BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-106G15
Chromosome9 (Build37)
Map Location 48,408,803 - 48,565,416
singlet/doubletdoublet
Overlap geneNnmt, Zbtb16
Upstream geneCadm1, LOC100043303, D930028F11Rik, 4432416J03Rik, EG640268, EG434401, LOC667933, Rexo2, Rbm7, EG434402
Downstream geneHtr3a, Htr3b, Usp28, LOC100042785, Zw10, EG629400, Tmprss5, EG235327, Drd2, Ankk1, Ttc12, Ncam1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-106G15.bB6Ng01-106G15.g
ACCDH914163DH914164
length1,0441,060
definitionDH914163|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-106G15, 5' end.DH914164|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-106G15, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(48,564,368 - 48,565,416)(48,408,803 - 48,409,858)
sequence
gaattcagatgaataaggcaaagctgtcttctggttgcccatctagaagg
tgagacagagaagaaagcaagtggagactcaccagtgcctctcgtgcaac
cgtagacgcgcaagccaaggcaagggatgtggttctaggaggggaggcac
taggaaaggtgatacaagctcatgtggccctttcagagcacgaagtccct
cctgagagaacatgaggtcttgagaattatcctaccatggtaggacttca
tttgtttgtttgtttattgagacagggtctcactgtatatcgctgactgg
cctggaacttaatgtgaaaacaacgctggctttgaactcacagaatgcca
cctacctgtacctctggagtgcttggattaaagtcatgtgccaccacacc
cagaggctctccactttgttaatgtatgacatactgttggcatacaggtg
actactgacatatgatcactgaatttttttgtattgtgtcataataatat
attaacaacaacaaacattattgttgttgttgttgttgttgttattgcag
tgctatgaattgaacctagggccttgttctgctactgagccacgtcctca
gatctgtcatatgttgtaaaaagcagagtcctgaagcctgtcaccacagc
atctcagcacagactaccagggcaggcagtaggcagaacagggtgactta
gtgaatggtgtcagtcaaggttaaaaatcaatctccctttttcaccccta
gtttcaagataagaacctgcagtcacttgcgggctggtgtgcaccatgct
ggggaacgaaagcaggcagatccagagagctggagcaggctctgttggct
tgggccgcagctgctcctgggggcccgcgctctgtctgggtattatgcat
ggcccatgagcttgtcaggaggcagaggggcatgcgtgctgcctggtact
tctcatgaaaacgaggccagtggggaagaggatgcatatttgttggcttt
atttatttttcttttatctctgccacatgcttggaccgttaacg
gaattcatttcccttgctcatgacagacctggggtattaatgatattaat
atctcatggtttacagtgagggtttggtaactgaatgtttaaaacttcca
aataattgtgaaatgaatggtttttaaatgtctgagtcacactcccaaag
caatagaagaaagcagctagctcgtattgtccttggaagccatcagcaca
agaaatatctccagataaagaagaaataatctcgggggaaatagactgta
ggttgatagaggtactcagagatgcaggagagacatgagccgaatgggat
cactatcgctcccaaaatagttgaagctgctggagctggtgtgaggataa
gggagggatgcaggcacttcctgccaaaagtacagttcctcgtcctggcc
aagtgatggggatgggagtgcgacttaagaggcaattgttctgagctgat
gattctattgggagataagcagctcttttagtatcttgctagactgaagg
gctcgtctttgaatgagatgtaggcggtgatgtgtaggcaaagtggaaac
gaggctcccagggatttaaggacacgtgctctggacttcaaaaagataca
tcgtctcatagtggcagagaatttctgtttaatacattttctctgaaatt
ctatcaatcctgctcaattccttatttgcttaatacattgtgatagtgtc
caaatgttcataggaagttataccaattctgtcctggggaatcatgtact
ttcatattaataaaaaaaaagaagagagagtagtaagattcaccttcatt
tttgagaacgtatcttcacttatgctaggtgtataagaggtttgtaagtt
agttgacatatgaaaaactgcctcttcaacttgttactaaatgccatacc
ttaatgtggcctccaagaccctaaatgatcagacatttgttctgacttct
gataggaacgaaagggcagaaggacttctcctatcctcattctatgttct
gggctaagaactagtattatgggggtgcattcactgtttgtcaacctaag
tgggttggat
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr9_48564368_48565416
seq2: B6Ng01-106G15.b_45_1088 (reverse)

seq1  CGTTAAGACGGTCCAAGCATGTGGGCAGAGATAAAAGGAAAAATAAAATA  50
      |||||  ||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||| |||||
seq2  CGTTA--ACGGTCCAAGCATGT-GGCAGAGATAAAA-GAAAAAT-AAATA  45

seq1  AAGCCAACAAATATGCATCCTCTTCCCCACTGGGCCTCGTTTTCATGAGA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
seq2  AAGCCAACAAATATGCATCCTCTTCCCCACT-GGCCTCGTTTTCATGAGA  94

seq1  AGTACCAGGCAGCACGCATGCCCCTCTGCCTCCTGACAAGCTCATGGGCC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTACCAGGCAGCACGCATGCCCCTCTGCCTCCTGACAAGCTCATGGGCC  144

seq1  ATGCATAATACCCAGACAGAGCGCGGGCCCCCAGGAGCAGCTGCGGCCCA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCATAATACCCAGACAGAGCGCGGGCCCCCAGGAGCAGCTGCGGCCCA  194

seq1  AGCC-ACAGAGCCCTGCTCCAGCTCTCTGGATCTGCCTGCTTTCGTT-CC  248
      |||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
seq2  AGCCAACAGAG-CCTGCTCCAGCTCTCTGGATCTGCCTGCTTTCGTTCCC  243

seq1  CAGCATGGTGCACACCAGCCCGCAAGTGACTGCAGGTTCTTATCTTGAAA  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCATGGTGCACACCAGCCCGCAAGTGACTGCAGGTTCTTATCTTGAAA  293

seq1  CTAGGGGTGAAAAAGGGAGATTGATTTTTAACCTTGACTGACACCATTCA  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGGGGTGAAAAAGGGAGATTGATTTTTAACCTTGACTGACACCATTCA  343

seq1  CTAAGTCACCCTGTTCTGCCTACTGCCTGCCCTGGTAGTCTGTGCTGAGA  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAAGTCACCCTGTTCTGCCTACTGCCTGCCCTGGTAGTCTGTGCTGAGA  393

seq1  TGCTGTGGTGACAGGCTTCAGGACTCTGCTTTTTACAACATATGACAGAT  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTGTGGTGACAGGCTTCAGGACTCTGCTTTTTACAACATATGACAGAT  443

seq1  CTGAGGACGTGGCTCAGTAGCAGAACAAGGCCCTAGGTTCAATTCATAGC  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAGGACGTGGCTCAGTAGCAGAACAAGGCCCTAGGTTCAATTCATAGC  493

seq1  ACTGCAATAACAACAACAACAACAACAACAATAATGTTTGTTGTTGTTAA  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGCAATAACAACAACAACAACAACAACAATAATGTTTGTTGTTGTTAA  543

seq1  TATATTATTATGACACAATACAAAAAAATTCAGTGATCATATGTCAGTAG  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATATTATTATGACACAATACAAAAAAATTCAGTGATCATATGTCAGTAG  593

seq1  TCACCTGTATGCCAACAGTATGTCATACATTAACAAAGTGGAGAGCCTCT  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACCTGTATGCCAACAGTATGTCATACATTAACAAAGTGGAGAGCCTCT  643

seq1  GGGTGTGGTGGCACATGACTTTAATCCAAGCACTCCAGAGGTACAGGTAG  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTGTGGTGGCACATGACTTTAATCCAAGCACTCCAGAGGTACAGGTAG  693

seq1  GTGGCATTCTGTGAGTTCAAAGCCAGCGTTGTTTTCACATTAAGTTCCAG  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGCATTCTGTGAGTTCAAAGCCAGCGTTGTTTTCACATTAAGTTCCAG  743

seq1  GCCAGTCAGCGATATACAGTGAGACCCTGTCTCAATAAACAAACAAACAA  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCAGTCAGCGATATACAGTGAGACCCTGTCTCAATAAACAAACAAACAA  793

seq1  ATGAAGTCCTACCATGGTAGGATAATTCTCAAGACCTCATGTTCTCTCAG  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAAGTCCTACCATGGTAGGATAATTCTCAAGACCTCATGTTCTCTCAG  843

seq1  GAGGGACTTCGTGCTCTGAAAGGGCCACATGAGCTTGTATCACCTTTCCT  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGGACTTCGTGCTCTGAAAGGGCCACATGAGCTTGTATCACCTTTCCT  893

seq1  AGTGCCTCCCCTCCTAGAACCACATCCCTTGCCTTGGCTTGCGCGTCTAC  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGCCTCCCCTCCTAGAACCACATCCCTTGCCTTGGCTTGCGCGTCTAC  943

seq1  GGTTGCACGAGAGGCACTGGTGAGTCTCCACTTGCTTTCTTCTCTGTCTC  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTGCACGAGAGGCACTGGTGAGTCTCCACTTGCTTTCTTCTCTGTCTC  993

seq1  ACCTTCTAGATGGGCAACCAGAAGACAGCTTTGCCTTATTCATCTGAATT  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTTCTAGATGGGCAACCAGAAGACAGCTTTGCCTTATTCATCTGAATT  1043

seq1  C  1049
      |
seq2  C  1044

seq1: chr9_48408803_48409858
seq2: B6Ng01-106G15.g_68_1127

seq1  GAATTCATTTCCCTTGCTCATGACAGACCTGGGGTATTAATGATATTAAT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATTTCCCTTGCTCATGACAGACCTGGGGTATTAATGATATTAAT  50

seq1  ATCTCATGGTTTACAGTGAGGGTTTGGTAACTGAATGTTTAAAACTTCCA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTCATGGTTTACAGTGAGGGTTTGGTAACTGAATGTTTAAAACTTCCA  100

seq1  AATAATTGTGAAATGAATGGTTTTTAAATGTCTGAGTCACACTCCCAAAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAATTGTGAAATGAATGGTTTTTAAATGTCTGAGTCACACTCCCAAAG  150

seq1  CAATAGAAGAAAGCAGCTAGCTCGTATTGTCCTTGGAAGCCATCAGCACA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATAGAAGAAAGCAGCTAGCTCGTATTGTCCTTGGAAGCCATCAGCACA  200

seq1  AGAAATATCTCCAGATAAAGAAGAAATAATCTCGGGGGAAATAGACTGTA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAATATCTCCAGATAAAGAAGAAATAATCTCGGGGGAAATAGACTGTA  250

seq1  GGTTGATAGAGGTACTCAGAGATGCAGGAGAGACATGAGCCGAATGGGAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTGATAGAGGTACTCAGAGATGCAGGAGAGACATGAGCCGAATGGGAT  300

seq1  CACTATCGCTCCCAAAATAGTTGAAGCTGCTGGAGCTGGTGTGAGGATAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTATCGCTCCCAAAATAGTTGAAGCTGCTGGAGCTGGTGTGAGGATAA  350

seq1  GGGAGGGATGCAGGCACTTCCTGCCAAAAGTACAGTTCCTCGTCCTGGCC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAGGGATGCAGGCACTTCCTGCCAAAAGTACAGTTCCTCGTCCTGGCC  400

seq1  AAGTGATGGGGATGGGAGTGCGACTTAAGAGGCAATTGTTCTGAGCTGAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTGATGGGGATGGGAGTGCGACTTAAGAGGCAATTGTTCTGAGCTGAT  450

seq1  GATTCTATTGGGAGATAAGCAGCTCTTTTAGTATCTTGCTAGACTGAAGG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTCTATTGGGAGATAAGCAGCTCTTTTAGTATCTTGCTAGACTGAAGG  500

seq1  GCTCGTCTTTGAATGAGATGTAGGCGGTGATGTGTAGGCAAAGTGGAAAC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCGTCTTTGAATGAGATGTAGGCGGTGATGTGTAGGCAAAGTGGAAAC  550

seq1  GAGGCTCCCAGGGATTTAAGGACACGTGCTCTGGACTTCAAAAAGATACA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGCTCCCAGGGATTTAAGGACACGTGCTCTGGACTTCAAAAAGATACA  600

seq1  TCGTCTCATAGTGGCAGAGAATTTCTGTTTAATACATTTTCTCTGAAATT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCGTCTCATAGTGGCAGAGAATTTCTGTTTAATACATTTTCTCTGAAATT  650

seq1  CTATCAATCCTGCTCAATTCCTTATTTGCTTAATACATTGTGATAGTGTC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATCAATCCTGCTCAATTCCTTATTTGCTTAATACATTGTGATAGTGTC  700

seq1  CAAATGTTCATAGGAAGTTATACCAATTCTGTCCTGGGGAATCATGTAC-  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
seq2  CAAATGTTCATAGGAAGTTATACCAATTCTGTCCTGGGGAATCATGTACT  750

seq1  TTCATATTAATAAAAAAAAAGAAGAGAGAGTAGTAAGATTCACCTTCATT  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCATATTAATAAAAAAAAAGAAGAGAGAGTAGTAAGATTCACCTTCATT  800

seq1  TTTGAGAACGTATCTTCACTTATGCTAGGTGTATAAGAGGTTTGTAAGTT  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGAGAACGTATCTTCACTTATGCTAGGTGTATAAGAGGTTTGTAAGTT  850

seq1  AAGTTGACATATG-AAAACTGCCTC-TCAACTTGTTACTAAATGCCATAA  897
       |||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||| |
seq2  -AGTTGACATATGAAAAACTGCCTCTTCAACTTGTTACTAAATGCCAT-A  898

seq1  CCTTAAATGTGGCCTCCAAGACCCTAAATGATCAGACATTTG-TCTGACT  946
      |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
seq2  CCTT-AATGTGGCCTCCAAGACCCTAAATGATCAGACATTTGTTCTGACT  947

seq1  TCTGATAGGAACGAAAGGGCAGAAGGACTTCTCCTAT-CTCATTCTATGT  995
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  TCTGATAGGAACGAAAGGGCAGAAGGACTTCTCCTATCCTCATTCTATGT  997

seq1  TCTGGCCTAAGAGCTAGTATTAT-GGGGTGCA-TCACAGTTGTTCAACCT  1043
      ||||| |||||| |||||||||| |||||||| |||| |||  |||||||
seq2  TCTGGGCTAAGAACTAGTATTATGGGGGTGCATTCACTGTTTGTCAACCT  1047

seq1  AAGTTGGTTGGAT  1056
      |||| ||||||||
seq2  AAGTGGGTTGGAT  1060