BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-109M16
Chromosome9 (Build37)
Map Location 50,110,662 - 50,269,709
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC100043346
Upstream geneDrd2, Ankk1, Ttc12, Ncam1, EG667975, LOC100042806
Downstream geneLOC672372, 1600029D21Rik, Pts, Bcdo2, Tex12, Il18, Sdhd, Timm8b, AU019823, Pih1d2, Dlat, Dixdc1, 2310030G06Rik, Hspb2, Cryab, 1110032A03Rik, D630004A14Rik, Alg9, Ppp2r1b, Snf1lk2, Layn, 4833427G06Rik, Btg4, LOC100042825, Pou2af1, Gm684, 1810046K07Rik, LOC100042854
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-109M16.bB6Ng01-109M16.g
ACCDH916601DH916602
length1,1321,066
definitionDH916601|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-109M16, 5' end.DH916602|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-109M16, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(50,110,662 - 50,111,805)(50,268,631 - 50,269,709)
sequence
gaattcagagccccagtcacacacataaaggtcttcctgtaaccctggtg
aacaggaagtggagataagggagccccaaagcaagctgtctaactagaat
agttggttcagcaagctctgggttcaagtataagatgctaccttgatata
tgagacagcaagcaattgaggaaaacaaccaacatcaacctctggcttgc
acacacctcatgaaaacacacacttagcataccaaaacaaaagttaacaa
agatgtgacttggcttaagggcttgtttctcacaaatggaattgggtggg
ctcttgaagggacttgacctagatagtgttctagttggctttctactatg
aaaagaacaccatgactaagttgaatttgaggagagaagagttaagttgg
cttttacttccacatcccagtgtatcatctgaggaaataggggctggaac
tcaaggcaggaacctggaggttggactagaaacaaaagccatgaaggaca
ctgcccatttgctgctccccatggcttactcagcttgctttatacaatcc
aagcccattccctagaagtggcactacccatggggccatgagctatgcac
agacagcctggtcccagtcgagcacaggcctggaaccctggtgaccctaa
cagaccagagatggtttattatttcaagcaactacagtatccagtgtctc
cttattttataccattcttgcaagtccccaaatctactgaacaagatgaa
gtgagcactaagtcataaggacacagcgtgggtgatgttctaggatagga
gctcagagcttaggaaacccaaatatttcttaaagggttacaaagtataa
ttgacatttgcgcagaaagagacacaatccatatcttctaggatgttcac
catacaaacatcttgagaaagcagtcagacacgagaaatcattctcgcct
gctacatgtgcagaactgtgtgagactgtgaagagtagctcctgggaaca
agcagccctagcatcttgctgagcccatgacctgtcagagtatcagagtc
tcctcgggttccttcttaatttccctcagactagttttctgttcatgacc
ttacttctgccatctggatctacttcttgatg
gaattcacttaaaaaaattcatcaagttgggtctggagagacggctcagt
acttaagaacacgtactgcacttgcagaggagagggcttgagtccagttc
ctgaaacccctaactcctgttccaggggatctgttgccttcttctggatt
ttctaggcacctgcactcacccactatgcatacataatttaaaaagtaaa
aataaaaagtaaaaattaccaagctgaaggatcatctttccccaagttct
ctctctcttttttttttctttcagaatttcctgatttgagcagctgccga
gggagccgtgctagattacactcgtttgaggagcagatttgtaccctgta
ggatgcaagccctcactgtttgcttccttggatgctaccatttgtcccta
acacctattaccaggccatgtatgcagatgctgctccgtagccttgttgg
agaaatagtgaacaatttgatgcggagaaatgggaacaatctgacaagtg
ctgatctaagcttatttaaatacacatggtaacagttttacacatccggg
tccccaggcaaccaagaggacattgaagctgatacattttgacaagtgtt
ataatagtaaatatgtataaggcatttgtcttagtcagggtttctattcc
tggacaaacatgaccaagaagcaagttggggaggaaagggtttattcagc
ttacatttccacgttgttgttcatcacccaggaagtcaggactgtaactc
aagcaggaagcagagctgatgcagaggccatggagggatgttacttactg
gcttgcttcccctggcttgctcagcctgctctcttatagaacccagactc
tcagcccagggatggcatcacccacaagggcccttttctctgatactatt
gagaaaatgccttacagctggatctcatggagcattccccactaagctcc
ttcctctttgatactcaagctgttcagtgacacaaagccagccagtttaa
acattataataattgggaagcattgtgaccagtgagtttgagaatgggtg
tgtgtgagggaaaagt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr9_50110662_50111805
seq2: B6Ng01-109M16.b_50_1181

seq1  GAATTCAGAGCCCCAGTCACACACATAAAGGTCTTCCTGTAACCCTGGTG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGAGCCCCAGTCACACACATAAAGGTCTTCCTGTAACCCTGGTG  50

seq1  AACAGGAAGTGGAGATAAGGGAGCCCCAAAGCAAGCTGTCTAACTAGAAT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAGGAAGTGGAGATAAGGGAGCCCCAAAGCAAGCTGTCTAACTAGAAT  100

seq1  AGTTGGTTCAGCAAGCTCTGGGTTCAAGTATAAGATGCTACCTTGATATA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTGGTTCAGCAAGCTCTGGGTTCAAGTATAAGATGCTACCTTGATATA  150

seq1  TGAGACAGCAAGCAATTGAGGAAAACAACCAACATCAACCTCTGGCTTGC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGACAGCAAGCAATTGAGGAAAACAACCAACATCAACCTCTGGCTTGC  200

seq1  ACACACCTCATGAAAACACACACTTAGCATACCAAAACAAAAGTTAACAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACACCTCATGAAAACACACACTTAGCATACCAAAACAAAAGTTAACAA  250

seq1  AGATGTGACTTGGCTTAAGGGCTTGTTTCTCACAAATGGAATTGGGTGGG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATGTGACTTGGCTTAAGGGCTTGTTTCTCACAAATGGAATTGGGTGGG  300

seq1  CTCTTGAAGGGACTTGACCTAGATAGTGTTCTAGTTGGCTTTCTACTATG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTTGAAGGGACTTGACCTAGATAGTGTTCTAGTTGGCTTTCTACTATG  350

seq1  AAAAGAACACCATGACTAAGTTGAATTTGAGGAGAGAAGAGTTAAGTTGG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAGAACACCATGACTAAGTTGAATTTGAGGAGAGAAGAGTTAAGTTGG  400

seq1  CTTTTACTTCCACATCCCAGTGTATCATCTGAGGAAATAGGGGCTGGAAC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTTACTTCCACATCCCAGTGTATCATCTGAGGAAATAGGGGCTGGAAC  450

seq1  TCAAGGCAGGAACCTGGAGGTTGGACTAGAAACAAAAGCCATGAAGGACA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAGGCAGGAACCTGGAGGTTGGACTAGAAACAAAAGCCATGAAGGACA  500

seq1  CTGCCCATTTGCTGCTCCCCATGGCTTACTCAGCTTGCTTTATACAATCC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCCCATTTGCTGCTCCCCATGGCTTACTCAGCTTGCTTTATACAATCC  550

seq1  AAGCCCATTCCCTAGAAGTGGCACTACCCATGGGGCCATGAGCTATGCAC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCCCATTCCCTAGAAGTGGCACTACCCATGGGGCCATGAGCTATGCAC  600

seq1  AGACAGCCTGGTCCCAGTCGAGCACAGGCCTGGAACCCTGGTGACCCTAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACAGCCTGGTCCCAGTCGAGCACAGGCCTGGAACCCTGGTGACCCTAA  650

seq1  CAGACCAGAGATGGTTTATTATTTCAAGCAACTACAGTATCCAGTGTCTC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGACCAGAGATGGTTTATTATTTCAAGCAACTACAGTATCCAGTGTCTC  700

seq1  CTTATTTTATACCATTCTTGCAAGTCCCCAAATCTACTGAACAAGATGAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTATTTTATACCATTCTTGCAAGTCCCCAAATCTACTGAACAAGATGAA  750

seq1  GTGAGCACTAAGTCATAAGGACACAGCGTGGGTGATGTTCTAGGATAGGA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGAGCACTAAGTCATAAGGACACAGCGTGGGTGATGTTCTAGGATAGGA  800

seq1  GCTCAGAGCTTAGGAAACCCAAATATTTCTT-AAGGGTTACAAAGTATAA  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
seq2  GCTCAGAGCTTAGGAAACCCAAATATTTCTTAAAGGGTTACAAAGTATAA  850

seq1  TTGACATTTGCGCAGAAAGAGACACAATCCATATCTTCTAGGATGTTCAC  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGACATTTGCGCAGAAAGAGACACAATCCATATCTTCTAGGATGTTCAC  900

seq1  CATACAAACATCTTGAGAAAGCAGTCAAGAACAACGAGAAATCATTCTCG  949
      |||||||||||||||||||||||||| |||   |||||||||||||||||
seq2  CATACAAACATCTTGAGAAAGCAGTC-AGA--CACGAGAAATCATTCTCG  947

seq1  CCTGCTACATGTGCAGAACTGTGTGAGACCTGTGAAGAAGTAGCTCCTGG  999
      |||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||
seq2  CCTGCTACATGTGCAGAACTGTGTGAGA-CTGTGAAG-AGTAGCTCCTGG  995

seq1  GAACAAGCAGCCCTAGCATTCTTTGCTGGAGCCCATGACCTGTTCAGAGT  1049
      |||||||||||||||||||   ||||| |||||||||||||| |||||||
seq2  GAACAAGCAGCCCTAGCAT--CTTGCT-GAGCCCATGACCTG-TCAGAGT  1041

seq1  ATCAGAGTCT-CTCGGGGGTTCCCTTCCTAA-TTCCCTCAGAACTAGTAT  1097
      |||||||||| ||||||   | ||||| ||| ||||||||| |||||| |
seq2  ATCAGAGTCTCCTCGGG---TTCCTTCTTAATTTCCCTCAG-ACTAGTTT  1087

seq1  TCTGTCCATGAACCCTAACTCTG-CATCTGGGATCTACTTCCTTGATG  1144
      ||||| |||| ||| ||  |||| ||||| |||||||||| |||||||
seq2  TCTGTTCATG-ACCTTACTTCTGCCATCT-GGATCTACTT-CTTGATG  1132

seq1: chr9_50268631_50269709
seq2: B6Ng01-109M16.g_68_1133 (reverse)

seq1  ACTTTTCCCCTCAC-CACA-CCATTCTCTAACTCACTGGGTCCCATGCTT  48
      |||||| ||||||| |||| |||||||| ||||||||||   | ||||||
seq2  ACTTTT-CCCTCACACACACCCATTCTCAAACTCACTGGTCACAATGCTT  49

seq1  CCCATTTATTATAATG-TTGTACTGGCTGGCTTTGTGTCAACTTGACACA  97
      |||| ||||||||||| ||  |||||||||||||||||| |||  |||  
seq2  CCCAATTATTATAATGTTTAAACTGGCTGGCTTTGTGTC-ACTGAACA--  96

seq1  GGCTGGAGTTATCACAGAGAAAGGAGCTTTAGTTGGGGAAATGCCTCCAT  147
       ||| ||| ||||| |||| ||||||| |||||  ||| |||| ||||||
seq2  -GCTTGAG-TATCAAAGAGGAAGGAGC-TTAGT--GGGGAATG-CTCCAT  140

seq1  GAGATCCAGCTGTAAGGCATTTTCTCAATTAGTAATCAAGAGAAAAGGGC  197
      |||||||||||||||||||||||||||| |||| ||| ||||||||||| 
seq2  GAGATCCAGCTGTAAGGCATTTTCTCAA-TAGT-ATC-AGAGAAAAGGG-  186

seq1  CCCTTGTGGGTGATGCCATCCCTGGGCTGAGAGTCCTGGGTTCTATAAGA  247
      |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
seq2  CCCTTGTGGGTGATGCCATCCCTGGGCTGAGAGT-CTGGGTTCTATAAGA  235

seq1  GAGCAGGCTGAGCAAGCCAGGGGAAGCAAGCCAGTAAGTAACATCCCTCC  297
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCAGGCTGAGCAAGCCAGGGGAAGCAAGCCAGTAAGTAACATCCCTCC  285

seq1  ATGGCCTCTGCATCAGCTCCTGCTTCCTGCTTGAGTTACAGTCCTGACTT  347
      |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGCCTCTGCATCAGCT-CTGCTTCCTGCTTGAGTTACAGTCCTGACTT  334

seq1  CCTTGGTGATGAACAACAACGTGGAAATGTAAGCTGAATAAACCCTTTCC  397
      ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGGGTGATGAACAACAACGTGGAAATGTAAGCTGAATAAACCCTTTCC  384

seq1  TCCCCAACTTGCTTCTTGGTCATGTTTGTCCAGGAATAGAAACCCTGACT  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCCAACTTGCTTCTTGGTCATGTTTGTCCAGGAATAGAAACCCTGACT  434

seq1  AAGACAAATGCCTTATACATATTTACTATTATAACACTTGTCAAAATGTA  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGACAAATGCCTTATACATATTTACTATTATAACACTTGTCAAAATGTA  484

seq1  TCAGCTTCAATGTCCTCTTGGTTGCCTGGGGACCCGGATGTGTAAAACTG  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGCTTCAATGTCCTCTTGGTTGCCTGGGGACCCGGATGTGTAAAACTG  534

seq1  TTACCATGTGTATTTAAATAAGCTTAGATCAGCACTTGTCAGATTGTTCC  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACCATGTGTATTTAAATAAGCTTAGATCAGCACTTGTCAGATTGTTCC  584

seq1  CATTTCTCCGCATCAAATTGTTCACTATTTCTCCAACAAGGCTACGGAGC  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTTCTCCGCATCAAATTGTTCACTATTTCTCCAACAAGGCTACGGAGC  634

seq1  AGCATCTGCATACATGGCCTGGTAATAGGTGTTAGGGACAAATGGTAGCA  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCATCTGCATACATGGCCTGGTAATAGGTGTTAGGGACAAATGGTAGCA  684

seq1  TCCAAGGAAGCAAACAGTGAGGGCTTGCATCCTACAGGGTACAAATCTGC  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAAGGAAGCAAACAGTGAGGGCTTGCATCCTACAGGGTACAAATCTGC  734

seq1  TCCTCAAACGAGTGTAATCTAGCACGGCTCCCTCGGCAGCTGCTCAAATC  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTCAAACGAGTGTAATCTAGCACGGCTCCCTCGGCAGCTGCTCAAATC  784

seq1  AGGAAATTCTGAAAGAAAAAAAAAAGAGAGAGAGAACTTGGGGAAAGATG  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAAATTCTGAAAGAAAAAAAAAAGAGAGAGAGAACTTGGGGAAAGATG  834

seq1  ATCCTTCAGCTTGGTAATTTTTACTTTTTATTTTTACTTTTTAAATTATG  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCTTCAGCTTGGTAATTTTTACTTTTTATTTTTACTTTTTAAATTATG  884

seq1  TATGCATAGTGGGTGAGTGCAGGTGCCTAGAAAATCCAGAAGAAGGCAAC  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGCATAGTGGGTGAGTGCAGGTGCCTAGAAAATCCAGAAGAAGGCAAC  934

seq1  AGATCCCCTGGAACAGGAGTTAGGGGTTTCAGGAACTGGACTCAAGCCCT  997
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATCCCCTGGAACAGGAGTTAGGGGTTTCAGGAACTGGACTCAAGCCCT  984

seq1  CTCCTCTGCAAGTGCAGTACGTGTTCTTAAGTACTGAGCCGTCTCTCCAG  1047
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCTCTGCAAGTGCAGTACGTGTTCTTAAGTACTGAGCCGTCTCTCCAG  1034

seq1  ACCCAACTTGATGAATTTTTTTAAGTGAATTC  1079
      ||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCAACTTGATGAATTTTTTTAAGTGAATTC  1066