BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-105P14
Chromosome9 (Build37)
Map Location 96,209,759 - 96,347,172
singlet/doubletdoublet
Overlap geneTfdp2, 1110029I05Rik, Atp1b3, BC043934
Upstream geneChst2, LOC667088, 2610101N10Rik, LOC100040097, Paqr9, Pcolce2, Trpc1, AI427122, 1700065D16Rik, Xrn1, Gk5
Downstream geneRnf7, LOC667174, Rasa2, Zbtb38, EG622512, LOC100040230, LOC667216, Acpl2, LOC19034, LOC667226, Spsb4, LOC100040254, Slc25a36, EG622727, LOC384971, Trim42, Clstn2
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-105P14.bB6Ng01-105P14.g
ACCDH913850DH913851
length1,1461,037
definitionDH913850|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-105P14, 5' end.DH913851|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-105P14, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(96,346,013 - 96,347,172)(96,209,759 - 96,210,797)
sequence
gaattctcagttcctggttggcagagtatatagtatatatattataaagc
acctcccttccttcccctctctctctccttaacgattacctatgcagtac
agggtgattttgaatttgggatccttctactttggctacttctactgata
taattttaaagagagagagagagagagagaaagagagagagagagcaagc
aagctcagataaaaaggctaggtatggtgacataagcatgcaattctagc
atttaggaggcaggtcaagagtccaaggacagccccagcaacggagagat
ggctcagcagacaacagcactggcttctcttccagaggatctgggttcaa
ctcccaacccctatatggcaagctcacaactgtaactggaattccagggg
gatctgacaccctcacacagacataacggctggcaaaacagcaacaccca
taaaatcaaagtaaatagattattaaaacaaatgaataagggctagatgg
atggctccctggttaagaactctgactgctcttccagaggtcctgagttc
aattttcagcaatcacatagtggctcacagccatctttaatgggatctga
tgtcctcttctggtgtgtgtgaaggcagcaacaccatactcatattcatt
ttatgaataaataaatcttaaaacagacaaacaaaactcaggttaagtag
gtgataagattagaatattattgtgccagtctggtttgatataaacacta
accaaaggcttaactgacgctccaagaagaggaggcccccgaccacagtg
ctgaggtctcagatccagccacccatacacagactagacacaattaaacg
tggccatggtcatcttgacactcactctttgtttctcctctatgtttgtt
ttgtttgagaccatgtcttactctgtagctcagctggacatgattctcct
agtgctctgatcacagcgggagctaccatgctcagatgacattcatctta
gtatctttgtagtaccactgcctgtgcctgcagacgtggacatgcacaca
tgaactaacacaatagttttcagtgacctctggagaatgtatcagagagt
ggagacaccgggaagtatcacacttggcttaaactcagcattctat
gaattccgtaacaaggtaaaactcactacttgaggcctgaactggaagtc
agttagttctgtccttccacaaaatatgtcctggggatcaagcttcagct
atttcttgctgtccctatctttgcttcttgattgttgttctgtatagcta
gacatctgaactgactacctttcaaggaagtcctgattggtgctgtgtac
tttttatatggtaatttttatttgcttgtgacagattctcactctgtagc
ctaggcttccaagtgatggtatttcaagtacaagccaccctgctcagccc
tgtgacactgacaagatttattctttagcttctcaagacaggattaactg
ggtttggtttgttaaaaatgtcttccatttaattcaagtatgtttagcac
aagggcctcaagtcccaactatctagaaggatctcttgagtccaggagtt
taagtttaaactacagtgtggtacaacccatcttaaaagaaaggtcttta
tgcttgacagaagtatgctgtgtctagcctgtgactcacgaaaatgaatt
aagcatccaaaatggttcctcaagaccaatcaaccagtctgttagagata
caaaccaagttagaaaggcttttctctatagcacagctgtagacaacttt
ggagagtactgtctctaggacagagtttctctctcccctcgtgtaacatt
accggggctttagtggacttgtgtggccagctgacctggaaaggttacga
aggctttgcttgagaatggccgtgtgccctgctgctgttctaagtgctct
ttatggcggctgagcttaggctcttgttccattatttaagtgcagaaaag
gctggggtatagttcagaaggcttttgtcaagcaatcataaggccttggg
ctccttccttgcacacaaaaagtaaattaaacaagcataggatataaaat
ctgtcagagtttctctgtagcaccaaaaccctcaaacctcctttattttc
ttaaagacaactgatgatgttgtttaggtgtgcgtgt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr9_96346013_96347172
seq2: B6Ng01-105P14.b_46_1191 (reverse)

seq1  ATAGAATGCTGAGTTTTAAAAGCCCCAGTGTG-TACTCTCCGGTGTCTCC  49
      ||||||||||||||||   ||| || |||||| ||||  |||||||||||
seq2  ATAGAATGCTGAGTTT---AAG-CCAAGTGTGATACTTCCCGGTGTCTCC  46

seq1  ACTCTTCTGATTACATTTCTCCAGA-GTCACTGAAAACTAATTTGTGTTA  98
      |||| ||||| |||| ||||||||| ||||||||||||||  ||||||||
seq2  ACTC-TCTGA-TACA-TTCTCCAGAGGTCACTGAAAACTA--TTGTGTTA  91

seq1  GTTTCATGTGTGCATGTCCACGTCTGCCAGGCACAGGCAGTGGTACTACA  148
      | |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
seq2  G-TTCATGTGTGCATGTCCACGTCTG-CAGGCACAGGCAGTGGTACTACA  139

seq1  AAGATACTAAGAATGAATGTCATCTGGGCATGGTGGCTCCCGCCTGTGAT  198
      ||||||||||| |||||||||||||| ||||||| ||||||| |||||||
seq2  AAGATACTAAG-ATGAATGTCATCTGAGCATGGTAGCTCCCG-CTGTGAT  187

seq1  CAGAGCACTTAGGAGAATCATTGTCCAGCCTGAGCTACAGAGTAAGACAT  248
      |||||||| ||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||
seq2  CAGAGCAC-TAGGAGAATCA-TGTCCAG-CTGAGCTACAGAGTAAGACAT  234

seq1  GGTCTCAAACAAAACAAACATAGAGGAGAAACAAAGAGTGAGTGTCAAGA  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCTCAAACAAAACAAACATAGAGGAGAAACAAAGAGTGAGTGTCAAGA  284

seq1  TGACCATGGCCACGTTTAATTGTGTCTAGTCTGTGTATGGGTGGCTGGAT  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACCATGGCCACGTTTAATTGTGTCTAGTCTGTGTATGGGTGGCTGGAT  334

seq1  CTGAGACCTCAGCACTGTGGTCGGGGGCCTCCTCTTCTTGGAGCGTCAGT  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAGACCTCAGCACTGTGGTCGGGGGCCTCCTCTTCTTGGAGCGTCAGT  384

seq1  TAAGCCTTTGGTTAGTGTTTATATCAAACCAGACTGGCACAATAATATTC  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGCCTTTGGTTAGTGTTTATATCAAACCAGACTGGCACAATAATATTC  434

seq1  TAATCTTATCACCTACTTAACCTGAGTTTTGTTTGTCTGTTTTAAGATTT  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATCTTATCACCTACTTAACCTGAGTTTTGTTTGTCTGTTTTAAGATTT  484

seq1  ATTTATTCATAAAATGAATATGAGTATGGTGTTGCTGCCTTCACACACAC  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTATTCATAAAATGAATATGAGTATGGTGTTGCTGCCTTCACACACAC  534

seq1  CAGAAGAGGACATCAGATCCCATTAAAGATGGCTGTGAGCCACTATGTGA  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAAGAGGACATCAGATCCCATTAAAGATGGCTGTGAGCCACTATGTGA  584

seq1  TTGCTGAAAATTGAACTCAGGACCTCTGGAAGAGCAGTCAGAGTTCTTAA  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCTGAAAATTGAACTCAGGACCTCTGGAAGAGCAGTCAGAGTTCTTAA  634

seq1  CCAGGGAGCCATCCATCTAGCCCTTATTCATTTGTTTTAATAATCTATTT  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGGGAGCCATCCATCTAGCCCTTATTCATTTGTTTTAATAATCTATTT  684

seq1  ACTTTGATTTTATGGGTGTTGCTGTTTTGCCAGCCGTTATGTCTGTGTGA  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTTGATTTTATGGGTGTTGCTGTTTTGCCAGCCGTTATGTCTGTGTGA  734

seq1  GGGTGTCAGATCCCCCTGGAATTCCAGTTACAGTTGTGAGCTTGCCATAT  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTGTCAGATCCCCCTGGAATTCCAGTTACAGTTGTGAGCTTGCCATAT  784

seq1  AGGGGTTGGGAGTTGAACCCAGATCCTCTGGAAGAGAAGCCAGTGCTGTT  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGGTTGGGAGTTGAACCCAGATCCTCTGGAAGAGAAGCCAGTGCTGTT  834

seq1  GTCTGCTGAGCCATCTCTCCGTTGCTGGGGCTGTCCTTGGACTCTTGACC  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTGCTGAGCCATCTCTCCGTTGCTGGGGCTGTCCTTGGACTCTTGACC  884

seq1  TGCCTCCTAAATGCTAGAATTGCATGCTTATGTCACCATACCTAGCCTTT  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCTCCTAAATGCTAGAATTGCATGCTTATGTCACCATACCTAGCCTTT  934

seq1  TTATCTGAGCTTGCTTGCTCTCTCTCTCTCTTTCTCTCTCTCTCTCTCTC  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATCTGAGCTTGCTTGCTCTCTCTCTCTCTTTCTCTCTCTCTCTCTCTC  984

seq1  TCTTTAAAATTATATCAGTAGAAGTAGCCAAAGTAGAAGGATCCCAAATT  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTTAAAATTATATCAGTAGAAGTAGCCAAAGTAGAAGGATCCCAAATT  1034

seq1  CAAAATCACCCTGTACTGCATAGGTAATCGTTAAGGAGAGAGAGAGGGGA  1098
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAATCACCCTGTACTGCATAGGTAATCGTTAAGGAGAGAGAGAGGGGA  1084

seq1  AGGAAGGGAGGTGCTTTATAATATATATACTATATACTCTGCCAACCAGG  1148
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAAGGGAGGTGCTTTATAATATATATACTATATACTCTGCCAACCAGG  1134

seq1  AACTGAGAATTC  1160
      ||||||||||||
seq2  AACTGAGAATTC  1146

seq1: chr9_96209759_96210797
seq2: B6Ng01-105P14.g_67_1103

seq1  GAATTCCATAACAAGGTAAAACTCACTACTTGAGGCCTGAACTGGAAGTC  50
      ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCGTAACAAGGTAAAACTCACTACTTGAGGCCTGAACTGGAAGTC  50

seq1  AGTTAGTTCTGTCCTTCCACAGAATATGTCCTGGGGATCAAGCTTCAGCT  100
      ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTAGTTCTGTCCTTCCACAAAATATGTCCTGGGGATCAAGCTTCAGCT  100

seq1  ATTTCTTGCTGTCCCTATCTTTGCTTCTTGATTGTTGTTCTGTATAGCTA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTCTTGCTGTCCCTATCTTTGCTTCTTGATTGTTGTTCTGTATAGCTA  150

seq1  GACATCTGAACTGACTACCTTTCAAGGAAGTCCTGATTGGTGCTGTGTAC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACATCTGAACTGACTACCTTTCAAGGAAGTCCTGATTGGTGCTGTGTAC  200

seq1  TTTTTATATGGTAATTTTTATTTGCTTGTGACAGATTCTCACTCTGTAGC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTATATGGTAATTTTTATTTGCTTGTGACAGATTCTCACTCTGTAGC  250

seq1  CTAGGCTTCCAAGTGATGGTATTTCAAGTACAAGCCACCCTGCTCAGCCC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGGCTTCCAAGTGATGGTATTTCAAGTACAAGCCACCCTGCTCAGCCC  300

seq1  TGTGACACTGACAAGATTTATTCTTTAGCTTCTCAAGACAGGATTAACTG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGACACTGACAAGATTTATTCTTTAGCTTCTCAAGACAGGATTAACTG  350

seq1  GGTTTGGTTTGTTAAAAATGTCTTCCATTTAATTCAAGTATGTTTAGCAC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTTGGTTTGTTAAAAATGTCTTCCATTTAATTCAAGTATGTTTAGCAC  400

seq1  AAGGGCCTCAAGTCCCAACTATCTAGAAGGATCTCTTGAGTCCAGGAGTT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGGCCTCAAGTCCCAACTATCTAGAAGGATCTCTTGAGTCCAGGAGTT  450

seq1  TAAGTTTAAACTACAGTGTGGTACAACCCATCTTAAAAGAAAGGTCTTTA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGTTTAAACTACAGTGTGGTACAACCCATCTTAAAAGAAAGGTCTTTA  500

seq1  TGCTTGACAGAAGTATGCTGTGTCTAGCCTGTGACTCAGGAAAATGAATT  550
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
seq2  TGCTTGACAGAAGTATGCTGTGTCTAGCCTGTGACTCACGAAAATGAATT  550

seq1  AAGCATCCAAAATGGTTCCTCAAGACCAATCAACCAGTCTGTTAGAGATA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCATCCAAAATGGTTCCTCAAGACCAATCAACCAGTCTGTTAGAGATA  600

seq1  CAAACCAAGTTAGAAAGGCTTTTCTCTATAGCAAAGCTGTAGACAACTTT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
seq2  CAAACCAAGTTAGAAAGGCTTTTCTCTATAGCACAGCTGTAGACAACTTT  650

seq1  GGAGAGTACTGTCTCTAGGACAGAGTTTCTCTCTCCCCTCGTGTAACATT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGAGTACTGTCTCTAGGACAGAGTTTCTCTCTCCCCTCGTGTAACATT  700

seq1  ACCGGGGCTTTAGTGGACTTGTGTGGCCAGCTGACCTGGAAAGGTTACGA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCGGGGCTTTAGTGGACTTGTGTGGCCAGCTGACCTGGAAAGGTTACGA  750

seq1  AGGCTTTGCTTGAGAATGGCCGTGTGCCCTGCTGCTGTTCTAAGTGCTCT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCTTTGCTTGAGAATGGCCGTGTGCCCTGCTGCTGTTCTAAGTGCTCT  800

seq1  TTATGGCGGCTGAGCTTAGGCTCTTGTTCCATTATTTAAGTGCAGAAAAG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATGGCGGCTGAGCTTAGGCTCTTGTTCCATTATTTAAGTGCAGAAAAG  850

seq1  GCTGGGGTATAGTTCAGAAGGCTTTTGTCAAGCAATCATAAGGCCTTGGG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGGGGTATAGTTCAGAAGGCTTTTGTCAAGCAATCATAAGGCCTTGGG  900

seq1  CTCCTTCCTTGCACCACAAAAAGTAAATTAAACAAAGCATAGGATATAAA  950
      ||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
seq2  CTCCTTCCTTGCA-CACAAAAAGTAAATTAAAC-AAGCATAGGATATAAA  948

seq1  ATCTGTCAGAGTTTCTCTGTAGCACCAAAACCCTCAAACCTCCTTTA-TT  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
seq2  ATCTGTCAGAGTTTCTCTGTAGCACCAAAACCCTCAAACCTCCTTTATTT  998

seq1  TCTTAAAGACAAACTGATGATG-TGTTTAGGGTGTGCGTGT  1039
      |||||||||| ||||||||||| |||||| |||||||||||
seq2  TCTTAAAGAC-AACTGATGATGTTGTTTA-GGTGTGCGTGT  1037