BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-120I24
Chromosome9 (Build37)
Map Location 119,159,447 - 119,287,697
singlet/doubletdoublet
Overlap geneOxsr1, Myd88, Acaa1a, Xylb
Upstream geneEomes, Golga4, Itga9, LOC100039768, Ctdspl, Vill, Plcd1, Dlec1, Acaa1b, EG546165, Slc22a14, Slc22a13, 9330176C04Rik
Downstream geneAcvr2b, Endogl1, Scn5a, Scn10a, Scn11a, LOC100039837, Wdr48, Gorasp1, Ttc21a, Axud1, Cmya1, Cx3cr1, Ccr8, Slc25a38, Rpsa, Snora62, EG546166, Mobp, LOC100039898, Myrip, LOC666044
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-120I24.bB6Ng01-120I24.g
ACCDH924475DH924476
length1,0251,141
definitionDH924475|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-120I24, 5' end.DH924476|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-120I24, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(119,286,672 - 119,287,697)(119,159,447 - 119,160,592)
sequence
gaattctttaaaagtccagtaagaatcaggtttggtgactcacatccata
tttctgtacctgagaggctggggacaacgagactgataagtatgaggtca
gcctgggctatgtagtaagatctaggccttcagaaaccccgccctcaaaa
aaaaagtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtggaaaaagaagga
agtacagcaacccagctggtctgctagcagagcaacccccactgagatac
ttacctgggttgtccccactgaaggccaccactttgcatcctggagggaa
tccatagcgctggacgtagtaggaagaaatggttccctagggagaaagaa
cactgtgttctgctgaggtagccacagcctgctaagtacagccacacaca
gctcaacccaggagacttctggctccaggtcactggagcagaaggaattt
cccactcctcaggctttgaggagctgcaggaatctgtgacatagcctgga
gctccatcatccttccacagaaggaccccagtacatttggaactccaggc
ttgagggcagccaccttgaggatcacatgagtttgagaaattcaggaccg
tcagaacacagcaacttccaccctctacctactttgtggataccgaatct
ggatacaatgcggaaggataaaggacatccatcgctaagcaagctcacag
ataacacagcaagctcacagatgacacagcaagctcacagacacagcaag
ctcacagacacagcaaagctcacagacacagcaagctcactaacgacaca
gcaagtgcccattcatttgctcatcatgtcagcaactagactaagaatat
aagataaacaagtgcagagaacagagttctaaagaaaactaacctcagag
tcaggcttgggctagctcaactagattagaagctcaaggctacctgggca
catgagactgcctcaagaaaatgggattaggcctggaaaagatggttcaa
agtttagatcactgactgctcttcc
gaattcactctgtagaccaggctggcctcaaaatgagagaacctcctgcc
tctgcctcccaatcttttaagagggtgggtaaagaacaaggtctcagtgt
attccaagctaactttgaactcattatgaagccaagaagaatcttgaact
tttaatcttgctacttgccaaaacctgggatttcagggatatgcatcaca
cttagttttatgtagcatgggggatggacctcaaggcgtctgctatgctg
tcatcaaagccatgacctcagcccctgatggattttcactgcgcatgatg
tcaggccttggaaagagagtgatctcaggcgtgctgagagtgaggaatgg
gaacacacagcagcgggactgtgtcacccgagtgttggtacttaagatac
atgagattattctgagtacataagtcatgtacacagtagtgcacataagt
catgtacacagtaacgcacataagctgcgttagtccacagtcagagtgtc
cacagattaagagcaaatgtaagttttaaatcacataccatacgaaaaga
gaggggctaccaggagaagaatatacaacacaataggccaggaagccgcg
tccctctggtagtaagaacagtccactctacagggcaatgtttgtgggat
ttcctatcactttccactttcaagcaaaccaaacctacaaacaactcagc
aagcaaggaagccacattaaagtccggctggtatgataaatgcctcatta
acacgtaatcacacagagacacacacagactgctttggacaagctttaat
taacactaagaaacaaaagtaaaatgtctcttttagcagagctttggtaa
cctccagttacttacctcagaactggaataatgagtcttttactcgggga
gactgaaagagacacagaaagagatgctttaataactgagtcggtaagat
ggcttggtggtcagtttcaaatagtgaatttcaagaaactgcagtgatgc
aactgtagccactctggtcatctgaccaataaactaactcaatctaagtt
tctgaaagaagaaagctgtttgtgtatcatacagtcttgttcatgtagtc
atactgaacatatcaattactacctgtattacagttaacgg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr9_119286672_119287697
seq2: B6Ng01-120I24.b_49_1073 (reverse)

seq1  GGAAGAGCAGTCAGTGATCTAAACCTCTGAGCCATC-TCTCCAGGCCTAA  49
      ||||||||||||||||||||||| || ||| ||||| | |||||||||||
seq2  GGAAGAGCAGTCAGTGATCTAAA-CTTTGAACCATCTTTTCCAGGCCTAA  49

seq1  TCCCATTTTCTTGAGGCAGTCTCATGTTGCCCAGGTTGGCCTTGAGCTTC  99
      |||||||||||||||||||||||||| |||||||| | ||||||||||||
seq2  TCCCATTTTCTTGAGGCAGTCTCATG-TGCCCAGG-TAGCCTTGAGCTTC  97

seq1  CTATCTAGTTGAGGCTAGCCCAAG-CTGACTCTGAGGTTAGTTTTCTTTA  148
        |||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATCTAGTTGA-GCTAGCCCAAGCCTGACTCTGAGGTTAGTTTTCTTTA  146

seq1  GAACTCTGTTCTCTGCACTTGTTTATCTTATATTCTTAGTCTAGTTGCTG  198
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACTCTGTTCTCTGCACTTGTTTATCTTATATTCTTAGTCTAGTTGCTG  196

seq1  ACATGATGAGCAAATGAATGGGCACTTGCTGTGTCGTTTGTGAGCTTGCT  248
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
seq2  ACATGATGAGCAAATGAATGGGCACTTGCTGTGTCGTTAGTGAGCTTGCT  246

seq1  GTGTCTGTGAGC-TTGCTGTGTCTGTGAGCTTGCTGTGTCTGTGAGCTTG  297
      |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTCTGTGAGCTTTGCTGTGTCTGTGAGCTTGCTGTGTCTGTGAGCTTG  296

seq1  CTGTGTCATCTGTGAGCTTGCTGTGTTATCTGTGAGCTTGCTTAGCGATG  347
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTGTCATCTGTGAGCTTGCTGTGTTATCTGTGAGCTTGCTTAGCGATG  346

seq1  GATGTCCTTTATCCTTCCGCATTGTATCCAGATTCGGTATCCACAAAGTA  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGTCCTTTATCCTTCCGCATTGTATCCAGATTCGGTATCCACAAAGTA  396

seq1  GGTAGAGGGTGGAAGTTGCTGTGTTCTGACGGTCCTGAATTTCTCAAACT  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTAGAGGGTGGAAGTTGCTGTGTTCTGACGGTCCTGAATTTCTCAAACT  446

seq1  CATGTGATCCTCAAGGTGGCTGCCCTCAAGCCTGGAGTTCCAAATGTACT  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGTGATCCTCAAGGTGGCTGCCCTCAAGCCTGGAGTTCCAAATGTACT  496

seq1  GGGGTCCTTCTGTGGAAGGATGATGGAGCTCCAGGCTATGTCACAGATTC  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGTCCTTCTGTGGAAGGATGATGGAGCTCCAGGCTATGTCACAGATTC  546

seq1  CTGCAGCTCCTCAAAGCCTGAGGAGTGGGAAATTCCTTCTGCTCCAGTGA  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCAGCTCCTCAAAGCCTGAGGAGTGGGAAATTCCTTCTGCTCCAGTGA  596

seq1  CCTGGAGCCAGAAGTCTCCTGGGTTGAGCTGTGTGTGGCTGTACTTAGCA  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGGAGCCAGAAGTCTCCTGGGTTGAGCTGTGTGTGGCTGTACTTAGCA  646

seq1  GGCTGTGGCTACCTCAGCAGAACACAGTGTTCTTTCTCCCTAGGGAACCA  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTGTGGCTACCTCAGCAGAACACAGTGTTCTTTCTCCCTAGGGAACCA  696

seq1  TTTCTTCCTACTACGTCCAGCGCTATGGATTCCCTCCAGGATGCAAAGTG  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTTCCTACTACGTCCAGCGCTATGGATTCCCTCCAGGATGCAAAGTG  746

seq1  GTGGCCTTCAGTGGGGACAACCCAGGTAAGTATCTCAGTGGGGGTTGCTC  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGCCTTCAGTGGGGACAACCCAGGTAAGTATCTCAGTGGGGGTTGCTC  796

seq1  TGCTAGCAGACCAGCTGGGTTGCTGTACTTCCTTCTTTTTCCACACACAC  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTAGCAGACCAGCTGGGTTGCTGTACTTCCTTCTTTTTCCACACACAC  846

seq1  ACACACACACACACACACACACACTTTTTTTTTGAGGGCGGGGTTTCTGA  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACACACACACACACACACACACTTTTTTTTTGAGGGCGGGGTTTCTGA  896

seq1  AGGCCTAGATCTTACTACATAGCCCAGGCTGACCTCATACTTATCAGTCT  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCCTAGATCTTACTACATAGCCCAGGCTGACCTCATACTTATCAGTCT  946

seq1  CGTTGTCCCCAGCCTCTCAGGTACAGAAATATGGATGTGAGTCACCAAAC  997
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGTTGTCCCCAGCCTCTCAGGTACAGAAATATGGATGTGAGTCACCAAAC  996

seq1  CTGATTCTTACTGGACTTTTAAAGAATTC  1026
      |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGATTCTTACTGGACTTTTAAAGAATTC  1025

seq1: chr9_119159447_119160592
seq2: B6Ng01-120I24.g_71_1211

seq1  GAATTCACTCTGTAGACCAGGCTGGCCTCAAAATGAGAGAACCTCCTGCC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACTCTGTAGACCAGGCTGGCCTCAAAATGAGAGAACCTCCTGCC  50

seq1  TCTGCCTCCCAATCTTTTAAGAGGGTGGGTAAAGAACAAGGTCTCAGTGT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGCCTCCCAATCTTTTAAGAGGGTGGGTAAAGAACAAGGTCTCAGTGT  100

seq1  ATTCCAAGCTAACTTTGAACTCATTATGAAGCCAAGAAGAATCTTGAACT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCCAAGCTAACTTTGAACTCATTATGAAGCCAAGAAGAATCTTGAACT  150

seq1  TTTAATCTTGCTACTTGCCAAAACCTGGGATTTCAGGGATATGCATCACA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAATCTTGCTACTTGCCAAAACCTGGGATTTCAGGGATATGCATCACA  200

seq1  CTTAGTTTTATGTAGCATGGGGGATGGACCTCAAGGCGTCTGCTATGCTG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTAGTTTTATGTAGCATGGGGGATGGACCTCAAGGCGTCTGCTATGCTG  250

seq1  TCATCAAAGCCATGACCTCAGCCCCTGATGGATTTTCACTGCGCATGATG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATCAAAGCCATGACCTCAGCCCCTGATGGATTTTCACTGCGCATGATG  300

seq1  TCAGGCCTTGGAAAGAGAGTGATCTCAGGCGTGCTGAGAGTGAGGAATGG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGGCCTTGGAAAGAGAGTGATCTCAGGCGTGCTGAGAGTGAGGAATGG  350

seq1  GAACACACAGCAGCGGGACTGTGTCACCCGAGTGTTGGTACTTAAGATAC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACACACAGCAGCGGGACTGTGTCACCCGAGTGTTGGTACTTAAGATAC  400

seq1  ATGAGATTATTCTGAGTACATAAGTCATGTACACAGTAGTGCACATAAGT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAGATTATTCTGAGTACATAAGTCATGTACACAGTAGTGCACATAAGT  450

seq1  CATGTACACAGTAACGCACATAAGCTGCGTTAGTCCACAGTCAGAGTGTC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGTACACAGTAACGCACATAAGCTGCGTTAGTCCACAGTCAGAGTGTC  500

seq1  CACAGATTAAGAGCAAATGTAAGTTTTAAATCACATACCATACGAAAAGA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAGATTAAGAGCAAATGTAAGTTTTAAATCACATACCATACGAAAAGA  550

seq1  GAGGGGCTACCAGGAGAAGAATATACAACACAATAGGCCAGGAAGCCGCG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGGGCTACCAGGAGAAGAATATACAACACAATAGGCCAGGAAGCCGCG  600

seq1  TCCCTCTGGTAGTAAGAACAGTCCACTCTACAGGGCAATGTTTGTGGGAT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCTCTGGTAGTAAGAACAGTCCACTCTACAGGGCAATGTTTGTGGGAT  650

seq1  TTCCTATCACTTTCCAC-TTCAAGCAAACCAAACCTACAAACAACTCAGC  699
      ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCTATCACTTTCCACTTTCAAGCAAACCAAACCTACAAACAACTCAGC  700

seq1  AAGCAAGGAAGCCACATTAAAGTCCGGCTGGTATGATAAATGCCTCATTA  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCAAGGAAGCCACATTAAAGTCCGGCTGGTATGATAAATGCCTCATTA  750

seq1  ACACGTAATCACACAGAGACACACACAGACTGC-TTGGACAAGC-TTAAT  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||
seq2  ACACGTAATCACACAGAGACACACACAGACTGCTTTGGACAAGCTTTAAT  800

seq1  TAACACTAAGAA--CAAAGTAAAATGTCTCTTTTAGCAAGAGC-TTGGTA  844
      ||||||||||||   |||||||||||||||||||||| ||||| ||||||
seq2  TAACACTAAGAAACAAAAGTAAAATGTCTCTTTTAGC-AGAGCTTTGGTA  849

seq1  ACCTCCAGTTACTTACCTCAGAACTGG-ATAATGAGTCTTTTACTCGGGG  893
      ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTCCAGTTACTTACCTCAGAACTGGAATAATGAGTCTTTTACTCGGGG  899

seq1  AGACTGAAAGAGACACAGAAAGAGATGC-TTATTAACTGAGTCGGTAAGA  942
      |||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||
seq2  AGACTGAAAGAGACACAGAAAGAGATGCTTTAATAACTGAGTCGGTAAGA  949

seq1  TGGCTTGGTGGTCAGTTTCAAATAGTGAATTCCAAGAAACTGCAAGTGAT  992
      ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||
seq2  TGGCTTGGTGGTCAGTTTCAAATAGTGAATTTCAAGAAACTGC-AGTGAT  998

seq1  GCCAACTGTAAGCCACTCTGTTCCATTCTGACCCATAAACTAACTCAAAT  1042
      | ||||||| |||||||||| ||   ||||||| |||||||||||| |||
seq2  G-CAACTGT-AGCCACTCTGGTC--ATCTGACCAATAAACTAACTC-AAT  1043

seq1  CTAAGTTTTCTGAGAAGAGAAAGCTGTTGTGGTATCATTACAGTCTTTGT  1092
      ||||| ||||||| |  |||||||||||   |||||| ||||||| ||||
seq2  CTAAG-TTTCTGAAAGAAGAAAGCTGTTTGTGTATCA-TACAGTC-TTGT  1090

seq1  CCATGTAGTCAATACTGAACATATCAATATACTTACTGTATTACAAGTTA  1142
       ||||||||| ||||||||||||||||| ||||  ||||||||| |||||
seq2  TCATGTAGTC-ATACTGAACATATCAAT-TACTACCTGTATTAC-AGTTA  1137

seq1  ACGG  1146
      ||||
seq2  ACGG  1141