BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-115G08
Chromosome9 (Build37)
Map Location 28,419,950 - 28,632,577
singlet/doubletdoublet
Overlap geneOpcml
Upstream geneLOC100041202
Downstream geneHnt, LOC625222
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-115G08.bB6Ng01-115G08.g
ACCDH920673DH920674
length1,1901,064
definitionDH920673|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-115G08, 5' end.DH920674|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-115G08, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(28,631,371 - 28,632,577)(28,419,950 - 28,421,030)
sequence
gaattctttgaccacgtttgaaatgcaaggtgttatgctttcttttggtg
ctaagaacatcacacacgtaccagctcatggactctactggatctctagt
ggctaaggcacagggaaggaagaaaggaattatctagtcaaaggaggata
tatcaccactaggaaatatcagtttatcagtaactcagttaatcaagaca
tattattgcactttatgagatttgcccagaacattgagagaacgggaaag
cacaaactcttagtgcttaagcctctaagtgctatgtcattgatgccctg
ctcatgtgaagcatgctaataaaacatgctgtactcagctatattgagct
ggtaaggatgcctgttgaatatcccataactcagtgtcagagcctgtgtg
tatatatgtgtttgtgtgtgtgtgtctgtctgtctgtctgttcaaatcta
cttgagttagtaagttagacacaggcctcttagcaatctacctggaactt
ctaatgaagccttcctaaaccatgatagggacactgatcttaaaatgtca
atcagtgccttcagcatacatctactctgcctctttcataaagtggtcct
aaccacatctccagtgggagatgaggcttgcttgtttccatcttccacta
tccttttatgtttagaaaaagaactatgttttccttgcctcagctacaca
ctgacacattgcagagaaaatttaattatagtaaatttggttgtaaatag
tagaaacccagtttaaaacaccttaaccaagaaagtgtgattcacagaaa
cgttaccctagggagagagaggtttataggaagaaatacaaatggttatg
aaaaagaaatagcacagaaagccagtggtcagatttagagccaggggtct
tctcaaagattctcaaggatgctcaagctagaaggaagaggaaaggaata
gtactgagattccctcacatctggccaagcgaggggctcagtgtgtaatt
aaaacacatatctcaggggtggctgcagtgtgtggtgtgggagcaggctg
cttattattttcttttgaagcccacatttcagtcagcagcaggagtcact
gtgggacccactgctgaggcattaaatctacggaacttgtaagctggtct
catttatcgagggtccactgatttcaagcaaagaaggctt
gaattccaggacaaccaaggctacaaagagaaactctgtcttagaaacag
aacaaataaaaaaccaaccaaccaaaaacaagcaccaacaccaacaacaa
atatcccaatgctgagaacctattttgcaaccactaaactgtaatttctt
attctgcattagaatgtcttcaaagatgcttagaccactccattacacag
ctgaggttaatgtggctaagatatgttctaggggctagaggtgatactag
acatcaggtcctcccatggcaaagactctcagttctgcagtaaaaaccta
gctctcttctgaggaacagtgcctggcatacatgagggtagggtttgctg
aattaagaagtgataggcctaggtgagagctggattgttggtggcaaata
gtggggcttcactcagaatccctgttttgtgtccacttgccaagctagtt
aagtgagtgactttgaaccctttggggtacattcctttccttggaaaagg
aactctcgttaacacccatgttgcagggacaaggagaggttgatgtatgt
gtatgtatcatgctggtgacagtgtctggtttacagtgagttctgatcag
tattagcgattagcatggtgaggcctggtgatgaatgtgagctgtgtacc
agggacttccaaagcatctcagattgctgggctcactctgcaagggctca
gtgtagagcttgtacctagggcacaagaaaatgaacatagcatcccttta
tgctgaggaaaaaggaaagagaaagaactagagagggagaagggtgggat
gaaaaggtacacgaggcgtgaggtcctgtccgataatctttaacttaaag
gagtaagaaatggccaaaaatgtccctgatatctatctatctatctatct
atctatctatctatctatcatctatctatctaccatcatcatcatcttca
taaaaacatctgcatcctcagcacttctgctctttgtggtctgctttcac
tatagcaggcttaactaatcataacttgcagcctacctacacccagatca
tgaacacttattca
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr9_28631371_28632577
seq2: B6Ng01-115G08.b_48_1237 (reverse)

seq1  AAGCCTTCTCTATGCTATTGAAATCAGTTGGACACT-GATAAAATTGAGA  49
      ||||||  ||| |||  |||||||||| ||||| || ||||||  |||||
seq2  AAGCCT--TCTTTGC--TTGAAATCAG-TGGACCCTCGATAAA--TGAGA  43

seq1  CCAGCTTTACAAGTCCTGTAGATCTAATTGGCCTCAGCAGTGGGT-CCAC  98
      ||||| |||||||| | |||||| ||||  ||||||||||||||| ||||
seq2  CCAGC-TTACAAGTTCCGTAGATTTAAT--GCCTCAGCAGTGGGTCCCAC  90

seq1  AGTGACTCTTGCTGCTGAACTGAAATTGTGGGCTTCAATAGAAAATAATA  148
      |||||||| |||||||| ||||||| |||||||||||| |||||||||||
seq2  AGTGACTCCTGCTGCTG-ACTGAAA-TGTGGGCTTCAAAAGAAAATAATA  138

seq1  AGCAGCCTGGCTCCACACCAACACACTGCAGCCACCCCTGGAGATAATGT  198
      |||||||||   ||||||| ||||||||||||||||||| ||||| ||||
seq2  AGCAGCCTGCTCCCACACC-ACACACTGCAGCCACCCCT-GAGAT-ATGT  185

seq1  GTTTTAATTTACACACTGAGCCCCTTCGCTTGGCCAGATGTTGAGGGAAT  248
      ||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||
seq2  GTTTTAA-TTACACACTGAGCCCC-TCGCTTGGCCAGATG-TGAGGGAAT  232

seq1  CTCAGTACTATTCCTTTCCTTCTTCCTTCTAGCTTGAGCATCCTTGAGAA  298
      ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAGTACTATTCCTTTCC-TCTTCCTTCTAGCTTGAGCATCCTTGAGAA  281

seq1  TCTTTGAGAAGACCCCTGGCTCTAAATCTGACCACTGGCTTTCTGTGCTA  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTTGAGAAGACCCCTGGCTCTAAATCTGACCACTGGCTTTCTGTGCTA  331

seq1  TTTCTTTTTCATAACCATTTGTATTTCTTCCTATAAACCTCTCTCTCCCT  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTTTTTCATAACCATTTGTATTTCTTCCTATAAACCTCTCTCTCCCT  381

seq1  AGGGTAACGTTTCTGTGAATCACACTTTCTTGGTTAAGGTGTTTTAAACT  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGTAACGTTTCTGTGAATCACACTTTCTTGGTTAAGGTGTTTTAAACT  431

seq1  GGGTTTCTACTATTTACAACCAAATTTACTATAATTAAATTTTCTCTGCA  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTTTCTACTATTTACAACCAAATTTACTATAATTAAATTTTCTCTGCA  481

seq1  ATGTGTCAGTGTGTAGCTGAGGCAAGGAAAACATAGTTCTTTTTCTAAAC  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTGTCAGTGTGTAGCTGAGGCAAGGAAAACATAGTTCTTTTTCTAAAC  531

seq1  ATAAAAGGATAGTGGAAGATGGAAACAAGCAAGCCTCATCTCCCACTGGA  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAAAGGATAGTGGAAGATGGAAACAAGCAAGCCTCATCTCCCACTGGA  581

seq1  GATGTGGTTAGGACCACTTTATGAAAGAGGCAGAGTAGATGTATGCTGAA  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGTGGTTAGGACCACTTTATGAAAGAGGCAGAGTAGATGTATGCTGAA  631

seq1  GGCACTGATTGACATTTTAAGATCAGTGTCCCTATCATGGTTTAGGAAGG  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCACTGATTGACATTTTAAGATCAGTGTCCCTATCATGGTTTAGGAAGG  681

seq1  CTTCATTAGAAGTTCCAGGTAGATTGCTAAGAGGCCTGTGTCTAACTTAC  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCATTAGAAGTTCCAGGTAGATTGCTAAGAGGCCTGTGTCTAACTTAC  731

seq1  TAACTCAAGTAGATTTGAACAGACAGACAGACAGACACACACACACAAAC  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACTCAAGTAGATTTGAACAGACAGACAGACAGACACACACACACAAAC  781

seq1  ACATATATACACACAGGCTCTGACACTGAGTTATGGGATATTCAACAGGC  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATATATACACACAGGCTCTGACACTGAGTTATGGGATATTCAACAGGC  831

seq1  ATCCTTACCAGCTCAATATAGCTGAGTACAGCATGTTTTATTAGCATGCT  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCTTACCAGCTCAATATAGCTGAGTACAGCATGTTTTATTAGCATGCT  881

seq1  TCACATGAGCAGGGCATCAATGACATAGCACTTAGAGGCTTAAGCACTAA  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACATGAGCAGGGCATCAATGACATAGCACTTAGAGGCTTAAGCACTAA  931

seq1  GAGTTTGTGCTTTCCCGTTCTCTCAATGTTCTGGGCAAATCTCATAAAGT  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTTTGTGCTTTCCCGTTCTCTCAATGTTCTGGGCAAATCTCATAAAGT  981

seq1  GCAATAATATGTCTTGATTAACTGAGTTACTGATAAACTGATATTTCCTA  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAATAATATGTCTTGATTAACTGAGTTACTGATAAACTGATATTTCCTA  1031

seq1  GTGGTGATATATCCTCCTTTGACTAGATAATTCCTTTCTTCCTTCCCTGT  1098
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGTGATATATCCTCCTTTGACTAGATAATTCCTTTCTTCCTTCCCTGT  1081

seq1  GCCTTAGCCACTAGAGATCCAGTAGAGTCCATGAGCTGGTACGTGTGTGA  1148
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTTAGCCACTAGAGATCCAGTAGAGTCCATGAGCTGGTACGTGTGTGA  1131

seq1  TGTTCTTAGCACCAAAAGAAAGCATAACACCTTGCATTTCAAACGTGGTC  1198
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTCTTAGCACCAAAAGAAAGCATAACACCTTGCATTTCAAACGTGGTC  1181

seq1  AAAGAATTC  1207
      |||||||||
seq2  AAAGAATTC  1190

seq1: chr9_28419950_28421030
seq2: B6Ng01-115G08.g_69_1132

seq1  GAATTCCAGGACAACCAAGGCTACAAAGAGAAACTCTGTCTTAGAAACAG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCAGGACAACCAAGGCTACAAAGAGAAACTCTGTCTTAGAAACAG  50

seq1  AACAAATAAAAAACCAACCAACCAAAAACAAGCACCAACACCAACAACAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAAATAAAAAACCAACCAACCAAAAACAAGCACCAACACCAACAACAA  100

seq1  ATATCCCAATGCTGAGAACCTATTTTGCAACCACTAAACTGTAATTTCTT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATCCCAATGCTGAGAACCTATTTTGCAACCACTAAACTGTAATTTCTT  150

seq1  ATTCTGCATTAGAATGTCTTCAAAGATGCTTAGACCACTCCATTACACAG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCTGCATTAGAATGTCTTCAAAGATGCTTAGACCACTCCATTACACAG  200

seq1  CTGAGGTTAATGTGGCTAAGATATGTTCTAGGGGCTAGAGGTGATACTAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAGGTTAATGTGGCTAAGATATGTTCTAGGGGCTAGAGGTGATACTAG  250

seq1  ACATCAGGTCCTCCCATGGCAAAGACTCTCAGTTCTGCAGTAAAAACCTA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATCAGGTCCTCCCATGGCAAAGACTCTCAGTTCTGCAGTAAAAACCTA  300

seq1  GCTCTCTTCTGAGGAACAGTGCCTGGCATACATGAGGGTAGGGTTTGCTG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCTCTTCTGAGGAACAGTGCCTGGCATACATGAGGGTAGGGTTTGCTG  350

seq1  AATTAAGAAGTGATAGGCCTAGGTGAGAGCTGGATTGTTGGTGGCAAATA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTAAGAAGTGATAGGCCTAGGTGAGAGCTGGATTGTTGGTGGCAAATA  400

seq1  GTGGGGCTTCACTCAGAATCCCTGTTTTGTGTCCACTTGCCAAGCTAGTT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGGGCTTCACTCAGAATCCCTGTTTTGTGTCCACTTGCCAAGCTAGTT  450

seq1  AAGTGAGTGACTTTGAACCCTTTGGGGTACATTCCTTTCCTTGGAAAAGG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTGAGTGACTTTGAACCCTTTGGGGTACATTCCTTTCCTTGGAAAAGG  500

seq1  AACTCTCGTTAACACCCATGTTGCAGGGACAAGGAGAGGTTGATGTATGT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTCTCGTTAACACCCATGTTGCAGGGACAAGGAGAGGTTGATGTATGT  550

seq1  GTATGTATCATGCTGGTGACAGTGTCTGGTTTACAGTGAGTTCTGATCAG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATGTATCATGCTGGTGACAGTGTCTGGTTTACAGTGAGTTCTGATCAG  600

seq1  TATTAGCGATTAGCATGGTGAGGCCTGGTGATGAATGTGAGCTGTGTACC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTAGCGATTAGCATGGTGAGGCCTGGTGATGAATGTGAGCTGTGTACC  650

seq1  AGGGACTTCCAAAGCATCTCAGATTGCTGGGCTCACTCTGCAAGGGCTCA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGACTTCCAAAGCATCTCAGATTGCTGGGCTCACTCTGCAAGGGCTCA  700

seq1  GTGTAGAGCTTGTACCTAGGGCACAAGAAAATGAACATAGCATCCCTTTA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTAGAGCTTGTACCTAGGGCACAAGAAAATGAACATAGCATCCCTTTA  750

seq1  TGCTGAGGAAAAAGGAAAGAGAAAGAACTAGAGAGGGAGAAGGGTGGGAT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTGAGGAAAAAGGAAAGAGAAAGAACTAGAGAGGGAGAAGGGTGGGAT  800

seq1  G-AAAGGTACACGAGGCGTGAGGTCCTGTCCGATAATCTTTAACTTAAAG  849
      | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAAGGTACACGAGGCGTGAGGTCCTGTCCGATAATCTTTAACTTAAAG  850

seq1  GAGTAAGAAATGGCCAAAAATGTCCCTGTATATCTATCTATCTATCTATC  899
      |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
seq2  GAGTAAGAAATGGCCAAAAATGTCCCTG-ATATCTATCTATCTATCTATC  899

seq1  TATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCAT  949
      |||||||||||||||||||| ||||||||||||| | ||| ||| |||||
seq2  TATCTATCTATCTATCTATC-ATCTATCTATCTA-CCATC-ATC-ATCAT  945

seq1  CTTTCATAAAAACATCTGCATCCTCAGCCACTTCTTGCTCTTTTGTGGTC  999
      | ||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||| |||||||| 
seq2  C-TTCATAAAAACATCTGCATCCTCAG-CACTTC-TGCTC-TTTGTGGT-  990

seq1  CTGCTTCTCACTATAGCAGGGCTTTACTTAGTCATCAACTTGCCAGCCCT  1049
      |||||| ||||||||||| ||||| || || |||| |||||| ||| |||
seq2  CTGCTT-TCACTATAGCA-GGCTTAAC-TAATCAT-AACTTG-CAG-CCT  1034

seq1  ACCTACACCCAGATCACTGAAGCACTTATTCA  1081
      |||||||||||||||| |||| ||||||||||
seq2  ACCTACACCCAGATCA-TGAA-CACTTATTCA  1064