BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-114G02
Chromosome9 (Build37)
Map Location 27,916,474 - 28,096,821
singlet/doubletdoublet
Overlap geneOpcml
Upstream geneJam3, Igsf9b, Spata19, LOC666440, LOC100041202
Downstream geneHnt, LOC625222
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-114G02.bB6Ng01-114G02.g
ACCDH919913DH919914
length1,2211,152
definitionDH919913|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-114G02, 5' end.DH919914|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-114G02, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(28,095,620 - 28,096,821)(27,916,474 - 27,917,628)
sequence
gaattcatagataggagctgtgtcttccaaggctggctatttgattacaa
atgcaatgaggtagggaggttgggccattgtaggttcaggacctaattac
aatgtgtcttggactaattttagacccctaagcatccattctttgccaat
ctttgaatcagacctaacgttctatgactaacagataaaaatctttttgg
aatgtattaacgtagcagcagccatcttctatcagccccaaagctagaat
gtcaccagatagcatctgtggaccacagctgagatttcccctctgctgga
agccaccttttctgatgtctctgctgatgtcttttaaaagtgtcttcatt
ttgacttctcacttttcctttatgataaagaaaacttcatgaaacttcct
tccatttggaacatggagtttgaggttgatcaatggttactcatatttgc
ctccagaataaactatctgctatcttctttgaaggaagagctgtgttttt
acggtgaactctgctgattcataaactgacattcactctgagtccctaat
gtgtatgaggaaacaggatgtgcatcgagttaagcccctgagttctcact
gggaatctttgatgtgagactactctataagaaagaaaatgctccaaggc
tgggaatctggaaatgggtgctccttgcttttggagcacagaaatatcca
gaagctttgggctgtgcgtaacaggaatcttcccatatagaggaacaagt
ccagagacacagacacattgaccttcctgacaatcttggatgactggctt
gtcaatcagcaggcagatgtcacagccctgaaggaaagcttgtcagtcag
ctgagggtttaggaggggagaccctcaacattcttccatcctcaaagcag
ccagatggaaaatgtccggcgttaccggcattaccgggatcaagtcagca
ctttctatgctgagtgacagacagaacgcactttgcctttcactgtggat
ggttatctgacctcctcgacaaaaatagctctcaattctcagaggaaagc
ttcctacaacctcctctctccaagtcacttctgtcctgggccatggctgg
actctacctcaaatatacctctactctatttaagcccacctaaaccctta
atgggagtctcctctggtcccctggaggcccttccagtcatatgtataca
tatatctctaggaaggcttaa
gaattcactgttggggtttatgaaatcaatttcgaggaagtaaatgtcag
atgcttacaaaagaaggcttacaaaggaaaaggtggccttgtgttgctca
ctacctagatgcttcagaggccaagaccattggctgtgggcattttacta
tcagaggaaggctgtactttgtattttctgagatccccttgcaccttgaa
acccacacctcctctggcttttgcagaggcgccttctgagtgtgacgata
actgtcataacagaagccgccccctccaccgccatctcctgctcctggtg
gcccctattcatcacttacaaggctccgaaggaatcaaagagtaaggatg
tgagattatgtactggaaataggtaagctgaaatggggctaggattggat
tcaaccaggcagccagcttcatttagtgccttgtacagtcttattaggaa
aactcacccatccagaacagctctgactgtgctccgactgcaagaagggt
gggctggacatgctgcaggtgcaaggggcttccttccctctgcatgcttt
ttatgccttctgcctggttagctcaccctggtgcaagcccactcctgcct
cctaggtctgcttcctctgagacatcttccagaagaatttttctttgcct
catcaagagccctgtaggccactggggcatgtgttttccctctgttcctg
cggactgagagcagagcatagtaccctcctcatgtggagattagtgttgg
tagaagcgagcttaggaaggtggtttagagagtgcctttgaacacccaaa
atgctgaggtctcctgctgctgagcaccaggaatgagcaagcatccacaa
taacataagcagtagctgtgaaatcataccttgttcaaaaaagtggcctc
tatgaaaacaaaaacaacaaaaaagtaaatgctgacatggacatagagaa
acgtgctcccctcattggtgatggcataataaagtatcagactgttgatg
aagaactaatttggacatcgctccaaagagtaaaaaataaacctgtcata
tgatccaacaagccattctggtatctattcaaaggaaaattgagcaagca
tatggaagagaatgccttgaataacatgtttatagcataacttatagaac
ta
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr9_28095620_28096821
seq2: B6Ng01-114G02.b_53_1263 (reverse)

seq1  TAAAGCCTTCCTAGAGATA-ATGTATACCATTGACCTGGAA-GGCCTCAG  48
      | ||||||||||||||||| ||||||||   ||| |||||| ||||||  
seq2  TTAAGCCTTCCTAGAGATATATGTATACATATGA-CTGGAAGGGCCTCCA  49

seq1  AGAGACACAGAGAAGACTCCATTTTAAGGGTTAGGGTGGGGCTAAAT-GA  97
       | ||| ||||| |||||||   |||||||||  ||||||  ||||| ||
seq2  GGGGAC-CAGAGGAGACTCC-CATTAAGGGTTTAGGTGGGCTTAAATAGA  97

seq1  GGATGAGGATAATTTGAGGTAGAGT-CAG-CATGGGCCAGG-CAGGAGTG  144
      | | ||||   |||||||||||||| ||| ||||| ||||| ||| ||| 
seq2  GTA-GAGGTATATTTGAGGTAGAGTCCAGCCATGGCCCAGGACAGAAGT-  145

seq1  GACTGTGAG-GAGGAGGTGGTAGGAGGC-TTCCTCTGAGA--TGAG-GCT  189
      ||||  ||| |||||||| |||||| || |||||||||||  |||| |||
seq2  GACTTGGAGAGAGGAGGTTGTAGGAAGCTTTCCTCTGAGAATTGAGAGCT  195

seq1  ATTTTTGTCGAAGGAGGTCAGAT-AGCATCAGACAGTGAAAGGC-AAGTG  237
      |||||||||| |||||||||||| | ||||  |||||||||||| |||||
seq2  ATTTTTGTCG-AGGAGGTCAGATAACCATC-CACAGTGAAAGGCAAAGTG  243

seq1  CG-TCTGTCTGTCACTCAGCAT-GGAAGTGCTGACTTGATCCCGGTAATG  285
      || ||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||
seq2  CGTTCTGTCTGTCACTCAGCATAGAAAGTGCTGACTTGATCCCGGTAATG  293

seq1  CCGGTAACGCCGGACATTTTCCATCTGGCTGC-TTGAGGATGGAAGAATG  334
      |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
seq2  CCGGTAACGCCGGACATTTTCCATCTGGCTGCTTTGAGGATGGAAGAATG  343

seq1  TGGAGGGTCTCCCCTCCTAAACCCTCAGCTGACTGACAAGCTTTCCTTCA  384
      | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAGGGTCTCCCCTCCTAAACCCTCAGCTGACTGACAAGCTTTCCTTCA  393

seq1  GGGCTGTGACATCTGCCTGCTGATTGACAAGCCAGTCATCCAAGATTGTC  434
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGCTGTGACATCTGCCTGCTGATTGACAAGCCAGTCATCCAAGATTGTC  443

seq1  AGGAAGGTCAATGTGTCTGTGTCTCTGGACTTGTTCCTCTATATGGGAAG  484
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAAGGTCAATGTGTCTGTGTCTCTGGACTTGTTCCTCTATATGGGAAG  493

seq1  ATTCCTGTTACGCACAGCCCAAAGCTTCTGGATATTTCTGTGCTCCAAAA  534
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCCTGTTACGCACAGCCCAAAGCTTCTGGATATTTCTGTGCTCCAAAA  543

seq1  GCAAGGAGCACCCATTTCCAGATTCCCAGCCTTGGAGCATTTTCTTTCTT  584
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAAGGAGCACCCATTTCCAGATTCCCAGCCTTGGAGCATTTTCTTTCTT  593

seq1  ATAGAGTAGTCTCACATCAAAGATTCCCAGTGAGAACTCAGGGGCTTAAC  634
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGAGTAGTCTCACATCAAAGATTCCCAGTGAGAACTCAGGGGCTTAAC  643

seq1  TCGATGCACATCCTGTTTCCTCATACACATTAGGGACTCAGAGTGAATGT  684
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCGATGCACATCCTGTTTCCTCATACACATTAGGGACTCAGAGTGAATGT  693

seq1  CAGTTTATGAATCAGCAGAGTTCACCGTAAAAACACAGCTCTTCCTTCAA  734
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTTTATGAATCAGCAGAGTTCACCGTAAAAACACAGCTCTTCCTTCAA  743

seq1  AGAAGATAGCAGATAGTTTATTCTGGAGGCAAATATGAGTAACCATTGAT  784
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAGATAGCAGATAGTTTATTCTGGAGGCAAATATGAGTAACCATTGAT  793

seq1  CAACCTCAAACTCCATGTTCCAAATGGAAGGAAGTTTCATGAAGTTTTCT  834
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACCTCAAACTCCATGTTCCAAATGGAAGGAAGTTTCATGAAGTTTTCT  843

seq1  TTATCATAAAGGAAAAGTGAGAAGTCAAAATGAAGACACTTTTAAAAGAC  884
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATCATAAAGGAAAAGTGAGAAGTCAAAATGAAGACACTTTTAAAAGAC  893

seq1  ATCAGCAGAGACATCAGAAAAGGTGGCTTCCAGCAGAGGGGAAATCTCAG  934
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCAGCAGAGACATCAGAAAAGGTGGCTTCCAGCAGAGGGGAAATCTCAG  943

seq1  CTGTGGTCCACAGATGCTATCTGGTGACATTCTAGCTTTGGGGCTGATAG  984
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTGGTCCACAGATGCTATCTGGTGACATTCTAGCTTTGGGGCTGATAG  993

seq1  AAGATGGCTGCTGCTACGTTAATACATTCCAAAAAGATTTTTATCTGTTA  1034
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGATGGCTGCTGCTACGTTAATACATTCCAAAAAGATTTTTATCTGTTA  1043

seq1  GTCATAGAACGTTAGGTCTGATTCAAAGATTGGCAAAGAATGGATGCTTA  1084
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCATAGAACGTTAGGTCTGATTCAAAGATTGGCAAAGAATGGATGCTTA  1093

seq1  GGGGTCTAAAATTAGTCCAAGACACATTGTAATTAGGTCCTGAACCTACA  1134
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGTCTAAAATTAGTCCAAGACACATTGTAATTAGGTCCTGAACCTACA  1143

seq1  ATGGCCCAACCTCCCTACCTCATTGCATTTGTAATCAAATAGCCAGCCTT  1184
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGCCCAACCTCCCTACCTCATTGCATTTGTAATCAAATAGCCAGCCTT  1193

seq1  GGAAGACACAGCTCCTAT  1202
      ||||||||||||||||||
seq2  GGAAGACACAGCTCCTAT  1211

seq1: chr9_27916474_27917628
seq2: B6Ng01-114G02.g_69_1220

seq1  GAATTCACTGTTGGGGTTTATGAAATCAATTTCGAGGAAGTAAATGTCAG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACTGTTGGGGTTTATGAAATCAATTTCGAGGAAGTAAATGTCAG  50

seq1  ATGCTTACAAAAGAAGGCTTACAAAGGAAAAGGTGGCCTTGTGTTGCTCA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCTTACAAAAGAAGGCTTACAAAGGAAAAGGTGGCCTTGTGTTGCTCA  100

seq1  CTACCTAGATGCTTCAGAGGCCAAGACCATTGGCTGTGGGCATTTTACTA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACCTAGATGCTTCAGAGGCCAAGACCATTGGCTGTGGGCATTTTACTA  150

seq1  TCAGAGGAAGGCTGTACTTTGTATTTTCTGAGATCCCCTTGCACCTTGAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGAGGAAGGCTGTACTTTGTATTTTCTGAGATCCCCTTGCACCTTGAA  200

seq1  ACCCACACCTCCTCTGGCTTTTGCAGAGGCGCCTTCTGAGTGTGACGATA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCACACCTCCTCTGGCTTTTGCAGAGGCGCCTTCTGAGTGTGACGATA  250

seq1  ACTGTCATAACAGAAGCCGCCCCCTCCACCGCCATCTCCTGCTCCTGGTG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGTCATAACAGAAGCCGCCCCCTCCACCGCCATCTCCTGCTCCTGGTG  300

seq1  GCCCCTATTCATCACTTACAAGGCTCCGAAGGAATCAAAGAGTAAGGATG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCCTATTCATCACTTACAAGGCTCCGAAGGAATCAAAGAGTAAGGATG  350

seq1  TGAGATTATGTACTGGAAATAGGTAAGCTGAAATGGGGCTAGGATTGGAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGATTATGTACTGGAAATAGGTAAGCTGAAATGGGGCTAGGATTGGAT  400

seq1  TCAACCAGGCAGCCAGCTTCATTTAGTGCCTTGTACAGTCTTATTAGGAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAACCAGGCAGCCAGCTTCATTTAGTGCCTTGTACAGTCTTATTAGGAA  450

seq1  AACTCACCCATCCAGAACAGCTCTGACTGTGCTCCGACTGCAAGAAGGGT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTCACCCATCCAGAACAGCTCTGACTGTGCTCCGACTGCAAGAAGGGT  500

seq1  GGGCTGGACATGCTGCAGGTGCAAGGGGCTTCCTTCCCTCTGCATGCTTT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGCTGGACATGCTGCAGGTGCAAGGGGCTTCCTTCCCTCTGCATGCTTT  550

seq1  TTATGCCTTCTGCCTGGTTAGCTCACCCTGGTGCAAGCCCACTCCTGCCT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATGCCTTCTGCCTGGTTAGCTCACCCTGGTGCAAGCCCACTCCTGCCT  600

seq1  CCTAGGTCTGCTTCCTCTGAGACATCTTCCAGAAGAATTTTTCTTTGCCT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTAGGTCTGCTTCCTCTGAGACATCTTCCAGAAGAATTTTTCTTTGCCT  650

seq1  CATCAAGAGCCCTGTAGGCCACTGGGGCATGTGTTTTCCCTCTGTTCCTG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCAAGAGCCCTGTAGGCCACTGGGGCATGTGTTTTCCCTCTGTTCCTG  700

seq1  CGGACTGAGAGCAGAGCATAGTACCCTCCTCATGTGGAGATTAGTGTTGG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGGACTGAGAGCAGAGCATAGTACCCTCCTCATGTGGAGATTAGTGTTGG  750

seq1  TAGAAGCGAGCTTAGGAAGGTGGTTTAGAGAGTGCCTTTGAACACCCAAA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAAGCGAGCTTAGGAAGGTGGTTTAGAGAGTGCCTTTGAACACCCAAA  800

seq1  ATGCTGAGGTCTCCTGCTGCTGAGCACCAGGAATGAGCAAGCATCCACAA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCTGAGGTCTCCTGCTGCTGAGCACCAGGAATGAGCAAGCATCCACAA  850

seq1  TAACATAAGCAGTAGCTGTGAAATCATACCTTGTTCAAAATAGTGGCCTC  900
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
seq2  TAACATAAGCAGTAGCTGTGAAATCATACCTTGTTCAAAAAAGTGGCCTC  900

seq1  TATGAAAAC-AAAACAACAAAATAGTAAATGCTGACATGGACATAGAGAA  949
      ||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |
seq2  TATGAAAACAAAAACAACAAAAAAGTAAATGCTGACATGGACATAGAG-A  949

seq1  AACGTGCTCCCCCTCATTGGTGATGGCAATATAAAGTATCAGACTG-TGA  998
      |||||||| |||||||||||||||||||  |||||||||||||||| |||
seq2  AACGTGCT-CCCCTCATTGGTGATGGCATAATAAAGTATCAGACTGTTGA  998

seq1  TTGAGAACT-ATTTGGACATCGCTCCAAAGAGT-AAAAATAAAACTGTCA  1046
      |  |||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||
seq2  TGAAGAACTAATTTGGACATCGCTCCAAAGAGTAAAAAATAAACCTGTCA  1048

seq1  TATGATCCAACAAGCCCATTTCTGGGTATCTATTCAAA-GAAAATGAAGC  1095
      ||||||||||||||||   |||| |||||||||||||| ||||||  |||
seq2  TATGATCCAACAAGCC--ATTCT-GGTATCTATTCAAAGGAAAATTGAGC  1095

seq1  AAGCATATGAAAGAG-ATG-CTTGAATGACCATGGTTTTTATAGCAATAC  1143
      ||||||||| ||||| ||| ||||||| | ||||   |||||||||  ||
seq2  AAGCATATGGAAGAGAATGCCTTGAAT-AACATG---TTTATAGCATAAC  1141

seq1  TTATAGGAACTA  1155
      ||||| ||||||
seq2  TTATA-GAACTA  1152