BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-095H23
Chromosome9 (Build37)
Map Location 119,923,768 - 120,071,439
singlet/doubletdoublet
Overlap geneCmya1, Cx3cr1, Ccr8, Slc25a38, Rpsa, Snora62, EG546166, Mobp
Upstream geneCtdspl, Vill, Plcd1, Dlec1, Acaa1b, EG546165, Slc22a14, Slc22a13, 9330176C04Rik, Oxsr1, Myd88, Acaa1a, Xylb, Acvr2b, Endogl1, Scn5a, Scn10a, Scn11a, LOC100039837, Wdr48, Gorasp1, Ttc21a, Axud1
Downstream geneLOC100039898, Myrip, LOC666044, Eif1b, LOC638068, Entpd3, Rpl14, 5830454E08Rik, LOC100040010, Ctnnb1, Ulk4
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-095H23.bB6Ng01-095H23.g
ACCDH906425DH906426
length1,1171,118
definitionDH906425|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-095H23, 5' end.DH906426|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-095H23, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(120,070,333 - 120,071,439)(119,923,768 - 119,924,870)
sequence
gaattccaggcaatcaggaaagattctgccacaaatatcaatgtgaacac
tgtcctgagaaaagagattcaaggttgggttcaggtctccacaaccgcac
acccccacagtcatgcacatatgcacacacataggcacacacatgcccac
atgaacatgtacacataacatacataccaaaaatattctgaggctgtcaa
gactctacaaacaaacattagagataggaagagagaaagagaaagacaga
gaaagtccaacaagattcctgacatggactagagagatagctcaggggtt
aagagcatggccacccttccagaggacccaggtttgattcccaggaccca
catggcagctcacagtcatctcttggtaactccagctctgtggcacttag
tagcctcttctgacctctgcaggaaccaggcatgtccgtggtgcataaga
catacatgcccacaaaatgcccatacacataaaaataataagtaaataaa
taaacaaacaaataaataacttgattcctaatgtaggtcaatatacaaaa
tccaaacatttacaattcaaggatataatatatacaataaaagaagcaat
tcacactgaccataagaccactgaacatctacaggtagaaatacatcaga
cgaattaaataacaaccgcaagaaacgtacataaccagggatgaagagat
ggctcagcgattaaagacaaaggaccaggttcaattcccagcacccactt
caggcagcttacaacatgtaactccaatgtcaatgagcacaacaactgtt
ctccagtttccacaggtaccagacaatgcacacagtacacacacacacag
taccagacacgcacacaagtaccaagacatgcacacagtacacacacaca
tgcaaagtactacacagacacaccaaatacattttagaaagttttaatct
acaaacttctgaaacttaaaaaggagtctttaataccatagtatgcttaa
tgcactgtgttacatcctaaacggaataagggtaacttctgaatcataat
tcagattggcatgcagctgacaaggctaatccattaggtcttggtgaaag
ccatggaagaccaagga
gaattccagaacattctttggctgccctgtgagcacagcgccctcgatgc
acatctcctttgtcccagcctgatcctggatatctctctggtagagcagg
gcttgacctatgtcctgacctaggtgtgtatttttccctgagatataatg
gcttccctgagggctagaagcttccggaagcttctttgtagctgattgga
ctgagatgaaagttggagaggaggatcctgtgcagggaggagagacttgt
aggaggccaggctcggctcctctcagtgtctccagcctcctggagggcag
gacgttcactgctgcctggcctctggcctctgcgtgatttctcatcttgt
cctcaggatggctctcggccttttcttgggttttgacgaggggtggatct
ctgacctggctggagcttgtctgtatggctctgctactgactgagacctt
gttcacactgggatcttttgtagttccctgtggatggctgcttgtgggag
cctcagactggaggctagacatggagctaagagccttgtgcactgcttct
tcgatgtccagcagcctggctagggtctgttctttcagctgggcaacctc
tgtactcacccgagtcagttccccaaaaggcctgctccatggaaggcctc
agtcatgtggggggcagtgggagcctgagggactccccctcccagctggg
gtacgccctcgaagagcttccgcagggcctgcacatccacgctgcgagat
gcttccttctccagggttttgcacttggctcaagaaggccctgggagctc
ctgatggctgccctgtggacttctcagggtctcctgcttttgggggggag
ctttttgatgctttttgttggtggggctggagtcattggttgaagaacgt
ttcaacttaaggaggacttcgggggctcttggctgttgctgctggttatc
tgaccccttgctaggcctgggaagcaatagagctgattggacgctgatga
gcatgtgcttctgctctttgaacctttcagctagagcaagcagtcttgac
tgctattgtggagagcctttgtctgaacctgggtttgccttacctgactc
acctggcttatagtcctg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr9_120070333_120071439
seq2: B6Ng01-095H23.b_49_1165 (reverse)

seq1  TCCTTGGGTCTT-CAT-GCTTTCACC-AGAACT-ATGGGATAGCCTTGTC  46
      ||||| |||||| ||| ||||||||| ||| || ||||  ||||||||||
seq2  TCCTT-GGTCTTCCATGGCTTTCACCAAGACCTAATGGATTAGCCTTGTC  49

seq1  AGCTGCATGCAAATCTGA--TATGGATCAG-AGTTA-CCTTA-TCCGTTT  91
      |||||||||| |||||||  ||||  |||| ||||| ||||| |||||||
seq2  AGCTGCATGCCAATCTGAATTATGATTCAGAAGTTACCCTTATTCCGTTT  99

seq1  A-GATGT-ACACAGTGGCATTAAGCATACTATGGTATTAAAGACTTCTTT  139
      | ||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||
seq2  AGGATGTAACACAGT-GCATTAAGCATACTATGGTATTAAAGACTCCTTT  148

seq1  TTAAGTTTTCAGAAGTTTTGTAGATTAAAACTTTCTAAAATGTATTTTGT  189
      ||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||
seq2  TTAAG-TTTCAGAAG-TTTGTAGATTAAAACTTTCTAAAATGTATTTGGT  196

seq1  GTGTCTGTGTTAGTAC-TTGCATGTGTGTGTGTACTGTGTGCATGTC-TG  237
      ||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||
seq2  GTGTCTGTG-TAGTACTTTGCATGTGTGTGTGTACTGTGTGCATGTCTTG  245

seq1  GTAC-TGTGTGCGTGTCTGGTACTGTGTGTGTGTGTACTGTGTGCA-TGT  285
      |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
seq2  GTACTTGTGTGCGTGTCTGGTACTGTGTGTGTGTGTACTGTGTGCATTGT  295

seq1  CTGGTACCTGTGGAAACTGGAGAACAG-TGTTGTGCTCATTGACATTGGA  334
      ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGTACCTGTGGAAACTGGAGAACAGTTGTTGTGCTCATTGACATTGGA  345

seq1  GTTACATGTTGTAAGCTGCCTGAAGTGGGTGCTGGGAATTGAACCCTGGT  384
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
seq2  GTTACATGTTGTAAGCTGCCTGAAGTGGGTGCTGGGAATTGAA-CCTGGT  394

seq1  CCTTTGTCTTTAATCGCTGAGCCATCTCTTCATCCCTGGTTATGTACGTT  434
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTTGTCTTTAATCGCTGAGCCATCTCTTCATCCCTGGTTATGTACGTT  444

seq1  TCTTGCGGTTGTTATTTAATTCGTCTGATGTATTTCTACCTGTAGATGTT  484
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTGCGGTTGTTATTTAATTCGTCTGATGTATTTCTACCTGTAGATGTT  494

seq1  CAGTGGTCTTATGGTCAGTGTGAATTGCTTCTTTTATTGTATATATTATA  534
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTGGTCTTATGGTCAGTGTGAATTGCTTCTTTTATTGTATATATTATA  544

seq1  TCCTTGAATTGTAAATGTTTGGATTTTGTATATTGACCTACATTAGGAAT  584
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTTGAATTGTAAATGTTTGGATTTTGTATATTGACCTACATTAGGAAT  594

seq1  CAAGTTATTTATTTGTTTGTTTATTTATTTACTTATTATTTTTATGTGTA  634
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGTTATTTATTTGTTTGTTTATTTATTTACTTATTATTTTTATGTGTA  644

seq1  TGGGCATTTTGTGGGCATGTATGTCTTATGCACCACGGACATGCCTGGTT  684
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGCATTTTGTGGGCATGTATGTCTTATGCACCACGGACATGCCTGGTT  694

seq1  CCTGCAGAGGTCAGAAGAGGCTACTAAGTGCCACAGAGCTGGAGTTACCA  734
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGCAGAGGTCAGAAGAGGCTACTAAGTGCCACAGAGCTGGAGTTACCA  744

seq1  AGAGATGACTGTGAGCTGCCATGTGGGTCCTGGGAATCAAACCTGGGTCC  784
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGATGACTGTGAGCTGCCATGTGGGTCCTGGGAATCAAACCTGGGTCC  794

seq1  TCTGGAAGGGTGGCCATGCTCTTAACCCCTGAGCTATCTCTCTAGTCCAT  834
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGGAAGGGTGGCCATGCTCTTAACCCCTGAGCTATCTCTCTAGTCCAT  844

seq1  GTCAGGAATCTTGTTGGACTTTCTCTGTCTTTCTCTTTCTCTCTTCCTAT  884
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCAGGAATCTTGTTGGACTTTCTCTGTCTTTCTCTTTCTCTCTTCCTAT  894

seq1  CTCTAATGTTTGTTTGTAGAGTCTTGACAGCCTCAGAATATTTTTGGTAT  934
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTAATGTTTGTTTGTAGAGTCTTGACAGCCTCAGAATATTTTTGGTAT  944

seq1  GTATGTTATGTGTACATGTTCATGTGGGCATGTGTGTGCCTATGTGTGTG  984
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATGTTATGTGTACATGTTCATGTGGGCATGTGTGTGCCTATGTGTGTG  994

seq1  CATATGTGCATGACTGTGGGGGTGTGCGGTTGTGGAGACCTGAACCCAAC  1034
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATATGTGCATGACTGTGGGGGTGTGCGGTTGTGGAGACCTGAACCCAAC  1044

seq1  CTTGAATCTCTTTTCTCAGGACAGTGTTCACATTGATATTTGTGGCAGAA  1084
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGAATCTCTTTTCTCAGGACAGTGTTCACATTGATATTTGTGGCAGAA  1094

seq1  TCTTTCCTGATTGCCTGGAATTC  1107
      |||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTTCCTGATTGCCTGGAATTC  1117

seq1: chr9_119923768_119924870
seq2: B6Ng01-095H23.g_68_1185

seq1  GAATTCCAGAACATTCTTTGGCTGCCCTGTGAGCACAGCGCCCTCGATGC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCAGAACATTCTTTGGCTGCCCTGTGAGCACAGCGCCCTCGATGC  50

seq1  ACATCTCCTTTGTCCCAGCCTGATCCTGGATATCTCTCTGGTAGAGCAGG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATCTCCTTTGTCCCAGCCTGATCCTGGATATCTCTCTGGTAGAGCAGG  100

seq1  GCTTGACCTATGTCCTGACCTAGGTGTGTATTTTTCCCTGAGATATAATG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTGACCTATGTCCTGACCTAGGTGTGTATTTTTCCCTGAGATATAATG  150

seq1  GCTTCCCTGAGGGCTAGAAGCTTCCGGAAGCTTCTTTGTAGCTGATTGGA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTCCCTGAGGGCTAGAAGCTTCCGGAAGCTTCTTTGTAGCTGATTGGA  200

seq1  CTGAGATGAAAGTTGGAGAGGAGGATCCTGTGCAGGGAGGAGAGACTTGT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAGATGAAAGTTGGAGAGGAGGATCCTGTGCAGGGAGGAGAGACTTGT  250

seq1  AGGAGGCCAGGCTCGGCTCCTCTCAGTGTCTCCAGCCTCCTGGAGGGCAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAGGCCAGGCTCGGCTCCTCTCAGTGTCTCCAGCCTCCTGGAGGGCAG  300

seq1  GACGTTCACTGCTGCCTGGCCTCTGGCCTCTGCGTGATTTCTCATCTTGT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACGTTCACTGCTGCCTGGCCTCTGGCCTCTGCGTGATTTCTCATCTTGT  350

seq1  CCTCAGGATGGCTCTCGGCCTTTTCTTGGGTTTTGACGAGGGGTGGATCT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCAGGATGGCTCTCGGCCTTTTCTTGGGTTTTGACGAGGGGTGGATCT  400

seq1  CTGACCTGGCTGGAGCTTGTCTGTATGGCTCTGCTACTGACTGAGACCTT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGACCTGGCTGGAGCTTGTCTGTATGGCTCTGCTACTGACTGAGACCTT  450

seq1  GTTCACACTGGGATCTTTTGTAGTTCCCTGTGGATGGCTGCTTGTGGGAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCACACTGGGATCTTTTGTAGTTCCCTGTGGATGGCTGCTTGTGGGAG  500

seq1  CCTCAGACTGGAGGCTAGACATGGAGCTAAGAGCCTTGTGCACTGCTTCT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCAGACTGGAGGCTAGACATGGAGCTAAGAGCCTTGTGCACTGCTTCT  550

seq1  TCGATGTCCAGCAGCCTGGCTAGGGTCTGTTCTTTCAGCTGGGCAACCTC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCGATGTCCAGCAGCCTGGCTAGGGTCTGTTCTTTCAGCTGGGCAACCTC  600

seq1  TGTACTCACCCGAGTCAGTTCCCC-AAAGGCCTGCTCCATGG-AGGCCTC  648
      |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||
seq2  TGTACTCACCCGAGTCAGTTCCCCAAAAGGCCTGCTCCATGGAAGGCCTC  650

seq1  AGTCATGTGGGGGGCAGTGGGAGCCTGAGGGACTCCCCCTCCCAGCTGGG  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCATGTGGGGGGCAGTGGGAGCCTGAGGGACTCCCCCTCCCAGCTGGG  700

seq1  GTACGCCCTCGAAGAGCTTCCGCAGGGCCTGCACATCCACGCTGCGAGAT  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTACGCCCTCGAAGAGCTTCCGCAGGGCCTGCACATCCACGCTGCGAGAT  750

seq1  GCTTCCTTCTCCAGGG-TTTGCACTTGGCTC-AGGAGGCCCT-GGAGCTC  795
      |||||||||||||||| |||||||||||||| || ||||||| |||||||
seq2  GCTTCCTTCTCCAGGGTTTTGCACTTGGCTCAAGAAGGCCCTGGGAGCTC  800

seq1  CTGATGGCTGCCCTGTGGAC-TCTCAGGGGTCCCCTGCTTTT-GGGGGGA  843
      |||||||||||||||||||| ||||| ||||| ||||||||| |||||||
seq2  CTGATGGCTGCCCTGTGGACTTCTCA-GGGTCTCCTGCTTTTGGGGGGGA  849

seq1  GCTATT--GTGCTTTT--GTGGT-GGGCTGGAGTCATT-GTTG-AGAACG  886
      ||| ||   |||||||   |||| |||||||||||||| |||| ||||||
seq2  GCTTTTTGATGCTTTTTGTTGGTGGGGCTGGAGTCATTGGTTGAAGAACG  899

seq1  -TTCAACTT-AGGA-GACT--CGGGGCTC-TGGCTGTTGCTGCTGGTTAT  930
       |||||||| |||| ||||   ||||||| ||||||||||||||||||||
seq2  TTTCAACTTAAGGAGGACTTCGGGGGCTCTTGGCTGTTGCTGCTGGTTAT  949

seq1  CTGACCCC-TGCTAGGCCT-GGAAGCCATAGAGCTGAGTGGACGCTGATG  978
      |||||||| |||||||||| |||||| |||||||||| ||||||||||||
seq2  CTGACCCCTTGCTAGGCCTGGGAAGCAATAGAGCTGATTGGACGCTGATG  999

seq1  AGCAGGTTGCTTCTGGCCCTTGGAGCTTTCAGCCAGAGGCAGGCAGTCCT  1028
      |||| | ||||||||  | ||| | |||||||| ||| ||| ||||| ||
seq2  AGCATG-TGCTTCTGCTCTTTGAACCTTTCAGCTAGA-GCAAGCAGT-CT  1046

seq1  GGCCTGCTATTGTGG-GAG-CTTTGTCTGACCCTGGGTTGGCTATACCTG  1076
       | |||||||||||| ||| |||||||||| |||||||| ||  ||||||
seq2  TGACTGCTATTGTGGAGAGCCTTTGTCTGAACCTGGGTTTGCCTTACCTG  1096

seq1  GCTCACCTGGCTTATGGTCTTGTCCTG  1103
       |||||||||||||| ||| ||     
seq2  ACTCACCTGGCTTATAGTCCTG-----  1118