BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-102C09
Chromosome9 (Build37)
Map Location 95,765,386 - 95,928,796
singlet/doubletdoublet
Overlap geneXrn1
Upstream geneSlc9a9, Chst2, LOC667088, 2610101N10Rik, LOC100040097, Paqr9, Pcolce2, Trpc1, AI427122, 1700065D16Rik
Downstream geneGk5, Tfdp2, 1110029I05Rik, Atp1b3, BC043934, Rnf7, LOC667174, Rasa2, Zbtb38, EG622512, LOC100040230, LOC667216, Acpl2, LOC19034, LOC667226, Spsb4, LOC100040254
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-102C09.bB6Ng01-102C09.g
ACCDH911122DH911123
length1,1301,121
definitionDH911122|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-102C09, 5' end.DH911123|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-102C09, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(95,927,713 - 95,928,796)(95,765,386 - 95,766,510)
sequence
gaattcacagaaatacagctgcctctgcttcccaagtatttggataaaaa
gtgtacaccaccatacactgcagttatgttttagttagttgtagggttaa
ctctcctttcagatggttaatccaccatcactgtggtggagagcacagca
gcacacatggtgctggagcagcagctgagagctacatcctgatccacagg
cagagagaaagacaggaacacggggtgggccaggctttctgaggacttct
gaaaacctcaaagctcaatcccagtgacttcccccaacaaggcaacaggt
cctaatccttctaatcctatcaggaagttctactccctggtgacaaagta
tttaaacatatcagcttacgggccattcttattcaaactaccacactgag
caattttctcctcaggctaatgaattttttagggttttttttggcgggga
gggggagagcaaggtttcagagcagcagaggctgacctcaaattccccat
gtaactgatcctgttgcctcttcatctgttgggatgagacatataccacc
atgaatggtaggcttcattcttttatgcctgtatgcatgtacagacactc
ttgtgtgtgtctgtgtctatgcatgcgcttgtgcatgcacatgaatgtgt
gctggcttgtgttgtacatgtgctctaggtgttttgcctcctactttatg
ttttgaacagggtcttttgttgaacctgagcacatggattcagctggctt
ggctgagcagcaagctccagaggtcctcctatagctggctctgcagcatc
gggatggcatgcaggcactggtgctctgcagcattgggatggcatgctgg
cactggtgctctgcagcatcgggatggcatgcagcactggtgctctgcag
catcgggatggcatgcagcactggtgctctgcagcatcgggatggcatgc
aggcactggtgcattgtagcattgggacagcagcagcactgatgcactgc
gcctggctgctttctttggctgctgagaatggactcaggtcctcatgctt
tcaccatgggaccttagcaacccagcagctcccagggcctctctgtctgg
tgtgaaggcggttaactcaggtaggctaag
gaattcagtcattggatcattacaagacttttacggattgcagcaactcc
atcctgccacatgctacacaagaaaatatgtgaagttatctgctcgttat
tatttctttttaaaagcaagaatcctgctatttttggggtactcacaaga
gaattactttatctttttgaagacttaatttacctccacaaaagaaatgc
agtgggtgaggttatggaatggccagtggttgttagtcggtttttaagcc
gattggatgaacatatgggatgtttacagccagctcctttgcagttcatg
aacgtgcaaaatgtagaatttattgaagtcactctattaatggttcttat
tcatattgttccaaccgtgttttttagacgacaagaattgttactgtggc
aaatcggctgcgctctgctagagcacggtagtcccaaaatcaggtcttta
gcaattagccttctaactgagctctttgagcttggagggttaccagcaca
gccagccagcacttttttcagcttatttttggagttgctacaacaccttg
ttggaatggatgctgaccaattgaaattgtatgaagagccattgtcaaag
ctgctaaaaacgctctttccctttgaagcagaggcttatagaaatattga
acctgtctacttaaatgtgctactggaaaaactcagtgtcatgtttgaag
atcgcgtgcttatgcggctcaagtctgatttgctgaaggctgctttgtgt
catttactgcagtatttccttacatttgtgccagctgggtatgaatcggc
tttacaggtcaggaaggtttatgtgacaaatatttgtagagctcttgtag
acgctcttggagttcagaaacatgttggggtaagtaattattgagatgac
acattaagtgtttgttcatttaagtgtgtgcatatgtataggatgtatac
aagaagagagacatcttacaataatggcatgtcaagggcatgatcatttt
cataagtttagtttcattttcagactttgtacttccagtcagaaaatttg
ttcattaattagtgactacctagtgtagtagaatagaattaatttaaagt
agaatttaataaatatgtgtt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr9_95927713_95928796
seq2: B6Ng01-102C09.b_110_1179 (reverse)

seq1  CTTAGCCTACCTGAGTTTAACCCCGGCCCTTCAACACCAGACAGAAGAGG  50
      ||||||||||||||| ||||||     ||||| ||||||||||| |||||
seq2  CTTAGCCTACCTGAG-TTAACC----GCCTTC-ACACCAGACAG-AGAGG  43

seq1  CCCTGGGAAGCTGGCTGGGTTGGCTAA-GTGCCATGGTGAAAGCATGAGG  99
      ||||||| |||| |||||||| ||||| || |||||||||||||||||||
seq2  CCCTGGG-AGCT-GCTGGGTT-GCTAAGGTCCCATGGTGAAAGCATGAGG  90

seq1  ACCTGAGTCCAATCCTCAGCAGCCACAGAAAGCAGCCAGGCGCAGTGCAT  149
      |||||||||| || ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTGAGTCC-ATTCTCAGCAGCCAAAGAAAGCAGCCAGGCGCAGTGCAT  139

seq1  CAGTGCCTGCCTGCTGTCCCAATGCTACAGTGCACCAGTGCCTGCATGCC  199
      ||||| ||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
seq2  CAGTG-CTG-CTGCTGTCCCAATGCTACAATGCACCAGTGCCTGCATGCC  187

seq1  ATCCCGATGCTGCAGAGCACCAGTGCCTGCATGCCATCCCGATGCTGCAG  249
      ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCCGATGCTGCAGAGCACCAGTG-CTGCATGCCATCCCGATGCTGCAG  236

seq1  AGCACCAGTGCCTGCATGCCATCCCGATGCTGCAGAGCACCAGTGCCAGC  299
      |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCACCAGTG-CTGCATGCCATCCCGATGCTGCAGAGCACCAGTGCCAGC  285

seq1  ATGCCATCCCAATGCTGCAGAGCACCAGTGCCTGCATGCCATCCCGATGC  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCCATCCCAATGCTGCAGAGCACCAGTGCCTGCATGCCATCCCGATGC  335

seq1  TGCAGAGCCAGCTATAGGAGGACCTCTGGAGCTTGCTGCTCAGCCAAGCC  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCAGAGCCAGCTATAGGAGGACCTCTGGAGCTTGCTGCTCAGCCAAGCC  385

seq1  AGCTGAATCCATGTGCTCAGGTTCAACAAAAGACCCTGTTCAAAACATAA  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTGAATCCATGTGCTCAGGTTCAACAAAAGACCCTGTTCAAAACATAA  435

seq1  AGTAGGAGGCAAAACACCTAGAGCACATGTACAACACAAGCCAGCACACA  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTAGGAGGCAAAACACCTAGAGCACATGTACAACACAAGCCAGCACACA  485

seq1  TTCATGTGCATGCACAAGCGCATGCATAGACACAGACACACACAAGAGTG  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCATGTGCATGCACAAGCGCATGCATAGACACAGACACACACAAGAGTG  535

seq1  TCTGTACATGCATACAGGCATAAAAGAATGAAGCCTACCATTCATGGTGG  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGTACATGCATACAGGCATAAAAGAATGAAGCCTACCATTCATGGTGG  585

seq1  TATATGTCTCATCCCAACAGATGAAGAGGCAACAGGATCAGTTACATGGG  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATATGTCTCATCCCAACAGATGAAGAGGCAACAGGATCAGTTACATGGG  635

seq1  GAATTTGAGGTCAGCCTCTGCTGCTCTGAAACCTTGCTCTCCCCCTCCCC  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTTGAGGTCAGCCTCTGCTGCTCTGAAACCTTGCTCTCCCCCTCCCC  685

seq1  GCCAAAAAAAACCCTAAAAAATTCATTAGCCTGAGGAGAAAATTGCTCAG  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCAAAAAAAACCCTAAAAAATTCATTAGCCTGAGGAGAAAATTGCTCAG  735

seq1  TGTGGTAGTTTGAATAAGAATGGCCCGTAAGCTGATATGTTTAAATACTT  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGGTAGTTTGAATAAGAATGGCCCGTAAGCTGATATGTTTAAATACTT  785

seq1  TGTCACCAGGGAGTAGAACTTCCTGATAGGATTAGAAGGATTAGGACCTG  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCACCAGGGAGTAGAACTTCCTGATAGGATTAGAAGGATTAGGACCTG  835

seq1  TTGCCTTGTTGGGGGAAGTCACTGGGATTGAGCTTTGAGGTTTTCAGAAG  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCCTTGTTGGGGGAAGTCACTGGGATTGAGCTTTGAGGTTTTCAGAAG  885

seq1  TCCTCAGAAAGCCTGGCCCACCCCGTGTTCCTGTCTTTCTCTCTGCCTGT  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTCAGAAAGCCTGGCCCACCCCGTGTTCCTGTCTTTCTCTCTGCCTGT  935

seq1  GGATCAGGATGTAGCTCTCAGCTGCTGCTCCAGCACCATGTGTGCTGCTG  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATCAGGATGTAGCTCTCAGCTGCTGCTCCAGCACCATGTGTGCTGCTG  985

seq1  TGCTCTCCACCACAGTGATGGTGGATTAACCATCTGAAAGGAGAGTTAAC  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTCTCCACCACAGTGATGGTGGATTAACCATCTGAAAGGAGAGTTAAC  1035

seq1  CCTACAACTAACTAAAACATAACTGCAGTGTATGG  1084
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTACAACTAACTAAAACATAACTGCAGTGTATGG  1070

seq1: chr9_95765386_95766510
seq2: B6Ng01-102C09.g_70_1190

seq1  GAATTCAGTCATTGGATCATTACAAGACTTTTACGGATTGCAGCAACTCC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGTCATTGGATCATTACAAGACTTTTACGGATTGCAGCAACTCC  50

seq1  ATCCTGCCACATGCTACACAAGAAAATATGTGAAGTTATCTGCTCGTTAT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCTGCCACATGCTACACAAGAAAATATGTGAAGTTATCTGCTCGTTAT  100

seq1  TATTTCTTTTTAAAAGCAAGAATCCTGCTATTTTTGGGGTACTCACAAGA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTTCTTTTTAAAAGCAAGAATCCTGCTATTTTTGGGGTACTCACAAGA  150

seq1  GAATTACTTTATCTTTTTGAAGACTTAATTTACCTCCACAAAAGAAATGC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTACTTTATCTTTTTGAAGACTTAATTTACCTCCACAAAAGAAATGC  200

seq1  AGTGGGTGAGGTTATGGAATGGCCAGTGGTTGTTAGTCGGTTTTTAAGCC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGGGTGAGGTTATGGAATGGCCAGTGGTTGTTAGTCGGTTTTTAAGCC  250

seq1  GATTGGATGAACATATGGGATGTTTACAGCCAGCTCCTTTGCAGTTCATG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTGGATGAACATATGGGATGTTTACAGCCAGCTCCTTTGCAGTTCATG  300

seq1  AACGTGCAAAATGTAGAATTTATTGAAGTCACTCTATTAATGGTTCTTAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACGTGCAAAATGTAGAATTTATTGAAGTCACTCTATTAATGGTTCTTAT  350

seq1  TCATATTGTTCCAACCGTGTTTTTTAGACGACAAGAATTGTTACTGTGGC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATATTGTTCCAACCGTGTTTTTTAGACGACAAGAATTGTTACTGTGGC  400

seq1  AAATCGGCTGCGCTCTGCTAGAGCACGGTAGTCCCAAAATCAGGTCTTTA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATCGGCTGCGCTCTGCTAGAGCACGGTAGTCCCAAAATCAGGTCTTTA  450

seq1  GCAATTAGCCTTCTAACTGAGCTCTTTGAGCTTGGAGGGTTACCAGCACA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAATTAGCCTTCTAACTGAGCTCTTTGAGCTTGGAGGGTTACCAGCACA  500

seq1  GCCAGCCAGCACTTTTTTCAGCTTATTTTTGGAGTTGCTACAACACCTTG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCAGCCAGCACTTTTTTCAGCTTATTTTTGGAGTTGCTACAACACCTTG  550

seq1  TTGGAATGGATGCTGACCAATTGAAATTGTATGAAGAGCCATTGTCAAAG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGAATGGATGCTGACCAATTGAAATTGTATGAAGAGCCATTGTCAAAG  600

seq1  CTGCTAAAAACGCTCTTTCCCTTTGAAGCAGAGGCTTATAGAAATATTGA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCTAAAAACGCTCTTTCCCTTTGAAGCAGAGGCTTATAGAAATATTGA  650

seq1  ACCTGTCTACTTAAATGTGCTACTGGAAAAACTCAGTGTCATGTTTGAAG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTGTCTACTTAAATGTGCTACTGGAAAAACTCAGTGTCATGTTTGAAG  700

seq1  ATCGCGTGCTTATGCGGCTCAAGTCTGATTTGCTGAAGGCTGCTTTGTGT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCGCGTGCTTATGCGGCTCAAGTCTGATTTGCTGAAGGCTGCTTTGTGT  750

seq1  CATTTACTGCAGTATTTCCTTACATTTGTGCCAGCTGGGTATGAATCGGC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTTACTGCAGTATTTCCTTACATTTGTGCCAGCTGGGTATGAATCGGC  800

seq1  TTTACAGGTCAGGAAGGTTTATGTGACAAATATTTGTAGAGCTCTTGTAG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTACAGGTCAGGAAGGTTTATGTGACAAATATTTGTAGAGCTCTTGTAG  850

seq1  ACGCTCTTGGAGTTCAGAAACATGTTGGGGTAAGTAATTATTGAGATGAC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACGCTCTTGGAGTTCAGAAACATGTTGGGGTAAGTAATTATTGAGATGAC  900

seq1  ACATTAAGTGTTTTGTTCATTTAAGTGTGTGCATATGTATAGGATGTATT  950
      |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
seq2  ACATTAAGTG-TTTGTTCATTTAAGTGTGTGCATATGTATAGGATGTAT-  948

seq1  AACAAGAAGAGAGAACATCTTACAATAATGGCATGTCAAGGGCATGATCA  1000
       |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  -ACAAGAAGAGAG-ACATCTTACAATAATGGCATGTCAAGGGCATGATCA  996

seq1  TTTTCAT-AGTTTAGTTTCATTTTCAGACTTTGTACTTCCAGTCCAGAAA  1049
      ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||
seq2  TTTTCATAAGTTTAGTTTCATTTTCAGACTTTGTACTTCCAGT-CAG-AA  1044

seq1  AATTTGTTCATTAAGTAGTGACTACCTAGTGAAGTAGAATAG-ATTATTT  1098
      |||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||| |||| ||
seq2  AATTTGTTCATTAATTAGTGACTACCTAGTGTAGTAGAATAGAATTAATT  1094

seq1  TAAAGTAGAATTTATAAAATATGTGTT  1125
      ||||||||||||||  |||||||||||
seq2  TAAAGTAGAATTTAATAAATATGTGTT  1121