BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-119L19
Chromosome9 (Build37)
Map Location 47,037,379 - 47,131,042
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneApoa1, Apoc3, Apoa4, Apoa5, Zfp259, Bud13, 4931429L15Rik, LOC100042722, EG667890, 2900052N01Rik, D930036J05
Downstream geneCadm1, LOC100043303, D930028F11Rik, 4432416J03Rik
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-119L19.bB6Ng01-119L19.g
ACCDH923871DH923872
length1,1711,115
definitionDH923871|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-119L19, 5' end.DH923872|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-119L19, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(47,037,379 - 47,038,538)(47,129,909 - 47,131,042)
sequence
gaattctgtacagtgactggaaatatggcagaactgccctttgagaactg
tgctcgcacctattaatgaactttatctgcggctctaaaacacagccctg
tgtttcaaacacaagcccaggaggctgcacggctcgaatgctgttgtgtt
aattcacacctagttatggtgactggcaccagccttcaacactggtcaga
agaaagctgctggactgctctagaataattactaaggctggatttatttt
ataacaggtgccaggtgttaatatggaggaacacgttttgttctaactca
aagcatgtgccgggggttggggagcaggggctgtgtgcatctgtttgtgt
gcccacatcatgtgactacacacacactcaatttctgtgacttgggaatg
actgtggcatggtagagaaaggaacaataggggaatccagtaacattcaa
gccacgacaggagtctagagtttagatagcattttccatgactcgtgctc
ttgcagtgaatgttcacagtaagaatattcaagtttaagtcagtgaagat
ggtagagctgaccatctgtcccaaataagagccattcccttcgtaatggg
aggaagctacttcccctgtgttttctaaatggtgctgaccaatggcagta
ggctcagtgaccaacgtctaactgcttcagtcagcttctttagatgcctc
ccactatctctttgggtgggttcctaacagcaatgtttgtgagtttcccc
agaatccatcacatataactggcatggggtggacatccacatggatttgt
tccactgatttcccttgtaattcccacctcttagtaataatgatccccaa
attctatcttctgatggtctctctccctgtgggttaagattttctatctg
gttgaccacttgggcagagttgcctggtgttgccccacacatagtttatg
caacaaatccaagggtaattcatctttgccttttacctatgggatctggg
acacttggtcttactggattcacctcccaaatgcattttggaggtcattc
ccttccttcctcaatacggtgctcatgttaagcactctcttggctcagac
acttcttccagcaatccggtgctttgttctttattatggattagcaccaa
tctaacctaaaatggtaggac
gaattccttggtagactggagaagtggttcctggtatgtagccccagggg
cctctgccccatgtccctttgggaggacaccgagctgcagatggttgtac
actcccaggcaaagaacaacgtaaaaacccgctcctcaggtgatggattg
tcagaggcggagcaacagagctatggcttgaccaccccaaagcttccact
cgctaacgtgataattcacagagggacatgcgaagatttcccaactgtgg
ctaagcgattgctgaagacccaaaaacagccacttgggactacttttatg
ttccgctctcggcttagaagcaaatggctaagagacctggacacggatca
aacaaatgtgctaggaaccgaatgccaggcacagaactgccactacttcc
cactgagggcccggcttgctcccctccagccacacaggaggaggacatca
gagaaggctgcagctggcctgggtttgggaaatagttccagtacacagac
atcatggagtggcaggctgtcacctctgtaggacacagtgattaagcaag
aggcaacaagtgatccactctttaaccctactgaagctagaggctggtgg
ccagaggcctgctctgtccccacaggggccattaatagtataggtacagg
gagctctgtttttttccgaggggagggaaggaccccctagaatcactgag
cgaatgagaaggtacctctcaccattagttatttttcttcgcctccagcc
aaaggattagccggcagtggttttgtttaaatcaaaggccactggttggg
gctggggagatggcacagttggtaaagggcttgctgtgcaatcgcaagga
gccaagttcaatctccagaacccatgttaagagagctaggcaggcatccc
ggctcatgtctgtcatccaaacactcagaaaaaaaaaatacttgaggtct
gttaggcagtcagtctagtctaattggtggggttctaggtaaaagtgaga
gacctgttgtttcaaaatcaagctggattcctcctgagaaaacatcaagc
tgactgtgtcttgcatgcacaggaaggtagtacatgatacaggagtctgc
acatcatgtgtccta
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr9_47037379_47038538
seq2: B6Ng01-119L19.b_47_1217

seq1  GAATTCTGTACAGTGACTGGAAATATGGCAGAACTGCCCTTTGAGAACTG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTGTACAGTGACTGGAAATATGGCAGAACTGCCCTTTGAGAACTG  50

seq1  TGCTCGCACCTATTAATGAACTTTATCTGCGGCTCTAAAACACAGCCCTG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTCGCACCTATTAATGAACTTTATCTGCGGCTCTAAAACACAGCCCTG  100

seq1  TGTTTCAAACACAAGCCCAGGAGGCTGCACGGCTCGAATGCTGTTGTGTT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTTCAAACACAAGCCCAGGAGGCTGCACGGCTCGAATGCTGTTGTGTT  150

seq1  AATTCACACCTAGTTATGGTGACTGGCACCAGCCTTCAACACTGGTCAGA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTCACACCTAGTTATGGTGACTGGCACCAGCCTTCAACACTGGTCAGA  200

seq1  AGAAAGCTGCTGGACTGCTCTAGAATAATTACTAAGGCTGGATTTATTTT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAAGCTGCTGGACTGCTCTAGAATAATTACTAAGGCTGGATTTATTTT  250

seq1  ATAACAGGTGCCAGGTGTTAATATGGAGGAACACGTTTTGTTCTAACTCA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAACAGGTGCCAGGTGTTAATATGGAGGAACACGTTTTGTTCTAACTCA  300

seq1  AAGCATGTGCCGGGGGTTGGGGAGCAGGGGCTGTGTGCATCTGTTTGTGT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCATGTGCCGGGGGTTGGGGAGCAGGGGCTGTGTGCATCTGTTTGTGT  350

seq1  GCCCACATCATGTGACTACACACACACTCAATTTCTGTGACTTGGGAATG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCACATCATGTGACTACACACACACTCAATTTCTGTGACTTGGGAATG  400

seq1  ACTGTGGCATGGTAGAGAAAGGAACAATAGGGGAATCCAGTAACATTCAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGTGGCATGGTAGAGAAAGGAACAATAGGGGAATCCAGTAACATTCAA  450

seq1  GCCACGACAGGAGTCTAGAGTTTAGATAGCATTTTCCATGACTCGTGCTC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCACGACAGGAGTCTAGAGTTTAGATAGCATTTTCCATGACTCGTGCTC  500

seq1  TTGCAGTGAATGTTCACAGTAAGAATATTCAAGTTTAAGTCAGTGAAGAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCAGTGAATGTTCACAGTAAGAATATTCAAGTTTAAGTCAGTGAAGAT  550

seq1  GGTAGAGCTGACCATCTGTCCCAAATAAGAGCCATTCCCTTCGTAATGGG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTAGAGCTGACCATCTGTCCCAAATAAGAGCCATTCCCTTCGTAATGGG  600

seq1  AGGAAGCTACTTCCCCTGTGTTTTCTAAATGGTGCTGACCAATGGCAGTA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAAGCTACTTCCCCTGTGTTTTCTAAATGGTGCTGACCAATGGCAGTA  650

seq1  GGCTCAGTGACCAACGTCTAACTGCTTCAGTCAGCTTCTTTAGATGCCTC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTCAGTGACCAACGTCTAACTGCTTCAGTCAGCTTCTTTAGATGCCTC  700

seq1  CCACTATCTCTTTGGGTGGGTTCCTAACAGCAATGTTTGTGAGTTTCCCC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACTATCTCTTTGGGTGGGTTCCTAACAGCAATGTTTGTGAGTTTCCCC  750

seq1  AGAATCCATCACATATAACTGGCATGGGGTGGACATCCACATGGATTTGT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAATCCATCACATATAACTGGCATGGGGTGGACATCCACATGGATTTGT  800

seq1  TCCACTGATTTCCCTTGTAATTCCCACCTCTTAGTAATAATGATCCCCCA  850
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
seq2  TCCACTGATTTCCCTTGTAATTCCCACCTCTTAGTAATAATGAT-CCCCA  849

seq1  AATTCTATCTTCTGATGGTCTCTCTCCCTGTGGGTTAAGATTTTCTATCT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTCTATCTTCTGATGGTCTCTCTCCCTGTGGGTTAAGATTTTCTATCT  899

seq1  GGTTGACCAC-TGGGCAGAGTTGCCT-GTG-TGCCCCACACATAGTTTAT  947
      |||||||||| ||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||
seq2  GGTTGACCACTTGGGCAGAGTTGCCTGGTGTTGCCCCACACATAGTTTAT  949

seq1  GCAACAAATCCAAAGGTAATTCATCTTTGCCTTTTACCTATGGGATCT-G  996
      ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |
seq2  GCAACAAATCCAAGGGTAATTCATCTTTGCCTTTTACCTATGGGATCTGG  999

seq1  GACAACTTGTCTTACTGGATTCACCTCCCAAATGCATTTTG--AGTCATT  1044
      ||||  | |||||||||||||||||||||||||||||||||   ||||||
seq2  GACACTTGGTCTTACTGGATTCACCTCCCAAATGCATTTTGGAGGTCATT  1049

seq1  CCC-TCCTTCCTCAATACGTGGCTCATGTT-AGCA--CTCCTGGCTCAGA  1090
      ||| |||||||||||||||  ||||||||| ||||  ||| |||||||||
seq2  CCCTTCCTTCCTCAATACGGTGCTCATGTTAAGCACTCTCTTGGCTCAGA  1099

seq1  CAC-TCTCCCAGCCAATCCCGTGCTTTG-TCTTTTATATGGATTTAGCAC  1138
      ||| ||| |||| |||||| |||||||| |||||  |||||| |||||||
seq2  CACTTCTTCCAG-CAATCCGGTGCTTTGTTCTTTATTATGGA-TTAGCAC  1147

seq1  C-ATCTAACCTAAAAT-GTAGGAC  1160
      | |||||||||||||| |||||||
seq2  CAATCTAACCTAAAATGGTAGGAC  1171

seq1: chr9_47129909_47131042
seq2: B6Ng01-119L19.g_69_1183 (reverse)

seq1  TAGGACCACATGTATGTGCAGTACTCCTGTATACATGTACTACACATTTT  50
      ||||| |||||| |||||||| |||||||||| ||||||||||     ||
seq2  TAGGA-CACATG-ATGTGCAG-ACTCCTGTAT-CATGTACTAC----CTT  42

seq1  CCTGTGCATGCAGAGACCACAGGTCAGCCTTGAGTGTTTCTCCTCAGGAG  100
      |||||||||||| ||| |||| ||||| ||||| ||||  | ||||||||
seq2  CCTGTGCATGCA-AGA-CACA-GTCAG-CTTGA-TGTT--TTCTCAGGAG  85

seq1  GAATCCAGCTTGATTTTTGAAACAACCAGGTCTCTCACTTTTACCTAGAA  150
      ||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATCCAGCTTGA-TTTTGAAACAA-CAGGTCTCTCACTTTTACCTAGAA  133

seq1  -CTCACCAATTAGGCTAGGCTGGCTGGCTAACAGACCTCAAGGTATTTTT  199
       | |||||||||| |||| ||| ||| |||||||||||||| ||||||||
seq2  CCCCACCAATTAGACTAGACTGACTGCCTAACAGACCTCAA-GTATTTTT  182

seq1  TTTTTCTGAGTGTTTGGATGACAGACATGAGCCGGGATGCCTGCCTAGCT  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTCTGAGTGTTTGGATGACAGACATGAGCCGGGATGCCTGCCTAGCT  232

seq1  CTCTTTAACATGGGTTCTGGAGATTGAACTTGGCTCCTTGCGATTGCACA  299
      ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTC-TTAACATGGGTTCTGGAGATTGAACTTGGCTCCTTGCGATTGCACA  281

seq1  GCAAGCCCTTTACCAACTGTGCCATCTCCCCAGCCCCAACCAAGTGGCCT  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
seq2  GCAAGCCCTTTACCAACTGTGCCATCTCCCCAGCCCCAACC-AGTGGCCT  330

seq1  TTGATTTAAACAAAACCACTGCCGGCTAATCCTTTGGCTGGAGGCGAAGA  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGATTTAAACAAAACCACTGCCGGCTAATCCTTTGGCTGGAGGCGAAGA  380

seq1  AAAATAACTAATGGTGAGAGGTACCTTCTCATTCGCTCAGTGATTCTAGG  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATAACTAATGGTGAGAGGTACCTTCTCATTCGCTCAGTGATTCTAGG  430

seq1  GGGTCCTTCCCTCCCCTCGGAAAAAAACAGAGCTCCCTGTACCTATACTA  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTCCTTCCCTCCCCTCGGAAAAAAACAGAGCTCCCTGTACCTATACTA  480

seq1  TTAATGGCCCCTGTGGGGACAGAGCAGGCCTCTGGCCACCAGCCTCTAGC  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAATGGCCCCTGTGGGGACAGAGCAGGCCTCTGGCCACCAGCCTCTAGC  530

seq1  TTCAGTAGGGTTAAAGAGTGGATCACTTGTTGCCTCTTGCTTAATCACTG  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAGTAGGGTTAAAGAGTGGATCACTTGTTGCCTCTTGCTTAATCACTG  580

seq1  TGTCCTACAGAGGTGACAGCCTGCCACTCCATGATGTCTGTGTACTGGAA  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCCTACAGAGGTGACAGCCTGCCACTCCATGATGTCTGTGTACTGGAA  630

seq1  CTATTTCCCAAACCCAGGCCAGCTGCAGCCTTCTCTGATGTCCTCCTCCT  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATTTCCCAAACCCAGGCCAGCTGCAGCCTTCTCTGATGTCCTCCTCCT  680

seq1  GTGTGGCTGGAGGGGAGCAAGCCGGGCCCTCAGTGGGAAGTAGTGGCAGT  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGGCTGGAGGGGAGCAAGCCGGGCCCTCAGTGGGAAGTAGTGGCAGT  730

seq1  TCTGTGCCTGGCATTCGGTTCCTAGCACATTTGTTTGATCCGTGTCCAGG  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGTGCCTGGCATTCGGTTCCTAGCACATTTGTTTGATCCGTGTCCAGG  780

seq1  TCTCTTAGCCATTTGCTTCTAAGCCGAGAGCGGAACATAAAAGTAGTCCC  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTTAGCCATTTGCTTCTAAGCCGAGAGCGGAACATAAAAGTAGTCCC  830

seq1  AAGTGGCTGTTTTTGGGTCTTCAGCAATCGCTTAGCCACAGTTGGGAAAT  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTGGCTGTTTTTGGGTCTTCAGCAATCGCTTAGCCACAGTTGGGAAAT  880

seq1  CTTCGCATGTCCCTCTGTGAATTATCACGTTAGCGAGTGGAAGCTTTGGG  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCGCATGTCCCTCTGTGAATTATCACGTTAGCGAGTGGAAGCTTTGGG  930

seq1  GTGGTCAAGCCATAGCTCTGTTGCTCCGCCTCTGACAATCCATCACCTGA  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGTCAAGCCATAGCTCTGTTGCTCCGCCTCTGACAATCCATCACCTGA  980

seq1  GGAGCGGGTTTTTACGTTGTTCTTTGCCTGGGAGTGTACAACCATCTGCA  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGCGGGTTTTTACGTTGTTCTTTGCCTGGGAGTGTACAACCATCTGCA  1030

seq1  GCTCGGTGTCCTCCCAAAGGGACATGGGGCAGAGGCCCCTGGGGCTACAT  1099
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCGGTGTCCTCCCAAAGGGACATGGGGCAGAGGCCCCTGGGGCTACAT  1080

seq1  ACCAGGAACCACTTCTCCAGTCTACCAAGGAATTC  1134
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCAGGAACCACTTCTCCAGTCTACCAAGGAATTC  1115