BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-112L16
Chromosome9 (Build37)
Map Location 55,905,387 - 56,054,722
singlet/doubletdoublet
Overlap geneRcn2, Pstpip1, Tspan3
Upstream geneLOC664897, 1700071A11Rik, Ube2q2, Fbxo22, Nrg4, AI118078, Etfa, LOC546133, Isl2, Zfp291, LOC664980, 4930563M21Rik, LOC664995, LOC665005
Downstream geneC230081A13Rik, Hmg20a, LOC100039535, LOC100039549, LOC640537, Lingo1, Odf3l1, Cspg4, Sh3px3, Imp3, Snupn, Ptpn9, 2700012I20Rik, Sin3a, Man2c1, Neil1, Commd4, 1700041C23Rik
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-112L16.bB6Ng01-112L16.g
ACCDH918718DH918719
length1,0081,109
definitionDH918718|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-112L16, 5' end.DH918719|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-112L16, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(55,905,387 - 55,906,397)(56,053,603 - 56,054,722)
sequence
gaattcccagttcacactgtgtaactgaggggagagcaagctgtaacctg
gatccaaggaaaaaagaaatggaattatttaagatgggtacactattttg
ttttgaattaaatgataaaactctctcatattaaccccccccccaggaaa
caagaaagttaaaagtgtgtcatgtactaatcttaggacacaatccatag
gatgacagctgtgtcctacctttggaggcgcaagtggattgtacactgtg
ctaacccttttttaactgtgtgtagagatgcagaactcagaatagattaa
ttaagagaataatgagagaagcagtagacagacagacacaatgcatgtgt
aatcgttttaaaacgtggaatttactgagctcctggtatacctatgtggt
tttggcaaatcacactaacctgagcattttccttacaaagactgattctg
gacactttatggtttattttcttttaaaggctcttcatctgattgatgag
atggatttgaatagtgacaaaaagctctctgaagaagagattctggaaaa
ccaagacttgttccttaccagcgaagccacggattatggccgacagctcc
atgacgactacttctatcatgacgagctttaacccccgagtgcgccccag
caggatgcggccttctgtagtttgctaccagcttgacttttatgatgaga
tatagatgttgtcctttacactcttaagtcttaccacttcagatgatcta
aatgtagattataacttttggccttttcaaagaaacaaaacaagaacttg
tcatttatttcaagacatattgaaggagtaaactattaatgttgtgccat
atgaccacacagtctttccctaagtactccatctatgtagtgctgtgttg
tggaatgttgagctctgtgccatattgaagacatggaggatttagacatg
tctaaacaatagtattaagtagcacgtggatgaagctgtcagtttcggtc
ctgtacta
gaattccagacgggcattctcatctatgagatgctgcacctgcccaaccc
ttttgacgagaacccggagctgaaggagaaggagtacacgcgcacagatc
tgcctcggatccctctccgctccccgtactcctggggtctacagcagctt
gctagctgcctcctgaatcccaacccttctgagcgcatcctcatttctga
cgccaaaggcatcctccaatgtctgctctggggcccccgagaagatctct
ttcaaatcttcaccacctctgcaaccctcgcacagaagaacgctctgctc
caaaactggttagacatcaagcgaaccctgctgatgatcaagttcgcgga
gaagtccctggacagagaggggggcatcagcctggaggactggctttgtg
ctcagtatctggcctttgccactacagactccctgatttgtaaaaatcct
gcaataccgttaatatggcccgggcattgcttttattgttaaatatctcc
accttcctcatgttaccctcatgtccctgtcctggtatccactcagaatt
taaggaaaggaaagaagccaactgccacccttgtccagggacatgggctc
cattcagcaaggtcacctacagctttctacagtgaatggctgagtgtttc
tttactgtacagcagttcagctgcacaaacatgcagtcaccttcccttgg
agcatttgtcatcccaatagtctcacaaatgtgggggtaaaaagtgaaaa
atgcacagccatgaaggagcagctcccatggaatgatctcaccaaagctg
catacacctcttccataactctgaagctcgcctgcattaaactagctagc
agtacacacttcaccaacctcagctgtcacccactaatgctctcacagca
gattcctcttccttggagtgaccacctctttccctagaggaaatcccatt
atccttcttggctccgttgtagtcactggggactagcctttgctctgcaa
acagtgaaagagggaccctaaatagagagcagctcggcagccgcaaccct
gcttgccactgcttcctgtctaactttcacctgtccggctgctgaagttt
ggttatcat
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr9_55905387_55906397
seq2: B6Ng01-112L16.b_48_1055

seq1  GAATTCCCAGTTCACACTGTGTAACTGAGGGGAGAGCAAGCTGTAACCTG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCCAGTTCACACTGTGTAACTGAGGGGAGAGCAAGCTGTAACCTG  50

seq1  GATCCAAGGAAAAAAGAAATGGAATTATTTAAGATGGGTACACTATTTTG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATCCAAGGAAAAAAGAAATGGAATTATTTAAGATGGGTACACTATTTTG  100

seq1  TTTTGAATTAAATGATAAAACTCTCTCATATTAACCCCCCCCCCAGGAAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTGAATTAAATGATAAAACTCTCTCATATTAACCCCCCCCCCAGGAAA  150

seq1  CAAGAAAGTTAAAAGTGTGTCATGTACTAATCTTAGGACACAATCCATAG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGAAAGTTAAAAGTGTGTCATGTACTAATCTTAGGACACAATCCATAG  200

seq1  GATGACAGCTGTGTCCTACCTTTGGAGGCGCAAGTGGATTGTACACTGTG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGACAGCTGTGTCCTACCTTTGGAGGCGCAAGTGGATTGTACACTGTG  250

seq1  CTAACCCTTTTTTAACTGTGTGTAGAGATGCAGAACTCAGAATAGATTAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAACCCTTTTTTAACTGTGTGTAGAGATGCAGAACTCAGAATAGATTAA  300

seq1  TTAAGAGAATAATGAGAGAAGCAGTAGACAGACAGACACAATGCATGTGT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAGAGAATAATGAGAGAAGCAGTAGACAGACAGACACAATGCATGTGT  350

seq1  AATCGTTTTAAAACGTGGAATTTACTGAGCTCCTGGTATACCTATGTGGT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCGTTTTAAAACGTGGAATTTACTGAGCTCCTGGTATACCTATGTGGT  400

seq1  TTTGGCAAATCACACTAACCTGAGCATTTTCCTTACAAAGACTGATTCTG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGGCAAATCACACTAACCTGAGCATTTTCCTTACAAAGACTGATTCTG  450

seq1  GACACTTTATGGTTTATTTTCTTTTAAAGGCTCTTCATCTGATTGATGAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACACTTTATGGTTTATTTTCTTTTAAAGGCTCTTCATCTGATTGATGAG  500

seq1  ATGGATTTGAATAGTGACAAAAAGCTCTCTGAAGAAGAGATTCTGGAAAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGATTTGAATAGTGACAAAAAGCTCTCTGAAGAAGAGATTCTGGAAAA  550

seq1  CCAAGACTTGTTCCTTACCAGCGAAGCCACGGATTATGGCCGACAGCTCC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAGACTTGTTCCTTACCAGCGAAGCCACGGATTATGGCCGACAGCTCC  600

seq1  ATGACGACTACTTCTATCATGACGAGCTTTAACCCCCGAGTGCGCCCCAG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGACGACTACTTCTATCATGACGAGCTTTAACCCCCGAGTGCGCCCCAG  650

seq1  CAGGATGCGGCCTTCTGTAGTTTGCTACCAGCTTGACTTTTATGATGAGA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGATGCGGCCTTCTGTAGTTTGCTACCAGCTTGACTTTTATGATGAGA  700

seq1  TATAGATGTTGTCCTTTACACTCTTAAGTCTTACCACTTCAGATGATCTA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAGATGTTGTCCTTTACACTCTTAAGTCTTACCACTTCAGATGATCTA  750

seq1  AATGTAGATTATAACTTTTGGCCTTTTCAAAGAAAACAAAACAAGAACTT  800
      |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
seq2  AATGTAGATTATAACTTTTGGCCTTTTCAAAG-AAACAAAACAAGAACTT  799

seq1  GTCATTTATTTCAAGACATATTGAAGGAGTAAACTATTAATGTTGTGCCA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCATTTATTTCAAGACATATTGAAGGAGTAAACTATTAATGTTGTGCCA  849

seq1  TATGACCACACAGTCTTT-CCTAAGTACTCCATCTATGTAGTGCTGTGTT  899
      |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGACCACACAGTCTTTCCCTAAGTACTCCATCTATGTAGTGCTGTGTT  899

seq1  GTGGAATGTTGAGCTCTGTTGCCATACTTGAAGACATGGAGGATTTAGAC  949
      |||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGAATGTTGAGCTCTG-TGCCATA-TTGAAGACATGGAGGATTTAGAC  947

seq1  ATGTCTAAACAATAGTATTTAAGTAGCACGT-GATGAAGCTGTCAGTTTT  998
      ||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||| |||
seq2  ATGTCTAAACAATAGTA-TTAAGTAGCACGTGGATGAAGCTGTCAG-TTT  995

seq1  CGTTCTTGTACTA  1011
      || || |||||||
seq2  CGGTCCTGTACTA  1008

seq1: chr9_56053603_56054722
seq2: B6Ng01-112L16.g_68_1176 (reverse)

seq1  ATGATAAACCCAAACTTCAGCAGGCGGGACAGGGTGAAGGTGAAGGACAG  50
      |||||||  ||||||||||||| || ||||| |||||| || |  |||||
seq2  ATGATAA--CCAAACTTCAGCA-GCCGGACA-GGTGAAAGTTA--GACAG  44

seq1  TGAAGCAGTGGC-AGCAGGGTTGCGGCTGCCGGGTGGCTCTCTATGTAGG  99
       ||||||||||| ||||||||||||||||||| |  ||||||||| ||||
seq2  -GAAGCAGTGGCAAGCAGGGTTGCGGCTGCCGAGCTGCTCTCTATTTAGG  93

seq1  GTCCCCTCCTTTCACTGTATGCCAGAGCAAAGGCTAGTCCCCAGTGACTA  149
      |||||   |||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCC--TCTTTCACTGTTTG-CAGAGCAAAGGCTAGTCCCCAGTGACTA  140

seq1  CAACGGAGCCAAGAAGGATAATGGGATGTCCTCTAGGGAAAGAGGTGGTC  199
      ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
seq2  CAACGGAGCCAAGAAGGATAATGGGATTTCCTCTAGGGAAAGAGGTGGTC  190

seq1  ACTTCAAGGGAGAGGAATCTGCTGTGAGAGCATTAGTGGGTGACAGCTGA  249
      ||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCCAAGGAAGAGGAATCTGCTGTGAGAGCATTAGTGGGTGACAGCTGA  240

seq1  GGTTGGTGATGTGTGTACTGCTAGCTAG-TTAATGCAGGCGAGCTTCAGA  298
      ||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
seq2  GGTTGGTGAAGTGTGTACTGCTAGCTAGTTTAATGCAGGCGAGCTTCAGA  290

seq1  GTTATGGAAGAGGTGTATGCAGC-TTGGTGAGATCATTCCATGGGAGCTG  347
      ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTATGGAAGAGGTGTATGCAGCTTTGGTGAGATCATTCCATGGGAGCTG  340

seq1  CTCCTTCATGGCTGTGCATTTTTCACTTTTTA-CCCCACATTTGTGAGAC  396
      |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
seq2  CTCCTTCATGGCTGTGCATTTTTCACTTTTTACCCCCACATTTGTGAGAC  390

seq1  TATTGGGATGACAAATGCTCCAAGGGAAGGTGACTGCATGTTTGTGCAGC  446
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTGGGATGACAAATGCTCCAAGGGAAGGTGACTGCATGTTTGTGCAGC  440

seq1  TGAACTGCTGTACAGTAAAGAAACACTCAGCCATTCACTGTAGAAAGCTG  496
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAACTGCTGTACAGTAAAGAAACACTCAGCCATTCACTGTAGAAAGCTG  490

seq1  TAGGTGACCTTGCTGAATGGAGCCCATGTCCCTGGACAAGGGTGGCAGTT  546
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGTGACCTTGCTGAATGGAGCCCATGTCCCTGGACAAGGGTGGCAGTT  540

seq1  GGCTTCTTTCCTTTCCTTAAATTCTGAGTGGATACCAGGACAGGGACATG  596
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTTCTTTCCTTTCCTTAAATTCTGAGTGGATACCAGGACAGGGACATG  590

seq1  AGGGTAACATGAGGAAGGTGGAGATATTTAACAATAAAAGCAATGCCCGG  646
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGTAACATGAGGAAGGTGGAGATATTTAACAATAAAAGCAATGCCCGG  640

seq1  GCCATATTAACGGTATTGCAGGATTTTTACAATATAGCTCAGGGAGTCTG  696
      ||||||||||||||||||||||||||||||||      ||||||||||||
seq2  GCCATATTAACGGTATTGCAGGATTTTTACAA-----ATCAGGGAGTCTG  685

seq1  TAGTGGCAAAGGCCAGATACTGAGCACAAAGCCAGTCCTCCAGGCTGATG  746
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTGGCAAAGGCCAGATACTGAGCACAAAGCCAGTCCTCCAGGCTGATG  735

seq1  CCCCCCTCTCTGTCCAGGGACTTCTCCGCGAACTTGATCATCAGCAGGGT  796
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCCCTCTCTGTCCAGGGACTTCTCCGCGAACTTGATCATCAGCAGGGT  785

seq1  TCGCTTGATGTCTAACCAGTTTTGGAGCAGAGCGTTCTTCTGTGCGAGGG  846
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCGCTTGATGTCTAACCAGTTTTGGAGCAGAGCGTTCTTCTGTGCGAGGG  835

seq1  TTGCAGAGGTGGTGAAGATTTGAAAGAGATCTTCTCGGGGGCCCCAGAGC  896
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCAGAGGTGGTGAAGATTTGAAAGAGATCTTCTCGGGGGCCCCAGAGC  885

seq1  AGACATTGGAGGATGCCTTTGGCGTCAGAAATGAGGATGCGCTCAGAAGG  946
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACATTGGAGGATGCCTTTGGCGTCAGAAATGAGGATGCGCTCAGAAGG  935

seq1  GTTGGGATTCAGGAGGCAGCTAGCAAGCTGCTGTAGACCCCAGGAGTACG  996
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGGGATTCAGGAGGCAGCTAGCAAGCTGCTGTAGACCCCAGGAGTACG  985

seq1  GGGAGCGGAGAGGGATCCGAGGCAGATCTGTGCGCGTGTACTCCTTCTCC  1046
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAGCGGAGAGGGATCCGAGGCAGATCTGTGCGCGTGTACTCCTTCTCC  1035

seq1  TTCAGCTCCGGGTTCTCGTCAAAAGGGTTGGGCAGGTGCAGCATCTCATA  1096
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAGCTCCGGGTTCTCGTCAAAAGGGTTGGGCAGGTGCAGCATCTCATA  1085

seq1  GATGAGAATGCCCGTCTGGAATTC  1120
      ||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGAGAATGCCCGTCTGGAATTC  1109