BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-087B19
Chromosome9 (Build37)
Map Location 27,161,269 - 27,308,151
singlet/doubletdoublet
Overlap geneSpata19
Upstream geneB3gat1, BC038479, Glb1l3, Gm1110, LOC330907, Acad8, Thyn1, Vps26b, Ncapd3, Jam3, Igsf9b
Downstream geneLOC666440, LOC100041202, Opcml
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-087B19.bB6Ng01-087B19.g
ACCDH900331DH900332
length1,115697
definitionDH900331|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-087B19, 5' end.DH900332|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-087B19, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(27,307,036 - 27,308,151)(27,161,269 - 27,161,962)
sequence
gaattctctgggcctcttttatcttcagcattccatgccccacagcatgt
ataaggaactactgccaaagaaattggcaagtgctcttgttcaaagtatg
tattaagctcccagctgagaggcctgcactgtgccggtgaatgagagagt
aggcggcagatgacagagtcaagcaggagcagaaccagaaagctgtggct
atctcctctgagatttcacaccctgaacctggacccttagctcacctgtc
actcaagatggtaatcaagacacatctatagtctcctccctcaagtaact
ggggggaaataattggttctgccagaatccttgccacctaacaacactgg
tggtgtctgtctgttatgtgtttattttacaaaatcaaaaccctgaagag
gagtcattaaaatattctaattatttgtactgggtattcattttcctcaa
tccctattaaaagtatgtatgcaaatgtgaagtggttctggccttctctt
gggcctgctgcctccaaccaagcctcacatgtttgccttatgaaaatgtg
ttagttgagttcctttaaaaattgatatttggtttttaaagggttgttcc
accatttctatctcaaacaggcaaaataattaattagctgcacagggtgt
tgtgcttttgtgtgttttccttcctttctggaccagactggccaatacgt
aagggaggatacatggaatgagagccaatctcatagaaacagctcacaga
taggttcaaatacccaaggttagctcagcaagtgagggcagtcaggattt
cacatcatcctggattaatttttaatcttttttccaaatcatcaaagtct
tcataatatattacatacttcagaaatatccctagaagacagccagagag
ccaggtataaataggaatgagccgttagaacaccccacactggctccagg
tctgtgggtctccagaatttccagaagcccagaagaattcacaggggagg
ttccgaggacaaggggtctggagagcatgtcagcatatggaggtggatgg
gaagctgtttggacagagggtgttcctcaaaatgatcacattcccagtgt
cctactttaaatagc
gaattcaagacctcacatatgctgcgagggccccatgccctgcagcctta
gctggcgtctcctggtgctagctctttcttctcatgtgccaagtgatcag
agtggtgtccttgaagctgatgcaaagccaggggagactcaaggctgaag
tctctccagtcttcctgcttctcacttaagaaaaggcaaaagtgcccccc
cccacaccaatctgtccaaacaaaacatgatgctagccaagagctcttat
ttcagatgcctcaactgtgggaagggcttttatgtttttgtttttgtttt
tgtttttttctggtgggggaggggagtgaaaggcagagtaggctggagag
gagcttgagtctaactcctgacccttaaggagaccttatgattcctttga
tgatcttttcaaaatattaaaaaaatgtccaagggtattgtgagaaaatg
ggttctcctgtggtccatgtcggactggatgggctccagcacctgctcta
acttaggaggccgagggaggatagcaggtgtttcttgtagatttcctgag
agattgggcaagaggaagaacagcaaattctttgtccctttctagcttga
gtcccctcctcacttaccaaagaggggattgggattccattgtttgtttt
tttgttgttgttggtttttgttttttgcctcactttttggtcataag
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr9_27307036_27308151
seq2: B6Ng01-087B19.b_44_1158 (reverse)

seq1  GCTATTTAAAGTAGGACACTGGG-ATGTGATCATCTGTGAGGAACA-CCT  48
      ||||||||||||||||||||||| |||||||||| | ||||||||| |||
seq2  GCTATTTAAAGTAGGACACTGGGAATGTGATCAT-TTTGAGGAACACCCT  49

seq1  CTGTCCAAACAGCTTCCCATCCACCTCCATATGCTGACATGCTCTCCAGA  98
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTCCAAACAGCTTCCCATCCACCTCCATATGCTGACATGCTCTCCAGA  99

seq1  CCCCCTGTCCTCGGAACCTCCCCTTGTGAATTCTTCTGGGCTTCTTGGAA  148
      |||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||
seq2  CCCCTTGTCCTCGGAACCTCCCC-TGTGAATTCTTCTGGGCTTC-TGGAA  147

seq1  ATTCTGGAGACCCACAGACCTGGAGCCAGTGTGGGGTGTTCTAACGGCTC  198
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCTGGAGACCCACAGACCTGGAGCCAGTGTGGGGTGTTCTAACGGCTC  197

seq1  ATTCCTATTTATACCTGGCTCTCTGGCTGTCTTCTAGGGATATTTCTGAA  248
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCCTATTTATACCTGGCTCTCTGGCTGTCTTCTAGGGATATTTCTGAA  247

seq1  GTATGTAATATATTATGAAGACTTTGATGATTTGGAAAAAAGATTAAAAA  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATGTAATATATTATGAAGACTTTGATGATTTGGAAAAAAGATTAAAAA  297

seq1  TTAATCCAGGATGATGTGAAATCCTGACTGCCCTCACTTGCTGAGCTAAC  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAATCCAGGATGATGTGAAATCCTGACTGCCCTCACTTGCTGAGCTAAC  347

seq1  CTTGGGTATTTGAACCTATCTGTGAGCTGTTTCTATGAGATTGGCTCTCA  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGGGTATTTGAACCTATCTGTGAGCTGTTTCTATGAGATTGGCTCTCA  397

seq1  TTCCATGTATCCTCCCTTACGTATTGGCCAGTCTGGTCCAGAAAGGAAGG  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCATGTATCCTCCCTTACGTATTGGCCAGTCTGGTCCAGAAAGGAAGG  447

seq1  AAAACACACAAAAGCACAACACCCTGTGCAGCTAATTAATTATTTTGCCT  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAACACACAAAAGCACAACACCCTGTGCAGCTAATTAATTATTTTGCCT  497

seq1  GTTTGAGATAGAAATGGTGGAACAACCCTTTAAAAACCAAATATCAATTT  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTGAGATAGAAATGGTGGAACAACCCTTTAAAAACCAAATATCAATTT  547

seq1  TTAAAGGAACTCAACTAACACATTTTCATAAGGCAAACATGTGAGGCTTG  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAAGGAACTCAACTAACACATTTTCATAAGGCAAACATGTGAGGCTTG  597

seq1  GTTGGAGGCAGCAGGCCCAAGAGAAGGCCAGAACCACTTCACATTTGCAT  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGGAGGCAGCAGGCCCAAGAGAAGGCCAGAACCACTTCACATTTGCAT  647

seq1  ACATACTTTTAATAGGGATTGAGGAAAATGAATACCCAGTACAAATAATT  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATACTTTTAATAGGGATTGAGGAAAATGAATACCCAGTACAAATAATT  697

seq1  AGAATATTTTAATGACTCCTCTTCAGGGTTTTGATTTTGTAAAATAAACA  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAATATTTTAATGACTCCTCTTCAGGGTTTTGATTTTGTAAAATAAACA  747

seq1  CATAACAGACAGACACCACCAGTGTTGTTAGGTGGCAAGGATTCTGGCAG  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATAACAGACAGACACCACCAGTGTTGTTAGGTGGCAAGGATTCTGGCAG  797

seq1  AACCAATTATTTCCCCCCAGTTACTTGAGGGAGGAGACTATAGATGTGTC  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCAATTATTTCCCCCCAGTTACTTGAGGGAGGAGACTATAGATGTGTC  847

seq1  TTGATTACCATCTTGAGTGACAGGTGAGCTAAGGGTCCAGGTTCAGGGTG  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGATTACCATCTTGAGTGACAGGTGAGCTAAGGGTCCAGGTTCAGGGTG  897

seq1  TGAAATCTCAGAGGAGATAGCCACAGCTTTCTGGTTCTGCTCCTGCTTGA  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAATCTCAGAGGAGATAGCCACAGCTTTCTGGTTCTGCTCCTGCTTGA  947

seq1  CTCTGTCATCTGCCGCCTACTCTCTCATTCACCGGCACAGTGCAGGCCTC  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTGTCATCTGCCGCCTACTCTCTCATTCACCGGCACAGTGCAGGCCTC  997

seq1  TCAGCTGGGAGCTTAATACATACTTTGAACAAGAGCACTTGCCAATTTCT  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGCTGGGAGCTTAATACATACTTTGAACAAGAGCACTTGCCAATTTCT  1047

seq1  TTGGCAGTAGTTCCTTATACATGCTGTGGGGCATGGAATGCTGAAGATAA  1098
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGCAGTAGTTCCTTATACATGCTGTGGGGCATGGAATGCTGAAGATAA  1097

seq1  AAGAGGCCCAGAGAATTC  1116
      ||||||||||||||||||
seq2  AAGAGGCCCAGAGAATTC  1115

seq1: chr9_27161269_27161962
seq2: B6Ng01-087B19.g_66_762

seq1  GAATTCAAGACCTCACATATGCTGCGAGGGCCCCATGCCCTGCAGCCTTA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAAGACCTCACATATGCTGCGAGGGCCCCATGCCCTGCAGCCTTA  50

seq1  GCTGGCGTCTCCTGGTGCTAGCTCTTTCTTCTCATGTGCCAAGTGATCAG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGGCGTCTCCTGGTGCTAGCTCTTTCTTCTCATGTGCCAAGTGATCAG  100

seq1  AGTGGTGTCCTTGAAGCTGATGCAAAGCCAGGGGAGACTCAAGGCTGAAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGGTGTCCTTGAAGCTGATGCAAAGCCAGGGGAGACTCAAGGCTGAAG  150

seq1  TCTCTCCAGTCTTCCTGCTTCTCACTTAAGAAAAGGCAAAAGTGCCCCCC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTCCAGTCTTCCTGCTTCTCACTTAAGAAAAGGCAAAAGTGCCCCCC  200

seq1  CCCACACCAATCTGTCCAAACAAAACATGATGCTAGCCAAGAGCTCTTAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCACACCAATCTGTCCAAACAAAACATGATGCTAGCCAAGAGCTCTTAT  250

seq1  TTCAGATGCCTCAACTGTGGGAAGGGCTTTTATGTTTTTGTTTTTGTTTT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAGATGCCTCAACTGTGGGAAGGGCTTTTATGTTTTTGTTTTTGTTTT  300

seq1  TGTTTTTTTCTGGTGGGGGAGGGGAGTGAAAGGCAGAGTAGGCTGGAGAG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTTTTTTCTGGTGGGGGAGGGGAGTGAAAGGCAGAGTAGGCTGGAGAG  350

seq1  GAGCTTGAGTCTAACTCCTGACCCTTAAGGAGACCTTATGATTCCTTTGA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCTTGAGTCTAACTCCTGACCCTTAAGGAGACCTTATGATTCCTTTGA  400

seq1  TGATCTTTTCAAAATATTAAAAAAATGTCCAAGGGTATTGTGAGAAAATG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATCTTTTCAAAATATTAAAAAAATGTCCAAGGGTATTGTGAGAAAATG  450

seq1  GGTTCTCCTGTGGTCCATGTCGGACTGGATGGGCTCCAGCACCTGCTCTA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTCTCCTGTGGTCCATGTCGGACTGGATGGGCTCCAGCACCTGCTCTA  500

seq1  ACTTAGGAGGCCGAGGGAGGATAGCAGGTGTTTCTTGTAGATTTCCTGAG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTAGGAGGCCGAGGGAGGATAGCAGGTGTTTCTTGTAGATTTCCTGAG  550

seq1  AGATTGGGCAAGAGGAAGAACAGCAAATTCTTTGTCCCTTTCTAGCTTGA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATTGGGCAAGAGGAAGAACAGCAAATTCTTTGTCCCTTTCTAGCTTGA  600

seq1  GTCCCCTCCTCACTTACCAAAGAGGGGATTGGGATTCCATTGTTTG-TTT  649
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
seq2  GTCCCCTCCTCACTTACCAAAGAGGGGATTGGGATTCCATTGTTTGTTTT  650

seq1  TTTGTTGTTGTT-GTTTTTGTTTTTTGCCTCAC-TTTTGGTCATAAG  694
      |||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||
seq2  TTTGTTGTTGTTGGTTTTTGTTTTTTGCCTCACTTTTTGGTCATAAG  697