BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-096B13
Chromosome9 (Build37)
Map Location 54,535,740 - 54,652,534
singlet/doubletdoublet
Overlap geneEG664850, Dnaja4, Wdr61, Crabp1
Upstream geneLOC100038958, Slc35f2, Sln, LOC100038996, Elmod1, Tnfaip8l3, Cyp19a1, LOC100039064, Gldn, Dmxl2, 4933412E14Rik, Cib2, Idh3a, Acsbg1, LOC100039151
Downstream geneRab7-ps1, Ireb2, C630028N24Rik, AY074887, Psma4, Chrna5, Chrna3, Chrnb4, EG640554, LOC664897, 1700071A11Rik, Ube2q2, Fbxo22, Nrg4, AI118078, Etfa, LOC546133, Isl2, Zfp291
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-096B13.bB6Ng01-096B13.g
ACCDH906852DH906853
length1,012795
definitionDH906852|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-096B13, 5' end.DH906853|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-096B13, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(54,535,740 - 54,536,754)(54,651,743 - 54,652,534)
sequence
gaattcttgctgagctggaggcagtggagctcagctctgggcctcacatc
ctgagcagttgggttgtgggtgggttcgtccaagatgggaatgggaagaa
tcttttcacagagagacagctggaaagcctgatggagtgggggcggggca
gctcagagaagactcaggagaccccaggcacactgcttttcgaaaagcca
atggagtctgagttcctcggcctttacgaagtaactagtagtgtttctct
gacccccaactctcagaggacactcagcagacaaactgcttgctaggctg
ttggtagggaaaacaccccacctctgctgctgctgctgccaccaccacaa
tgacacttaaataaacctaatccctgaaccgttaagttcactggcaggct
gggaacctggtaactcaggcctgtaatctcatcgactgaggctggagaat
caaaccatgaagaccagcctgggaaccgtactaagaccattgctcagaga
tagagtgctttctcagcggacaggaagccctgggtttgatccctaacatc
agggggaaaacaatatcaatattgtatggcgagcaaaagctggctaactt
agagatattgcatttaaatggaggtcaagaacagacaaactgggtgacaa
aattcaatagtgagcaaacttacagggtgacaggattgttctatatctga
tacatctgaccgaggtggcccggtgggcatacatatatgcaaaaagtcag
agttttgtgcattttgctattatgctgtaatcaaatgctgagaaacttaa
aagttaaaaagagtgttcccctggttagataacaatggtcactcgggtga
tactggacccatggtacaactgtccactgcctagtgtgatctacctctca
tagcttcctctgtgagcctgctgtgggtggtcattttctctactgcacag
ggactcactgaccaagtctctccttattccttactggcaaaaaaattatg
tgagtgagtgta
gaattcccagccagtgtgtaatcagagataacgggaaccatttttactcc
tggtgttagcagctggcagagtgtctgaggtgaccagtgtatctggaggc
tgtgcttggctgggccagttggctgtgtatgacacagtgactgcaaggat
cccagaagcttccagaagcttctcctttgacgcacaggccttacagctca
atctgagctcagtgggtgtgacacggagctgtacgctctgcagtcacagc
tttctggcactaacacagccaccagccatgtgctgagtcctcggtaaggg
ttgtaattcagtacttgacaaagcagctgacatcttagttttgacctcca
acaatccctctgccttggctctcccctgagtctaccagcccaaagattat
ccccttacagcttgagtggaggaatggcacagcaaagcccctggagtctt
gggtgcactggttgaggtgagggtgagtgggagtgggctctcagttcctc
ggagagaaaagttattggctgggaggtaggaaaggagactgggagctatg
aagtccaggccagtggcaggaggtcagccaagccttatccaagctccttt
ggtacagcttgatagtgccacctttgtgtcctatgtgatcaagaatgaca
tggtgtggcccctgtgtcctggggcctcagaaagacaagtcactggtttg
cggaaaggaccttgtgctgctgctgggtgggaggagagaatctttatggt
atataacactgcttcatgtgtttgtgtgtgtgtgaatgtatatgg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr9_54535740_54536754
seq2: B6Ng01-096B13.b_45_1056

seq1  GAATTCTTGCTGAGCTGGAGGCAGTGGAGCTCAGCTCTGGGCCTCACATC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTGCTGAGCTGGAGGCAGTGGAGCTCAGCTCTGGGCCTCACATC  50

seq1  CTGAGCAGTTGGGTTGTGGGTGGGTTCGTCCAAGATGGGAATGGGAAGAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAGCAGTTGGGTTGTGGGTGGGTTCGTCCAAGATGGGAATGGGAAGAA  100

seq1  TCTTTTCACAGAGAGACAGCTGGAAAGCCTGATGGAGTGGGGGCGGGGCA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTTTCACAGAGAGACAGCTGGAAAGCCTGATGGAGTGGGGGCGGGGCA  150

seq1  GCTCAGAGAAGACTCAGGAGACCCCAGGCACACTGCTTTTCGAAAAGCCA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCAGAGAAGACTCAGGAGACCCCAGGCACACTGCTTTTCGAAAAGCCA  200

seq1  ATGGAGTCTGAGTTCCTCGGCCTTTACGAAGTAACTAGTAGTGTTTCTCT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGAGTCTGAGTTCCTCGGCCTTTACGAAGTAACTAGTAGTGTTTCTCT  250

seq1  GACCCCCAACTCTCAGAGGACACTCAGCAGACAAACTGCTTGCTAGGCTG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACCCCCAACTCTCAGAGGACACTCAGCAGACAAACTGCTTGCTAGGCTG  300

seq1  TTGGTAGGGAAAACACCCCACCTCTGCTGCTGCTGCTGCCACCACCACAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGTAGGGAAAACACCCCACCTCTGCTGCTGCTGCTGCCACCACCACAA  350

seq1  TGACACTTAAATAAACCTAATCCCTGAACCGTTAAGTTCACTGGCAGGCT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACACTTAAATAAACCTAATCCCTGAACCGTTAAGTTCACTGGCAGGCT  400

seq1  GGGAACCTGGTAACTCAGGCCTGTAATCTCATCGACTGAGGCTGGAGAAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAACCTGGTAACTCAGGCCTGTAATCTCATCGACTGAGGCTGGAGAAT  450

seq1  CAAACCATGAAGACCAGCCTGGGAACCGTACTAAGACCATTGCTCAGAGA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAACCATGAAGACCAGCCTGGGAACCGTACTAAGACCATTGCTCAGAGA  500

seq1  TAGAGTGCTTTCTCAGCGGACAGGAAGCCCTGGGTTTGATCCCTAACATC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAGTGCTTTCTCAGCGGACAGGAAGCCCTGGGTTTGATCCCTAACATC  550

seq1  AGGGGGAAAACAATATCAATATTGTATGGCGAGCAAAAGCTGGCTAACTT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGGGAAAACAATATCAATATTGTATGGCGAGCAAAAGCTGGCTAACTT  600

seq1  AGAGATATTGCATTTAAATGGAGGTCAAGAACAGACAAACTGGGTGACAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGATATTGCATTTAAATGGAGGTCAAGAACAGACAAACTGGGTGACAA  650

seq1  AATTCAATAGTGAGCAAACTTACAGGGTGACAGGATTGTTCTATATCTGA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTCAATAGTGAGCAAACTTACAGGGTGACAGGATTGTTCTATATCTGA  700

seq1  TACATCTGACCGAGGTGGCCCGGTGGGCATACATATATGCAAAAAGTCAG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACATCTGACCGAGGTGGCCCGGTGGGCATACATATATGCAAAAAGTCAG  750

seq1  AGTTTTGTGCATTTTGCTATTATGCTGTAATCAAATGCTGAGAAACTTAA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTTTGTGCATTTTGCTATTATGCTGTAATCAAATGCTGAGAAACTTAA  800

seq1  AAGTTAAAAAGAGTGTTCCCCTGGTTAGATAACAATGGTCACTCGGGTGA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTTAAAAAGAGTGTTCCCCTGGTTAGATAACAATGGTCACTCGGGTGA  850

seq1  TACTGGACCCATGGTACAACTGTCCACTGCCTAGTGTGATCTACCTCTCA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTGGACCCATGGTACAACTGTCCACTGCCTAGTGTGATCTACCTCTCA  900

seq1  TAGCTTCCTCTGTGAGCCCTGCTGTGGGTGGTCATTTTCTCTACTGCACA  950
      |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCTTCCTCTGTGAG-CCTGCTGTGGGTGGTCATTTTCTCTACTGCACA  949

seq1  GGGACTCACTGACCAAGTCTCTCCTTATTCCTTACTGGCAAAAAAAATTT  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||
seq2  GGGACTCACTGACCAAGTCTCTCCTTATTCCTTACTGGCAAAAAAA--TT  997

seq1  ATGTGAGTGAGTGTA  1015
      |||||||||||||||
seq2  ATGTGAGTGAGTGTA  1012

seq1: chr9_54651743_54652534
seq2: B6Ng01-096B13.g_69_862 (reverse)

seq1  CATATACATTCACACACACACACACACATGAAGCAGTGTTATATACCATA  50
      |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATATACATTCACACACACACAAACACATGAAGCAGTGTTATATACCATA  50

seq1  AAGATTCTCTCCT-CCACCCAGCAGCAGCAC-AGGTCCTTTCCGCAAACC  98
      ||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
seq2  AAGATTCTCTCCTCCCACCCAGCAGCAGCACAAGGTCCTTTCCGCAAACC  100

seq1  AGTGACTTGTCTTTCTGAGGCCCCAGGACACAGGGGCCACACCATGTCAT  148
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGACTTGTCTTTCTGAGGCCCCAGGACACAGGGGCCACACCATGTCAT  150

seq1  TCTTGATCACATAGGACACAAAGGTGGCACTATCAAGCTGTACCAAAGGA  198
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTGATCACATAGGACACAAAGGTGGCACTATCAAGCTGTACCAAAGGA  200

seq1  GCTTGGATAAGGCTTGGCTGACCTCCTGCCACTGGCCTGGACTTCATAGC  248
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTGGATAAGGCTTGGCTGACCTCCTGCCACTGGCCTGGACTTCATAGC  250

seq1  TCCCAGTCTCCTTTCCTACCTCCCAGCCAATAACTTTTCTCTCCGAGGAA  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCAGTCTCCTTTCCTACCTCCCAGCCAATAACTTTTCTCTCCGAGGAA  300

seq1  CTGAGAGCCCACTCCCACTCACCCTCACCTCAACCAGTGCACCCAAGACT  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAGAGCCCACTCCCACTCACCCTCACCTCAACCAGTGCACCCAAGACT  350

seq1  CCAGGGGCTTTGCTGTGCCATTCCTCCACTCAAGCTGTAAGGGGATAATC  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGGGGCTTTGCTGTGCCATTCCTCCACTCAAGCTGTAAGGGGATAATC  400

seq1  TTTGGGCTGGTAGACTCAGGGGAGAGCCAAGGCAGAGGGATTGTTGGAGG  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGGGCTGGTAGACTCAGGGGAGAGCCAAGGCAGAGGGATTGTTGGAGG  450

seq1  TCAAAACTAAGATGTCAGCTGCTTTGTCAAGTACTGAATTACAACCCTTA  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAAACTAAGATGTCAGCTGCTTTGTCAAGTACTGAATTACAACCCTTA  500

seq1  CCGAGGACTCAGCACATGGCTGGTGGCTGTGTTAGTGCCAGAAAGCTGTG  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCGAGGACTCAGCACATGGCTGGTGGCTGTGTTAGTGCCAGAAAGCTGTG  550

seq1  ACTGCAGAGCGTACAGCTCCGTGTCACACCCACTGAGCTCAGATTGAGCT  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGCAGAGCGTACAGCTCCGTGTCACACCCACTGAGCTCAGATTGAGCT  600

seq1  GTAAGGCCTGTGCGTCAAAGGAGAAGCTTCTGGAAGCTTCTGGGATCCTT  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAAGGCCTGTGCGTCAAAGGAGAAGCTTCTGGAAGCTTCTGGGATCCTT  650

seq1  GCAGTCACTGTGTCATACACAGCCAACTGGCCCAGCCAAGCACAGCCTCC  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGTCACTGTGTCATACACAGCCAACTGGCCCAGCCAAGCACAGCCTCC  700

seq1  AGATACACTGGTCACCTCAGACACTCTGCCAGCTGCTAACACCAGGAGTA  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATACACTGGTCACCTCAGACACTCTGCCAGCTGCTAACACCAGGAGTA  750

seq1  AAAATGGTTCCCGTTATCTCTGATTACACACTGGCTGGGAATTC  792
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATGGTTCCCGTTATCTCTGATTACACACTGGCTGGGAATTC  794