BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-097M14
Chromosome9 (Build37)
Map Location 61,401,185 - 61,523,070
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneLrrc49, Larp6, LOC100040447, Uaca, ENSMUSG00000052143, A430102L10, LOC100040481, Tle3, LOC100039851
Downstream geneRplp1, Kif23, Paqr5, Glce, Spesp1, LOC100039897, Anp32a, Coro2b
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-097M14.bB6Ng01-097M14.g
ACCDH908062DH908063
length1,051935
definitionDH908062|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-097M14, 5' end.DH908063|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-097M14, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(61,522,017 - 61,523,070)(61,401,185 - 61,402,105)
sequence
gaattccagatccaccaacctccatctcccaaatactggctcttgtacag
tcagacccaatggaagtgctaggattgagctggtgttttgtgctagcctg
gtaagcagtggattaactgggccacatccccacccccaaggaagacatct
ttaagaatgttttgtctatagatttgttcatcgttgggcagcaaattact
gaaaagatggcaactttatccaatataggcctttatcctctcccatcatc
ctgatgtcaagagaccaggtagcccaatggagtcttcccagcaggcccaa
gaagctgtaatggggttgttagactgcaatctcaccaggaggcttgactg
aggagaagagatgagaagggaggattcttttacagcctgtaattcattcc
tttgtcactgaataagagagggccctggctttgtgcattctgtgggtcca
ggaccatcccatgggctccgaagtctcccctccacagttctttgccacat
gggcctccagaacaggattgcttatttacaagccagctcagagaatctcc
acatggcatgtataaggtaccaaagttgtgaaactgacatcttccttccc
ttgctatatacaccacagtgggaccacaagagggatgccccatgtcgttt
aatacagtgtaatagttagacatagttccaactctatgagtggtaaggaa
aatcagggtaataacaaatagatgtaattgttgttaggcctcattttatg
gcctcccacgctttggtgttcctatagccatgtaacagatagtgacctct
ctgtgccgggcagcacaaagacctccacaccctcatcagtgtgggaaggg
agcaaggggtgggtagggctcccagtgagccaagtgctaaagggttatgt
tttcaggtctaatggttacacacagttttgagacccttgactttggaggg
gaggtggtcagagccaatttcccaagtgcatggtatcagagctactctga
tgatggaaaagagcagacagatagagaatgtgtagagaagagagtgatgc
g
gaattctcacatgggaatcgactggatatgactgagccccttcagccgcg
gggctctgagaaccacctgtctctggctgggtcttttttagcactacaca
cacatacacacacacacacacacacacacagagagagagagagagagaga
gagagagagagagagagagagagagagagagagtgagagagagagagaga
ggcaacaagtaccagcactgtacaacggaacacacacagagcccagggtt
gcattccaaatgataagtttcacagcagtgcaagcatttccagtagtatt
tattaagagcatccctcccaagatggtcggctctgggggacttctgtgaa
tgcactctagaggcaccacagcccctgccggcgaaagggtgggccagcat
ccgtggacttagacaaaacaaccccaaggagtccaagttacacactatag
aattctaaaaaacttgttagtgtgaatggcctgctttgtatgcagctgtt
gtcagctgggcacagttacagctcccttctgctggcagcctaatgcgctc
agtgtggcctctgtcttgtcaacatgaagccctttggccttcaatgctat
tgtttttagttaaaatgtcaggctcactcttctgattattattgatcttt
aatttttttattgcatttaattaattttatgcatgtgtcaggggcatcac
acacattgccacgggtatacacatggaggtcagaagacaactttttggaa
gccggttcttttccttctaccatcagggttttcaggattgaaccttaaag
acatcaggctctgggagcatgtgtcatttatctctgagctactttgccag
gcccaatattgggtttataacctcctagaagaggagtttaaatgtatctg
caaaaaatgattatacagtaaagcttaacaaagct
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr9_61522017_61523070
seq2: B6Ng01-097M14.b_49_1099 (reverse)

seq1  CGCATCACTCTCTTCTCTGCCACATTCTCTATCTCTCTGCCTCTTTTCCA  50
      ||||||||||||||||||  |||||||||||||| |||| ||||||||||
seq2  CGCATCACTCTCTTCTCT-ACACATTCTCTATCTGTCTG-CTCTTTTCCA  48

seq1  TCTGTCAGGGTGGCTCTGATATCAATGCACTTGGGAAATTGGCTCTGACC  100
      ||  |||| || ||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||
seq2  TC-ATCAGAGTAGCTCTGATA-CCATGCACTTGGGAAATTGGCTCTGACC  96

seq1  ACCTCCCCTCCAAAGTCAAGGGTCTCAAAACTGTGTGTAACCCTTAGACC  150
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
seq2  ACCTCCCCTCCAAAGTCAAGGGTCTCAAAACTGTGTGTAACCATTAGACC  146

seq1  TGAAAACATAGCCC-TTAGCACTTGGCTCACTGGGAGCCCTACCCACCCC  199
      |||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAAACATAACCCTTTAGCACTTGGCTCACTGGGAGCCCTACCCACCCC  196

seq1  TTGCTCCCTTCCCACACTGATGAGGGTGTGGAGGTCTTTGTGCTGCCCGG  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCTCCCTTCCCACACTGATGAGGGTGTGGAGGTCTTTGTGCTGCCCGG  246

seq1  CACAGAGAGGTCACTATCTGTTACATGGCTATAGGAACACCAAAGCGTGG  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAGAGAGGTCACTATCTGTTACATGGCTATAGGAACACCAAAGCGTGG  296

seq1  GAGGCCATAAAATGAGGCCTAACAACAATTACATCTATTTGTTATTACCC  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGCCATAAAATGAGGCCTAACAACAATTACATCTATTTGTTATTACCC  346

seq1  TGATTTTCCTTACCACTCATAGAGTTGGAACTATGTCTAACTATTACACT  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATTTTCCTTACCACTCATAGAGTTGGAACTATGTCTAACTATTACACT  396

seq1  GTATTAAACGACATGGGGCATCCCTCTTGTGGTCCCACTGTGGTGTATAT  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATTAAACGACATGGGGCATCCCTCTTGTGGTCCCACTGTGGTGTATAT  446

seq1  AGCAAGGGAAGGAAGATGTCAGTTTCACAACTTTGGTACCTTATACATGC  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAAGGGAAGGAAGATGTCAGTTTCACAACTTTGGTACCTTATACATGC  496

seq1  CATGTGGAGATTCTCTGAGCTGGCTTGTAAATAAGCAATCCTGTTCTGGA  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGTGGAGATTCTCTGAGCTGGCTTGTAAATAAGCAATCCTGTTCTGGA  546

seq1  GGCCCATGTGGCAAAGAACTGTGGAGGGGAGACTTCGGAGCCCATGGGAT  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCCATGTGGCAAAGAACTGTGGAGGGGAGACTTCGGAGCCCATGGGAT  596

seq1  GGTCCTGGACCCACAGAATGCACAAAGCCAGGGCCCTCTCTTATTCAGTG  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCCTGGACCCACAGAATGCACAAAGCCAGGGCCCTCTCTTATTCAGTG  646

seq1  ACAAAGGAATGAATTACAGGCTGTAAAAGAATCCTCCCTTCTCATCTCTT  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAAGGAATGAATTACAGGCTGTAAAAGAATCCTCCCTTCTCATCTCTT  696

seq1  CTCCTCAGTCAAGCCTCCTGGTGAGATTGCAGTCTAACAACCCCATTACA  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCTCAGTCAAGCCTCCTGGTGAGATTGCAGTCTAACAACCCCATTACA  746

seq1  GCTTCTTGGGCCTGCTGGGAAGACTCCATTGGGCTACCTGGTCTCTTGAC  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTCTTGGGCCTGCTGGGAAGACTCCATTGGGCTACCTGGTCTCTTGAC  796

seq1  ATCAGGATGATGGGAGAGGATAAAGGCCTATATTGGATAAAGTTGCCATC  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCAGGATGATGGGAGAGGATAAAGGCCTATATTGGATAAAGTTGCCATC  846

seq1  TTTTCAGTAATTTGCTGCCCAACGATGAACAAATCTATAGACAAAACATT  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTCAGTAATTTGCTGCCCAACGATGAACAAATCTATAGACAAAACATT  896

seq1  CTTAAAGATGTCTTCCTTGGGGGTGGGGATGTGGCCCAGTTAATCCACTG  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTAAAGATGTCTTCCTTGGGGGTGGGGATGTGGCCCAGTTAATCCACTG  946

seq1  CTTACCAGGCTAGCACAAAACACCAGCTCAATCCTAGCACTTCCATTGGG  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTACCAGGCTAGCACAAAACACCAGCTCAATCCTAGCACTTCCATTGGG  996

seq1  TCTGACTGTACAAGAGCCAGTATTTGGGAGATGGAGGTTGGTGGATCTGG  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGACTGTACAAGAGCCAGTATTTGGGAGATGGAGGTTGGTGGATCTGG  1046

seq1  AATTC  1054
      |||||
seq2  AATTC  1051

seq1: chr9_61401185_61402105
seq2: B6Ng01-097M14.g_69_1003

seq1  GAATTCTCACATGGGAATCGACTGGATATGACTGAGCCCCTTCAGCCGCG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCACATGGGAATCGACTGGATATGACTGAGCCCCTTCAGCCGCG  50

seq1  GGGCTCTGAGAACCACCTGTCTCTGGCTGGGTCTTTTTTAGCACTACACA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGCTCTGAGAACCACCTGTCTCTGGCTGGGTCTTTTTTAGCACTACACA  100

seq1  CACATACACACACACACACACACACACAC--AGAGAGAGAGAGAGAGAGA  148
      |||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||
seq2  CACATACACACACACACACACACACACACAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGA  150

seq1  GAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGTGAGAGAGAGAGAGAGA  198
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGTGAGAGAGAGAGAGAGA  200

seq1  GGCAACAAGTACCAGCACTGTACAACGGAACACACACAGAGCCCAGGGTT  248
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCAACAAGTACCAGCACTGTACAACGGAACACACACAGAGCCCAGGGTT  250

seq1  GCATTCCAAATGATAAGTTTCACAGCAGTGCAAGCATTTCCAGTAGTATT  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATTCCAAATGATAAGTTTCACAGCAGTGCAAGCATTTCCAGTAGTATT  300

seq1  TATTAAGAGCATCCCTCCCAAGATGGTCGGCTCTGGGGGACTTCTGTGAA  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTAAGAGCATCCCTCCCAAGATGGTCGGCTCTGGGGGACTTCTGTGAA  350

seq1  TGCACTCTAGAGGCACCACAGCCCCTGCCGGCGAAAGGGTGGGCCAGCAT  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCACTCTAGAGGCACCACAGCCCCTGCCGGCGAAAGGGTGGGCCAGCAT  400

seq1  CCGTGGACTTAGACAAAACAACCCCAAGGAGTCCAAGTTACACACTATAG  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCGTGGACTTAGACAAAACAACCCCAAGGAGTCCAAGTTACACACTATAG  450

seq1  AATTCTAAAAAACTTGTTAGTGTGAATGGCCTGCTTTGTATGCAGCTGTT  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTCTAAAAAACTTGTTAGTGTGAATGGCCTGCTTTGTATGCAGCTGTT  500

seq1  GTCAGCTGGGCACAGTTACAGCTCCCTTCTGCTGGCAGCCTAATGCGCTC  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCAGCTGGGCACAGTTACAGCTCCCTTCTGCTGGCAGCCTAATGCGCTC  550

seq1  AGTGTGGCCTCTGTCTTGTCAACATGAAGCCCTTTGGCCTTCAATGCTAT  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGTGGCCTCTGTCTTGTCAACATGAAGCCCTTTGGCCTTCAATGCTAT  600

seq1  TG-TTTTAGTTAAAATGTCAGGCTCACTCTTCTGATTATTATTGATCTTT  647
      || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTTTTAGTTAAAATGTCAGGCTCACTCTTCTGATTATTATTGATCTTT  650

seq1  AA-TTTTTTATTGCA-TTAATTAA-TTTATGCATGTGTCAGGGGCAGCAC  694
      || |||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||| |||
seq2  AATTTTTTTATTGCATTTAATTAATTTTATGCATGTGTCAGGGGCATCAC  700

seq1  ACACA-TGCCAC-GGTATACACATGGAGGTCAGAAGACAAC-TTTTGGAA  741
      ||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
seq2  ACACATTGCCACGGGTATACACATGGAGGTCAGAAGACAACTTTTTGGAA  750

seq1  GCCGGTTC-TCTCCTTCTACCATCAGGGTTTTCAGGATTGAAC--TTAAG  788
      |||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||  | |||
seq2  GCCGGTTCTTTTCCTTCTACCATCAGGGTTTTCAGGATTGAACCTTAAAG  800

seq1  ACATCAGGC-CT-GGAGCAGGTGTC-TTTATCCACTGAGCTACGTTGCCA  835
      ||||||||| || |||||| ||||| ||||| | ||||||||| ||||||
seq2  ACATCAGGCTCTGGGAGCATGTGTCATTTAT-CTCTGAGCTACTTTGCCA  849

seq1  GGCCCATTATTGGGTTTATAACCTCCTAGGAGAGGAGTTAAAATGTAGCT  885
      |||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||| ||
seq2  GGCCCAATATTGGGTTTATAACCTCCTAGAAGAGGAGTTTAAATGTATCT  899

seq1  GCAGAAATAGTTTAGACAGTAAAGCCTTACAAAGCT  921
      ||| |||  | ||| |||||||||| | ||||||||
seq2  GCAAAAAATGATTATACAGTAAAGCTTAACAAAGCT  935