BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-122A22
Chromosome9 (Build37)
Map Location 67,348,557 - 67,484,817
singlet/doubletdoublet
Overlap geneTln2, LOC100040253
Upstream geneHerc1, Fbxl22, Usp3, Car12, Aph1b, LOC623488, Aph1c, Rab8b, Rps27l, Lactb, Tpm1, LOC100041390
Downstream geneEG640799, LOC665794, 3300001A09Rik, EG244911, Vps13c, LOC100041451
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-122A22.bB6Ng01-122A22.g
ACCDH925584DH925585
length1,113740
definitionDH925584|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-122A22, 5' end.DH925585|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-122A22, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(67,348,557 - 67,349,676)(67,484,084 - 67,484,817)
sequence
gaattctataagataggcagctgagtgacttccctccatagttcccaccc
ttgcattcctatcctgacttcttaggtacctgaaatcgccaacagacagc
ccagctgtgatctgctataccaccatgctgctgaggtggtgcataaaaca
gatgaaagacaaaagagatgtgtcatggcaaatggcagaatctcactgca
gggaggcaaacatacaaatatctatcagcagtaaatatcagagattagta
tgcatgaataagattctctgattggttctcctttaaaagatccaaactgg
ggctggagaaatggctcttttggcctgcatgcacataaccccacatggac
tgggacatacacagagggagggatattgaaaataaaaataaggcctgcag
agatcttagagcactcgctattcttgcaaggggcctggcttgattcccag
catccatgtggtttctcacaaccttctgtaactccagctccaggagatcc
aatgccctcttctgatctttacacccagtgcatgactgtattacatattg
catacatgcatactacacacatacatacatacatacatacatacatacat
acatacagaaaaacatctatatacataaaatggctttagaaaagaaagaa
caacaccaacactgatggaagatattaaagaacagccatgtctttgtttt
tcatctcaaaaagcaaaagcccaaaagtgtatttataacaacggaacacg
taggaatggtaagtgaggcaggtgcagggctcagggctctgtacatctga
caaaaagacagaacttgatgcacacactaaagtagagtgaccacggtggg
aacttaaactagcaacatacggggggcgggggggatggcaggagaaacca
gagaagattcaagaagcaagtaactctcagccttagccaagtgctagaac
ctcctagagagtgtttaaactcctgatgccctggctgcagatttatccag
cagactgtggggagggcaggtctgagcttctatagttttacacaccccca
gctgattccatggggggcagtgggagcatgctagttcaatgacttcattt
tatactagagtca
gaattctaggagaaatgctacttctttcaagggaagagggtttacctgat
ggcagagggctgtggaatagcacccatcagattagtgccatataaacatt
ctcacacctatacctcagctaggagtcagctgctatgatgtttttgtttt
aatcttttaggtctctgtgtgggtgcctgtgcgctctcgtgaatctgaaa
gtgaatttggagcagagaaggcagctaccagctacttgatacaggtcctg
tgaactgaactacggtcttctttaagaacaatgaatggaaatgaggacat
gaccactcccaggtatggcagaggggagcagtcagaggcatctggaaggg
tccagactgaacatggccagcagagcagactggaccatgagaggaaagag
tgagagaagagaaggggagggggcaagcagactaagagaggagccatgga
tcaagaggataagagagcatgtgggaaccaagagagccccaaatgactga
cttctatagcaaagagaagctggggaaggaaagcccgacccctgggctgg
agagtttgaggtgagggtggggttagaagtgctgggagaagccacaggta
cttagtgagactttgtcccagttttctttgagacctaaacaaagcactat
gcatttgtaactgctgacttatctccttaggaccttcaccttgctcttta
aaaagagaaaaagtactgattttagcttggggtgtagtag
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr9_67348557_67349676
seq2: B6Ng01-122A22.b_47_1159

seq1  GAATTCTATAAGATAGGCAGCTGAGTGACTTCCCTCCATAGTTCCCACCC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTATAAGATAGGCAGCTGAGTGACTTCCCTCCATAGTTCCCACCC  50

seq1  TTGCATTCCTATCCTGACTTCTTAGGTACCTGAAATCGCCAACAGACAGC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCATTCCTATCCTGACTTCTTAGGTACCTGAAATCGCCAACAGACAGC  100

seq1  CCAGCTGTGATCTGCTATACCACCATGCTGCTGAGGTGGTGCATAAAACA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGCTGTGATCTGCTATACCACCATGCTGCTGAGGTGGTGCATAAAACA  150

seq1  GATGAAAGACAAAAGAGATGTGTCATGGCAAATGGCAGAATCTCACTGCA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGAAAGACAAAAGAGATGTGTCATGGCAAATGGCAGAATCTCACTGCA  200

seq1  GGGAGGCAAACATACAAATATCTATCAGCAGTAAATATCAGAGATTAGTA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAGGCAAACATACAAATATCTATCAGCAGTAAATATCAGAGATTAGTA  250

seq1  TGCATGAATAAGATTCTCTGATTGGTTCTCCTTTAAAAGATCCAAACTGG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCATGAATAAGATTCTCTGATTGGTTCTCCTTTAAAAGATCCAAACTGG  300

seq1  GGCTGGAGAAATGGCTCTTTTGGCCTGCATGCACATAACCCCACATGGAC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTGGAGAAATGGCTCTTTTGGCCTGCATGCACATAACCCCACATGGAC  350

seq1  TGGGACATACACAGAGGGAGGGATATTGAAAATAAAAATAAGGCCTGCAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGACATACACAGAGGGAGGGATATTGAAAATAAAAATAAGGCCTGCAG  400

seq1  AGATCTTAGAGCACTCGCTATTCTTGCAAGGGGCCTGGCTTGATTCCCAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATCTTAGAGCACTCGCTATTCTTGCAAGGGGCCTGGCTTGATTCCCAG  450

seq1  CATCCATGTGGTTTCTCACAACCTTCTGTAACTCCAGCTCCAGGAGATCC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCCATGTGGTTTCTCACAACCTTCTGTAACTCCAGCTCCAGGAGATCC  500

seq1  AATGCCCTCTTCTGATCTTTACACCCAGTGCATGACTGTATTACATATTG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGCCCTCTTCTGATCTTTACACCCAGTGCATGACTGTATTACATATTG  550

seq1  CATACATGCATACTACACACATACATACATACATACATACATACATACAT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATACATGCATACTACACACATACATACATACATACATACATACATACAT  600

seq1  ACATACAGAAAAACATCTATATACATAAAATGGCTTTAGAAAAGAAAGAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATACAGAAAAACATCTATATACATAAAATGGCTTTAGAAAAGAAAGAA  650

seq1  CAACACCAACACTGATGGAAGATATTAAAGAACAGCCATGTCTTTGTTTT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACACCAACACTGATGGAAGATATTAAAGAACAGCCATGTCTTTGTTTT  700

seq1  TCATCTCAAAAAGCAAAAGCCCAAAAGTGTATTTATAACAACGGAACACG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATCTCAAAAAGCAAAAGCCCAAAAGTGTATTTATAACAACGGAACACG  750

seq1  TAGGAATGGTAAGTGAGGCAGGTGCAGGGCTCAGGGCTCTGTACATCTGA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGAATGGTAAGTGAGGCAGGTGCAGGGCTCAGGGCTCTGTACATCTGA  800

seq1  CAAAAAGACAGAACTTGATGCACACACTAAAGTAGAGTGACCACGGTGGG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAAAGACAGAACTTGATGCACACACTAAAGTAGAGTGACCACGGTGGG  850

seq1  AACTTAAACTAGCAACATACGGGGGGCGGGGGGGATGGCAGGGAGAAACC  900
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
seq2  AACTTAAACTAGCAACATACGGGGGGCGGGGGGGATGGCA-GGAGAAACC  899

seq1  AGAGAAGATTCAAGAAAGCAAGTAACTCTCAGCCTTAGCCAAGTGCTAGA  950
      |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGAAGATTCAAG-AAGCAAGTAACTCTCAGCCTTAGCCAAGTGCTAGA  948

seq1  ACCTCCTAGAGAGTGTTTAAAACTCCTGATGCCCTGGCTGCAGATTTATT  1000
      |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |
seq2  ACCTCCTAGAGAGTGTTT-AAACTCCTGATGCCCTGGCTGCAGATTTA-T  996

seq1  CCAGCAGACTGTGGGGAGGGCAGGTCTGAGCTTCTATAGTTTTTAACACA  1050
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||
seq2  CCAGCAGACTGTGGGGAGGGCAGGTCTGAGCTTCTATAGTTTT--ACACA  1044

seq1  CCCCCAGCTGATTCCAATGAGGGGCAGTGGGAAGCATGCTAGTCACATGA  1100
      ||||||||||||||| ||| ||||||||||| |||||||||||   ||||
seq2  CCCCCAGCTGATTCC-ATGGGGGGCAGTGGG-AGCATGCTAGTTCAATGA  1092

seq1  CTTCA-TCTATACTAGAGTCA  1120
      ||||| | |||||||||||||
seq2  CTTCATTTTATACTAGAGTCA  1113

seq1: chr9_67484084_67484817
seq2: B6Ng01-122A22.g_63_802 (reverse)

seq1  CTACTACACCC--AGCTAAAATCAGTAACTTTTCTCTTTTTAAAAGAGC-  47
      |||||||||||  ||||||||||||||  |||||||||||| ||||||| 
seq2  CTACTACACCCCAAGCTAAAATCAGTACTTTTTCTCTTTTT-AAAGAGCA  49

seq1  AGGTG-AGGT-CTAAGGAGATAAGTCAGCAGTTACAAATGCATAGTGCTT  95
      ||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTGAAGGTCCTAAGGAGATAAGTCAGCAGTTACAAATGCATAGTGCTT  99

seq1  TG-TTGGGTCTCAAAGAAAACTGGGAC-AAGTCTCACTAAGTACCTGTGG  143
      || || ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTTAGGTCTCAAAGAAAACTGGGACAAAGTCTCACTAAGTACCTGTGG  149

seq1  CTTCTCCCAGCACTTCTAACCCCACCCTCACCTCAAACTCTCCAGCCCAG  193
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCTCCCAGCACTTCTAACCCCACCCTCACCTCAAACTCTCCAGCCCAG  199

seq1  GGGTCGGGCTTTCCTTCCCCAGCTTCTCTTTGCTATAGAAGTCAGTCATT  243
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTCGGGCTTTCCTTCCCCAGCTTCTCTTTGCTATAGAAGTCAGTCATT  249

seq1  TGGGGCTCTCTTGGTTCCCACATGCTCTCTTATCCTCTTGATCCATGGCT  293
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGGCTCTCTTGGTTCCCACATGCTCTCTTATCCTCTTGATCCATGGCT  299

seq1  CCTCTCTTAGTCTGCTTGCCCCCTCCCCTTCTCTTCTCTCACTCTTTCCT  343
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCTCTTAGTCTGCTTGCCCCCTCCCCTTCTCTTCTCTCACTCTTTCCT  349

seq1  CTCATGGTCCAGTCTGCTCTGCTGGCCATGTTCAGTCTGGACCCTTCCAG  393
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCATGGTCCAGTCTGCTCTGCTGGCCATGTTCAGTCTGGACCCTTCCAG  399

seq1  ATGCCTCTGACTGCTCCCCTCTGCCATACCTGGGAGTGGTCATGTCCTCA  443
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCCTCTGACTGCTCCCCTCTGCCATACCTGGGAGTGGTCATGTCCTCA  449

seq1  TTTCCATTCATTGTTCTTAAAGAAGACCGTAGTTCAGTTCACAGGACCTG  493
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCCATTCATTGTTCTTAAAGAAGACCGTAGTTCAGTTCACAGGACCTG  499

seq1  TATCAAGTAGCTGGTAGCTGCCTTCTCTGCTCCAAATTCACTTTCAGATT  543
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCAAGTAGCTGGTAGCTGCCTTCTCTGCTCCAAATTCACTTTCAGATT  549

seq1  CACGAGAGCGCACAGGCACCCACACAGAGACCTAAAAGATTAAAACAAAA  593
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACGAGAGCGCACAGGCACCCACACAGAGACCTAAAAGATTAAAACAAAA  599

seq1  ACATCATAGCAGCTGACTCCTAGCTGAGGTATAGGTGTGAGAATGTTTAT  643
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATCATAGCAGCTGACTCCTAGCTGAGGTATAGGTGTGAGAATGTTTAT  649

seq1  ATGGCACTAATCTGATGGGTGCTATTCCACAGCCCTCTGCCATCAGGTAA  693
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGCACTAATCTGATGGGTGCTATTCCACAGCCCTCTGCCATCAGGTAA  699

seq1  ACCCTCTTCCCTTGAAAGAAGTAGCATTTCTCCTAGAATTC  734
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCTCTTCCCTTGAAAGAAGTAGCATTTCTCCTAGAATTC  740