BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-111A08
Chromosome9 (Build37)
Map Location 64,713,112 - 64,842,443
singlet/doubletdoublet
Overlap geneAI115600, Slc24a1, 2010321M09Rik, Ptplad1
Upstream geneSmad6, 2600006L11Rik, Lctl, Zwilch, Rpl4, Snapc5, Map2k1, Uchl4, Tipin, Dis3l, Megf11, Rab11a, F730015K02Rik
Downstream geneDpp8, Nope, Punc, Parp16, Cilp, Clpx, Pdcd7, Gm514, 5430433E21Rik, Rasl12, Ostb, Mtfmt, Spg21, Ankdd1a, Plekhq1, Pif1, LOC100041121, Rbpms2, Oaz2, Zfp609, LOC100041180, Trip4, 2810417H13Rik, Csnk1g1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-111A08.bB6Ng01-111A08.g
ACCDH917479DH917480
length1,083895
definitionDH917479|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-111A08, 5' end.DH917480|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-111A08, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(64,713,112 - 64,714,200)(64,841,546 - 64,842,443)
sequence
gaattcatcatttttaatagctgagtagtactccattgtataaatgtacc
acattttctgtatccattcctctgttgaaggactgggttctttccagctt
ctggctattataaataaggttgctatgaatgtaacacactctcttaattt
gttaaattaacctcttcttaactggtcatggttgcacatacctttaatct
cagaactcagaatgcagagacaggcagatctctgtgagttcaaggccagc
ctggtctatgtagtgaggttgaggagagccagagctactgagtgagactc
tatctcactaatatcttataatatttggtactttctttctactttgatta
ctaattaattgaagagtcaaaaatgatatgagttgtttgcacttggctct
gtctttaatatcagccatccatgccttgaggggaccccacaagtgcacta
aagtattctgctgtcatttatccagagttctgaaactccaacctgaagtt
tgaaagaaaaacaaattcccaatataggatttttagtttccttttcctac
cccaggtacatacaataccgattaagttctgaattctaagacatttctga
agaagggggaaataaattaatatgtataagatgtaatatgcataaagtct
catgtatagcctatatacacttgagtctgtgtcctttatgagaaatttca
tgattcttcttgacacataagaaagcgccggacagtggtggcgcacacct
ttaatcccagcacttgggaggcagaggcaggcagatttctgagttggagg
ccagcctggtctacagagtgagttccaggacatccagggctacacagaga
aaccctgtctcgaaaaccaaagagagagagagagagagagagagagagag
agagagagagagagagagagagagagagagactgagactttgtaagcatt
aaaggacacattgtttactctgtcatcacttggttctaaactgtgatctc
tcactgtgacacttagacttctgcactaatgatgaggtagtagtgaagac
agtaatctgtaaatggaggacccatgagcaaaa
gaattcctgcttccctcctttctggatctgcttctacttttctactttct
tacttcctgcccaggtagtcgagctctctgtaagcatgagtgtgttgggg
gttttgttttgttttgagacagggtttctctgtgtagccctggctatcct
ggaactcactctgtagaccaggctggtcttgaaatcagagatccacttgt
ctctgcctcccaagtgctgggactaaagttgtgcgccaccaccaccaggc
atagtaagggaaattttgatacatgctacaacaggggtggatcctgagta
cattgtgctaactgaaatgaatcagcccctgaaagacaaatgctgcgtca
tctccttacatgatgcattcagaatagtcagaaacaagagacagaatgtg
gagtggtggttgtcaaaggatggagattggaggctcccttttggtgagtc
acggtgtcagttctacaagataagaagttatgaagctttgctgtgctggt
ggttgtacaacattacacatgtacctaatacaaccacagtgtatgtgatt
actgtaaggccaggtgtagtggcacataactttagttccagcactcagga
gtcagagacaggtagatctctgtgagttccaggccggccagaactacata
gcataaccttgtctcaaggaaaggagaaaaaaaaaaaagaaggttatgtc
tatgttacaatgtaaagaaagagctggctgggcaaggtggtgcactctgg
tactgcagctgctctggtgtggagcatgggttagtttaataagtcagaag
caagttacagagtattcatatgggcatgagctctaacggctaatgatagc
acaggattgctggagaggtggcttaggattcaagagtgcttgatg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr9_64713112_64714200
seq2: B6Ng01-111A08.b_49_1131

seq1  GAATTCATCATTTTTAATAGCTGAGTAGTACTCCATTGTATAAATGTACC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATCATTTTTAATAGCTGAGTAGTACTCCATTGTATAAATGTACC  50

seq1  ACATTTTCTGTATCCATTCCTCTGTTGAAGGACTGGGTTCTTTCCAGCTT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATTTTCTGTATCCATTCCTCTGTTGAAGGACTGGGTTCTTTCCAGCTT  100

seq1  CTGGCTATTATAAATAAGGTTGCTATGAATGTAACACACTCTCTTAATTT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGCTATTATAAATAAGGTTGCTATGAATGTAACACACTCTCTTAATTT  150

seq1  GTTAAATTAACCTCTTCTTAACTGGTCATGGTTGCACATACCTTTAATCT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTAAATTAACCTCTTCTTAACTGGTCATGGTTGCACATACCTTTAATCT  200

seq1  CAGAACTCAGAATGCAGAGACAGGCAGATCTCTGTGAGTTCAAGGCCAGC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAACTCAGAATGCAGAGACAGGCAGATCTCTGTGAGTTCAAGGCCAGC  250

seq1  CTGGTCTATGTAGTGAGGTTGAGGAGAGCCAGAGCTACTGAGTGAGACTC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGTCTATGTAGTGAGGTTGAGGAGAGCCAGAGCTACTGAGTGAGACTC  300

seq1  TATCTCACTAATATCTTATAATATTTGGTACTTTCTTTCTACTTTGATTA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCTCACTAATATCTTATAATATTTGGTACTTTCTTTCTACTTTGATTA  350

seq1  CTAATTAATTGAAGAGTCAAAAATGATATGAGTTGTTTGCACTTGGCTCT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAATTAATTGAAGAGTCAAAAATGATATGAGTTGTTTGCACTTGGCTCT  400

seq1  GTCTTTAATATCAGCCATCCATGCCTTGAGGGGACCCCACAAGTGCACTA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTTTAATATCAGCCATCCATGCCTTGAGGGGACCCCACAAGTGCACTA  450

seq1  AAGTATTCTGCTGTCATTTATCCAGAGTTCTGAAACTCCAACCTGAAGTT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTATTCTGCTGTCATTTATCCAGAGTTCTGAAACTCCAACCTGAAGTT  500

seq1  TGAAAGAAAAACAAATTCCCAATATAGGATTTTTAGTTTCCTTTTCCTAC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAAGAAAAACAAATTCCCAATATAGGATTTTTAGTTTCCTTTTCCTAC  550

seq1  CCCAGGTACATACAATACCGATTAAGTTCTGAATTCTAAGACATTTCTGA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAGGTACATACAATACCGATTAAGTTCTGAATTCTAAGACATTTCTGA  600

seq1  AGAAGGGGGAAATAAATTAATATGTATAAGATGTAATATGCATAAAGTCT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAGGGGGAAATAAATTAATATGTATAAGATGTAATATGCATAAAGTCT  650

seq1  CATGTATAGCCTATATACACTTGAGTCTGTGTCCTTTATGAGAAATTTCA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGTATAGCCTATATACACTTGAGTCTGTGTCCTTTATGAGAAATTTCA  700

seq1  TGATTCTTCTTGACACATAAGAAAGCGCCGGACAGTGGTGGCGCACACCT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATTCTTCTTGACACATAAGAAAGCGCCGGACAGTGGTGGCGCACACCT  750

seq1  TTAATCCCAGCACTTGGGAGGCAGAGGCAGGCAGATTTCTGAGTTGGAGG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAATCCCAGCACTTGGGAGGCAGAGGCAGGCAGATTTCTGAGTTGGAGG  800

seq1  CCAGCCTGGTCTACAGAGTGAGTTCCAGGACATCCAGGGCTACACAGAGA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGCCTGGTCTACAGAGTGAGTTCCAGGACATCCAGGGCTACACAGAGA  850

seq1  AACCCTGTCTCGAAAAACCAAAAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAG  900
      |||||||||||||||| | || ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCCTGTCTCGAAAACCAAAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAG  900

seq1  AGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGACTGAGACTTTGTAAGCAAT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
seq2  AGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGACTGAGACTTTGTAAGC-AT  949

seq1  TAAAGGACACATTGTTTACTCTGTCATCACTTGGTTTCTAAACTGTTGAT  1000
      |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||
seq2  TAAAGGACACATTGTTTACTCTGTCATCACTTGG-TTCTAAACTG-TGAT  997

seq1  CTCTCACTGTGACACTTAGACTTCTGCCACTAATGATGAGGTAGTAGTGA  1050
      |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTCACTGTGACACTTAGACTTCTG-CACTAATGATGAGGTAGTAGTGA  1046

seq1  CAGACAGTAATCCTGTAAATGGAGACACCATGAGCAAAA  1089
       |||||||||| ||||||||||||   ||||||||||||
seq2  -AGACAGTAAT-CTGTAAATGGAGGACCCATGAGCAAAA  1083

seq1: chr9_64841546_64842443
seq2: B6Ng01-111A08.g_69_963 (reverse)

seq1  CATCAAGCACTCTTGACTCCTAAGCCACCTCTCCAGCACTCCTGTGCCTA  50
      |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||| |||
seq2  CATCAAGCACTCTTGAATCCTAAGCCACCTCTCCAGCAATCCTGTG-CTA  49

seq1  TCATTTAGCCGTTTAGAGCTCATG-CCATATGGATTACTCTGTAACTTGC  99
      ||| ||||||| |||||||||||| |||||| || |||||||||||||||
seq2  TCA-TTAGCCG-TTAGAGCTCATGCCCATAT-GAATACTCTGTAACTTGC  96

seq1  TTCTGTACTTATTAAACTAACCCATGCTCCACACCAGAGCAGCTGCAGTA  149
      ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTG-ACTTATTAAACTAACCCATGCTCCACACCAGAGCAGCTGCAGTA  145

seq1  CCAGAGTGCACCACCTTG-CCAGCCAGCTCTTTCTTTACATTGTAACATA  198
      |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGAGTGCACCACCTTGCCCAGCCAGCTCTTTCTTTACATTGTAACATA  195

seq1  GACATAACCTTCTTTTTTTTTTTTCTCCTTTCCTTGAGACAAGGTTATGC  248
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACATAACCTTCTTTTTTTTTTTTCTCCTTTCCTTGAGACAAGGTTATGC  245

seq1  TATGTAGTTCTGGCCGGCCTGGAACTCACAGAGATCTACCTGTCTCTGAC  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGTAGTTCTGGCCGGCCTGGAACTCACAGAGATCTACCTGTCTCTGAC  295

seq1  TCCTGAGTGCTGGAACTAAAGTTATGTGCCACTACACCTGGCCTTACAGT  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTGAGTGCTGGAACTAAAGTTATGTGCCACTACACCTGGCCTTACAGT  345

seq1  AATCACATACACTGTGGTTGTATTAGGTACATGTGTAATGTTGTACAACC  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCACATACACTGTGGTTGTATTAGGTACATGTGTAATGTTGTACAACC  395

seq1  ACCAGCACAGCAAAGCTTCATAACTTCTTATCTTGTAGAACTGACACCGT  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCAGCACAGCAAAGCTTCATAACTTCTTATCTTGTAGAACTGACACCGT  445

seq1  GACTCACCAAAAGGGAGCCTCCAATCTCCATCCTTTGACAACCACCACTC  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTCACCAAAAGGGAGCCTCCAATCTCCATCCTTTGACAACCACCACTC  495

seq1  CACATTCTGTCTCTTGTTTCTGACTATTCTGAATGCATCATGTAAGGAGA  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACATTCTGTCTCTTGTTTCTGACTATTCTGAATGCATCATGTAAGGAGA  545

seq1  TGACGCAGCATTTGTCTTTCAGGGGCTGATTCATTTCAGTTAGCACAATG  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACGCAGCATTTGTCTTTCAGGGGCTGATTCATTTCAGTTAGCACAATG  595

seq1  TACTCAGGATCCACCCCTGTTGTAGCATGTATCAAAATTTCCCTTACTAT  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTCAGGATCCACCCCTGTTGTAGCATGTATCAAAATTTCCCTTACTAT  645

seq1  GCCTGGTGGTGGTGGCGCACAACTTTAGTCCCAGCACTTGGGAGGCAGAG  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTGGTGGTGGTGGCGCACAACTTTAGTCCCAGCACTTGGGAGGCAGAG  695

seq1  ACAAGTGGATCTCTGATTTCAAGACCAGCCTGGTCTACAGAGTGAGTTCC  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAGTGGATCTCTGATTTCAAGACCAGCCTGGTCTACAGAGTGAGTTCC  745

seq1  AGGATAGCCAGGGCTACACAGAGAAACCCTGTCTCAAAACAAAACAAAAC  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGATAGCCAGGGCTACACAGAGAAACCCTGTCTCAAAACAAAACAAAAC  795

seq1  CCCCAACACACTCATGCTTACAGAGAGCTCGACTACCTGGGCAGGAAGTA  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCAACACACTCATGCTTACAGAGAGCTCGACTACCTGGGCAGGAAGTA  845

seq1  AGAAAGTAGAAAAGTAGAAGCAGATCCAGAAAGGAGGGAAGCAGGAATTC  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAAGTAGAAAAGTAGAAGCAGATCCAGAAAGGAGGGAAGCAGGAATTC  895