BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-095J19
Chromosome9 (Build37)
Map Location 80,600,695 - 80,752,620
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneCox7a2, Tmem30a, Filip1, LOC100041218, LOC666490, Senp6, LOC100041249, Myo6, Impg1
Downstream geneEG666534, LOC100039038, Htr1b, LOC671392
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-095J19.bB6Ng01-095J19.g
ACCDH906505DH906506
length1,0351,088
definitionDH906505|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-095J19, 5' end.DH906506|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-095J19, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(80,600,695 - 80,601,752)(80,751,509 - 80,752,620)
sequence
gaattcttacctgtgaattctatcagaactcaagaaatgactatattgta
aaactactgtacaatataatcgaggaaaattgtgtggtgctctactcctc
ttaaagctaatattattttgatgtgaagccgaatctgggactgtatgagc
atggtgattacaagcaattctattaacaagtataggtataaaattagtaa
aataatctattagcaaactgattccaacagtgtataacataatggtgcac
agtatgtaattttagaaccagtgttgaagagttggcttgatgctattatg
taatttaaaccaccacattagcaggttagaggaaaagaaacattgcatga
tccagtgaagacaggataattgtattaaaattcaatgtgcatttataaaa
gtaccctaggccacaagcaaaaatgtagacttcaattcagagaagatgct
cacagaaaagctacagcaaacattatagtattgttaatgactgacatcaa
tccatctagggtgaagataaagaaagcagggaactgggtaggtggttcaa
tgggtaaagtactcagagcatgaggatgtgagaatgtgaggatgagggtt
ccaacctcccctccccctgaataaatgtaaaactactatgtattatgcca
tatatccatgatgacatggcaaaactcgctatggagagaccacctgacat
agagtttttttctatagtataattgtaaactgatctatagagttgatgaa
atcccaatacaattctcaacaggctccttgatggaattcggtggactgat
tcaggtatttaaaagtgagtgagtccacagggtgccaaaatacccttgaa
gagtacaccatggaaaagcttgcctctgatgaaagaaagttaccataatt
agggaggatatgtcagtgcagatgagagagaaacaaacaaatacaacaag
aacagcacacaacaatcagtacagtgctgtactgcctgatcatagatcac
ataaacaatcagctgatcagtcaaatagcatagca
gaattcacttgagaatggagcaatgaaacatagcaaagagaaatcaaagc
taaaataggagattagagaatgtaaatgaggtaaaatggaggaataatgg
ctaagatcatgctatttgcatattatgtacatagttaatattgagtatct
acattaagtgcactagtaatgtaaatatatgtatactaagtgccttaatt
aaaattcagtgccctcatattagatataaaatgagaggataaagtcattg
tttacaaaacagaaataacagcaaatgtgtgtagaaaatttgaaagagac
atcatttagaaaaagggataagaaacctaggtagaatttttaacagtcta
aatagaaaaatgctagttatgttagcatctattacaagattgaaacttta
aggttgttaacaatacatgttattgtatgtatctgtggtaagggggttat
gtgcacgagagttcagttgctcaccaatgcaagaggcattagggcctctt
gatgctgaagtgacaggtaggtaggaaccaccttttattctgacaaccaa
aatcagaccctcagcaagagcagtaaaagttatatgtgattaactgctta
tctacctctctggccaccccccaaattttttagttgtttgtgtgtttgtt
tgttttcttgcttgttttaagctccaacacagtaaatatcaccaagactt
tggagaccaataatttgggtgtttggagattaacagtcattttcaagatg
aacagagaatactgagactagacagacttaacctcctggaaatagaaata
gcttataaaaagaaggatagaagagattgccagaaatactagtggtaccc
tgagttcataccctaactatgtctgaattttatatggaataataaatgct
agaattatctctgtggaacttaacttttttagtgctagcactaggtatca
tgatttgggttgtatggtatttactttagtgcttctctagctactgctgt
ttgggtttaatgttataaggagtgctattcccaacatttctactaaacag
agatataagggataggctgtcaccttttcatctattca
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr9_80600695_80601752
seq2: B6Ng01-095J19.b_46_1080

seq1  GAATTCTTACCTGTGAATTCTATCAGAACTCAAGAAATGACTATATTGTA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTACCTGTGAATTCTATCAGAACTCAAGAAATGACTATATTGTA  50

seq1  AAACTACTGTACAATATAATCGAGGAAAATTGTGTGGTGCTCTACTCCTC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACTACTGTACAATATAATCGAGGAAAATTGTGTGGTGCTCTACTCCTC  100

seq1  TTAAAGCTAATATTATTTTGATGTGAAGCCGAATCTGGGACTGTATGAGC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAAGCTAATATTATTTTGATGTGAAGCCGAATCTGGGACTGTATGAGC  150

seq1  ATGGTGATTACAAGCAATTCTATTAACAAGTATAGGTATAAAATTAGTAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGTGATTACAAGCAATTCTATTAACAAGTATAGGTATAAAATTAGTAA  200

seq1  AATAATCTATTAGCAAACTGATTCCAACAGTGTATAACATAATGGTGCAC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAATCTATTAGCAAACTGATTCCAACAGTGTATAACATAATGGTGCAC  250

seq1  AGTATGTAATTTTAGAACCAGTGTTGAAGAGTTGGCTTGATGCTATTATG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTATGTAATTTTAGAACCAGTGTTGAAGAGTTGGCTTGATGCTATTATG  300

seq1  TAATTTAAACCACCACATTAGCAGGTTAGAGGAAAAGAAACATTGCATGA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATTTAAACCACCACATTAGCAGGTTAGAGGAAAAGAAACATTGCATGA  350

seq1  TCCAGTGAAGACAGGATAATTGTATTAAAATTCAATGTGCATTTATAAAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAGTGAAGACAGGATAATTGTATTAAAATTCAATGTGCATTTATAAAA  400

seq1  GTACCCTAGGCCACAAGCAAAAATGTAGACTTCAATTCAGAGAAGATGCT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTACCCTAGGCCACAAGCAAAAATGTAGACTTCAATTCAGAGAAGATGCT  450

seq1  CACAGAAAAGCTACAGCAAACATTATAGTATTGTTAATGACTGACATCAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAGAAAAGCTACAGCAAACATTATAGTATTGTTAATGACTGACATCAA  500

seq1  TCCATCTAGGGTGAAGATAAAGAAAGCAGGGAACTGGGTAGGTGGTTCAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCATCTAGGGTGAAGATAAAGAAAGCAGGGAACTGGGTAGGTGGTTCAA  550

seq1  TGGGTAAAGTACTCAGAGCATGAGGATGTGAGAATGTGAGGATGAGGGTT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGTAAAGTACTCAGAGCATGAGGATGTGAGAATGTGAGGATGAGGGTT  600

seq1  CCAACCTCCCCTCCCCCTGAATAAATGTAAAACTACTATGTATTATGCCA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAACCTCCCCTCCCCCTGAATAAATGTAAAACTACTATGTATTATGCCA  650

seq1  TATATCCATGATGACATGGCAAAACTCGCTATGGAGAGACCACCTGACAT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATATCCATGATGACATGGCAAAACTCGCTATGGAGAGACCACCTGACAT  700

seq1  AGAGTTTTTTTCTATAGTATAATTGTAAACTGATCTATAGAGTTGATGAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGTTTTTTTCTATAGTATAATTGTAAACTGATCTATAGAGTTGATGAA  750

seq1  ATCCCAATACAATTCTCAACAGGCTCCTTGATGGAATTCGGTGGACTGAT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCCAATACAATTCTCAACAGGCTCCTTGATGGAATTCGGTGGACTGAT  800

seq1  TCAGGTATTTAAAAGTGAGTGAGTCCACAGGGTGCCAAAATACCCTTGAA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGGTATTTAAAAGTGAGTGAGTCCACAGGGTGCCAAAATACCCTTGAA  850

seq1  GAAGTACACCATGGAAAAGCTTGCCTCTGATGAAAGAAAGTTACCATAAA  900
      | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
seq2  G-AGTACACCATGGAAAAGCTTGCCTCTGATGAAAGAAAGTTACCAT-AA  898

seq1  TTAGGGAGGATAATGTCAGTGCAGAAGGAGAGAGAAAAAACAAACAAAAT  950
      ||||||||||| |||||||||||| | |||||||   |||||||| ||||
seq2  TTAGGGAGGAT-ATGTCAGTGCAG-ATGAGAGAG---AAACAAAC-AAAT  942

seq1  ACAAACAAAGAACAGCAACAACAAAACAAAATCAGTACCAGTGGCTGTAC  1000
      ||||   |||||||||    ||| |||  |||||||| |||| |||||||
seq2  ACAA--CAAGAACAGC----ACACAAC--AATCAGTA-CAGT-GCTGTAC  982

seq1  TGCCTGATCATAGATACACATAAACACATCAGCTTGATTCAGTCAAAATA  1050
      ||||||||||||||| |||||||||| |||||| ||| |||||| |||||
seq2  TGCCTGATCATAGAT-CACATAAACA-ATCAGC-TGA-TCAGTC-AAATA  1027

seq1  GCATAGCA  1058
      ||||||||
seq2  GCATAGCA  1035

seq1: chr9_80751509_80752620
seq2: B6Ng01-095J19.g_70_1157 (reverse)

seq1  TGAATAGGGATGAAAAGAGTGGACAGCCTTATCCCTTAATTAATCTCTGG  50
      ||||||  ||||||||| || ||||||| |||||||||    ||||||| 
seq2  TGAATA--GATGAAAAG-GT-GACAGCC-TATCCCTTA---TATCTCTG-  41

seq1  TTTTAGTAGAAATGTTGGGGAATTAGCAACTCCTTTATAAACATTAATAC  100
       ||||||||||||||||||  | |||| ||||| |||| |||||||| ||
seq2  -TTTAGTAGAAATGTTGGG--AATAGC-ACTCC-TTAT-AACATTAA-AC  84

seq1  ACAAACAGCAGTAGCTAGAGAAGGCACTAAAAGTAAATACCATACAACCC  150
       ||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||
seq2  CCAAACAGCAGTAGCTAGAGAA-GCACT-AAAGTAAATACCATACAACCC  132

seq1  AAATTCATGAATTACCTAGGTGCTAGCACTAAAAAAGGTTTAAGTTCCAC  200
      ||| ||||||  |||||| ||||||||||||||||||  |||||||||||
seq2  AAA-TCATGA--TACCTA-GTGCTAGCACTAAAAAAG--TTAAGTTCCAC  176

seq1  AGAGATAATTCTAGCATTTATTATTCAATATAAAATTCAGACATAGTTAG  250
      |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGATAATTCTAGCATTTATTATTCCATATAAAATTCAGACATAGTTAG  226

seq1  GGTATGAACTCAGGGTACCACTAGTATTTCTGGCAATCTCTTCTATCCTT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTATGAACTCAGGGTACCACTAGTATTTCTGGCAATCTCTTCTATCCTT  276

seq1  CTTTTTATAAGCTATTTCTATTTCCAGGAGGTTAAGTCTGTCTAGTCTCA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTTTATAAGCTATTTCTATTTCCAGGAGGTTAAGTCTGTCTAGTCTCA  326

seq1  GTATTCTCTGTTCATCTTGAAAATGACTGTTAATCTCCAAACACCCAAAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATTCTCTGTTCATCTTGAAAATGACTGTTAATCTCCAAACACCCAAAT  376

seq1  TATTGGTCTCCAAAGTCTTGGTGATATTTACTGTGTTGGAGCTTAAAACA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTGGTCTCCAAAGTCTTGGTGATATTTACTGTGTTGGAGCTTAAAACA  426

seq1  AGCAAGAAAACAAACAAACACACAAACAACTAAAAAATTTGGGGGGTGGC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAAGAAAACAAACAAACACACAAACAACTAAAAAATTTGGGGGGTGGC  476

seq1  CAGAGAGGTAGATAAGCAGTTAATCACATATAACTTTTACTGCTCTTGCT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAGAGGTAGATAAGCAGTTAATCACATATAACTTTTACTGCTCTTGCT  526

seq1  GAGGGTCTGATTTTGGTTGTCAGAATAAAAGGTGGTTCCTACCTACCTGT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGGTCTGATTTTGGTTGTCAGAATAAAAGGTGGTTCCTACCTACCTGT  576

seq1  CACTTCAGCATCAAGAGGCCCTAATGCCTCTTGCATTGGTGAGCAACTGA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTTCAGCATCAAGAGGCCCTAATGCCTCTTGCATTGGTGAGCAACTGA  626

seq1  ACTCTCGTGCACATAACCCCCTTACCACAGATACATACAATAACATGTAT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCTCGTGCACATAACCCCCTTACCACAGATACATACAATAACATGTAT  676

seq1  TGTTAACAACCTTAAAGTTTCAATCTTGTAATAGATGCTAACATAACTAG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTAACAACCTTAAAGTTTCAATCTTGTAATAGATGCTAACATAACTAG  726

seq1  CATTTTTCTATTTAGACTGTTAAAAATTCTACCTAGGTTTCTTATCCCTT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTTTTCTATTTAGACTGTTAAAAATTCTACCTAGGTTTCTTATCCCTT  776

seq1  TTTCTAAATGATGTCTCTTTCAAATTTTCTACACACATTTGCTGTTATTT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTAAATGATGTCTCTTTCAAATTTTCTACACACATTTGCTGTTATTT  826

seq1  CTGTTTTGTAAACAATGACTTTATCCTCTCATTTTATATCTAATATGAGG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTTTTGTAAACAATGACTTTATCCTCTCATTTTATATCTAATATGAGG  876

seq1  GCACTGAATTTTAATTAAGGCACTTAGTATACATATATTTACATTACTAG  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACTGAATTTTAATTAAGGCACTTAGTATACATATATTTACATTACTAG  926

seq1  TGCACTTAATGTAGATACTCAATATTAACTATGTACATAATATGCAAATA  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCACTTAATGTAGATACTCAATATTAACTATGTACATAATATGCAAATA  976

seq1  GCATGATCTTAGCCATTATTCCTCCATTTTACCTCATTTACATTCTCTAA  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATGATCTTAGCCATTATTCCTCCATTTTACCTCATTTACATTCTCTAA  1026

seq1  TCTCCTATTTTAGCTTTGATTTCTCTTTGCTATGTTTCATTGCTCCATTC  1100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCCTATTTTAGCTTTGATTTCTCTTTGCTATGTTTCATTGCTCCATTC  1076

seq1  TCAAGTGAATTC  1112
      ||||||||||||
seq2  TCAAGTGAATTC  1088