BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-095D09
Chromosome9 (Build37)
Map Location 68,095,409 - 68,256,346
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneTln2, LOC100041390, LOC100040253, EG640799, LOC665794, 3300001A09Rik, EG244911, Vps13c, LOC100041451
Downstream geneRora, 9530091C08Rik, Narg2
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-095D09.bB6Ng01-095D09.g
ACCDH906214DH906215
length1,1551,110
definitionDH906214|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-095D09, 5' end.DH906215|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-095D09, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(68,095,409 - 68,096,585)(68,255,228 - 68,256,346)
sequence
gaattccatgtacccttccctacctttgtacaagtcagttcttgctggga
accagttcaagtctgcctctctcctgctcttccttgtcttcaagagactc
cctgctctgcaatcctgactcagccactgttgggggggaatcctcactca
gtgttttgtgttttctcgtgtatttgcaattaatcccaatattatttttc
cccagagcttatgacatgcctcatgtatagcatataaacttccagtttat
gattactgatggccacttctttggactaaatgacagctcttaggttccaa
aatgtgctatgttgttacaaagaagtagacaacaaatggttaaattgata
ataaataaatactcaacaaataaccatttccatgcccccatcaaagatgg
caaatatattttactcttcctagaaggatcaatcttttgcaagttgcttc
ctggagcatggtgtgtcttaccttttcatataaagtgatatgcactgtgg
cgtgacagctcagctgatgaaggactggcctggaaagtgtgagggctaga
ggtctgttgcctagaacccatgataagcagacatggtagctgccggaaaa
cctgatgaacttgggagacagaaacaggggatacctagagcaaactcact
agctagactaggtgcaattggtctgaaagacgatgtctcaataaataaaa
agtggagaataactgaggaagatgttcatttcaacatcgcacacagacac
acctgtgtacttgtatgcccaaatatacatgagcccacacatgtgccaaa
catgcctgccacatatgtgcaaccatgcccccccccccacacacactggg
aatataaagtgtgatagaacattctagaaagaaagagtaataggtactgg
cctagattatactagataggcagaattaaaatagaaaaatagtgagttac
tctggcgatctacatgggagtgattcggacctagattatgtgttttactg
caggcagagcactgtgtctgaatatggtagcaccctgcaaagatagcatc
agatgctgtataaaggacttcctccagagaaattctagatagttccatgg
acgatgtttcatataaacccacagtgttgaaactgctcaccgattctatg
tcact
gaattcatagccactatgcctcaagatctccatgccaagatccagatcag
aaattcgtatctcccagcctccagattaggatcactggtgagccttccaa
ttctgaattgtagttcattccagatatagtcaagttgacagccaggaata
gccactacagctaggaactactgtgtttagagattaagaaagacaaattc
tgatgaaaacaatgacaccaaatcacccttcaggatttttttcatgttat
tttccttgattatttgggaatttcacatcccgaaccccgagcacacccac
ttcccactcctctcaggtttttaataattcttaatctttactgtcaagtt
gactggatttagagtcactatagaaagtaaccatgggtgtgtctatgagg
ggggtctttagaaacatttaagtgaagaggaaggaccaccctgaatgagg
gaggatcatcttagaatgagcaataaacaggaatccagcggcatctttta
tctcctctagcttcctgcttccaggggcaaaatgacaagctgcctcacgg
ttctgcttccatgccatccctaccacgatagactgtaccctgaagctata
agccagaatcaaccctttctttcctaagttgcttcttggaagctattgct
cacaggggtgagaaaagtgactaatgagtctgtgaacaggatcatgtccc
tataaccaatacactgagaggtgactggcctcagagccatttttcttttc
ctttgtcatttgtagcaagaatttacccttgggtttctgggtatccacat
ggagaaggccgctctcattcctttagctatgttgagctcaagggttgctg
ttgacaagggctaagaaaaggctttcctttactgtctcaaggagagagcc
ctctgaggacatttcagcactcaagatcagtcccttgtcaatctggcatt
ctctgggttgatcccctaaaagctgtaaggtcggggcccctttgccatcc
cattagagcatccatcagagcatagcttcctcaacactcattttttcagc
tccctgtttctttctagccccagttctatgaacttatcttttcatgctgt
cctcagccag
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr9_68095409_68096585
seq2: B6Ng01-095D09.b_47_1201

seq1  GAATTCCATGTACCCTTCCCTACCTTTGTACAAGTCAGTTCTTGCTGGGA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCATGTACCCTTCCCTACCTTTGTACAAGTCAGTTCTTGCTGGGA  50

seq1  ACCAGTTCAAGTCTGCCTCTCTCCTGCTCTTCCTTGTCTTCAAGAGACTC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCAGTTCAAGTCTGCCTCTCTCCTGCTCTTCCTTGTCTTCAAGAGACTC  100

seq1  CCTGCTCTGCAATCCTGACTCAGCCACTGTTGGGGGGGAATCCTCACTCA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGCTCTGCAATCCTGACTCAGCCACTGTTGGGGGGGAATCCTCACTCA  150

seq1  GTGTTTTGTGTTTTCTCGTGTATTTGCAATTAATCCCAATATTATTTTTC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTTTTGTGTTTTCTCGTGTATTTGCAATTAATCCCAATATTATTTTTC  200

seq1  CCCAGAGCTTATGACATGCCTCATGTATAGCATATAAACTTCCAGTTTAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAGAGCTTATGACATGCCTCATGTATAGCATATAAACTTCCAGTTTAT  250

seq1  GATTACTGATGGCCACTTCTTTGGACTAAATGACAGCTCTTAGGTTCCAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTACTGATGGCCACTTCTTTGGACTAAATGACAGCTCTTAGGTTCCAA  300

seq1  AATGTGCTATGTTGTTACAAAGAAGTAGACAACAAATGGTTAAATTGATA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGTGCTATGTTGTTACAAAGAAGTAGACAACAAATGGTTAAATTGATA  350

seq1  ATAAATAAATACTCAACAAATAACCATTTCCATGCCCCCATCAAAGATGG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAATAAATACTCAACAAATAACCATTTCCATGCCCCCATCAAAGATGG  400

seq1  CAAATATATTTTACTCTTCCTAGAAGGATCAATCTTTTGCAAGTTGCTTC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAATATATTTTACTCTTCCTAGAAGGATCAATCTTTTGCAAGTTGCTTC  450

seq1  CTGGAGCATGGTGTGTCTTACCTTTTCATATAAAGTGATATGCACTGTGG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGAGCATGGTGTGTCTTACCTTTTCATATAAAGTGATATGCACTGTGG  500

seq1  CGTGACAGCTCAGCTGATGAAGGACTGGCCTGGAAAGTGTGAGGGCTAGA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGTGACAGCTCAGCTGATGAAGGACTGGCCTGGAAAGTGTGAGGGCTAGA  550

seq1  GGTCTGTTGCCTAGAACCCATGATAAGCAGACATGGTAGCTGCCGGAAAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCTGTTGCCTAGAACCCATGATAAGCAGACATGGTAGCTGCCGGAAAA  600

seq1  CCTGATGAACTTGGGAGACAGAAACAGGGGATACCTAGAGCAAACTCACT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGATGAACTTGGGAGACAGAAACAGGGGATACCTAGAGCAAACTCACT  650

seq1  AGCTAGACTAGGTGCAATTGGTCTGAAAGACGATGTCTCAATAAATAAAA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTAGACTAGGTGCAATTGGTCTGAAAGACGATGTCTCAATAAATAAAA  700

seq1  AGTGGAGAATAACTGAGGAAGATGTTCATTTCAACATCGCACACAGACAC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGGAGAATAACTGAGGAAGATGTTCATTTCAACATCGCACACAGACAC  750

seq1  ACCTGTGTACTTGTATGCCCAAATATACATGAGCCCACACATGTGCCAAA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTGTGTACTTGTATGCCCAAATATACATGAGCCCACACATGTGCCAAA  800

seq1  CATGCCTGCCACATATGTGCAACCATGCCCCCCCCCCCACACACACTGGG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGCCTGCCACATATGTGCAACCATGCCCCCCCCCCCACACACACTGGG  850

seq1  AATATAAGGTGTGATAGAACATTCTAGAAAGAAAAGAGTAATAGGTACTG  900
      ||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
seq2  AATATAAAGTGTGATAGAACATTCTAGAAAG-AAAGAGTAATAGGTACTG  899

seq1  GCCTAGATTATACTAGATAGGCAGAATTAAAATAGAAAAATAGTGAGTTA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTAGATTATACTAGATAGGCAGAATTAAAATAGAAAAATAGTGAGTTA  949

seq1  CTCTGGCGATCTACATGGGAGTGATTCGGGACCTAGAATTATGTGTTTTA  1000
      ||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||
seq2  CTCTGGCGATCTACATGGGAGTGATTC-GGACCTAG-ATTATGTGTTTTA  997

seq1  CTGCAGGGCAGAGCACTGTGTCTTGAATATGGTAGGCACCCTGCCAAAGA  1050
      ||||| |||||||||||||||| ||||||||||| |||||||| ||||||
seq2  CTGCA-GGCAGAGCACTGTGTC-TGAATATGGTA-GCACCCTG-CAAAGA  1043

seq1  TAAGCATCAGATGCTGGTATAAAGGGACTTTCCTCCAGGAGGAAATTCTA  1100
      | ||||||||||||| ||||||| |||| |||||||||   |||||||||
seq2  T-AGCATCAGATGCT-GTATAAA-GGAC-TTCCTCCAG--AGAAATTCTA  1087

seq1  GGATAGTTCCCATGAGCGATTGGTATCATATAAAACCCACAGTGTTTGAA  1150
       ||||||| |||||  ||||  || |||||| |||||||||||| |||||
seq2  -GATAGTT-CCATGGACGAT--GTTTCATAT-AAACCCACAGTG-TTGAA  1131

seq1  ACTGCTTCACCCGAGTGCTATGTCACT  1177
      ||||| ||| |||| | ||||||||||
seq2  ACTGC-TCA-CCGA-TTCTATGTCACT  1155

seq1: chr9_68255228_68256346
seq2: B6Ng01-095D09.g_71_1180 (reverse)

seq1  CTGGCTGAGGACAGCATGAAAAGAATGTAGTTTCATAGAACCTGGGGCTA  50
      ||||||||||||||||||||||||   ||  ||||||||| |||||||||
seq2  CTGGCTGAGGACAGCATGAAAAGA---TAAGTTCATAGAA-CTGGGGCTA  46

seq1  GAAAG-AACAGGGAGCTGGAGAAAAATGAGTG-TGAGGAAGCTATGCTCT  98
      ||||| ||||||||||||   ||||||||||| |||||||||||||||||
seq2  GAAAGAAACAGGGAGCTG--AAAAAATGAGTGTTGAGGAAGCTATGCTCT  94

seq1  GAATGGGATGCTCTGAATGGGATGGGCAAGGGGGCCCCCGACCTAACAGC  148
      ||   ||||||||| ||||||||||  ||||||  ||||||||| |||| 
seq2  GA--TGGATGCTCT-AATGGGATGGCAAAGGGG--CCCCGACCTTACAG-  138

seq1  CTTTTAGGGGATCAACCCAGAGAATGCCAGATTGACAAGGGACTGATCTT  198
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTTAGGGGATCAACCCAGAGAATGCCAGATTGACAAGGGACTGATCTT  188

seq1  GAGTGCTGAAATGTCCTCAGAGGGCTCTCTCC-TGAGACAGTAAAGGAAA  247
      |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
seq2  GAGTGCTGAAATGTCCTCAGAGGGCTCTCTCCTTGAGACAGTAAAGGAAA  238

seq1  GCCTTTTCTTAGCCCTTGTCAACAGCAACCCTTGAGCTCAACATAGCTAA  297
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTTTTCTTAGCCCTTGTCAACAGCAACCCTTGAGCTCAACATAGCTAA  288

seq1  AGGAATGAGAGCGGCCTTCTCCATGTGGATACCCAGAAACCCAAGGGTAA  347
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAATGAGAGCGGCCTTCTCCATGTGGATACCCAGAAACCCAAGGGTAA  338

seq1  ATTCTTGCTACAAATGACAAAGGAAAAGAAAAATGGCTCTGAGGCCAGTC  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCTTGCTACAAATGACAAAGGAAAAGAAAAATGGCTCTGAGGCCAGTC  388

seq1  ACCTCTCAGTGTATTGGTTATAGGGACATGATCCTGTTCACAGACTCATT  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTCTCAGTGTATTGGTTATAGGGACATGATCCTGTTCACAGACTCATT  438

seq1  AGTCACTTTTCTCACCCCTGTGAGCAATAGCTTCCAAGAAGCAACTTAGG  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCACTTTTCTCACCCCTGTGAGCAATAGCTTCCAAGAAGCAACTTAGG  488

seq1  AAAGAAAGGGTTGATTCTGGCTTATAGCTTCAGGGTACAGTCTATCGTGG  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGAAAGGGTTGATTCTGGCTTATAGCTTCAGGGTACAGTCTATCGTGG  538

seq1  TAGGGATGGCATGGAAGCAGAACCGTGAGGCAGCTTGTCATTTTGCCCCT  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGGATGGCATGGAAGCAGAACCGTGAGGCAGCTTGTCATTTTGCCCCT  588

seq1  GGAAGCAGGAAGCTAGAGGAGATAAAAGATGCCGCTGGATTCCTGTTTAT  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAGCAGGAAGCTAGAGGAGATAAAAGATGCCGCTGGATTCCTGTTTAT  638

seq1  TGCTCATTCTAAGATGATCCTCCCTCATTCAGGGTGGTCCTTCCTCTTCA  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTCATTCTAAGATGATCCTCCCTCATTCAGGGTGGTCCTTCCTCTTCA  688

seq1  CTTAAATGTTTCTAAAGACCCCCCTCATAGACACACCCATGGTTACTTTC  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTAAATGTTTCTAAAGACCCCCCTCATAGACACACCCATGGTTACTTTC  738

seq1  TATAGTGACTCTAAATCCAGTCAACTTGACAGTAAAGATTAAGAATTATT  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAGTGACTCTAAATCCAGTCAACTTGACAGTAAAGATTAAGAATTATT  788

seq1  AAAAACCTGAGAGGAGTGGGAAGTGGGTGTGCTCGGGGTTCGGGATGTGA  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAACCTGAGAGGAGTGGGAAGTGGGTGTGCTCGGGGTTCGGGATGTGA  838

seq1  AATTCCCAAATAATCAAGGAAAATAACATGAAAAAAATCCTGAAGGGTGA  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTCCCAAATAATCAAGGAAAATAACATGAAAAAAATCCTGAAGGGTGA  888

seq1  TTTGGTGTCATTGTTTTCATCAGAATTTGTCTTTCTTAATCTCTAAACAC  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGGTGTCATTGTTTTCATCAGAATTTGTCTTTCTTAATCTCTAAACAC  938

seq1  AGTAGTTCCTAGCTGTAGTGGCTATTCCTGGCTGTCAACTTGACTATATC  997
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTAGTTCCTAGCTGTAGTGGCTATTCCTGGCTGTCAACTTGACTATATC  988

seq1  TGGAATGAACTACAATTCAGAATTGGAAGGCTCACCAGTGATCCTAATCT  1047
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAATGAACTACAATTCAGAATTGGAAGGCTCACCAGTGATCCTAATCT  1038

seq1  GGAGGCTGGGAGATACGAATTTCTGATCTGGATCTTGGCATGGAGATCTT  1097
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGGCTGGGAGATACGAATTTCTGATCTGGATCTTGGCATGGAGATCTT  1088

seq1  GAGGCATAGTGGCTATGAATTC  1119
      ||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGCATAGTGGCTATGAATTC  1110