BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-116J16
Chromosome9 (Build37)
Map Location 46,261,971 - 46,377,576
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneDscaml1, Cep164, LOC640094, Bace1, Rnf214, Pcsk7, Tagln, Sidt2, Pafah1b2, 2610005M20Rik, BC033915, Apoa1, Apoc3, Apoa4, Apoa5, Zfp259, Bud13, 4931429L15Rik, LOC100042722
Downstream geneEG667890, 2900052N01Rik, D930036J05, Cadm1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-116J16.bB6Ng01-116J16.g
ACCDH921561DH921562
length1,0561,016
definitionDH921561|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-116J16, 5' end.DH921562|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-116J16, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(46,376,520 - 46,377,576)(46,261,971 - 46,262,990)
sequence
gaattcctaagagagtggaaggcaacacaggaagccagagagaggaaagg
ggccaccctcactcttaatacagcaacttgatcttactaaaactaattca
gtcctcaagagcagcacataggcccttccaatggcagtagcctatgattt
aatttccttgaattatttcttactttgactttttctgttttagacaggat
ctcactatgtgagacaggctagcttcaaactcacagcaatcctcccattg
ctgccttctgagtgttgagattacaaatatgtgccaccacacccagccta
ggtcttactctttaaatctccatcacacactgttatactggggatcaagc
ttctaccatataaagcaaagaacaagactgtagccagccaggcatggtag
cgcattcttataatcctgtcacttggagaaagctgaggcagaaggatcct
aagttcaagaccaggctggactctatagtgacctcaactgcaaaaggcaa
aaacaggaggcttagtggtttggaacacttgctgctcttgtagacttctg
tccccagcaactacagggtggctcataaccatccatgactccactatcag
gagctctgacaccctcttctgacttcctagggaactaggcatttgcatgg
tgttgtcaaaccactcatatacataaataactgttttaaatgatgctaaa
gtaaatataattgctttatatttactttaaatataaatttacttaaacta
taattcagcaattaatgtttcattattatttattttacttaaacatgatc
tacatatatatttcatgaatacccgtttagttaatgtaagtgagcaaact
ccatgatctagtttgtaaagaaacatggagaacttttgcccatgttttaa
caattaaccaagaaatttttctgtggtctttggcagcactaggcatcctc
tcaagctattttccttgtactgggttacagtttgtgggatagccctcacc
aaagcaaggactcagacttttaacatgctctgtgtgtgtgtgttgggggg
gtatgc
gaattcacagaacactgatagccaagtccccgaatcccacatagctccca
aactgggtattctccaagcagagagcatgagagggaaggtgatcctgatg
catccaggttctttgctgggctgagttttggggctaacaatggagagata
ttctttctcctgctaccctagtgaggggacacccatcccgcctctgatgg
cattgctctgtccttaccaggcttttggcttctatttgataaactatctg
caaagcaggaaggactcattggtgtggacagagtattttgggggctgttg
gtaagggatcaaagaatcggactgaagagaagaagaaagcttttggccag
atggaactggcgagctagagtggacttgaaatctagggggctgggttcaa
gtagaggactagagataagggaggggactctgatagggcacaatgaggga
catgggattggactgtgacagctggaaccaggacagactagactgatatc
tggggtagcgtatagtattaagccactgctctttggatagttttggacct
taggcccactgaggccattacctctacagtattgatcaggttgtgagggg
aggcaagccatgcctcaggtctgtatgtatgtcacagggtatgtgctgtt
gagggggacttttgctttccgagctcccagaggccagtgctgctttcctg
aagcaagagtcagggcatcacacatagctgggcttcatgctggcttccgg
gctgagtgctctggatgtcaacatcactttgggcagggcctttcttcctc
ttcccagggttttcaaagactttcctgctgcctttggcccaaagctggtc
tcaagcgagtggcatgctgttatagacaaggcagatctcaccacttgcca
ttgtgatgtgctggtgcttagacccagacacactaggatcaaccccagct
ctctgttgagaatcaaggacggggcaactgtgggttaaagctcctggagt
gggatgtgtggggggg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr9_46376520_46377576
seq2: B6Ng01-116J16.b_45_1100 (reverse)

seq1  GCATACCCCCCC-ACACACACACACAGAGCATGTTAAAAGTCTGAGTCCT  49
      |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATACCCCCCCAACACACACACACAGAGCATGTTAAAAGTCTGAGTCCT  50

seq1  TGCTTTGGTGAAGGCTAACCCACAAACTGTAAAACCAGTTACAAGGAAAA  99
      ||||||||||| ||||| |||||||||||| || |||| |||||||||||
seq2  TGCTTTGGTGAGGGCTATCCCACAAACTGT-AACCCAG-TACAAGGAAAA  98

seq1  TAGCTTGAGAGGATGCCTAGTGCTGCCAAAGACCACAGAAAAATTTCTTG  149
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCTTGAGAGGATGCCTAGTGCTGCCAAAGACCACAGAAAAATTTCTTG  148

seq1  GTTAATTGTTAAAACATGGGCAAAAGTTCTCCATGTTTCTTTACAAACTA  199
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTAATTGTTAAAACATGGGCAAAAGTTCTCCATGTTTCTTTACAAACTA  198

seq1  GATCATGGAGTTTTGCTCACTTACATTAACT-AACGGGTATTCATGAAAT  248
      |||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
seq2  GATCATGGAG-TTTGCTCACTTACATTAACTAAACGGGTATTCATGAAAT  247

seq1  ATATATGTAGATCATGTTTAAGTAAAATAAATAATAATGAAACATTAATT  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATATGTAGATCATGTTTAAGTAAAATAAATAATAATGAAACATTAATT  297

seq1  GCTGAATTATAGTTTAAGTAAATTTATATTTAAAGTAAATATAAAGCAAT  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGAATTATAGTTTAAGTAAATTTATATTTAAAGTAAATATAAAGCAAT  347

seq1  TATATTTACTTTAGCATCATTTAAAACAGTTATTTATGTATATGAGTGGT  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATATTTACTTTAGCATCATTTAAAACAGTTATTTATGTATATGAGTGGT  397

seq1  TTGACAACACCATGCAAATGCCTAGTTCCCTAGGAAGTCAGAAGAGGGTG  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGACAACACCATGCAAATGCCTAGTTCCCTAGGAAGTCAGAAGAGGGTG  447

seq1  TCAGAGCTCCTGATAGTGGAGTCATGGATGGTTATGAGCCACCCTGTAGT  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGAGCTCCTGATAGTGGAGTCATGGATGGTTATGAGCCACCCTGTAGT  497

seq1  TGCTGGGGACAGAAGTCTACAAGAGCAGCAAGTGTTCCAAACCACTAAGC  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTGGGGACAGAAGTCTACAAGAGCAGCAAGTGTTCCAAACCACTAAGC  547

seq1  CTCCTGTTTTTGCCTTTTGCAGTTGAGGTCACTATAGAGTCCAGCCTGGT  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCTGTTTTTGCCTTTTGCAGTTGAGGTCACTATAGAGTCCAGCCTGGT  597

seq1  CTTGAACTTAGGATCCTTCTGCCTCAGCTTTCTCCAAGTGACAGGATTAT  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGAACTTAGGATCCTTCTGCCTCAGCTTTCTCCAAGTGACAGGATTAT  647

seq1  AAGAATGCGCTACCATGCCTGGCTGGCTACAGTCTTGTTCTTTGCTTTAT  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAATGCGCTACCATGCCTGGCTGGCTACAGTCTTGTTCTTTGCTTTAT  697

seq1  ATGGTAGAAGCTTGATCCCCAGTATAACAGTGTGTGATGGAGATTTAAAG  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGTAGAAGCTTGATCCCCAGTATAACAGTGTGTGATGGAGATTTAAAG  747

seq1  AGTAAGACCTAGGCTGGGTGTGGTGGCACATATTTGTAATCTCAACACTC  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTAAGACCTAGGCTGGGTGTGGTGGCACATATTTGTAATCTCAACACTC  797

seq1  AGAAGGCAGCAATGGGAGGATTGCTGTGAGTTTGAAGCTAGCCTGTCTCA  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAGGCAGCAATGGGAGGATTGCTGTGAGTTTGAAGCTAGCCTGTCTCA  847

seq1  CATAGTGAGATCCTGTCTAAAACAGAAAAAGTCAAAGTAAGAAATAATTC  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATAGTGAGATCCTGTCTAAAACAGAAAAAGTCAAAGTAAGAAATAATTC  897

seq1  AAGGAAATTAAATCATAGGCTACTGCCATTGGAAGGGCCTATGTGCTGCT  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGAAATTAAATCATAGGCTACTGCCATTGGAAGGGCCTATGTGCTGCT  947

seq1  CTTGAGGACTGAATTAGTTTTAGTAAGATCAAGTTGCTGTATTAAGAGTG  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGAGGACTGAATTAGTTTTAGTAAGATCAAGTTGCTGTATTAAGAGTG  997

seq1  AGGGTGGCCCCTTTCCTCTCTCTGGCTTCCTGTGTTGCCTTCCACTCTCT  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGTGGCCCCTTTCCTCTCTCTGGCTTCCTGTGTTGCCTTCCACTCTCT  1047

seq1  TAGGAATTC  1057
      |||||||||
seq2  TAGGAATTC  1056

seq1: chr9_46261971_46262990
seq2: B6Ng01-116J16.g_70_1085

seq1  GAATTCACAGAACACTGATAGCCAAGTCCCCGAATCCCACATAGCTCCCA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACAGAACACTGATAGCCAAGTCCCCGAATCCCACATAGCTCCCA  50

seq1  AACTGGGTATTCTCCAAGCAGAGAGCATGAGAGGGAAGGTGATCCTGATG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTGGGTATTCTCCAAGCAGAGAGCATGAGAGGGAAGGTGATCCTGATG  100

seq1  CATCCAGGTTCTTTGCTGGGCTGAGTTTTGGGGCTAACAATGGAGAGATA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCCAGGTTCTTTGCTGGGCTGAGTTTTGGGGCTAACAATGGAGAGATA  150

seq1  TTCTTTCTCCTGCTACCCTAGTGAGGGGACACCCATCCCGCCTCTGATGG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTTTCTCCTGCTACCCTAGTGAGGGGACACCCATCCCGCCTCTGATGG  200

seq1  CATTGCTCTGTCCTTACCAGGCTTTTGGCTTCTATTTGATAAACTATCTG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTGCTCTGTCCTTACCAGGCTTTTGGCTTCTATTTGATAAACTATCTG  250

seq1  CAAAGCAGGAAGGACTCATTGGTGTGGACAGAGTATTTTGGGGGCTGTTG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAGCAGGAAGGACTCATTGGTGTGGACAGAGTATTTTGGGGGCTGTTG  300

seq1  GTAAGGGATCAAAGAATCGGACTGAAGAGAAGAAGAAAGCTTTTGGCCAG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAAGGGATCAAAGAATCGGACTGAAGAGAAGAAGAAAGCTTTTGGCCAG  350

seq1  ATGGAACTGGCGAGCTAGAGTGGACTTGAAATCTAGGGGGCTGGGTTCAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGAACTGGCGAGCTAGAGTGGACTTGAAATCTAGGGGGCTGGGTTCAA  400

seq1  GTAGAGGACTAGAGATAAGGGAGGGGACTCTGATAGGGCACAATGAGGGA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGAGGACTAGAGATAAGGGAGGGGACTCTGATAGGGCACAATGAGGGA  450

seq1  CATGGGATTGGACTGTGACAGCTGGAACCAGGACAGACTAGACTGATATC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGGGATTGGACTGTGACAGCTGGAACCAGGACAGACTAGACTGATATC  500

seq1  TGGGGTAGCGTATAGTATTAAGCCACTGCTCTTTGGATAGTTTTGGACCT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGGTAGCGTATAGTATTAAGCCACTGCTCTTTGGATAGTTTTGGACCT  550

seq1  TAGGCCCACTGAGGCCATTACCTCTACAGTATTGATCAGGTTGTGAGGGG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGCCCACTGAGGCCATTACCTCTACAGTATTGATCAGGTTGTGAGGGG  600

seq1  AGGCAAGCCATGCCTCAGGTCTGTATGTATGTCACAGGGTATGTGCTGTT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCAAGCCATGCCTCAGGTCTGTATGTATGTCACAGGGTATGTGCTGTT  650

seq1  GAGGGGGACTTTTGCTTTCCGAGCTCCCAGAGGCCAGTGCTGC-TTCCTG  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
seq2  GAGGGGGACTTTTGCTTTCCGAGCTCCCAGAGGCCAGTGCTGCTTTCCTG  700

seq1  AAGCAAGAGTCAGGGCATCACACATAGCTGGGCTTCATGCTGGCTTCCGG  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCAAGAGTCAGGGCATCACACATAGCTGGGCTTCATGCTGGCTTCCGG  750

seq1  GCTGAGTGCTCTGGATGTCAACATCACTTTGGGCAGGGCCTTTCTTCCTC  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGAGTGCTCTGGATGTCAACATCACTTTGGGCAGGGCCTTTCTTCCTC  800

seq1  TTCCCAGGGTTTTCAAAGACTTTCCTGCTGCCTTTGGCCCAAAGCTGGTC  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
seq2  TTCCCAGGGTTTTCAAAGACTTTCCTGCTGCCTTTGGCCCAAAGCTGGT-  849

seq1  CTCAAGCGAGTGGCATGCTGTTTATAGACAAGGCAGATCTCACCACTTGC  899
      |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAAGCGAGTGGCATGCTG-TTATAGACAAGGCAGATCTCACCACTTGC  898

seq1  CATTGTGATGTGCTGGTGCTTAGACCCAGACACACTAGGATCAAACCCCA  949
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
seq2  CATTGTGATGTGCTGGTGCTTAGACCCAGACACACTAGGATC-AACCCCA  947

seq1  GCTCTCTGTTGAGAAACAAGGACGGGGCAACTGTGGGTCAGAGCTCCCTG  999
      ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| | |||| ||||
seq2  GCTCTCTGTTGAGAATCAAGGACGGGGCAACTGTGGGTTAAAGCT-CCTG  996

seq1  GAGTGTGTATGTGTGTGGGGG  1020
      ||||| | ||||||| |||||
seq2  GAGTG-GGATGTGTGGGGGGG  1016