BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-120I22
Chromosome9 (Build37)
Map Location 34,992,577 - 35,115,588
singlet/doubletdoublet
Overlap geneTirap, Foxred1, Srpr, C030004A17Rik, Rpusd4, EG434394
Upstream geneKirrel3, St3gal4, Dcps
Downstream geneCdon, Ddx25, Pus3, EG627480, LOC100042442, Svs7, Gm846, D730048I06Rik, 9230110F15Rik, LOC100041605, 9230113P08Rik, EG546123, LOC100041618, LOC100042485
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-120I22.bB6Ng01-120I22.g
ACCDH924471DH924472
length1,1101,009
definitionDH924471|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-120I22, 5' end.DH924472|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-120I22, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(34,992,577 - 34,993,684)(35,114,578 - 35,115,588)
sequence
gaattcttggacagctagggatacatagtgagatcctatcacaaacaaac
agaaaaaataacaaacagataccagtgaggataggctggactactgagta
cctagtagaaattgagagaaaagaattagatttctgacttgataatcagc
caggcacgatagcttataatgcctaaagcccagcatccggcaagctgaat
gagaaggacgtcaagtttggggtcagtctgggctacagaccatttttaaa
aaaatcaacagacagcaagaaccccaagtggagcacaggtctagatgtga
ctagaaacactgtgacagaaaataagatcaacttcttttcaggattaaat
gtagaagaaaatgtggactaacacaggaagacctttgtaagacagaaaac
actgatgacagcttcatgggtagtattttatgttatgataaaaacgtagc
tttaaaagatattatgctcacacttaaaaaaaaaaactcatgatttagag
gtttgtaactagaaatttagtgaggaagcccctggaatttgctttaaggt
gatcttagagcagtggttctcaaccttcctaatactgcgaccctttagta
cagatcctcatgtggtgacccccaaccataaagttacttccattgatact
tcataactgtaattctgctagttatgaattttttaaagatttatttattt
tatgtatatgagtacactgtagctgtacagatggttgtgagccttcttga
tggaaattgaattgtaggacctctgctcactctggtcagccccgctcact
cagtccctgctcgctccggcccaaagatttatttattattacacataagt
acactgtagctgacttcaaatgcacccagaaggagggcgtcagatctcat
tatggggtgggttgtgagccaccatgtatgtggttgctggttatttgaac
tcaggacctttggaaagcagtcagtgtcttacccgctgaaccatcttgcc
agcccctactgtattgatccttaatgtaaatatctgatatggaggctatc
tgacatgcgcccttgtgaaagggtcattcaacgtaaagggtggagaacct
gctgaccgac
gaattccctctagacttctggtatctgaggtactggaactaaccctggtt
tttccaaaactgggtaatttacagccaaagaatcatgacttccccctccc
tactcccataaaagagcagaaagcaagttgaacatcaaaagcctctttaa
aaccaacattttgatgacttaagagtatatgaatgagaaacatacggctt
gaatttcctctacgatacacaagggctctttctggactcactttccatcg
ctgccaagctaatgatgggagtggaagttgcccaattctcacatcatcaa
cagatggctctccatatttggaaaaatttcacgtggcacaggaagaaaac
tgccagcttctccaagcagtctcatgcctggtggtgacctcctttgcata
tcctatccggggtcaagcggaaattccaagcccatcaagcctgagaaggt
aggacctgtctttctagggctggcagtgggtaagcaaaaggatcatggga
gccggcagagatcctagtccaggatctagtccaagctttcccactgacaa
agccacataagcttagtttccttactggcaaggtgaccttgctctgtgtc
tgctaaaaatgtgagagtaaatgagatgggcaccatacagtatccagctc
cagacacagccaataatcgtcagctctgaaagggacagaaataggacaca
ggcacactcctcattctgtgagggacaaagcaacagctggcttctgtccc
tcctggtcggggcagtttagactgttttagtccaatggcaggagaatcca
ggatgcttggttcttgattttggtactttggggaggagcccccgtcatag
gaacaaagcttaactgtgagcccaggacacatttattcttcatgcagtgg
aagtccccattttgcaaggtcagcccttactttcaaagtcattaagggtt
ggatggcatcttaataattgtttattacgtgggtgtgtggtgtgtgtgtt
atacatgca
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr9_34992577_34993684
seq2: B6Ng01-120I22.b_49_1158

seq1  GAATTCTTGGACAGCTAGGGATACATAGTGAGATCCTATCACAAACAAAC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTGGACAGCTAGGGATACATAGTGAGATCCTATCACAAACAAAC  50

seq1  AGAAAAAATAACAAACAGATACCAGTGAGGATAGGCTGGACTACTGAGTA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAAAAATAACAAACAGATACCAGTGAGGATAGGCTGGACTACTGAGTA  100

seq1  CCTAGTAGAAATTGAGAGAAAAGAATTAGATTTCTGACTTGATAATCAGC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTAGTAGAAATTGAGAGAAAAGAATTAGATTTCTGACTTGATAATCAGC  150

seq1  CAGGCACGATAGCTTATAATGCCTAAAGCCCAGCATCCGGCAAGCTGAAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGCACGATAGCTTATAATGCCTAAAGCCCAGCATCCGGCAAGCTGAAT  200

seq1  GAGAAGGACGTCAAGTTTGGGGTCAGTCTGGGCTACAGACCATTTTTAAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAAGGACGTCAAGTTTGGGGTCAGTCTGGGCTACAGACCATTTTTAAA  250

seq1  AAAATCAACAGACAGCAAGAACCCCAAGTGGAGCACAGGTCTAGATGTGA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATCAACAGACAGCAAGAACCCCAAGTGGAGCACAGGTCTAGATGTGA  300

seq1  CTAGAAACACTGTGACAGAAAATAAGATCAACTTCTTTTCAGGATTAAAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGAAACACTGTGACAGAAAATAAGATCAACTTCTTTTCAGGATTAAAT  350

seq1  GTAGAAGAAAATGTGGACTAACACAGGAAGACCTTTGTAAGACAGAAAAC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGAAGAAAATGTGGACTAACACAGGAAGACCTTTGTAAGACAGAAAAC  400

seq1  ACTGATGACAGCTTCATGGGTAGTATTTTATGTTATGATAAAAACGTAGC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGATGACAGCTTCATGGGTAGTATTTTATGTTATGATAAAAACGTAGC  450

seq1  TTTAAAAGATATTATGCTCACACTTAAAAAAAAAAACTCATGATTTAGAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAAAAGATATTATGCTCACACTTAAAAAAAAAAACTCATGATTTAGAG  500

seq1  GTTTGTAACTAGAAATTTAGTGAGGAAGCCCCTGGAATTTGCTTTAAGGT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTGTAACTAGAAATTTAGTGAGGAAGCCCCTGGAATTTGCTTTAAGGT  550

seq1  GATCTTAGAGCAGTGGTTCTCAACCTTCCTAATACTGCGACCCTTTAGTA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATCTTAGAGCAGTGGTTCTCAACCTTCCTAATACTGCGACCCTTTAGTA  600

seq1  CAGATCCTCATGTGGTGACCCCCAACCATAAAGTTACTTCCATTGATACT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGATCCTCATGTGGTGACCCCCAACCATAAAGTTACTTCCATTGATACT  650

seq1  TCATAACTGTAATTCTGCTAGTTATGAATTTTTTAAAGATTTATTTATTT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATAACTGTAATTCTGCTAGTTATGAATTTTTTAAAGATTTATTTATTT  700

seq1  TATGTATATGAGTACACTGTAGCTGTACAGATGGTTGTGAGCCTTCTTGA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGTATATGAGTACACTGTAGCTGTACAGATGGTTGTGAGCCTTCTTGA  750

seq1  TGGAAATTGAATTGTAGGACCTCTGCTCACTCTGGTCAGCCCCGCTCACT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAAATTGAATTGTAGGACCTCTGCTCACTCTGGTCAGCCCCGCTCACT  800

seq1  CAGTCCCTGCTCGCTCCGGCCCAAAGATTTATTTATTATTACACATAAGT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTCCCTGCTCGCTCCGGCCCAAAGATTTATTTATTATTACACATAAGT  850

seq1  ACACTGTAGCTGACTTCAAATGCA-CCAGAA-GAGGGCGTCAGATCTCAT  898
      |||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||
seq2  ACACTGTAGCTGACTTCAAATGCACCCAGAAGGAGGGCGTCAGATCTCAT  900

seq1  TATGGG--TGGTTGTGAGCCACCATGTATGTGGTTGCTGG-TATTTGAAC  945
      ||||||   ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
seq2  TATGGGGTGGGTTGTGAGCCACCATGTATGTGGTTGCTGGTTATTTGAAC  950

seq1  TCAGGACCTTTGGAAAAGCAGTCAGTGTTCTTACCCGCTGAACCATCTTG  995
      ||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGGACCTTTGG-AAAGCAGTCAGTG-TCTTACCCGCTGAACCATCTTG  998

seq1  CCAGCCCCCTACTGTTATGAATCTTAATGTAAATATCTGATATGGAGGCT  1045
      |||| ||||||||||  |||  ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAG-CCCCTACTGTATTGATCCTTAATGTAAATATCTGATATGGAGGCT  1047

seq1  ATCTGACATGCGCCCTTGTGAAAGGGTCATTCCACCGTAAAGGGTGGAGA  1095
      ||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||
seq2  ATCTGACATGCGCCCTTGTGAAAGGGTCATT-CAACGTAAAGGGTGGAGA  1096

seq1  A-CTGCTGACCGAC  1108
      | ||||||||||||
seq2  ACCTGCTGACCGAC  1110

seq1: chr9_35114578_35115588
seq2: B6Ng01-120I22.g_67_1075 (reverse)

seq1  TGCATGTATAAACACACACA-CACACACTCACGTAATAAACAATTATAAA  49
      ||||||||| |||||||||| ||||||| |||||||||||||||||| ||
seq2  TGCATGTAT-AACACACACACCACACACCCACGTAATAAACAATTATTAA  49

seq1  GATGCCATCCAACCCTTAATGACTTTGAAAGTAAGGGCTGACCTTGCAAA  99
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
seq2  GATGCCATCCAACCCTTAATGACTTTGAAAGTAAGGGCTGACCTTGC-AA  98

seq1  AATGGGGACTTCCACTGCATTGAGAATAAATGTGTCCTGGGCTCAACAGT  149
      ||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||| |||||
seq2  AATGGGGACTTCCACTGCATGAAGAATAAATGTGTCCTGGGCTC-ACAGT  147

seq1  TAAGCTTTGTTCCTATGACGGGGGCTCCTCCCCAAAGTACCAAAATCAAG  199
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGCTTTGTTCCTATGACGGGGGCTCCTCCCCAAAGTACCAAAATCAAG  197

seq1  AACCAAGCATCCTGGATTCTCCTGCCATTGGACTAAAACAGTCTAAACTG  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCAAGCATCCTGGATTCTCCTGCCATTGGACTAAAACAGTCTAAACTG  247

seq1  CCCCGACCAGGAGGGACAGAAGCCAGCTGTTGCTTTGTCCCTCACAGAAT  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCGACCAGGAGGGACAGAAGCCAGCTGTTGCTTTGTCCCTCACAGAAT  297

seq1  GAGGAGTGTGCCTGTGTCCTATTTCTGTCCCTTTCAGAGCTGACGATTAT  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGAGTGTGCCTGTGTCCTATTTCTGTCCCTTTCAGAGCTGACGATTAT  347

seq1  TGGCTGTGTCTGGAGCTGGATACTGTATGGTGCCCATCTCATTTACTCTC  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCTGTGTCTGGAGCTGGATACTGTATGGTGCCCATCTCATTTACTCTC  397

seq1  ACATTTTTAGCAGACACAGAGCAAGGTCACCTTGCCAGTAAGGAAACTAA  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATTTTTAGCAGACACAGAGCAAGGTCACCTTGCCAGTAAGGAAACTAA  447

seq1  GCTTATGTGGCTTTGTCAGTGGGAAAGCTTGGACTAGATCCTGGACTAGG  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTATGTGGCTTTGTCAGTGGGAAAGCTTGGACTAGATCCTGGACTAGG  497

seq1  ATCTCTGCCGGCTCCCATGATCCTTTTGCTTACCCACTGCCAGCCCTAGA  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTCTGCCGGCTCCCATGATCCTTTTGCTTACCCACTGCCAGCCCTAGA  547

seq1  AAGACAGGTCCTACCTTCTCAGGCTTGATGGGCTTGGAATTTCCGCTTGA  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGACAGGTCCTACCTTCTCAGGCTTGATGGGCTTGGAATTTCCGCTTGA  597

seq1  CCCCGGATAGGATATGCAAAGGAGGTCACCACCAGGCATGAGACTGCTTG  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCGGATAGGATATGCAAAGGAGGTCACCACCAGGCATGAGACTGCTTG  647

seq1  GAGAAGCTGGCAGTTTTCTTCCTGTGCCACGTGAAATTTTTCCAAATATG  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAAGCTGGCAGTTTTCTTCCTGTGCCACGTGAAATTTTTCCAAATATG  697

seq1  GAGAGCCATCTGTTGATGATGTGAGAATTGGGCAACTTCCACTCCCATCA  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAGCCATCTGTTGATGATGTGAGAATTGGGCAACTTCCACTCCCATCA  747

seq1  TTAGCTTGGCAGCGATGGAAAGTGAGTCCAGAAAGAGCCCTTGTGTATCG  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGCTTGGCAGCGATGGAAAGTGAGTCCAGAAAGAGCCCTTGTGTATCG  797

seq1  TAGAGGAAATTCAAGCCGTATGTTTCTCATTCATATACTCTTAAGTCATC  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAGGAAATTCAAGCCGTATGTTTCTCATTCATATACTCTTAAGTCATC  847

seq1  AAAATGTTGGTTTTAAAGAGGCTTTTGATGTTCAACTTGCTTTCTGCTCT  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATGTTGGTTTTAAAGAGGCTTTTGATGTTCAACTTGCTTTCTGCTCT  897

seq1  TTTATGGGAGTAGGGAGGGGGAAGTCATGATTCTTTGGCTGTAAATTACC  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATGGGAGTAGGGAGGGGGAAGTCATGATTCTTTGGCTGTAAATTACC  947

seq1  CAGTTTTGGAAAAACCAGGGTTAGTTCCAGTACCTCAGATACCAGAAGTC  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTTTTGGAAAAACCAGGGTTAGTTCCAGTACCTCAGATACCAGAAGTC  997

seq1  TAGAGGGAATTC  1011
      ||||||||||||
seq2  TAGAGGGAATTC  1009