BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-123H01
Chromosome9 (Build37)
Map Location 112,642,190 - 112,793,103
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream gene4930545L08Rik, Arpp21, LOC100039341, LOC620760, LOC100043800
Downstream geneEG622110, LOC100039391, LOC100043801, LOC100043802, LOC636680, Pdcd6ip, Clasp2
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-123H01.bB6Ng01-123H01.g
ACCDH926604DH926605
length1,2361,071
definitionDH926604|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-123H01, 5' end.DH926605|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-123H01, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(112,642,190 - 112,643,430)(112,792,033 - 112,793,103)
sequence
gaattctctgtgtaaccaaggatgccctggagctcctgatcctcctgtct
ctgcctccggatgactgagattatgggcatatcccaccacacctggcgta
agacctattttgaagcccatttaatattagctgtaattaggtgtcaaagc
acacattgcagcaggcattggctagccaagacttttgttgggaagtgtag
tagcacacagaatcacattttaatcattggcttaggacacccccagagtt
tcaataacaatgttttgttggcatctgtagaaatctaagaggctctatgt
tctggtatattctaaatgctgagttcctgatttataaactcattacactg
tcagtcccttactaccgaagtgagggtttcagtgcacagagaactacaat
tgtagatctatacactgtttagataagaagatgtcataactgagattgtg
gtggtgatagtaagctttttttcattcctgaaatatcagtttagggcaca
aatagtggagcagctttctgaaagtctcctctcagtctctgtgaccttgg
gaatgtttcttaacttcttatacctctggggtctcctctgtaatatagaa
aattgttattcccttcacagggtcactacagggattaaacacactggcat
aaaagagcttagagagcttttggagaatagtgagcactctataaatacat
atcttcgtttaaaaattgttgtgatttcaaactgtttttttctatccata
acacagggaaaggaaacaaaacagagagttcctagtgccaagtagcctga
gacaaacagcaataaatccaaggatagcagatcgtccttaatggcagtgg
gaagcaagggaggtggctcagtcagtaaagtgttcaccttctaaacacaa
ggtcttaagttctatcctcagcatgcacatcaaaagatgactatggcagt
ttggaggcagagaggggtagattccagagactccctagccagccactcta
gccatcttagcgattttccaccagtaaagtattctgtctcacaaacaatg
tgattcaatgcttgggagatcattcctcaacattgcccttaagcctcaat
tatacatattcaaaaggtccatgtgcgccacccaccatataccaccacga
cgaacgcacatcactatcactacctctacaccacacagttagctaagtct
cacaacttatatcaggtgttagaataaaaagtatgc
gaattctagttaggacatgtaaacctatggggatttaggccttgttcctt
catcaaagccttaaagaatgattgttttctgaacatagaactgactcttt
tccagacatggtttttaatctgaggctgaagcaatggtgtgctgcagaca
gacccaaaatgaagggattggctcctgtaagacatccgtgtattgtagag
tcccatagaagacgggggatgtaacatcatgtgaatgtcatgtctcatag
gtaggaaaccaggctcccacgtaatcaagtcctaagcagagagagctgta
cacagacagaagacactcagaccttgtgctgctaagggattaatgacagc
ctggccacagagcatctcacaggtgaccaaaaacatccacattgttctct
ggagttgctaagctacttgctgaatgtgttctgcttagtataggcacctt
cctccagatgacacagtacatagggcctctcaactaacttgctaatataa
agggaatttatctaatgtggagcaatgctttcccatctctacctcctcct
gaaagacttgaaagaagataactttctttatcttggctgagtgtaaactg
tactccagatcctactatgttaatagttaggtcttctgataagccatgta
tatgaagggcaatcctactctacttctctgaaaacgtttatccttttgcc
ccctaagccctatagtgtggagcaggggtttggaatgtgcctagttggtt
aactttctatatggttaggtctccagccaagggcttctcatgtctttgta
ttcaaagacaggagactgagcatacatactttccattagatgcattgctt
atcatgtcttaagcaagtccccctattccacttctcatctacaggagaca
ttcaaggtatagagtctcagaaatagtggaaaagatagtgagtcgcttat
agcaaatgctcagtatcctccaaccacctttcagttgcattcccttgggt
gaattttctgttatctgctaaagtctccactctactaagcagtgggtggg
aaaaatacacattggacaaga
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr9_112642190_112643430
seq2: B6Ng01-123H01.b_42_1277

seq1  GAATTCTCTGTGTAACCAAGGATGCCCTGGAGCTCCTGATCCTCCTGTCT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCTGTGTAACCAAGGATGCCCTGGAGCTCCTGATCCTCCTGTCT  50

seq1  CTGCCTCCGGATGACTGAGATTATGGGCATATCCCACCACACCTGGCGTA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCCTCCGGATGACTGAGATTATGGGCATATCCCACCACACCTGGCGTA  100

seq1  AGACCTATTTTGAAGCCCATTTAATATTAGCTGTAATTAGGTGTCAAAGC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACCTATTTTGAAGCCCATTTAATATTAGCTGTAATTAGGTGTCAAAGC  150

seq1  ACACATTGCAGCAGGCATTGGCTAGCCAAGACTTTTGTTGGGAAGTGTAG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACATTGCAGCAGGCATTGGCTAGCCAAGACTTTTGTTGGGAAGTGTAG  200

seq1  TAGCACACAGAATCACATTTTAATCATTGGCTTAGGACACCCCCAGAGTT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCACACAGAATCACATTTTAATCATTGGCTTAGGACACCCCCAGAGTT  250

seq1  TCAATAACAATGTTTTGTTGGCATCTGTAGAAATCTAAGAGGCTCTATGT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAATAACAATGTTTTGTTGGCATCTGTAGAAATCTAAGAGGCTCTATGT  300

seq1  TCTGGTATATTCTAAATGCTGAGTTCCTGATTTATAAACTCATTACACTG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGGTATATTCTAAATGCTGAGTTCCTGATTTATAAACTCATTACACTG  350

seq1  TCAGTCCCTTACTACCGAAGTGAGGGTTTCAGTGCACAGAGAACTACAAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGTCCCTTACTACCGAAGTGAGGGTTTCAGTGCACAGAGAACTACAAT  400

seq1  TGTAGATCTATACACTGTTTAGATAAGAAGATGTCATAACTGAGATTGTG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTAGATCTATACACTGTTTAGATAAGAAGATGTCATAACTGAGATTGTG  450

seq1  GTGGTGATAGTAAGCTTTTTTTCATTCCTGAAATATCAGTTTAGGGCACA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGTGATAGTAAGCTTTTTTTCATTCCTGAAATATCAGTTTAGGGCACA  500

seq1  AATAGTGGAGCAGCTTTCTGAAAGTCTCCTCTCAGTCTCTGTGACCTTGG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAGTGGAGCAGCTTTCTGAAAGTCTCCTCTCAGTCTCTGTGACCTTGG  550

seq1  GAATGTTTCTTAACTTCTTATACCTCTGGGGTCTCCTCTGTAATATAGAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATGTTTCTTAACTTCTTATACCTCTGGGGTCTCCTCTGTAATATAGAA  600

seq1  AATTGTTATTCCCTTCACAGGGTCACTACAGGGATTAAACACACTGGCAT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTGTTATTCCCTTCACAGGGTCACTACAGGGATTAAACACACTGGCAT  650

seq1  AAAAGAGCTTAGAGAGCTTTTGGAGAATAGTGAGCACTCTATAAATACAT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAGAGCTTAGAGAGCTTTTGGAGAATAGTGAGCACTCTATAAATACAT  700

seq1  ATCTTCGTTTAAAAATTGTTGTGATTTCAAACTGTTTTTTTCTATCCATA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTTCGTTTAAAAATTGTTGTGATTTCAAACTGTTTTTTTCTATCCATA  750

seq1  ACACAGGGAAAGGAAACAAAACAGAGAGTTCCTAGTGCCAAGTAGCCTGA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACAGGGAAAGGAAACAAAACAGAGAGTTCCTAGTGCCAAGTAGCCTGA  800

seq1  GACAAACAGCAATAAATCCAAGGATAGCAGATCGTCCTTAATGGCAGTGG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACAAACAGCAATAAATCCAAGGATAGCAGATCGTCCTTAATGGCAGTGG  850

seq1  GAAGCAAGGGAGGTGGCTCAGTCAGTAAAGTGTTCACCTTCTAAACACAA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGCAAGGGAGGTGGCTCAGTCAGTAAAGTGTTCACCTTCTAAACACAA  900

seq1  GGTCTTAAGTTCTATCCTCAGCATGCACATCAAAAAGATGACTATGGCAG  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
seq2  GGTCTTAAGTTCTATCCTCAGCATGCACATC-AAAAGATGACTATGGCAG  949

seq1  TTTGGAGGCAGAGAGGGGTAGATTCCAGAGACTCCCTAGCCAGCCACTCT  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGGAGGCAGAGAGGGGTAGATTCCAGAGACTCCCTAGCCAGCCACTCT  999

seq1  AGCCATCTTAGCGATCTTCCACCAGTAAAGTATTCTGTCTCACAAACAAT  1050
      ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCATCTTAGCGATTTTCCACCAGTAAAGTATTCTGTCTCACAAACAAT  1049

seq1  GTGATTC-ATGCTT-GGAGATCAATCCTCAACATTGCCCTCTAGCCTTCA  1098
      ||||||| |||||| |||||||| ||||||||||||||||  |||| |||
seq2  GTGATTCAATGCTTGGGAGATCATTCCTCAACATTGCCCTTAAGCC-TCA  1098

seq1  ATTATACATATTC-AGAGGTCCATGTGCACCAACACACACATACACACAC  1147
      ||||||||||||| | |||||||||||| || || ||| |||| || |||
seq2  ATTATACATATTCAAAAGGTCCATGTGCGCC-ACCCAC-CATATAC-CAC  1145

seq1  ACAC-ACACACACACA-CACACACAC-ACACACACACACACACCAGTAAC  1194
       ||| ||  || |||| |||   ||| ||    |||| |||| |||| | 
seq2  -CACGACGAACGCACATCACTATCACTACCTCTACAC-CACA-CAGTTAG  1192

seq1  GAAGGTCT-TCATCAT-CATCACCAGTGCTATCAAAATAAAAAGTATGC  1241
        | ||||  || | |  ||||     | | | | ||||||||||||||
seq2  CTAAGTCTCACAACTTATATCA-----GGTGTTAGAATAAAAAGTATGC  1236

seq1: chr9_112792033_112793103
seq2: B6Ng01-123H01.g_67_1137 (reverse)

seq1  TCTTGTCC-ATGTGTATTTTTCCCA-CCACTGCTTAGGTGAGTGGAGACT  48
      |||||||| |||||||||||||||| |||||||||||  |||||||||||
seq2  TCTTGTCCAATGTGTATTTTTCCCACCCACTGCTTAGTAGAGTGGAGACT  50

seq1  TTAGCAGATAACAG-ACATTCA-CCAAGGGAATGCAACTTGAAAGGTGGT  96
      |||||||||||||| | ||||| ||||||||||||||| |||||||||||
seq2  TTAGCAGATAACAGAAAATTCACCCAAGGGAATGCAAC-TGAAAGGTGGT  99

seq1  TGGAGGATACTGAGCATTTTGCTATAAGCGACCTCACTTATCTTTTCCAC  146
      |||||||||||||||| |||||||||||||| ||||| ||||||||||||
seq2  TGGAGGATACTGAGCA-TTTGCTATAAGCGA-CTCAC-TATCTTTTCCAC  146

seq1  TATTTCTGAGACTCTATACCTTGTATGTCTCCTGTAGATGAGAAGTGGAA  196
      ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTTCTGAGACTCTATACCTTGAATGTCTCCTGTAGATGAGAAGTGGAA  196

seq1  TAGGGGGACTTGCTTAAGACATGATAAGCAATGCATCTAATGGAAAGTAT  246
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGGGGACTTGCTTAAGACATGATAAGCAATGCATCTAATGGAAAGTAT  246

seq1  GTATGCTCAGTCTCCTGTCTTTGAATACAAAGACATGAGAAGCCCTTGGC  296
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATGCTCAGTCTCCTGTCTTTGAATACAAAGACATGAGAAGCCCTTGGC  296

seq1  TGGAGACCTAACCATATAGAAAGTTAACCAACTAGGCACATTCCAAACCC  346
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAGACCTAACCATATAGAAAGTTAACCAACTAGGCACATTCCAAACCC  346

seq1  CTGCTCCACACTATAGGGCTTAGGGGGCAAAAGGATAAACGTTTTCAGAG  396
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCTCCACACTATAGGGCTTAGGGGGCAAAAGGATAAACGTTTTCAGAG  396

seq1  AAGTAGAGTAGGATTGCCCTTCATATACATGGCTTATCAGAAGACCTAAC  446
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTAGAGTAGGATTGCCCTTCATATACATGGCTTATCAGAAGACCTAAC  446

seq1  TATTAACATAGTAGGATCTGGAGTACAGTTTACACTCAGCCAAGATAAAG  496
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTAACATAGTAGGATCTGGAGTACAGTTTACACTCAGCCAAGATAAAG  496

seq1  AAAGTTATCTTCTTTCAAGTCTTTCAGGAGGAGGTAGAGATGGGAAAGCA  546
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGTTATCTTCTTTCAAGTCTTTCAGGAGGAGGTAGAGATGGGAAAGCA  546

seq1  TTGCTCCACATTAGATAAATTCCCTTTATATTAGCAAGTTAGTTGAGAGG  596
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCTCCACATTAGATAAATTCCCTTTATATTAGCAAGTTAGTTGAGAGG  596

seq1  CCCTATGTACTGTGTCATCTGGAGGAAGGTGCCTATACTAAGCAGAACAC  646
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTATGTACTGTGTCATCTGGAGGAAGGTGCCTATACTAAGCAGAACAC  646

seq1  ATTCAGCAAGTAGCTTAGCAACTCCAGAGAACAATGTGGATGTTTTTGGT  696
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCAGCAAGTAGCTTAGCAACTCCAGAGAACAATGTGGATGTTTTTGGT  696

seq1  CACCTGTGAGATGCTCTGTGGCCAGGCTGTCATTAATCCCTTAGCAGCAC  746
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCTGTGAGATGCTCTGTGGCCAGGCTGTCATTAATCCCTTAGCAGCAC  746

seq1  AAGGTCTGAGTGTCTTCTGTCTGTGTACAGCTCTCTCTGCTTAGGACTTG  796
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGTCTGAGTGTCTTCTGTCTGTGTACAGCTCTCTCTGCTTAGGACTTG  796

seq1  ATTACGTGGGAGCCTGGTTTCCTACCTATGAGACATGACATTCACATGAT  846
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTACGTGGGAGCCTGGTTTCCTACCTATGAGACATGACATTCACATGAT  846

seq1  GTTACATCCCCCGTCTTCTATGGGACTCTACAATACACGGATGTCTTACA  896
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTACATCCCCCGTCTTCTATGGGACTCTACAATACACGGATGTCTTACA  896

seq1  GGAGCCAATCCCTTCATTTTGGGTCTGTCTGCAGCACACCATTGCTTCAG  946
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGCCAATCCCTTCATTTTGGGTCTGTCTGCAGCACACCATTGCTTCAG  946

seq1  CCTCAGATTAAAAACCATGTCTGGAAAAGAGTCAGTTCTATGTTCAGAAA  996
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCAGATTAAAAACCATGTCTGGAAAAGAGTCAGTTCTATGTTCAGAAA  996

seq1  ACAATCATTCTTTAAGGCTTTGATGAAGGAACAAGGCCTAAATCCCCATA  1046
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAATCATTCTTTAAGGCTTTGATGAAGGAACAAGGCCTAAATCCCCATA  1046

seq1  GGTTTACATGTCCTAACTAGAATTC  1071
      |||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTTACATGTCCTAACTAGAATTC  1071