTGGGAGGGTACTGTGCACACATTAATAAATCCTTGAGATTT  1049

seq1  GTCTACTGAAGGCTTCTGGAAAGAAGTCTGTAACTGGAAATTTAATGAGG  1094
      ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||| |
seq2  GTCTACTGAAGGCTTCTGGAAAG-AGTCTGTAACT-GAAATTTAATGA-G  1096

seq1  TAG-AAAGAGAA-GAGAGCAGAGGAGGACTCAGAGGAAATGGCAGGCCCT  1142
      ||| |||||||| ||||||| |||| ||||| || |||||||||| | ||
seq2  TAGAAAAGAGAAGGAGAGCAAAGGA-GACTC-GAAGAAATGGCAGCCTCT  1144

seq1  CCAAAGATCGATAAACATTATGAAAGTAATGATGTCATCCAGAGC  1187
       ||||||||||||   | |||||| || ||||||||||  |||||
seq2  -CAAAGATCGATA---ACTATGAAGGT-ATGATGTCAT-TAGAGC  1183

seq1: chr9_67312854_67313536
seq2: B6Ng01-086K14.g_68_750 (reverse)

seq1  CCCCCCTCCCCACCCACTCCCGCTTCTTGGCTCAGGCATTCCCCTATACT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCCCTCCCCACCCACTCCCGCTTCTTGGCTCAGGCATTCCCCTATACT  50

seq1  GGGGCATAGAACAACTCAGTTTAGTTCAGGCCTGAGTTCAGTTCCCAGCA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGCATAGAACAACTCAGTTTAGTTCAGGCCTGAGTTCAGTTCCCAGCA  100

seq1  TCCACATGGAGTGCCTCACAGTTCTGGGGAATCTACCCTCCCCTGGTCAT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCACATGGAGTGCCTCACAGTTCTGGGGAATCTACCCTCCCCTGGTCAT  150

seq1  AATATGTAGACACAGTACACATACAGACACAGAGATAAGCACTTTCACAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATATGTAGACACAGTACACATACAGACACAGAGATAAGCACTTTCACAA  200

seq1  AAAAATAAAATCTTAAAAATAAAAAGTATTGCATTAACAAAAGTTTCTTC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAATAAAATCTTAAAAATAAAAAGTATTGCATTAACAAAAGTTTCTTC  250

seq1  ATTGAATGTGGGAAACGCTGGCTTAACAAAAATTAAAAGGAGTTTTCTAC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGAATGTGGGAAACGCTGGCTTAACAAAAATTAAAAGGAGTTTTCTAC  300

seq1  CACAGAAACATTTTAGATGCTTTAATATGCTGTTATTAGGACTAAATGAG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAGAAACATTTTAGATGCTTTAATATGCTGTTATTAGGACTAAATGAG  350

seq1  TCCAACAATTACACAGGCACAGATAACTTTATTTTTGTGGTCTACATCTT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAACAATTACACAGGCACAGATAACTTTATTTTTGTGGTCTACATCTT  400

seq1  AGGACAAATGTCCCATATACTACTTTGGAAAATGTTTTAATTAGTTATTT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGACAAATGTCCCATATACTACTTTGGAAAATGTTTTAATTAGTTATTT  450

seq1  TATGCAAATGATTATTAAAGACATACTTTGCATTAATTAAATGACTAAAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGCAAATGATTATTAAAGACATACTTTGCATTAATTAAATGACTAAAA  500

seq1  ACAATCCTGTAAATGTTCAGTTAATGGTGCAAAGGATGTGAATGCAAAGT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAATCCTGTAAATGTTCAGTTAATGGTGCAAAGGATGTGAATGCAAAGT  550

seq1  GGGGTAAAGTGTGTCTTTATGCAGAGGCCACGTGAGAGGCTGCAATCCTT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGTAAAGTGTGTCTTTATGCAGAGGCCACGTGAGAGGCTGCAATCCTT  600

seq1  CTGTTTTGTTGTATTTCCTCTTTATGGGCTTTCCAGATCAAAAATGTGAG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTTTTGTTGTATTTCCTCTTTATGGGCTTTCCAGATCAAAAATGTGAG  650

seq1  CGGGGTTAGGAAGTCTTTATTGTTCTAGAATTC  683
      |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGGGGTTAGGAAGTCTTTATTGTTCTAGAATTC  683