BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-121K09
Chromosome9 (Build37)
Map Location 9,504,944 - 9,648,083
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneTrpc6, Pgr, 9030420J04Rik
Downstream geneCntn5, LOC665154, LOC100039970
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-121K09.bB6Ng01-121K09.g
ACCDH925280DH925281
length1,1071,139
definitionDH925280|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-121K09, 5' end.DH925281|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-121K09, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(9,504,944 - 9,506,064)(9,646,940 - 9,648,083)
sequence
gaattccttgtctggttttatcgagtcccattttgtcttgcattaaatat
ttattttctccactccctcaaagggaggaaaggggaagcctaataataat
ttgtaggcatcttccttccatctctccatgctgtggcattgcctctaacg
aaggtgattcgtcttcatccttcattagaggatgtgatttactgaggtgg
tttatggccaaatagagttgctggccttgcagattctctttggggtggtg
ttgaatcaaatgtgttcctgctgcctgtgtaaatcatgccccagatgttt
ttggttgaatctgtgttaatttccaatgctaactgtcaaagagatgaagg
tctttctagcaaaacacactgatgtgtggccactctgattcagttttcca
ttaaagacatcgtaccttgcatgcagacatcaaataaataatgaaagtac
tttattttcatcaatactaaaactcaaaagctatggaaagacaggcacat
gtctttgatggcaaaactctgaaaactttatacaggagaataaagcagat
gcaggagagtatgaaggccaggatggccaattaaaaccagcagtaaccag
ctctaggatgtctgacaaattgtgtatatttgacaaattgtatgcattta
tatagactatatatggttttcttttcttctcaggatcatttagacacagt
tagcaagcaaaaattaagtaagtagtaaagtaacattttatctgtgatct
atctatctgtctgtctgtctatctatttattatctatctatcttagatat
agatctccatataggtatacactgaaatgattagcaacaacaagtggatt
aatatactcaaccaatcgaatggctgttgattttttgggggtgtctgtgc
agcaagaacactgaagatgtactatcattataaatctcaagtgtggcaca
cattattatctgaaatcatccgatgtaagttagtgctctagagatccctg
aactgaactggaactgaaactgctccatagcttatgtcttactatgctat
ggtgctcatcagtccttcccagcagccttggtgtgctaatgctcatgaga
tctccat

gaattctaggcgactagggtgaggatcttatacccacacccacagtgaca
cacccattccaaccaggtcatatctatttcaacaaggccacaccttcaga
tggtgccactccctggtccaaggatatacaaaccatcacaccttctaatg
tcagaagccagacatagatacagagataggattgtgggaaggaaaagagg
gaaggaaattgttgttgggtaagcaattctaatatggcaaagcaaagcaa
aaattctaacaaggaagaagtttcctccagcatgcagtgagaatgtttaa
atggttcaaaatcaaaaactgaatcagtggctgtggaaattagctggtca
tgtttgagacacggaatgtacttgaaaacattgtccacattacttttcac
tcacaggaataattatttttatagtttgttcctagcaggactgttttgtg
aagatgatctggaagcatctgcagtaatcttagtgatgcatcttcacagt
acaaggtcaaaggtctgcactgcacaacgttaaatatttatccacatgtt
aaactcataaagggctcctcatcctggaagaggagacagaagaaaatgag
agtcagagacttgggaggaggggagctgtcaaacgatgtccttgatatgt
aacatggctgtggcatttgtgaactcaaggcagctgatacttacctgaat
aagactttcaaaaatgaaaactaaaaaagggtaaaattgtaggcatacat
tttttgtgacatttaatgaaggttcaacctctctgctagccgaccaccca
gcagtggaagagaaaagttattaagatatgggtcgggtggactcgttcag
caatagttccttgggggtgagcttgatctgcttgggtagcaattgagacc
atagaaaacatcaaacatgacgtagtagctccaaggagctttaggagcag
atacgacacaaaccagaagctacagccaatcctttcagcaagcagacagc
agcacagctggcaactctagttcaccttgatgaaccatcagctcaccaac
cagccctaaggtgaaggctgccaggaacctgagattcagttcttgggtga
ggtttcctccatggtgggcgcttcacaagtgtgagctca
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr9_9504944_9506064
seq2: B6Ng01-121K09.b_49_1155

seq1  GAATTCCTTGTCTGGTTTTATCGAGTCCCATTTTGTCTTGCATTAAATAT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTTGTCTGGTTTTATCGAGTCCCATTTTGTCTTGCATTAAATAT  50

seq1  TTATTTTCTCCACTCCCTCAAAGGGAGGAAAGGGGAAGCCTAATAATAAT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATTTTCTCCACTCCCTCAAAGGGAGGAAAGGGGAAGCCTAATAATAAT  100

seq1  TTGTAGGCATCTTCCTTCCATCTCTCCATGCTGTGGCATTGCCTCTAACG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTAGGCATCTTCCTTCCATCTCTCCATGCTGTGGCATTGCCTCTAACG  150

seq1  AAGGTGATTCGTCTTCATCCTTCATTAGAGGATGTGATTTACTGAGGTGG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGTGATTCGTCTTCATCCTTCATTAGAGGATGTGATTTACTGAGGTGG  200

seq1  TTTATGGCCAAATAGAGTTGCTGGCCTTGCAGATTCTCTTTGGGGTGGTG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATGGCCAAATAGAGTTGCTGGCCTTGCAGATTCTCTTTGGGGTGGTG  250

seq1  TTGAATCAAATGTGTTCCTGCTGCCTGTGTAAATCATGCCCCAGATGTTT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAATCAAATGTGTTCCTGCTGCCTGTGTAAATCATGCCCCAGATGTTT  300

seq1  TTGGTTGAATCTGTGTTAATTTCCAATGCTAACTGTCAAAGAGATGAAGG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGTTGAATCTGTGTTAATTTCCAATGCTAACTGTCAAAGAGATGAAGG  350

seq1  TCTTTCTAGCAAAACACACTGATGTGTGGCCACTCTGATTCAGTTTTCCA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTTCTAGCAAAACACACTGATGTGTGGCCACTCTGATTCAGTTTTCCA  400

seq1  TTAAAGACATCGTACCTTGCATGCAGACATCAAATAAATAATGAAAGTAC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAAGACATCGTACCTTGCATGCAGACATCAAATAAATAATGAAAGTAC  450

seq1  TTTATTTTCATCAATACTAAAACTCAAAAGCTATGGAAAGACAGGCACAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATTTTCATCAATACTAAAACTCAAAAGCTATGGAAAGACAGGCACAT  500

seq1  GTCTTTGATGGCAAAACTCTGAAAACTTTATACAGGAGAATAAAGCAGAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTTTGATGGCAAAACTCTGAAAACTTTATACAGGAGAATAAAGCAGAT  550

seq1  GCAGGAGAGTATGAAGGCCAGGATGGCCAATTAAAACCAGCAGTAACCAG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGGAGAGTATGAAGGCCAGGATGGCCAATTAAAACCAGCAGTAACCAG  600

seq1  CTCTAGGATGTCTGACAAATTGTGTATATTTGACAAATTGTATGCATTTA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTAGGATGTCTGACAAATTGTGTATATTTGACAAATTGTATGCATTTA  650

seq1  TATAGACTATATATGGTTTTCTTTTCTTCTCAGGATCATTTAGACACAGT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAGACTATATATGGTTTTCTTTTCTTCTCAGGATCATTTAGACACAGT  700

seq1  TAGCAAGCAAAAATTAAGTAAGTAGTAAAGTAACATTTTATCTGTGATCT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCAAGCAAAAATTAAGTAAGTAGTAAAGTAACATTTTATCTGTGATCT  750

seq1  ATCTATCTGTCTGTCTGTCTATCTATTTATTATCTATCTATCTTAGATAT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTATCTGTCTGTCTGTCTATCTATTTATTATCTATCTATCTTAGATAT  800

seq1  AGATCTCCATATAGGTATACACTGAAATGATTAGCAACAACAAGTGGATT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATCTCCATATAGGTATACACTGAAATGATTAGCAACAACAAGTGGATT  850

seq1  AATATACTCAACCAATCGAATGGCTGTTGATTTTTTGGGGGTGTCTGTGC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATATACTCAACCAATCGAATGGCTGTTGATTTTTTGGGGGTGTCTGTGC  900

seq1  AGCAAGAACACTGAAGATGTACTATCATTATAAATCTCAAGTGTGGCACA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAAGAACACTGAAGATGTACTATCATTATAAATCTCAAGTGTGGCACA  950

seq1  CATTATTATCTGAAATCATCCGGATGTAAGTTAGTGCTCTAGAAGATCCC  1000
      ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||
seq2  CATTATTATCTGAAATCATCC-GATGTAAGTTAGTGCTCTAG-AGATCCC  998

seq1  CTGGAACTGGAACTGGAACTGAAACTGCTCCATAGCTTAGTGTCTTACTA  1050
         ||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
seq2  --TGAACT-GAACTGGAACTGAAACTGCTCCATAGCTTA-TGTCTTACTA  1044

seq1  TGCTATGGTGCTCATCAGGGTCCTCCCCAGCAGCCCTTGGTGTGCTATAG  1100
      |||||||||||||||||  ||||| |||||||| |||||||||||  || 
seq2  TGCTATGGTGCTCATCA--GTCCTTCCCAGCAG-CCTTGGTGTGC--TAA  1089

seq1  TGCTCATGAGGGTATCTCCAT  1121
      ||||||||||   ||||||||
seq2  TGCTCATGAG---ATCTCCAT  1107


seq1: chr9_9646940_9648083
seq2: B6Ng01-121K09.g_68_1206 (reverse)

seq1  TGAGCTCA-ACTTGTGATAGCG-CCACCATTGAGAGAAACTCACCCAAGA  48
      |||||||| |||||||| |||| ||||||| |||  || |||||||||||
seq2  TGAGCTCACACTTGTGA-AGCGCCCACCATGGAGGAAACCTCACCCAAGA  49

seq1  ACTG-ATCTCAAGGTTCCT-GCAGCC-TCACC-TAAGGCTGGTTGGTGAG  94
      |||| ||||| |||||||| |||||| ||||| || ||||||||||||||
seq2  ACTGAATCTC-AGGTTCCTGGCAGCCTTCACCTTAGGGCTGGTTGGTGAG  98

seq1  CCTGATGGTTTCATCAAGGTTGAACTAGAGTTGCCAGCTTGTGCCTGCTG  144
       ||||||| |||||||||| |||||||||||||||||| |||| ||||||
seq2  -CTGATGG-TTCATCAAGG-TGAACTAGAGTTGCCAGC-TGTG-CTGCTG  143

seq1  TCTGCTTGCTGAAAGGATTTGGCTGTAGCTTCTGGTTTGTGTCGTATCTG  194
      ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGCTTGCTGAAAGGA-TTGGCTGTAGCTTCTGGTTTGTGTCGTATCTG  192

seq1  CCTCCCTAGAGCTCCTTGGAGCTACTACGTCATGTTTGATGTTTTCTATG  244
      |   |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
seq2  C--TCCTAAAGCTCCTTGGAGCTACTACGTCATGTTTGATGTTTTCTAT-  239

seq1  GGTCTCAATTGCTACCCAAGCAGATCAAGCTCACCCCCAAGGAACTATTG  294
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCTCAATTGCTACCCAAGCAGATCAAGCTCACCCCCAAGGAACTATTG  289

seq1  CTGAACGAGTCCACCCGACCCATATCTTAATAACTTTTCTCTTCCACTGC  344
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAACGAGTCCACCCGACCCATATCTTAATAACTTTTCTCTTCCACTGC  339

seq1  TGGGTGGTCGGCTAGCAGAGAGGTTGAACCTTCATTAAATGTCACAAAAA  394
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGTGGTCGGCTAGCAGAGAGGTTGAACCTTCATTAAATGTCACAAAAA  389

seq1  ATGTATGCCTACAATTTTACCCTTTTTTAGTTTTCATTTTTGAAAGTCTT  444
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTATGCCTACAATTTTACCCTTTTTTAGTTTTCATTTTTGAAAGTCTT  439

seq1  ATTCAGGTAAGTATCAGCTGCCTTGAGTTCACAAATGCCACAGCCATGTT  494
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCAGGTAAGTATCAGCTGCCTTGAGTTCACAAATGCCACAGCCATGTT  489

seq1  ACATATCAAGGACATCGTTTGACAGCTCCCCTCCTCCCAAGTCTCTGACT  544
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATATCAAGGACATCGTTTGACAGCTCCCCTCCTCCCAAGTCTCTGACT  539

seq1  CTCATTTTCTTCTGTCTCCTCTTCCAGGATGAGGAGCCCTTTATGAGTTT  594
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCATTTTCTTCTGTCTCCTCTTCCAGGATGAGGAGCCCTTTATGAGTTT  589

seq1  AACATGTGGATAAATATTTAACGTTGTGCAGTGCAGACCTTTGACCTTGT  644
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACATGTGGATAAATATTTAACGTTGTGCAGTGCAGACCTTTGACCTTGT  639

seq1  ACTGTGAAGATGCATCACTAAGATTACTGCAGATGCTTCCAGATCATCTT  694
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGTGAAGATGCATCACTAAGATTACTGCAGATGCTTCCAGATCATCTT  689

seq1  CACAAAACAGTCCTGCTAGGAACAAACTATAAAAATAATTATTCCTGTGA  744
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAAAACAGTCCTGCTAGGAACAAACTATAAAAATAATTATTCCTGTGA  739

seq1  GTGAAAAGTAATGTGGACAATGTTTTCAAGTACATTCCGTGTCTCAAACA  794
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGAAAAGTAATGTGGACAATGTTTTCAAGTACATTCCGTGTCTCAAACA  789

seq1  TGACCAGCTAATTTCCACAGCCACTGATTCAGTTTTTGATTTTGAACCAT  844
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACCAGCTAATTTCCACAGCCACTGATTCAGTTTTTGATTTTGAACCAT  839

seq1  TTAAACATTCTCACTGCATGCTGGAGGAAACTTCTTCCTTGTTAGAATTT  894
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAACATTCTCACTGCATGCTGGAGGAAACTTCTTCCTTGTTAGAATTT  889

seq1  TTGCTTTGCTTTGCCATATTAGAATTGCTTACCCAACAACAATTTCCTTC  944
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCTTTGCTTTGCCATATTAGAATTGCTTACCCAACAACAATTTCCTTC  939

seq1  CCTCTTTTCCTTCCCACAATCCTATCTCTGTATCTATGTCTGGCTTCTGA  994
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCTTTTCCTTCCCACAATCCTATCTCTGTATCTATGTCTGGCTTCTGA  989

seq1  CATTAGAAGGTGTGATGGTTTGTATATCCTTGGACCAGGGAGTGGCACCA  1044
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTAGAAGGTGTGATGGTTTGTATATCCTTGGACCAGGGAGTGGCACCA  1039

seq1  TCTGAAGGTGTGGCCTTGTTGAAATAGATATGACCTGGTTGGAATGGGTG  1094
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGAAGGTGTGGCCTTGTTGAAATAGATATGACCTGGTTGGAATGGGTG  1089

seq1  TGTCACTGTGGGTGTGGGTATAAGATCCTCACCCTAGTCGCCTAGAATTC  1144
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCACTGTGGGTGTGGGTATAAGATCCTCACCCTAGTCGCCTAGAATTC  1139


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |