BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-118J21
Chromosome9 (Build37)
Map Location 94,561,520 - 94,649,288
singlet/doubletdoublet
Overlap geneSlc9a9
Upstream geneLOC674371, LOC384967, EG384968, 1190002N15Rik, EG667601
Downstream geneChst2, LOC667088, 2610101N10Rik, LOC100040097, Paqr9, Pcolce2, Trpc1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-118J21.bB6Ng01-118J21.g
ACCDH923047DH923048
length1,0291,205
definitionDH923047|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-118J21, 5' end.DH923048|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-118J21, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(94,648,761 - 94,649,288)(94,561,520 - 94,562,741)
sequence
gaattcttcctgctccctccccagtgttgggttttgtttcgacatagaga
aatccagaggcacttgacttgctttatggcactggacaagtggtaattat
ctgtctataattcccttgaggggagctgatgtttcaataaattataagag
ctgggcttgagtggtttacagcaccatcaaactcttgctatggatgtata
atcttacagccacaacttactagggaatagatgtttgcacaatgggtgat
ttaggagcctcaaccttctcagagagcacggagaactgtcaggcaggcta
tctccagctgccaccaaaccatccccaaacaacactgaagacagtggtgt
ctcaatgagttaccaagttgaacacattagatccccctagtatatataaa
taaaagatttggtgatatcttccctaaaacacttatgtggctgcaggcac
gttctctcgcatgtttcatctgttcataccatctcagaacagagaatttt
atacagtgcatccatagacacaaagaaagaagaacacttagatcagtggt
gctcggcctgtgggtggtgatcctttgggggtcaaaaggtccttttacag
gggttgcctaagaccaccggaaagcacagatatttacttaatgattcatt
tttattattattataactttattagatattttctttatatacatttcaaa
tgctatcccgaaagttccctatactctccctctgccctgctcccctaccc
acccactcccacttcttggccctggcatacccctgtactggggcatataa
agtttacaataacaaggggcctctcttcccaatgatggccgactaggcca
tcttctgctacatacacagctagagacacgagctctggggggtactggtt
agttcatattgttgttccacctttagggttgcagacacctttcagttcct
tgggtactttctctagctcctctactgggagccctgtgttccatcctata
gatgattgttagcatccacttctgtattt
gaattcaatgctagcctgggctatatatatagtgagtttcaggccagcca
gagctacgtagcaagactttgtctctcaagagtaaaaccaaacaaaaaca
agaacctcatataattgagattaatgctttaagtactgaatatattgttt
caagtccatttaggctcactttaaagtgatgtagtttgagctacttatgc
aaaaactcactgcaactggtgaggagcatcacttggaagtttaaaaagct
ccactggaatgaatggtccccttttgatatggatggagttaaggaaactt
ctcacccatctaggacttgatttagagcactgaacacagaggtcttagcg
gggtacagcgagagttctcatgagtacaggagctgctagatctggtgtgg
ctggtttccaggtatggaccacactgctggaattctgaaaatggtcccca
gtgtgcattgcttagcatcagtgtaagaaacagccttaggatttttctgg
tggccctatctccagtaccctatccccctgaagccccttcataagaaaaa
gcaaaggcaaaggcagcctttgtactttcacctttcggccccaccatagc
cccccactttcccataacttgtcacctacctcctagagcttactttgttc
tagcctattgtttgatttcaagtgtgtttaacagacaggagagggagatc
tgttgctattgctccagatgtgctcacagccccatctccatacctagttc
cctagtccttggaagagggcacttatgctaaatctcatttacatcactaa
gcactcactttgcattcctgtgatgcccctgcaaagcacttacacccagt
acatttgcattccccttctgtcaaaggaacctccgtcactaatttccatc
gggatcaattactaaacttcaaaggatggagagtctgattcccttcacta
taacagtggtttagaccaactccttccaaagcacaaaggctttaaaacaa
ataattgagaacccctttgttcctcttcccacattttcacaatggtcatg
caggacagaatgcttatctaaactgtgacttgtagaagtgctgactgctt
cagcgtctgcttgatccctggaacggaaccaatctgaggaacaagcacta
cacttgatatgacacctttgacggattgagttctagcattcaatcagagg
taatc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr9_94648761_94649288
seq2: B6Ng01-118J21.b_47_574 (reverse)

seq1  TTTCTTTGTGTCTATGGATGCACTGTATAAAATTCTCTGTTCTGAGATGG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTTTGTGTCTATGGATGCACTGTATAAAATTCTCTGTTCTGAGATGG  50

seq1  TATGAACAGATGAAACATGCGAGAGAACGTGCCTGCAGCCACATAAGTGT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGAACAGATGAAACATGCGAGAGAACGTGCCTGCAGCCACATAAGTGT  100

seq1  TTTAGGGAAGATATCACCAAATCTTTTATTTATATATACTAGGGGGATCT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAGGGAAGATATCACCAAATCTTTTATTTATATATACTAGGGGGATCT  150

seq1  AATGTGTTCAACTTGGTAACTCATTGAGACACCACTGTCTTCAGTGTTGT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGTGTTCAACTTGGTAACTCATTGAGACACCACTGTCTTCAGTGTTGT  200

seq1  TTGGGGATGGTTTGGTGGCAGCTGGAGATAGCCTGCCTGACAGTTCTCCG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGGGATGGTTTGGTGGCAGCTGGAGATAGCCTGCCTGACAGTTCTCCG  250

seq1  TGCTCTCTGAGAAGGTTGAGGCTCCTAAATCACCCATTGTGCAAACATCT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTCTCTGAGAAGGTTGAGGCTCCTAAATCACCCATTGTGCAAACATCT  300

seq1  ATTCCCTAGTAAGTTGTGGCTGTAAGATTATACATCCATAGCAAGAGTTT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCCCTAGTAAGTTGTGGCTGTAAGATTATACATCCATAGCAAGAGTTT  350

seq1  GATGGTGCTGTAAACCACTCAAGCCCAGCTCTTATAATTTATTGAAACAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGGTGCTGTAAACCACTCAAGCCCAGCTCTTATAATTTATTGAAACAT  400

seq1  CAGCTCCCCTCAAGGGAATTATAGACAGATAATTACCACTTGTCCAGTGC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCTCCCCTCAAGGGAATTATAGACAGATAATTACCACTTGTCCAGTGC  450

seq1  CATAAAGCAAGTCAAGTGCCTCTGGATTTCTCTATGTCGAAACAAAACCC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATAAAGCAAGTCAAGTGCCTCTGGATTTCTCTATGTCGAAACAAAACCC  500

seq1  AACACTGGGGAGGGAGCAGGAAGAATTC  528
      ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACACTGGGGAGGGAGCAGGAAGAATTC  528

seq1: chr9_94561520_94562741
seq2: B6Ng01-118J21.g_71_1275

seq1  GAATTCAATGCTAGCCTGGGCTATATATATAGTGAGTTTCAGGCCAGCCA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAATGCTAGCCTGGGCTATATATATAGTGAGTTTCAGGCCAGCCA  50

seq1  GAGCTACGTAGCAAGACTTTGTCTCTCAAGAGTAAAACCAAACAAAAACA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCTACGTAGCAAGACTTTGTCTCTCAAGAGTAAAACCAAACAAAAACA  100

seq1  AGAACCTCATATAATTGAGATTAATGCTTTAAGTACTGAATATATTGTTT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAACCTCATATAATTGAGATTAATGCTTTAAGTACTGAATATATTGTTT  150

seq1  CAAGTCCATTTAGGCTCACTTTAAAGTGATGTAGTTTGAGCTACTTATGC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGTCCATTTAGGCTCACTTTAAAGTGATGTAGTTTGAGCTACTTATGC  200

seq1  AAAAACTCACTGCAACTGGTGAGGAGCATCACTTGGAAGTTTAAAAAGCT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAACTCACTGCAACTGGTGAGGAGCATCACTTGGAAGTTTAAAAAGCT  250

seq1  CCACTGGAATGAATGGTCCCCTTTTGATATGGATGGAGTTAAGGAAACTT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACTGGAATGAATGGTCCCCTTTTGATATGGATGGAGTTAAGGAAACTT  300

seq1  CTCACCCATCTAGGACTTGATTTAGAGCACTGAACACAGAGGTCTTAGCG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCACCCATCTAGGACTTGATTTAGAGCACTGAACACAGAGGTCTTAGCG  350

seq1  GGGTACAGCGAGAGTTCTCATGAGTACAGGAGCTGCTAGATCTGGTGTGG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTACAGCGAGAGTTCTCATGAGTACAGGAGCTGCTAGATCTGGTGTGG  400

seq1  CTGGTTTCCAGGTATGGACCGCACTGCTGGAATTCTGAAAATGGTCCCCA  450
      |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGTTTCCAGGTATGGACCACACTGCTGGAATTCTGAAAATGGTCCCCA  450

seq1  GTGTGCATTGCTTAGCATCAGTGTAAGAAACAGCCTTAGGATTTTTCTGG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGCATTGCTTAGCATCAGTGTAAGAAACAGCCTTAGGATTTTTCTGG  500

seq1  TGGCCCTATCTCCAGTACCCTATCCCCCTGAAGCCCCTTCATAAGAAAAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCCCTATCTCCAGTACCCTATCCCCCTGAAGCCCCTTCATAAGAAAAA  550

seq1  GCAAAGGCAAAGGCAGCCTTTGTACTTTCACCTTTCGGCCCCACCATAGC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAAAGGCAAAGGCAGCCTTTGTACTTTCACCTTTCGGCCCCACCATAGC  600

seq1  CCCCCACTTTCCCATAACTTGTCACCTACCTCCTAGAGCTTACTTTGTTC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCCACTTTCCCATAACTTGTCACCTACCTCCTAGAGCTTACTTTGTTC  650

seq1  TAGCCTATTGTTTGATTTCAAGTGTGTTTAACAGACAGGAGAGGGAGATC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCCTATTGTTTGATTTCAAGTGTGTTTAACAGACAGGAGAGGGAGATC  700

seq1  TGTTGCTATTGCTCCAGATGTGCTCACAGCCCCATCTCCATACCTAGTTC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTGCTATTGCTCCAGATGTGCTCACAGCCCCATCTCCATACCTAGTTC  750

seq1  CCTAGTCCTTGGAAGAGGGCACTTATGCTAAATCTCATTTACATCACTAA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTAGTCCTTGGAAGAGGGCACTTATGCTAAATCTCATTTACATCACTAA  800

seq1  GCACTCACTTTGCATTCCTGTGATGCCCCTGCAAAGCACTTACACCCAGT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACTCACTTTGCATTCCTGTGATGCCCCTGCAAAGCACTTACACCCAGT  850

seq1  ACATTTGCATTCCCCTTCTGTCAAAGGAACCTCCGTCACTAA-TTCCATC  899
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
seq2  ACATTTGCATTCCCCTTCTGTCAAAGGAACCTCCGTCACTAATTTCCATC  900

seq1  GGGATCAATTACTAAACTTCAAAGGATGGAGAGTCTGATTCCCTTCACTA  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGATCAATTACTAAACTTCAAAGGATGGAGAGTCTGATTCCCTTCACTA  950

seq1  TAACAGTGGTTTAGACCAACTCCTTCCAAAGCACAAAGGCTTTTAAAACA  999
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
seq2  TAACAGTGGTTTAGACCAACTCCTTCCAAAGCACAAAGGC-TTTAAAACA  999

seq1  AATAATTGAGAACCCCTTTGTTCCTCTTCCCACATTTTCACAATGGTCCA  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
seq2  AATAATTGAGAACCCCTTTGTTCCTCTTCCCACATTTTCACAATGGT-CA  1048

seq1  TGCAGGACAGAATGCTTATCTATACTTGTGACCTGTCAGAAGTGGCCTTG  1099
      |||||||||||||||||||||| || |||||| ||| |||||||    ||
seq2  TGCAGGACAGAATGCTTATCTAAAC-TGTGACTTGT-AGAAGTG---CTG  1093

seq1  ACTGCTTCAGCGTCTGCCTTTGATCCCTTGGAACAGGAACC-ATCTGAGG  1148
      |||||||||||||||||  |||||||| |||||| |||||| ||||||  
seq2  ACTGCTTCAGCGTCTGC--TTGATCCC-TGGAAC-GGAACCAATCTGA--  1137

seq1  GGACCAAG-GCATCACCTGATTGAACAACCTTTTGACGGAAGTGAGTTTC  1197
      ||| ||||  |  ||| ||||   |||  | |||||||| | ||||||  
seq2  GGAACAAGCACTACACTTGATATGACA--CCTTTGACGG-ATTGAGTT--  1182

seq1  CTAAGCTTTCAATCAGAGGTTAATC  1222
      || ||| |||||||||||| |||||
seq2  CT-AGCATTCAATCAGAGG-TAATC  1205