BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-114N04
Chromosome9 (Build37)
Map Location 20,582,172 - 20,743,149
singlet/doubletdoublet
Overlap geneCol5a3, Rdh8, A230050P20Rik, Angptl6, Ppan, Eif3s4, Dnmt1
Upstream geneOlfr58, Olfr859, Olfr860, GA_x5J8B7W6RL5-13004417-13003354, Olfr862, Olfr77, EG665823, Olfr863-ps1, Olfr864-ps1, Olfr865-ps1, Olfr866, Olfr867, Olfr868, Olfr869, Olfr870, Olfr871, Olfr872, Olfr39, Olfr873, Olfr18, Zfp560, 4921534A09Rik, EG624824, Zfp26, Zfp426, 5730601F06Rik, 7030419G21Rik, LOC100041205, 2210010B09Rik, 5730577I03Rik, Fbxl12, Ubl5, Pin1, Olfm2
Downstream geneEdg5, Mrpl4, Icam1, Icam4, Icam5, Glp1, B230118G17Rik, Raver1, Tyk2, Cdc37, Pde4a, Keap1, Edg8, Atg4d, BC021438, Cdkn2d, Ap1m2, Slc44a2, Ilf3, Qtrt1, Dnm2, Tmed1, AB124611, Carm1, Yipf2, 1810026J23Rik, EG666043, Smarca4, Ldlr, Spc24, Ankrd25, Dock6, EG624219, Rab3d, BC010787, 2510048L02Rik, BC018242
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-114N04.bB6Ng01-114N04.g
ACCDH920246DH920247
length1,1651,135
definitionDH920246|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-114N04, 5' end.DH920247|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-114N04, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(20,582,172 - 20,583,350)(20,742,009 - 20,743,149)
sequence
gaattctcagatcctccagagccatccctgcatggacactgccgtgcttt
ctgctgtgatgataatggactgaacctcagaacctgtaagccagccccaa
ttaaatgttgtcctttataagagctgccttggtcatggggtttcttcaca
gcaatggaaaccctaactaagacagaccacatactactcatgcagagacc
aaaaacggagctccaagcactcgcatcaggtatctcacaaccacctgcaa
ttccagctccacgggaatccgatgtcatcttctagtctttgggcagtgca
tttacacacacacacacatgcacacagagtcaggtagcctaggtaatgca
agtgttagaggtcacagagaactagaactagctgagttagggataatgga
tctgtcacccatgattagtctgtcctggcctatgtcctgcctttgggtac
ataagaaaatggtccccctttgggcagctttacccccaattccatgtttg
ttgctttgatttaaacccctagctgtctcctcagccctgtgtgcttgtgg
gcaacttttgggactctacaaagcacccctgagatcttctcaggtggagc
atctttcatatctttcacaacagacagggatatctgttggtctggattca
gcaatgctctaaggactgcctggaggtcatgagagcatgacacgctctag
gtcagcagttccctatggcaagtacaaagggcaatgctctacagactcac
agggatgccgggaattcctgggggtcccggcgtctccagcatcccctggc
tcaccctgtgaaaggcagtgaacatagaaagagatcatctcactgatcgg
cagggaggagcatccccatacagttgtagccgaggagacgggcactatct
atcccctccaatccagggcaagttcaagccctcctctaaccttctcgctc
acaagcaccaggctgtcttactctccaggcagacctggggggtcctggag
agacaatggagaactgtggagtccctagaggtgtggcgacccatagagca
tctttcaccccagaaattctcacctcttgatccactggtcaggggaccga
agctgggaactctaattgacgtcaagaaccaatagggcaatgactcccct
tatttcaccagaagg
gaattccaggacagccagggctacagagaaaccctgtctcaggggggaaa
aaaagggcagcttcactcagttccaggtggctcacttcttaacacctgct
cctcttacagaggaggacctgggttcagggcccagcacccatggtgcctc
acagccactggtacctccagttcgaggggacctgacaccctctgacttcc
acaggcactgtacaatgtggtgcatagtcacacttacatacaggcaaagc
actcatggacaggacattaaatctaaacttttttgtttaaaaacaaatac
atgggtctgagcactgtactcacaactgcctgtaaccccagctctagggg
gcctaactctcctggtctctcaaagcacacgcacgtatacactaatacaa
gtcattattaaagcccttcagtcctggataggtgggcccctcctggcagg
gaagatacctggacgtttaagaggttcttctgtgagcgaagggaagtcat
tgaggaccaccagacagcaggggggtctcggcactaacagtctcctcact
gtgtgacagccccactaaacggaaacccaaggaagagtcggaagagggga
actcggctgagtcggctgcagaggagagagaccaggtgggccagccctgt
cggctctggacactctgatttacttgctagcagagtgagcaaaggtggtc
tatctgaaggcagtctccttatatatagtaggggtgtttcagagtctgtg
gctagacgagggcgaggggcaacctgttgatggactgtgctacatggtgg
tggaccccggtgggtttgaaaatagtagcccagcaggctgagtgctggga
cagctgacgctgtagatctgatctgacagcattaggaggcagctctactt
agtttattttttccaatgttggggatcaaacctagggcctcattcatcct
aggtaagcattgtaccgttgaactcattctgggccccagtgtggacacgt
acaaatatattgacagtattatgttagcccaggctgggctgaactcttga
atcttccttgctcattccagtactaggatgataatgaggaccaccatcac
agctggttgggaattctagtatattttgggttttg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr9_20582172_20583350
seq2: B6Ng01-114N04.b_48_1212

seq1  GAATTCTCAGATCCTCCAGAGCCATCCCTGCATGGACACTGCCGTGCTTT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCAGATCCTCCAGAGCCATCCCTGCATGGACACTGCCGTGCTTT  50

seq1  CTGCTGTGATGATAATGGACTGAACCTCAGAACCTGTAAGCCAGCCCCAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCTGTGATGATAATGGACTGAACCTCAGAACCTGTAAGCCAGCCCCAA  100

seq1  TTAAATGTTGTCCTTTATAAGAGCTGCCTTGGTCATGGGGTTTCTTCACA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAATGTTGTCCTTTATAAGAGCTGCCTTGGTCATGGGGTTTCTTCACA  150

seq1  GCAATGGAAACCCTAACTAAGACAGACCACATACTACTCATGCAGAGACC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAATGGAAACCCTAACTAAGACAGACCACATACTACTCATGCAGAGACC  200

seq1  AAAAACGGAGCTCCAAGCACTCGCATCAGGTATCTCACAACCACCTGCAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAACGGAGCTCCAAGCACTCGCATCAGGTATCTCACAACCACCTGCAA  250

seq1  TTCCAGCTCCACGGGAATCCGATGTCATCTTCTAGTCTTTGGGCAGTGCA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCAGCTCCACGGGAATCCGATGTCATCTTCTAGTCTTTGGGCAGTGCA  300

seq1  TTTACACACACACACACATGCACACAGAGTCAGGTAGCCTAGGTAATGCA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTACACACACACACACATGCACACAGAGTCAGGTAGCCTAGGTAATGCA  350

seq1  AGTGTTAGAGGTCACAGAGAACTAGAACTAGCTGAGTTAGGGATAATGGA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGTTAGAGGTCACAGAGAACTAGAACTAGCTGAGTTAGGGATAATGGA  400

seq1  TCTGTCACCCATGATTAGTCTGTCCTGGCCTATGTCCTGCCTTTGGGTAC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGTCACCCATGATTAGTCTGTCCTGGCCTATGTCCTGCCTTTGGGTAC  450

seq1  ATAAGAAAATGGTCCCCCTTTGGGCAGCTTTACCCCCAATTCCATGTTTG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAGAAAATGGTCCCCCTTTGGGCAGCTTTACCCCCAATTCCATGTTTG  500

seq1  TTGCTTTGATTTAAACCCCTAGCTGTCTCCTCAGCCCTGTGTGCTTGTGG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCTTTGATTTAAACCCCTAGCTGTCTCCTCAGCCCTGTGTGCTTGTGG  550

seq1  GCAACTTTTGGGACTCTACAAAGCACCCCTGAGATCTTCTCAGGTGGAGC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAACTTTTGGGACTCTACAAAGCACCCCTGAGATCTTCTCAGGTGGAGC  600

seq1  ATCTTTCATATCTTTCACAACAGACAGGGATATCTGTTGGTCTGGATTCA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTTTCATATCTTTCACAACAGACAGGGATATCTGTTGGTCTGGATTCA  650

seq1  GCAATGCTCTAAGGACTGCCTGGAGGTCATGAGAGCATGACACGCTCTAG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAATGCTCTAAGGACTGCCTGGAGGTCATGAGAGCATGACACGCTCTAG  700

seq1  GTCAGCAGTTCCCTATGGCAAGTAC-AAGGGCAATGCTCTACAGACTCAC  749
      ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCAGCAGTTCCCTATGGCAAGTACAAAGGGCAATGCTCTACAGACTCAC  750

seq1  AGGGATGCCGGGAATTCCTGGGGGT-CCGGCGTCTCCAGCATCCCCTGGC  798
      ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGATGCCGGGAATTCCTGGGGGTCCCGGCGTCTCCAGCATCCCCTGGC  800

seq1  TCACCCTGTGAAAGGCAGTGAACATAGAAAGAGATCATCTCACTGATCGG  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACCCTGTGAAAGGCAGTGAACATAGAAAGAGATCATCTCACTGATCGG  850

seq1  CAGGGAGGAGCATCCCCATACAGTTGTAGCCGAGGAGACGGGCACTATCT  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGGAGGAGCATCCCCATACAGTTGTAGCCGAGGAGACGGGCACTATCT  900

seq1  ATCCCCTCC-ATCCAGGGCAAGTTCAAGCCCTCCTCTTACCTTCTCGCCC  947
      ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |
seq2  ATCCCCTCCAATCCAGGGCAAGTTCAAGCCCTCCTCTAACCTTCTCGCTC  950

seq1  AC-AGCACCAGGCTGTCCTACTCCTCCAGGCAGACCTGGGGGGCCCTGGA  996
      || |||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||| ||||||
seq2  ACAAGCACCAGGCTGTCTTACT-CTCCAGGCAGACCTGGGGGGTCCTGGA  999

seq1  GAGACAATGAGGAAACTGT-GAGTCCCTAGAGGTGTGGCAGACCCATAGA  1045
      ||||||||| |  |||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||
seq2  GAGACAATG-GAGAACTGTGGAGTCCCTAGAGGTGTGGC-GACCCATAGA  1047

seq1  GGCATTCTGTCCACCCCAG-AATTCTCACCTC-TGATCCACTGGGCCCAG  1093
       ||| ||| | |||||||| |||||||||||| |||||||||||   |||
seq2  -GCA-TCT-TTCACCCCAGAAATTCTCACCTCTTGATCCACTGG--TCAG  1092

seq1  GGGGACCCCGAGGGCCTGGAGCTCCATGTGGACCCTGTCAAAGAACCAAA  1143
      |||    ||||  ||  ||| ||| |  | |||   ||| ||||||| ||
seq2  GGG---ACCGA-AGCTGGGAACTCTA-ATTGAC---GTC-AAGAACC-AA  1132

seq1  TAGTGTGCAATGACTCCCCATTATTCCACCAGAAAG  1179
      ||  | ||||||||||||| ||||| |||||||| |
seq2  TA--GGGCAATGACTCCCC-TTATTTCACCAGAAGG  1165

seq1: chr9_20742009_20743149
seq2: B6Ng01-114N04.g_68_1202 (reverse)

seq1  CAAAACCCAAAATATACATAGAAATCCCAACCAGCTGGTGATGGTGGTCC  50
      ||||||||||||||||| ||||| |||||||||||| |||||||||||||
seq2  CAAAACCCAAAATATAC-TAGAATTCCCAACCAGCT-GTGATGGTGGTCC  48

seq1  TCATTTATCATCCTAGTACTTGGGAGATGGAGCCAGGAAGA-TCAAGAGT  99
      ||| ||||||||||||||||  ||| || |||| ||||||| ||||||||
seq2  TCA-TTATCATCCTAGTACT--GGA-AT-GAGCAAGGAAGATTCAAGAGT  93

seq1  TCAAGCCCAGCCTGGGCT-ACATAATACTGTCAATATATTTGTACGTGTC  148
      || ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TC-AGCCCAGCCTGGGCTAACATAATACTGTCAATATATTTGTACGTGTC  142

seq1  CAACACTGGGGCCCAGAATGAGTTCAACGGTACAATGCTTACCTAGGATG  198
      | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  C-ACACTGGGGCCCAGAATGAGTTCAACGGTACAATGCTTACCTAGGATG  191

seq1  AATGAGGCCCTAGGTTTGAT-CCCAACATTGGAAAAAATAAACTAAGTAG  247
      |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGAGGCCCTAGGTTTGATCCCCAACATTGGAAAAAATAAACTAAGTAG  241

seq1  AGCTGCCTCCTAATGCTGTCAGATCAGATCTACAGCGTCAGCTGTCCCAG  297
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTGCCTCCTAATGCTGTCAGATCAGATCTACAGCGTCAGCTGTCCCAG  291

seq1  CACTCAGCCTGCTGGGCTACTATTTTCAAACCCACCGGGGTCCACCACCA  347
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTCAGCCTGCTGGGCTACTATTTTCAAACCCACCGGGGTCCACCACCA  341

seq1  TGTAGCACAGTCCATCAACAGGTTGCCCCTCGCCCTCGTCTAGCCACAGA  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTAGCACAGTCCATCAACAGGTTGCCCCTCGCCCTCGTCTAGCCACAGA  391

seq1  CTCTGAAACACCCCTACTATATATAAGGAGACTGCCTTCAGATAGACCAC  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTGAAACACCCCTACTATATATAAGGAGACTGCCTTCAGATAGACCAC  441

seq1  CTTTGCTCACTCTGCTAGCAAGTAAATCAGAGTGTCCAGAGCCGACAGGG  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTGCTCACTCTGCTAGCAAGTAAATCAGAGTGTCCAGAGCCGACAGGG  491

seq1  CTGGCCCACCTGGTCTCTCTCCTCTGCAGCCGACTCAGCCGAGTTCCCCT  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGCCCACCTGGTCTCTCTCCTCTGCAGCCGACTCAGCCGAGTTCCCCT  541

seq1  CTTCCGACTCTTCCTTGGGTTTCCGTTTAGTGGGGCTGTCACACAGTGAG  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCCGACTCTTCCTTGGGTTTCCGTTTAGTGGGGCTGTCACACAGTGAG  591

seq1  GAGACTGTTAGTGCCGAGACCCCCCTGCTGTCTGGTGGTCCTCAATGACT  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGACTGTTAGTGCCGAGACCCCCCTGCTGTCTGGTGGTCCTCAATGACT  641

seq1  TCCCTTCGCTCACAGAAGAACCTCTTAAACGTCCAGGTATCTTCCCTGCC  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCTTCGCTCACAGAAGAACCTCTTAAACGTCCAGGTATCTTCCCTGCC  691

seq1  AGGAGGGGCCCACCTATCCAGGACTGAAGGGCTTTAATAATGACTTGTAT  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAGGGGCCCACCTATCCAGGACTGAAGGGCTTTAATAATGACTTGTAT  741

seq1  TAGTGTATACGTGCGTGTGCTTTGAGAGACCAGGAGAGTTAGGCCCCCTA  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTGTATACGTGCGTGTGCTTTGAGAGACCAGGAGAGTTAGGCCCCCTA  791

seq1  GAGCTGGGGTTACAGGCAGTTGTGAGTACAGTGCTCAGACCCATGTATTT  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCTGGGGTTACAGGCAGTTGTGAGTACAGTGCTCAGACCCATGTATTT  841

seq1  GTTTTTAAACAAAAAAGTTTAGATTTAATGTCCTGTCCATGAGTGCTTTG  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTTTAAACAAAAAAGTTTAGATTTAATGTCCTGTCCATGAGTGCTTTG  891

seq1  CCTGTATGTAAGTGTGACTATGCACCACATTGTACAGTGCCTGTGGAAGT  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGTATGTAAGTGTGACTATGCACCACATTGTACAGTGCCTGTGGAAGT  941

seq1  CAGAGGGTGTCAGGTCCCCTCGAACTGGAGGTACCAGTGGCTGTGAGGCA  997
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAGGGTGTCAGGTCCCCTCGAACTGGAGGTACCAGTGGCTGTGAGGCA  991

seq1  CCATGGGTGCTGGGCCCTGAACCCAGGTCCTCCTCTGTAAGAGGAGCAGG  1047
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATGGGTGCTGGGCCCTGAACCCAGGTCCTCCTCTGTAAGAGGAGCAGG  1041

seq1  TGTTAAGAAGTGAGCCACCTGGAACTGAGTGAAGCTGCCCTTTTTTTCCC  1097
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTAAGAAGTGAGCCACCTGGAACTGAGTGAAGCTGCCCTTTTTTTCCC  1091

seq1  CCCTGAGACAGGGTTTCTCTGTAGCCCTGGCTGTCCTGGAATTC  1141
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTGAGACAGGGTTTCTCTGTAGCCCTGGCTGTCCTGGAATTC  1135