BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-096P05
Chromosome9 (Build37)
Map Location 94,333,167 - 94,465,190
singlet/doubletdoublet
Overlap gene1190002N15Rik, EG667601
Upstream geneLOC674371, LOC384967, EG384968
Downstream geneSlc9a9, Chst2, LOC667088, 2610101N10Rik, LOC100040097, Paqr9
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-096P05.bB6Ng01-096P05.g
ACCDH907452DH907453
length1,1331,006
definitionDH907452|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-096P05, 5' end.DH907453|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-096P05, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(94,464,043 - 94,465,190)(94,333,167 - 94,334,188)
sequence
gaattcctgcactggcttccttcggtgatgactttgatacaaaagtgtaa
agtaaattaagtccttttctctccattctgcttttggtcatggtatttat
cacaagggaaagcaaactagaacaatacgtatggttcctgaattacccca
tagcaatcaaaatgcaaactgcatcctggtaacttgtaactcttgggaaa
cctccatattgtagactgtgagctccttttttggtgacatttattcttta
tgatgtgttccaggcacatggacaccataaaacatttaactgagtttatt
taaaccaaatatcaaaagaatagcagagaagaaagatcatacttatgcaa
attttcagctgtaaaacttttacttagattcaaagcttagaattttggga
ggaatgcattgaacaaaatgtctttgaaagaaaacctttttttttttaaa
gaggatggagtaatttattaaacaaaattattaagaataagatactgaag
tcgttgaggctttcatctgtgaaggttttgtacattccattaagggacag
ggagagtgaggtcaggaagggatgctgacagccaagaggaccaggcagta
tgcaggggcaacaggattatagttcaaatgtcataaaccatgaaccagtg
tgatgccatctatgctggaaagaaagcagggagcaagcagacagtgtagc
tgggtattaagctaggcaaggcagagaggttaggcagaagggaaggagac
tagacaacaagccatccagaaacagccccatggagacctgaagctttggt
ttctggtttgatttttattaattcaagtcccttaggcctggaaaaaggct
ctttaaagtcttcttcccattgctcttctcttacactgggcaatgtctta
cactgacacggagtgcttgattcctaaccaagtcctggcctccatgaaac
tgtggctggcaggcatacattgtcttgctttcttactgatggcctaaaga
aaagccagtcatgccagagaacatcttatccactctgacaggtgtttata
gatacacataatgcccacatttatgtttgtgactgtgttagaattttgtt
atgtgaatactagattgaattcgtgcttgcttc
gaattcagacccttgaatgattcctgactgcagccaaagtgcccatgttc
ccactcacagatgacaactgccgaacaagtcagcttatggaaggcagcaa
ctgaagagcattaaatgcagtccggcactggtgtcacaaactgaaaatta
tagctttaaagaaacattcaaaaatattctcattcaagaacaaacaacat
aattaacacatgaacaaatgtcttgaataagtatctccccaaagaagaaa
atagataccaattaagcccatgaattaatagttaactttgctaacaaaat
gaaaatcaaaaccatattgaagtggcaccccatgcccacttggacgatta
ctatcaaagtaaataatagaaaacagcaaatattgataaatacatgctgc
ttaaacttgacagttgtaactgtcaaggtaaccacacctagggtcatcct
agacaggagtatcaatcagggattgtctagatcaaattggcctgtaggca
tgtctgtttggaattgttttgattattcactgaagtaggaggaggacata
ctctgaatatgagcaaaaccttctcattggctggaccctgaactatagaa
aaaacaaaaaacaaaaacaaacaaacaaacaaagaaaaaacagaagaaat
ctagctgagcatatatatatgcaggaagcaaatgaaaatgtgtatacagt
ctttgctctagactctgtgtgatttgatgaatttccaccttgtttttcct
cagtgacagtctacaacctagaagtgtgacctgaataagccctttctttt
ttaagttgtctttggtcatggtattttgtcacagcattagaaatgaaact
aaggcaggaagtctctatacagaagtatggaggttcctcaaaaaaactaa
aaaaccctggtatgggtagatagagagatatgtatcatgtgatcaaaata
tgctatacccaagtgtgaaattgtcaaatatttgagctaataaaatacaa
aataac
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr9_94464043_94465190
seq2: B6Ng01-096P05.b_46_1178 (reverse)

seq1  GAAGCAAGCACGATTTTCCATCTAGTAATTCAACATAACAAAATTCTAAA  50
      |||||||||||||  ||| ||||||| |||| ||||||||||||||| ||
seq2  GAAGCAAGCACGA-ATTCAATCTAGT-ATTC-ACATAACAAAATTCT-AA  46

seq1  CACAGTCACAAACATAAATGTGGGCATTATGTGTATTCTATAAACACCCT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||
seq2  CACAGTCACAAACATAAATGTGGGCATTATGTGTA-TCTATAAACA-CCT  94

seq1  GGTTCAGAGTGGATTAAGATTGTTTCTCTTGGCATGACTGGCTTTTCTTT  150
      |  |||||||||| ||||||   ||||| |||||||||||||||||| ||
seq2  G--TCAGAGTGGA-TAAGAT--GTTCTC-TGGCATGACTGGCTTTTC-TT  137

seq1  TAGGCCATCAGTAAGAAAGCAAGACAATGTATGCCCTGCCAGCCACAGTT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
seq2  TAGGCCATCAGTAAGAAAGCAAGACAATGTATG-CCTGCCAGCCACAGTT  186

seq1  TCATGGAGGCCCAGGACTTGGTTAGGAATCAAGCACTCCGTGTCAGTGTA  250
      ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATGGAGG-CCAGGACTTGGTTAGGAATCAAGCACTCCGTGTCAGTGTA  235

seq1  AGACATTGCCCAGTGTAAGAGAAGAGCAATGGGAAGAAGACTTTAAAGAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACATTGCCCAGTGTAAGAGAAGAGCAATGGGAAGAAGACTTTAAAGAG  285

seq1  CCTTTTTCCAGGCCTAAGGGACTTGAATTAATAAAAATCAAACCAGAAAC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTTTTCCAGGCCTAAGGGACTTGAATTAATAAAAATCAAACCAGAAAC  335

seq1  CAAAGCTTCAGGTCTCCATGGGGCTGTTTCTGGATGGCTTGTTGTCTAGT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAGCTTCAGGTCTCCATGGGGCTGTTTCTGGATGGCTTGTTGTCTAGT  385

seq1  CTCCTTCCCTTCTGCCTAACCTCTCTGCCTTGCCTAGCTTAATACCCAGC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCTTCCCTTCTGCCTAACCTCTCTGCCTTGCCTAGCTTAATACCCAGC  435

seq1  TACACTGTCTGCTTGCTCCCTGCTTTCTTTCCAGCATAGATGGCATCACA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACACTGTCTGCTTGCTCCCTGCTTTCTTTCCAGCATAGATGGCATCACA  485

seq1  CTGGTTCATGGTTTATGACATTTGAACTATAATCCTGTTGCCCCTGCATA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGTTCATGGTTTATGACATTTGAACTATAATCCTGTTGCCCCTGCATA  535

seq1  CTGCCTGGTCCTCTTGGCTGTCAGCATCCCTTCCTGACCTCACTCTCCCT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCCTGGTCCTCTTGGCTGTCAGCATCCCTTCCTGACCTCACTCTCCCT  585

seq1  GTCCCTTAATGGAATGTACAAAACCTTCACAGATGAAAGCCTCAACGACT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCCTTAATGGAATGTACAAAACCTTCACAGATGAAAGCCTCAACGACT  635

seq1  TCAGTATCTTATTCTTAATAATTTTGTTTAATAAATTACTCCATCCTCTT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGTATCTTATTCTTAATAATTTTGTTTAATAAATTACTCCATCCTCTT  685

seq1  TAAAAAAAAAAAGGTTTTCTTTCAAAGACATTTTGTTCAATGCATTCCTC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAAAAAAAAAGGTTTTCTTTCAAAGACATTTTGTTCAATGCATTCCTC  735

seq1  CCAAAATTCTAAGCTTTGAATCTAAGTAAAAGTTTTACAGCTGAAAATTT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAAATTCTAAGCTTTGAATCTAAGTAAAAGTTTTACAGCTGAAAATTT  785

seq1  GCATAAGTATGATCTTTCTTCTCTGCTATTCTTTTGATATTTGGTTTAAA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATAAGTATGATCTTTCTTCTCTGCTATTCTTTTGATATTTGGTTTAAA  835

seq1  TAAACTCAGTTAAATGTTTTATGGTGTCCATGTGCCTGGAACACATCATA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAACTCAGTTAAATGTTTTATGGTGTCCATGTGCCTGGAACACATCATA  885

seq1  AAGAATAAATGTCACCAAAAAAGGAGCTCACAGTCTACAATATGGAGGTT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAATAAATGTCACCAAAAAAGGAGCTCACAGTCTACAATATGGAGGTT  935

seq1  TCCCAAGAGTTACAAGTTACCAGGATGCAGTTTGCATTTTGATTGCTATG  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCAAGAGTTACAAGTTACCAGGATGCAGTTTGCATTTTGATTGCTATG  985

seq1  GGGTAATTCAGGAACCATACGTATTGTTCTAGTTTGCTTTCCCTTGTGAT  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTAATTCAGGAACCATACGTATTGTTCTAGTTTGCTTTCCCTTGTGAT  1035

seq1  AAATACCATGACCAAAAGCAGAATGGAGAGAAAAGGACTTAATTTACTTT  1100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATACCATGACCAAAAGCAGAATGGAGAGAAAAGGACTTAATTTACTTT  1085

seq1  ACACTTTTGTATCAAAGTCATCACCGAAGGAAGCCAGTGCAGGAATTC  1148
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACTTTTGTATCAAAGTCATCACCGAAGGAAGCCAGTGCAGGAATTC  1133

seq1: chr9_94333167_94334188
seq2: B6Ng01-096P05.g_69_1074

seq1  GAATTCAGACCCTTGAATGATTCCTGACTGCAGCCAAAGTGCCCATGTTC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGACCCTTGAATGATTCCTGACTGCAGCCAAAGTGCCCATGTTC  50

seq1  CCACTCACAGATGACAACTGCCGAACAAGTCAGCTTATGGAAGGCAGCAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACTCACAGATGACAACTGCCGAACAAGTCAGCTTATGGAAGGCAGCAA  100

seq1  CTGAAGAGCATTAAATGCAGTCCGGCACTGGTGTCACAAACTGAAAATTA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAAGAGCATTAAATGCAGTCCGGCACTGGTGTCACAAACTGAAAATTA  150

seq1  TAGCTTTAAAGAAACATTCAAAAATATTCTCATTCAAGAACAAACAACAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCTTTAAAGAAACATTCAAAAATATTCTCATTCAAGAACAAACAACAT  200

seq1  AATTAACACATGAACAAATGTCTTGAATAAGTATCTCCCCAAAGAAGAAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTAACACATGAACAAATGTCTTGAATAAGTATCTCCCCAAAGAAGAAA  250

seq1  ATAGATACCAATTAAGCCCATGAATTAATAGTTAACTTTGCTAACAAAAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGATACCAATTAAGCCCATGAATTAATAGTTAACTTTGCTAACAAAAT  300

seq1  GAAAATCAAAACCATATTGAAGTGGCACCCCATGCCCACTTGGACGATTA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAATCAAAACCATATTGAAGTGGCACCCCATGCCCACTTGGACGATTA  350

seq1  CTATCAAAGTAAATAATAGAAAACAGCAAATATTGATAAATACATGCTGC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATCAAAGTAAATAATAGAAAACAGCAAATATTGATAAATACATGCTGC  400

seq1  TTAAACTTGACAGTTGTAACTGTCAAGGTAACCACACCTAGGGTCATCCT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAACTTGACAGTTGTAACTGTCAAGGTAACCACACCTAGGGTCATCCT  450

seq1  AGACAGGAGTATCAATCAGGGATTGTCTAGATCAAATTGGCCTGTAGGCA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACAGGAGTATCAATCAGGGATTGTCTAGATCAAATTGGCCTGTAGGCA  500

seq1  TGTCTGTTTGGAATTGTTTTGATTATTCACTGAAGTAGGAGGAGGACATA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCTGTTTGGAATTGTTTTGATTATTCACTGAAGTAGGAGGAGGACATA  550

seq1  CTCTGAATATGAGCAAAACCTTCTCATTGGCTGGACCCTGAACTATAGAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTGAATATGAGCAAAACCTTCTCATTGGCTGGACCCTGAACTATAGAA  600

seq1  AAAACAAAAAACAAAAACAAACAAACAAACAAAGAAAAAACAGAAGAAAT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAACAAAAAACAAAAACAAACAAACAAACAAAGAAAAAACAGAAGAAAT  650

seq1  CTAGCTGAGCATATATATATGCAGGAAGCAAATGAAAATGTGTATACAGT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGCTGAGCATATATATATGCAGGAAGCAAATGAAAATGTGTATACAGT  700

seq1  CTTTGCTCTAGACTCTGTGTGATTTGATGAATTTCCACCTTGTTTTTCCT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTGCTCTAGACTCTGTGTGATTTGATGAATTTCCACCTTGTTTTTCCT  750

seq1  CAGTGACAGTCTACAACCTAGAAGTGTGACCTGAATAAGCCCTTTCTTTT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTGACAGTCTACAACCTAGAAGTGTGACCTGAATAAGCCCTTTCTTTT  800

seq1  TTAAGTTGTCTTTGGTCATGGTATTTTGTCACAGCATTAGAAATGAAACT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAGTTGTCTTTGGTCATGGTATTTTGTCACAGCATTAGAAATGAAACT  850

seq1  AAGGCAGGAAGTCTCTATACAGAAGTATGGAGGTTCCTCAAAAAAAAAAA  900
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||        |||
seq2  AAGGCAGGAAGTCTCTATACAGAAGTATGGAGGTTCCTC--------AAA  892

seq1  AAAAAAAAAAAACCCTGGTATGGGGTAGATAAGAGAAGATAATGTAATCA  950
      ||||  ||||||||||||||| |||||||| |||| |||| |||| ||| 
seq2  AAAACTAAAAAACCCTGGTAT-GGGTAGAT-AGAG-AGAT-ATGT-ATC-  936

seq1  ATGTGATCAAAATATGCTATACCCAAGTGTGAAATTGTCAAAATATTTAA  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |
seq2  ATGTGATCAAAATATGCTATACCCAAGTGTGAAATTGTC-AAATATTTGA  985

seq1  GCTAATTAAAATACAAAATAAC  1022
      ||||| ||||||||||||||||
seq2  GCTAA-TAAAATACAAAATAAC  1006