BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-098K11
Chromosome9 (Build37)
Map Location 70,470,154 - 70,659,767
singlet/doubletdoublet
Overlap geneB230380D07Rik, Adam10, Cycs-ps1, Lipc
Upstream geneFoxb1, Bnip2, LOC624164, Gtf2a2, Gcnt3, 6430514L14Rik, Myo1e, Ccnb2, Rnf111, Sltm
Downstream geneLOC100041622, LOC100041628, Aqp9, 1700020I22Rik, LOC100041660, Aldh1a2, Grinl1a, AA407270, LOC547043, LOC100040537, Cgnl1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-098K11.bB6Ng01-098K11.g
ACCDH908684DH908685
length1,032915
definitionDH908684|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-098K11, 5' end.DH908685|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-098K11, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(70,658,731 - 70,659,767)(70,470,154 - 70,471,062)
sequence
gaattcaggttattgggctggttggcaagcacctttaccccctgagccac
attctgaaccctgatttaaatacttcagaaaagaaaaaaaaacagaatgc
cattcctcataccaacacccactcaagggctctgataaatgcatggctgc
taaatcggacagcacagataggaaacattccaattttgcaaatcattcta
ttgatggtgctggtacaaggtgtttaatgcagggcacgtaactgcccctt
ctccagtggccatggtcatccctgatgtgggctcctggccaccaccagca
ttttgaaaaccacttgtagaactttaaaaagaacacatttgtccaacttc
agtttacagagaaaccacaatccatatttttctaggacatgtagtagtac
tgtatatttttggtcaggggctggtgtgacaagataaatgtcacctcctg
attaattctgcccacattcccctggctcctgggatacttgacaaaaccat
caaagaatctgtttctctacaacccctgaagccagaactcaggtaaacac
tactgagtgcagctttggcagaagcaaagctggaaatggccacccagtgg
atctaggtaatttatcagccacttccgtcctcactctctcgggaggaaca
gggtccagctgggaggctgtttttaaaggatagggagtctgtattaagcc
ttacttagctaatgctgggttagagtcaccctctgagtagtcaggggagg
taacctggtagagggtcacacttgatggagatgtgggttctctgcctggc
atcgtgctggatttattgtcacagcaacaggaaagggggagaggagacag
agacagaaaatgctgcatctatgggatttgtttcattgagatttcctaga
aatactttgagatcagaggggtcacatcatttgtgagtggtaaatactat
tatctaaatcttatactggatccatacttactatctaacctatatcatag
catttcttattccaatatactatatcggcatc
gaattctttctttcaaagagacaatgatgacacattcatgagtgaagtga
tgtgacacttgcaattagctatgatatgctttaggaagaaaaagtgtgtt
gtgtaggaatacagaataaaggcaggtattcaatgtgtgagcaactggtg
aattaggtaaagaacatgcaaatgttcaccaagagggcctacctttttat
agtttttgagacttctcaaaataaattagaacaaagacaaatgatggata
ttatttaataaattaatagttactgcctctacttaatgaagataatatta
atgcaactaggcaaaaagaagtttgagtaaatatcctggggttaatttta
taagcatgtgtttattctaggaatagttgttaagcagttactcctaaaag
gatgtgaaactaaatgactgactttgggagagtctgacagttggtactgg
ggtgctggtggtggtgatccttattcattcttattttcatgtcacaagca
atcatgatagcaaccagattcagaaggcatggccactcaagaggaaacct
gatgaccactgtttactgtaacaatgctgcaatgctatgctgtgctgtgc
tgtgctgtgctgtgctgtgctgtgctgtgctgtgctgtgctgtcctgtgc
tgtgctgtgttgtcctgtgctgtgctgtcctgtcctgtgctgtgctgtgt
gtgctgtgctgtgctgtgctgtgctgtcctgtgctgtgctgtcctgtgct
gtgctgtgctgtgctgtgctgtgctgtgctgtgctgtgctgtgctgtgct
gtgctgtgctgtctgtcctgtcctgtcctgtgctgtgctgtcctgtgctg
tttttttgtgttgtgctgtgctgagctttctgtcctgagctgagctgacc
agtgtgagctgtgct
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr9_70658731_70659767
seq2: B6Ng01-098K11.b_46_1077 (reverse)

seq1  GATGCAGATATAGTATATAGAAAT-AGAAATAGCTATAGATATAGTATAG  49
      ||||| |||||||||||| | ||| |||||| ||||| |||||||  |||
seq2  GATGCCGATATAGTATATTGGAATAAGAAAT-GCTAT-GATATAGGTTAG  48

seq1  ATAGTATAGTATAGATACAGTATATAGATTTAGATATATAGTATTTACCA  99
      |||||| ||||| ||| ||||||| ||||||||||| |||||||||||||
seq2  ATAGTA-AGTATGGATCCAGTATA-AGATTTAGATA-ATAGTATTTACCA  95

seq1  CTCACAAATGATGTGACCCCTCTGATCTCAAAGTATTTCTAGGAAATCTC  149
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCACAAATGATGTGACCCCTCTGATCTCAAAGTATTTCTAGGAAATCTC  145

seq1  AATGAAACAAATCCCATAGATTGCAGCATTTTCTGTCTCTGTCTCCTCTC  199
      |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGAAACAAATCCCATAGA-TGCAGCATTTTCTGTCTCTGTCTCCTCTC  194

seq1  CCCCTTTCCTGTTGCTGTGACAATAAATCCAGCACGATGCCAGGCAGAGA  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCTTTCCTGTTGCTGTGACAATAAATCCAGCACGATGCCAGGCAGAGA  244

seq1  ACCCACATCTCCATCAAGTGTGACCCTCTACCAGGTTACCTCCCCTGACT  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCACATCTCCATCAAGTGTGACCCTCTACCAGGTTACCTCCCCTGACT  294

seq1  ACTCAGAGGGTGACTCTAACCCAGCATTAGCTAAGTAAGGCTTAATACAG  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCAGAGGGTGACTCTAACCCAGCATTAGCTAAGTAAGGCTTAATACAG  344

seq1  ACTCCCTATCCTTTAAAAACAGCCTCCCAGCTGGACCCTGTTCCTCCCGA  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCCCTATCCTTTAAAAACAGCCTCCCAGCTGGACCCTGTTCCTCCCGA  394

seq1  GAGAGTGAGGACGGAAGTGGCTGATAAATTACCTAGATCCACTGGGTGGC  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAGTGAGGACGGAAGTGGCTGATAAATTACCTAGATCCACTGGGTGGC  444

seq1  CATTTCCAGCTTTGCTTCTGCCAAAGCTGCACTCAGTAGTGTTTACCTGA  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTTCCAGCTTTGCTTCTGCCAAAGCTGCACTCAGTAGTGTTTACCTGA  494

seq1  GTTCTGGCTTCAGGGGTTGTAGAGAAACAGATTCTTTGATGGTTTTGTCA  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCTGGCTTCAGGGGTTGTAGAGAAACAGATTCTTTGATGGTTTTGTCA  544

seq1  AGTATCCCAGGAGCCAGGGGAATGTGGGCAGAATTAATCAGGAGGTGACA  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTATCCCAGGAGCCAGGGGAATGTGGGCAGAATTAATCAGGAGGTGACA  594

seq1  TTTATCTTGTCACACCAGCCCCTGACCAAAAATATACAGTACTACTACAT  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATCTTGTCACACCAGCCCCTGACCAAAAATATACAGTACTACTACAT  644

seq1  GTCCTAGAAAAATATGGATTGTGGTTTCTCTGTAAACTGAAGTTGGACAA  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCTAGAAAAATATGGATTGTGGTTTCTCTGTAAACTGAAGTTGGACAA  694

seq1  ATGTGTTCTTTTTAAAGTTCTACAAGTGGTTTTCAAAATGCTGGTGGTGG  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTGTTCTTTTTAAAGTTCTACAAGTGGTTTTCAAAATGCTGGTGGTGG  744

seq1  CCAGGAGCCCACATCAGGGATGACCATGGCCACTGGAGAAGGGGCAGTTA  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGGAGCCCACATCAGGGATGACCATGGCCACTGGAGAAGGGGCAGTTA  794

seq1  CGTGCCCTGCATTAAACACCTTGTACCAGCACCATCAATAGAATGATTTG  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGTGCCCTGCATTAAACACCTTGTACCAGCACCATCAATAGAATGATTTG  844

seq1  CAAAATTGGAATGTTTCCTATCTGTGCTGTCCGATTTAGCAGCCATGCAT  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAATTGGAATGTTTCCTATCTGTGCTGTCCGATTTAGCAGCCATGCAT  894

seq1  TTATCAGAGCCCTTGAGTGGGTGTTGGTATGAGGAATGGCATTCTGTTTT  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATCAGAGCCCTTGAGTGGGTGTTGGTATGAGGAATGGCATTCTGTTTT  944

seq1  TTTTTCTTTTCTGAAGTATTTAAATCAGGGTTCAGAATGTGGCTCAGGGG  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTCTTTTCTGAAGTATTTAAATCAGGGTTCAGAATGTGGCTCAGGGG  994

seq1  GTAAAGGTGCTTGCCAACCAGCCCAATAACCTGAATTC  1037
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAAAGGTGCTTGCCAACCAGCCCAATAACCTGAATTC  1032

seq1: chr9_70470154_70471062
seq2: B6Ng01-098K11.g_69_983

seq1  GAATTCTTTCTTTCAAAGAGACAATGATGACACATTCATGAGTGAAGTGA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTTCTTTCAAAGAGACAATGATGACACATTCATGAGTGAAGTGA  50

seq1  TGTGACACTTGCAATTAGCTATGATATGCTTTAGGAAGAAAAAGTGTGTT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGACACTTGCAATTAGCTATGATATGCTTTAGGAAGAAAAAGTGTGTT  100

seq1  GTGTAGGAATACAGAATAAAGGCAGGTATTCAATGTGTGAGCAACTGGTG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTAGGAATACAGAATAAAGGCAGGTATTCAATGTGTGAGCAACTGGTG  150

seq1  AATTAGGTAAAGAACATGCAAATGTTCACCAAGAGGGCCTACCTTTTTAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTAGGTAAAGAACATGCAAATGTTCACCAAGAGGGCCTACCTTTTTAT  200

seq1  AGTTTTTGAGACTTCTCAAAATAAATTAGAACAAAGACAAATGATGGATA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTTTTGAGACTTCTCAAAATAAATTAGAACAAAGACAAATGATGGATA  250

seq1  TTATTTAATAAATTAATAGTTACTGCCTCTACTTAATGAAGATAATATTA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATTTAATAAATTAATAGTTACTGCCTCTACTTAATGAAGATAATATTA  300

seq1  ATGCAACTAGGCAAAAAGAAGTTTGAGTAAATATCCTGGGGTTAATTTTA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCAACTAGGCAAAAAGAAGTTTGAGTAAATATCCTGGGGTTAATTTTA  350

seq1  TAAGCATGTGTTTATTCTAGGAATAGTTGTTAAGCAGTTACTCCTAAAAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGCATGTGTTTATTCTAGGAATAGTTGTTAAGCAGTTACTCCTAAAAG  400

seq1  GATGTGAAACTAAATGACTGACTTTGGGAGAGTCTGACAGTTGGTACTGG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGTGAAACTAAATGACTGACTTTGGGAGAGTCTGACAGTTGGTACTGG  450

seq1  GGTGCTGGTGGTGGTGATCCTTATTCATTCTTATTTTCATGTCACAAGCA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGCTGGTGGTGGTGATCCTTATTCATTCTTATTTTCATGTCACAAGCA  500

seq1  ATCATGATAGCAACCAGATTCAGAAGGCATGGCCACTCAAGAGGAAACCT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCATGATAGCAACCAGATTCAGAAGGCATGGCCACTCAAGAGGAAACCT  550

seq1  GATGACCACTGTTTACTGTAACAATGCTGCAATGCTATGCTGTGCTGTGC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGACCACTGTTTACTGTAACAATGCTGCAATGCTATGCTGTGCTGTGC  600

seq1  TGTGCTGTGCTGTGCTGTGCTGTGCTGTGCTGTGCTGTGCTGTCCTGTGC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGCTGTGCTGTGCTGTGCTGTGCTGTGCTGTGCTGTGCTGTCCTGTGC  650

seq1  TGTGCTGTGTTGTCCTGTGCTGTGCTGTCCTGTCCTGTGCTGTGCTGTGT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGCTGTGTTGTCCTGTGCTGTGCTGTCCTGTCCTGTGCTGTGCTGTGT  700

seq1  GTGCTGTGCTGTGCTGTGCTGTGCTGTCCTGTGCTGTGCTGTCCTGTGCT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCTGTGCTGTGCTGTGCTGTGCTGTCCTGTGCTGTGCTGTCCTGTGCT  750

seq1  GTGCTGTGCTGTGCTGTGCTGTGCTGTGCTGTGCTGTGCTGTGCTGTGCT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCTGTGCTGTGCTGTGCTGTGCTGTGCTGTGCTGTGCTGTGCTGTGCT  800

seq1  GTGCTGTGCTGTCCTGTCCTGTCCTGTCCTGTGCTGTGCTGTCCTGTGCT  850
      |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCTGTGCTGT-CTGTCCTGTCCTGTCCTGTGCTGTGCTGTCCTGTGCT  849

seq1  GTGCTGTGTGTGCTGTGCTGTGCTGTGCTGTGCTGTCCTGTGCTGTGCTG  900
      ||  | | |||| |||||||||||| ||| | |||||||| |||| ||||
seq2  GT-TTTTTTGTGTTGTGCTGTGCTGAGCT-TTCTGTCCTGAGCTGAGCTG  897

seq1  TC---------CTGTGCT  909
       |         |||||||
seq2  ACCAGTGTGAGCTGTGCT  915