BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-117M03
Chromosome9 (Build37)
Map Location 98,242,892 - 98,348,280
singlet/doubletdoublet
Overlap geneNmnat3, Rbp1
Upstream geneTrim42, Clstn2, LOC667298
Downstream geneRbp2, 4930579K19Rik, Copb2, Mrps22, EG623166, EG623186, 2410012M07Rik, LOC546155, LOC100040370, 7420426K07Rik, LOC100040380, LOC667347, Foxl2os, Foxl2, Faim, Gm1123, Pik3cb, LOC100040442, LOC100040757, EG623459, Cep70, D9Ertd280e, Mras
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-117M03.bB6Ng01-117M03.g
ACCDH922415DH922416
length1,127929
definitionDH922415|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-117M03, 5' end.DH922416|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-117M03, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(98,347,131 - 98,348,280)(98,242,892 - 98,243,741)
sequence
gaattcagctgggatgattggttggctgtcaggttagtcagcagggtctt
ccacatgagtattttcttatttcaattattttctctatccttaaaccctt
ccagagctggcatattctctctggacagaacctaggatcttatgaatgct
agtcaagggctctcccatacagccatatcgcccagtttcttttttataaa
tatttttaatgtaattttatgtgtggctttgtgtctgagtgcataggtac
acacataccatgtgtgcacaggagcccaaggtggccagaataggatattc
agtcaactggcatctgagttacaggtggtaaaaagccaccatgtgtgtgt
tcagacatgatctggctcctctgaaagagcaatatgcactctgaactgct
aagctatctctccatcctcttctctaagtttctttacagcaatggtggca
tggcccacaatcacacttgagtgtgaagttgaggctgctctccctttcct
agagagatttaccaagttatggctcatttagcacggtgagaatggcttgg
catcagcccccagtgggtaggtgaagtcaaatccaatcagtaactttgcc
ccattctagctttggatgaaaatcctgtccatttcctttcttttaaaaaa
tatttattttatgtatatgaggacactgtagctgtacagatggttgtgag
ccatccctccgaccccacttgccccagatcaaagatttatttgttgttat
atgtaagtacactgtagctgtcttcagacatcccagaagagagcatcaga
tctcattagggatagtagtgagccaccatgtggttgctgggatttgaatt
cacgacctttggaagagcagtcagtgctcttaaccgctgagccatctctc
cagccctgtccattttctttctattcatagatacactgggatatctcttg
ggtgcaccgtgcactttgaagccagattctgctggcagcacccgttaggc
tttctgtgcttgatgatgcgactctgcttcatagcatcactacactgtgc
tggtgatgagtgatggtggaagaagtattaccccagctgatgaatcaatc
atgccactgcatgcagctgcctctagg
gaattcatccttatctttctagatgatggaagctacaaggttgcatagga
gacggcttatgtcagaccaagatctcaaatttaagtctagttttatcact
agtaactgttatcctgggaccagaatgaatccccacaatcttggcccttc
ctctcgcctagactccgaactgagagctttttggggagtttggatgttac
aggttttggcttcctggataaacagagctggctaagcttctctatgaagt
tctcaagaaggctcacgctgaaggtcttaaccaaatagaatggtccccag
aatcatgaggggaccttccggaaacttaaggagaagtttacttaaggata
tagtgtggggagcgggtgtggcggcagtcccaaaggtgccagggactgca
gctaagtcatatgacttgcacctgacttcctcatataagacacaaacatc
ttgagtgctgcacaggtgtaccaggatacaggtgaatccaatttggtgga
gatttgcccctgctgccctgattagctgaagcctcgtgactggcgagggg
gcgtggcctgcggtgtgtggatgagagagagtataaaagagtgagaggcc
cagggttcgggggagatataaaaacaagggagatataaaaacaagggaga
tataaaaacaagggagatataaacaggggagatataaacaagggagatat
atggagaaagaagaaacaggactgaataaacgtgtgcagaaggatcctgt
agcagcgtcgtttcttcctggccagttgggctcgcgtaagagttggtgct
ggaaatccgggaagaaagacccgggacgagaaaacccgggacgagaagac
ctgggacgagaaatcctggaaaggaacatcttcaggcatgagcgagaccc
cctgctacaggaagattcagaactgcatc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr9_98347131_98348280
seq2: B6Ng01-117M03.b_48_1174 (reverse)

seq1  CCTAGAGGCAGCTTGGCACTGCAGTGTGCATGATTTGGTATCTATCAGCT  50
      |||||||||||||  ||| ||||||| ||||||||    ||  |||||||
seq2  CCTAGAGGCAGCT--GCA-TGCAGTG-GCATGATT---GATTCATCAGCT  43

seq1  GGGTGTTAAATACTTTCTTTCCACATCACTCATCCAACCCAAGCCACAGT  100
      ||| ||  ||||| ||||| |  |||||||||||  |||  || ||||||
seq2  GGG-GT--AATAC-TTCTTCCACCATCACTCATC--ACC--AG-CACAGT  84

seq1  GTAGTGATGCTATGGAAGCAGGAGTCGCCATCAACCAAGGCACAGAAAGC  150
      ||||||||||||| |||||| |||||| ||||| |  | |||||||||||
seq2  GTAGTGATGCTAT-GAAGCA-GAGTCG-CATCATC--AAGCACAGAAAGC  129

seq1  CTAACGGGTGCTGGCCAGCAGAATCTGGCTTCAAAGTGCACGGTGCACCC  200
      |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAACGGGTGCT-GCCAGCAGAATCTGGCTTCAAAGTGCACGGTGCACCC  178

seq1  AAGAGATATTCCAGTGTTATCTATGAATAGAAAGAAAATGGACAGGGCTG  250
      ||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAGATATCCCAGTG-TATCTATGAATAGAAAGAAAATGGACAGGGCTG  227

seq1  GAGAGATGGCTCAGCGGTTAAGAGCACTGACTGCTCTTCCAAAGGTCCTG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
seq2  GAGAGATGGCTCAGCGGTTAAGAGCACTGACTGCTCTTCCAAAGGTCGTG  277

seq1  AATTCAAATCCCAGCAACCACATGGTGGCTCACTACTATCCCTAATGAGA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTCAAATCCCAGCAACCACATGGTGGCTCACTACTATCCCTAATGAGA  327

seq1  TCTGATGCTCTCTTCTGGGATGTCTGAAGACAGCTACAGTGTACTTACAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGATGCTCTCTTCTGGGATGTCTGAAGACAGCTACAGTGTACTTACAT  377

seq1  ATAACAACAAATAAATCTTTGATCTGGGGCAAGTGGGGTCGGAGGGATGG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAACAACAAATAAATCTTTGATCTGGGGCAAGTGGGGTCGGAGGGATGG  427

seq1  CTCACAACCATCTGTACAGCTACAGTGTCCTCATATACATAAAATAAATA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCACAACCATCTGTACAGCTACAGTGTCCTCATATACATAAAATAAATA  477

seq1  TTTTTTAAAAGAAAGGAAATGGACAGGATTTTCATCCAAAGCTAGAATGG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTTAAAAGAAAGGAAATGGACAGGATTTTCATCCAAAGCTAGAATGG  527

seq1  GGCAAAGTTACTGATTGGATTTGACTTCACCTACCCACTGGGGGCTGATG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCAAAGTTACTGATTGGATTTGACTTCACCTACCCACTGGGGGCTGATG  577

seq1  CCAAGCCATTCTCACCGTGCTAAATGAGCCATAACTTGGTAAATCTCTCT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAGCCATTCTCACCGTGCTAAATGAGCCATAACTTGGTAAATCTCTCT  627

seq1  AGGAAAGGGAGAGCAGCCTCAACTTCACACTCAAGTGTGATTGTGGGCCA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAAAGGGAGAGCAGCCTCAACTTCACACTCAAGTGTGATTGTGGGCCA  677

seq1  TGCCACCATTGCTGTAAAGAAACTTAGAGAAGAGGATGGAGAGATAGCTT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCACCATTGCTGTAAAGAAACTTAGAGAAGAGGATGGAGAGATAGCTT  727

seq1  AGCAGTTCAGAGTGCATATTGCTCTTTCAGAGGAGCCAGATCATGTCTGA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAGTTCAGAGTGCATATTGCTCTTTCAGAGGAGCCAGATCATGTCTGA  777

seq1  ACACACACATGGTGGCTTTTTACCACCTGTAACTCAGATGCCAGTTGACT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACACACATGGTGGCTTTTTACCACCTGTAACTCAGATGCCAGTTGACT  827

seq1  GAATATCCTATTCTGGCCACCTTGGGCTCCTGTGCACACATGGTATGTGT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATATCCTATTCTGGCCACCTTGGGCTCCTGTGCACACATGGTATGTGT  877

seq1  GTACCTATGCACTCAGACACAAAGCCACACATAAAATTACATTAAAAATA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTACCTATGCACTCAGACACAAAGCCACACATAAAATTACATTAAAAATA  927

seq1  TTTATAAAAAAGAAACTGGGCGATATGGCTGTATGGGAGAGCCCTTGACT  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATAAAAAAGAAACTGGGCGATATGGCTGTATGGGAGAGCCCTTGACT  977

seq1  AGCATTCATAAGATCCTAGGTTCTGTCCAGAGAGAATATGCCAGCTCTGG  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCATTCATAAGATCCTAGGTTCTGTCCAGAGAGAATATGCCAGCTCTGG  1027

seq1  AAGGGTTTAAGGATAGAGAAAATAATTGAAATAAGAAAATACTCATGTGG  1100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGGTTTAAGGATAGAGAAAATAATTGAAATAAGAAAATACTCATGTGG  1077

seq1  AAGACCCTGCTGACTAACCTGACAGCCAACCAATCATCCCAGCTGAATTC  1150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGACCCTGCTGACTAACCTGACAGCCAACCAATCATCCCAGCTGAATTC  1127

seq1: chr9_98242892_98243741
seq2: B6Ng01-117M03.g_69_918

seq1  GAATTCATCCTTATCTTTCTAGATGATGGAAGCTACAAGGTTGCATAGGA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATCCTTATCTTTCTAGATGATGGAAGCTACAAGGTTGCATAGGA  50

seq1  GACGGCTTATGTCAGACCAAGATCTCAAATTTAAGTCTAGTTTTATCACT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACGGCTTATGTCAGACCAAGATCTCAAATTTAAGTCTAGTTTTATCACT  100

seq1  AGTAACTGTTATCCTGGGACCAGAATGAATCCCCACAATCTTGGCCCTTC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTAACTGTTATCCTGGGACCAGAATGAATCCCCACAATCTTGGCCCTTC  150

seq1  CTCTCGCCTAGACTCCGAACTGAGAGCTTTTTGGGGAGTTTGGATGTTAC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTCGCCTAGACTCCGAACTGAGAGCTTTTTGGGGAGTTTGGATGTTAC  200

seq1  AGGTTTTGGCTTCCTGGATAAACAGAGCTGGCTAAGCTTCTCTATGAAGT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTTTTGGCTTCCTGGATAAACAGAGCTGGCTAAGCTTCTCTATGAAGT  250

seq1  TCTCAAGAAGGCTCACGCTGAAGGTCTTAACCAAATAGAATGGTCCCCAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCAAGAAGGCTCACGCTGAAGGTCTTAACCAAATAGAATGGTCCCCAG  300

seq1  AATCATGAGGGGACCTTCCGGAAACTTAAGGAGAAGTTTACTTAAGGATA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCATGAGGGGACCTTCCGGAAACTTAAGGAGAAGTTTACTTAAGGATA  350

seq1  TAGTGTGGGGAGCGGGTGTGGCGGCAGTCCCAAAGGTGCCAGGGACTGCA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTGTGGGGAGCGGGTGTGGCGGCAGTCCCAAAGGTGCCAGGGACTGCA  400

seq1  GCTAAGTCATATGACTTGCACCTGACTTCCTCATATAAGACACAAACATC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTAAGTCATATGACTTGCACCTGACTTCCTCATATAAGACACAAACATC  450

seq1  TTGAGTGCTGCACAGGTGTACCAGGATACAGGTGAATCCAATTTGGTGGA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAGTGCTGCACAGGTGTACCAGGATACAGGTGAATCCAATTTGGTGGA  500

seq1  GATTTGCCCCTGCTGCCCTGATTAGCTGAAGCCTCGTGACTGGCGAGGGG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTTGCCCCTGCTGCCCTGATTAGCTGAAGCCTCGTGACTGGCGAGGGG  550

seq1  GCGTGGCCTGCGGTGTGTGGATGAGAGAGAGTATAAAAGAGTGAGAGGCC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCGTGGCCTGCGGTGTGTGGATGAGAGAGAGTATAAAAGAGTGAGAGGCC  600

seq1  CAGGGTTCGGGGGAGATATAAAAACAAGGGAGATATAAAAACAAGGGAGA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGGTTCGGGGGAGATATAAAAACAAGGGAGATATAAAAACAAGGGAGA  650

seq1  TATAAAAACAAGGGAGATATAAACAGGGGAGATATAAACAAGGGAGATAT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAAAAACAAGGGAGATATAAACAGGGGAGATATAAACAAGGGAGATAT  700

seq1  ATGGAGAAAGAAGAAACAGGACTGAATAAACGTGTGCAGAAGGATCCTGT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGAGAAAGAAGAAACAGGACTGAATAAACGTGTGCAGAAGGATCCTGT  750

seq1  AGCAGCGTCG-TTCTTCCTGGCCAGTTGGGCTCGCGTAAGAGTTGGTGCT  799
      |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAGCGTCGTTTCTTCCTGGCCAGTTGGGCTCGCGTAAGAGTTGGTGCT  800

seq1  GGAAATCCGGGAAGAAAAGACCCGGGACGAGAAAACCCGGGACGAGAAGA  849
      |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAATCCGGGAAG-AAAGACCCGGGACGAGAAAACCCGGGACGAGAAGA  849

seq1  C  850
      |
seq2  C  850