BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-109H06
Chromosome9 (Build37)
Map Location 52,314,146 - 52,404,539
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneLOC640374, LOC668070, Arhgap20, LOC629554, LOC100043409, Fdx1, EG629557, Rdx, 9830163H01Rik, Zc3h12c, LOC100042876
Downstream geneAI593442, Gm1715, Ddx10, Exph5, Kdelc2, 4930550C14Rik, Atm, Npat, Acat1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-109H06.bB6Ng01-109H06.g
ACCDH916356DH916357
length1,2411,117
definitionDH916356|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-109H06, 5' end.DH916357|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-109H06, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(52,314,146 - 52,315,433)(52,403,393 - 52,404,539)
sequence
gaattccagatggttgtgagccaccatgtgggtgggtgttggggatcaaa
ctcaggccctgtgtaagagtaaacaaggattctaaacttatgagtcctat
ctccagcctgccctctttatttatttccttatctgagtcatgaatataca
attgcaagatgatactcggagtccagctggattcaatgcatttgtaccaa
ttactttaatactaagcagatgcttttgactcaatattattggcaatttc
agagtgtagacatggtggttttagcattccttctgctaggttataaatga
gctagcattcttttgtaaagatcttccacccagacttttctcttatgttt
tatattgtcactagaatccaatgactcttttaatgttctgatctattaca
atcatttttcattttagtgtttatcttatctctaatttggcctgtgtgag
ccagctcttgctcctctcatatgtctcctaatctttgaagtatgtctttt
cccgttgttataacaacacaggccttggatgtttgtccattcaagaccta
ggatgggaatcaggaagtctagagtagagtatggtactgagcagcaaaga
cccggctgcttcccatgttctcacttaaggcctttaaattgacagagcat
aagaaatgtagctgaaattttgacatttacaattcttatctttaattggt
attcttccctcactcctttatgttttccttctctgacggtaagaatccca
actctccaatcattaaaatatttaatcatttgttccgtttcatggtgtat
acacaatgatgccagaatccctgaatcaagactgtactcatatcattcta
atgccttttgtgcttgcttcattttaattgaagtaattgtggatttactt
tcagttcagcaaagtattaggcccattgacttcttggctcagactggaaa
cctcttgaaaaccagtgttatgcattatccaggatctcaacagctacagt
ccatgacatgtacccaagtgactgtgtacatgcaaatgtagtctatgagt
gaacctaatgtagattctactctgactagtcatgtccaagtccctccaat
gccttatagacctcccttccctttagcttatctctttctgcaagcaagta
gtggaactcacatagtctcctctgaacttatagactttggttacataaca
tagatcaggccttactgtcacacttaaccatgctgtattcc
gaattccatgaaaatatcctttctaacatggactgcaggtgcatggtgac
aactttgctgatgtgggggtcattgtaaaagagcagatgaggcaggcaag
aagctaaacgagttccattttctcagtgtggaaactaatcactggctgtt
tgttttaatcagctacatttgacaattgttttatgcaattgtttgaagaa
ctgcacacatatgtgatgataaagatgaagcatttcaagtgttttctggt
ctgcaccactgcagttctaatgtggtttagtaatcccattctttatcttt
tctcataggtttctgatggtcaaggaagaagttccccctttccctcctag
aagtgaggaaatgtttattcaaatgatatcacctatactggatttttagg
ccattgattaaattaagagtgttaacatttcacagtgttaaaggcagggg
ctgcataccttggagagtcacatggtggtaatggtgtaaacttgccttag
catgctcatgtgactttgaacatataccgatcatgtgaaaacatgtttaa
tccatgacatgtctgtatggttaattcatgggtcctaaggaaccttatgc
atatgatatccccaaatctatgagtggaaatatatattgcacaatttctt
gtcatatttaaaaattgagacatctatatattgggaaaggaaggaaagat
aatactatacctacaatagtgaatatgaacatataatttctacagtcaat
actatagacagttctcatacacatgatcagtgaaagagagaagcaagatg
aacaagaacatgagatgtcatcccactcagtcaagtcacaactggcaaga
cagacatactgtttagggatgcatacactgataattttgaatagataaag
aaaagcaagcaagatatgattaaccaaaaagtcaggactttgtcactctg
gaaggaaggtgtagatggagcagagaggtacaccagaactgagctctggg
actttgtctgtactgtgggtgaagtgctgctacattgtagagaagaatat
tagtctatttttagcatgctgcttgtctggttgtttatgaatgctggaaa
gaccaagtgcctcatat
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr9_52314146_52315433
seq2: B6Ng01-109H06.b_44_1284

seq1  GAATTCCAGATGGTTGTGAGCCACCATGTGGGTGGGTGTTGGGGATCAAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCAGATGGTTGTGAGCCACCATGTGGGTGGGTGTTGGGGATCAAA  50

seq1  CTCAGGCCCTGTGTAAGAGTAAACAAGGATTCTAAACTTATGAGTCCTAT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAGGCCCTGTGTAAGAGTAAACAAGGATTCTAAACTTATGAGTCCTAT  100

seq1  CTCCAGCCTGCCCTCTTTATTTATTTCCTTATCTGAGTCATGAATATACA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCAGCCTGCCCTCTTTATTTATTTCCTTATCTGAGTCATGAATATACA  150

seq1  ATTGCAAGATGATACTCGGAGTCCAGCTGGATTCAATGCATTTGTACCAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGCAAGATGATACTCGGAGTCCAGCTGGATTCAATGCATTTGTACCAA  200

seq1  TTACTTTAATACTAAGCAGATGCTTTTGACTCAATATTATTGGCAATTTC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACTTTAATACTAAGCAGATGCTTTTGACTCAATATTATTGGCAATTTC  250

seq1  AGAGTGTAGACATGGTGGTTTTAGCATTCCTTCTGCTAGGTTATAAATGA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGTGTAGACATGGTGGTTTTAGCATTCCTTCTGCTAGGTTATAAATGA  300

seq1  GCTAGCATTCTTTTGTAAAGATCTTCCACCCAGACTTTTCTCTTATGTTT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTAGCATTCTTTTGTAAAGATCTTCCACCCAGACTTTTCTCTTATGTTT  350

seq1  TATATTGTCACTAGAATCCAATGACTCTTTTAATGTTCTGATCTATTACA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATATTGTCACTAGAATCCAATGACTCTTTTAATGTTCTGATCTATTACA  400

seq1  ATCATTTTTCATTTTAGTGTTTATCTTATCTCTAATTTGGCCTGTGTGAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCATTTTTCATTTTAGTGTTTATCTTATCTCTAATTTGGCCTGTGTGAG  450

seq1  CCAGCTCTTGCTCCTCTCATATGTCTCCTAATCTTTGAAGTATGTCTTTT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGCTCTTGCTCCTCTCATATGTCTCCTAATCTTTGAAGTATGTCTTTT  500

seq1  CCCGTTGTTATAACAACACAGGCCTTGGATGTTTGTCCATTCAAGACCTA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCGTTGTTATAACAACACAGGCCTTGGATGTTTGTCCATTCAAGACCTA  550

seq1  GGATGGGAATCAGGAAGTCTAGAGTAGAGTATGGTACTGAGCAGCAAAGA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATGGGAATCAGGAAGTCTAGAGTAGAGTATGGTACTGAGCAGCAAAGA  600

seq1  CCCGGCTGCTTCCCATGTTCTCACTTAAGGCCTTTAAATTGACAGAGCAT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCGGCTGCTTCCCATGTTCTCACTTAAGGCCTTTAAATTGACAGAGCAT  650

seq1  AAGAAATGTAGCTGAAATTTTGACATTTACAATTCTTATCTTTAATTGGT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAAATGTAGCTGAAATTTTGACATTTACAATTCTTATCTTTAATTGGT  700

seq1  ATTCTTCCCTCACTCCTTTATGTTTTCCTTCTCTGACGGTAAGAATCCCA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCTTCCCTCACTCCTTTATGTTTTCCTTCTCTGACGGTAAGAATCCCA  750

seq1  ACTCTCCAATCATTAAAATATTTAATCATTTGTTCCGTTTCATGGTGTAT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCTCCAATCATTAAAATATTTAATCATTTGTTCCGTTTCATGGTGTAT  800

seq1  ACACAATGATGCCAGAATCCCTGAATCAAGACTGTACTCATATCATTCTA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACAATGATGCCAGAATCCCTGAATCAAGACTGTACTCATATCATTCTA  850

seq1  ATGCCTTTTGTGCTTGCTTCATTTTAATTGAAGTAATTGTGGATTTACTT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCCTTTTGTGCTTGCTTCATTTTAATTGAAGTAATTGTGGATTTACTT  900

seq1  TCAGTTACAGCAAAGTATTAGGCCCATTGACCTCTTGGCTCAGACTGGAA  950
      |||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
seq2  TCAGTT-CAGCAAAGTATTAGGCCCATTGACTTCTTGGCTCAGACTGGAA  949

seq1  ACCTCTTGAAAACCAGTGTTATGCATTATCCAGGATCTCAACAGCCTACC  1000
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |
seq2  ACCTCTTGAAAACCAGTGTTATGCATTATCCAGGATCTCAACAG-CTA-C  997

seq1  AGTTCCATGACATGTACCCAGGTTGACTGTGTACATGGCAAATGTAGTCT  1050
      || ||||||||||||||||| | ||||||||||||| |||||||||||||
seq2  AG-TCCATGACATGTACCCAAG-TGACTGTGTACAT-GCAAATGTAGTCT  1044

seq1  ATGAGTTGAACCCTATGTAGTATTCTACTCTGACCTAGTCCATGTCCCAA  1100
      ||||| ||||||  |||||| |||||||||||| ||||| |||||||  |
seq2  ATGAG-TGAACCTAATGTAG-ATTCTACTCTGA-CTAGT-CATGTCC--A  1088

seq1  GGTCCCTCCAATGGCCCTTATAGACCTCCCCTCCCCTTTAGCCTATATCT  1150
       ||||||||||||  |||||||||||| |||| ||||||||| ||| |||
seq2  AGTCCCTCCAATG--CCTTATAGACCT-CCCTTCCCTTTAGCTTATCTCT  1135

seq1  CTCTTCCTGGGCAAGGCATAGTAGTGAGACTCTACTATGTCTCTCCTCAG  1200
       |||      |||| ||| |||||||  ||||   ||    ||||||| |
seq2  TTCT------GCAA-GCA-AGTAGTGGAACTCACATA---GTCTCCTCTG  1174

seq1  AACTTTTTAATGACTTTTGTGTTAACTAACATAAGAACTCAGGCTCTTAA  1250
      |||   |||  ||||||   ||||  |||||| |||  |||||| |||| 
seq2  AAC---TTATAGACTTT--GGTTACATAACAT-AGA--TCAGGC-CTTAC  1215

seq1  CATTGCTAAACAAACATTATACCATCATGCTGTATTCC  1288
        |       || || |||    | |||||||||||||
seq2  TGT-------CACAC-TTA----ACCATGCTGTATTCC  1241

seq1: chr9_52403393_52404539
seq2: B6Ng01-109H06.g_65_1181 (reverse)

seq1  ATATGAGGCACTGGGTTCCTTTTCCAGCA-TCATAAAAACAAAACCAGAC  49
      |||||||||||| |||    ||||||||| ||||||    | ||||||||
seq2  ATATGAGGCACTTGGT---CTTTCCAGCATTCATAA----ACAACCAGAC  43

seq1  AAAGCCAGGCCATGGCTTAAAAATAGAACTAAATTAATTCTTCTCTACCA  99
      ||   |||  ||||   ||||||||| |||||    ||||||||||||  
seq2  AA--GCAG--CATG--CTAAAAATAG-ACTAA---TATTCTTCTCTAC--  81

seq1  AAATGTAGCAGCCAACTTCACCCAACAGTACAGACAAAGTCCCAAGAAGC  149
       |||||||||||  ||||||||| ||||||||||||||||||||   |||
seq2  -AATGTAGCAGC--ACTTCACCC-ACAGTACAGACAAAGTCCCA--GAGC  125

seq1  TTCCAGTTCTGGTGTACCTCTCTTGCTCCATCTACACCTTCCTTCCAGAG  199
      |  ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| 
seq2  T--CAGTTCTGGTGTACCTCTC-TGCTCCATCTACACCTTCCTTCCAGA-  171

seq1  GTGACAAAGTCCCTGACTTTTTGGTTAATCATATTCTTGCTTGCTTTTCT  249
      |||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
seq2  GTGACAAAGT-CCTGACTTTTTGGTTAATCATA-TCTTGCTTGCTTTTCT  219

seq1  TTATCTATTCAAAATTATCAGTGTATGCATCCCTAAACAGTATGTCTGTC  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATCTATTCAAAATTATCAGTGTATGCATCCCTAAACAGTATGTCTGTC  269

seq1  TTGCCAGTTGTGACTTGACTGAGTGGGATGACATCTCATGTTCTTGTTCA  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCCAGTTGTGACTTGACTGAGTGGGATGACATCTCATGTTCTTGTTCA  319

seq1  TCTTGCTTCTCTCTTTCACTGATCATGTGTATGAGAACTGTCTATAGTAT  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTGCTTCTCTCTTTCACTGATCATGTGTATGAGAACTGTCTATAGTAT  369

seq1  TGACTGTAGAAATTATATGTTCATATTCACTATTGTAGGTATAGTATTAT  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACTGTAGAAATTATATGTTCATATTCACTATTGTAGGTATAGTATTAT  419

seq1  CTTTCCTTCCTTTCCCAATATATAGATGTCTCAATTTTTAAATATGACAA  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTCCTTCCTTTCCCAATATATAGATGTCTCAATTTTTAAATATGACAA  469

seq1  GAAATTGTGCAATATATATTTCCACTCATAGATTTGGGGATATCATATGC  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAATTGTGCAATATATATTTCCACTCATAGATTTGGGGATATCATATGC  519

seq1  ATAAGGTTCCTTAGGACCCATGAATTAACCATACAGACATGTCATGGATT  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAGGTTCCTTAGGACCCATGAATTAACCATACAGACATGTCATGGATT  569

seq1  AAACATGTTTTCACATGATCGGTATATGTTCAAAGTCACATGAGCATGCT  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACATGTTTTCACATGATCGGTATATGTTCAAAGTCACATGAGCATGCT  619

seq1  AAGGCAAGTTTACACCATTACCACCATGTGACTCTCCAAGGTATGCAGCC  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGCAAGTTTACACCATTACCACCATGTGACTCTCCAAGGTATGCAGCC  669

seq1  CCTGCCTTTAACACTGTGAAATGTTAACACTCTTAATTTAATCAATGGCC  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGCCTTTAACACTGTGAAATGTTAACACTCTTAATTTAATCAATGGCC  719

seq1  TAAAAATCCAGTATAGGTGATATCATTTGAATAAACATTTCCTCACTTCT  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAAATCCAGTATAGGTGATATCATTTGAATAAACATTTCCTCACTTCT  769

seq1  AGGAGGGAAAGGGGGAACTTCTTCCTTGACCATCAGAAACCTATGAGAAA  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAGGGAAAGGGGGAACTTCTTCCTTGACCATCAGAAACCTATGAGAAA  819

seq1  AGATAAAGAATGGGATTACTAAACCACATTAGAACTGCAGTGGTGCAGAC  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATAAAGAATGGGATTACTAAACCACATTAGAACTGCAGTGGTGCAGAC  869

seq1  CAGAAAACACTTGAAATGCTTCATCTTTATCATCACATATGTGTGCAGTT  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAAAACACTTGAAATGCTTCATCTTTATCATCACATATGTGTGCAGTT  919

seq1  CTTCAAACAATTGCATAAAACAATTGTCAAATGTAGCTGATTAAAACAAA  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCAAACAATTGCATAAAACAATTGTCAAATGTAGCTGATTAAAACAAA  969

seq1  CAGCCAGTGATTAGTTTCCACACTGAGAAAATGGAACTCGTTTAGCTTCT  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCCAGTGATTAGTTTCCACACTGAGAAAATGGAACTCGTTTAGCTTCT  1019

seq1  TGCCTGCCTCATCTGCTCTTTTACAATGACCCCCACATCAGCAAAGTTGT  1099
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCTGCCTCATCTGCTCTTTTACAATGACCCCCACATCAGCAAAGTTGT  1069

seq1  CACCATGCACCTGCAGTCCATGTTAGAAAGGATATTTTCATGGAATTC  1147
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCATGCACCTGCAGTCCATGTTAGAAAGGATATTTTCATGGAATTC  1117