BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-124D05
Chromosome9 (Build37)
Map Location 52,220,723 - 52,348,858
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC100042876
Upstream geneLOC100042854, LOC640374, LOC668070, Arhgap20, LOC629554, LOC100043409, Fdx1, EG629557, Rdx, 9830163H01Rik, Zc3h12c
Downstream geneAI593442, Gm1715, Ddx10, Exph5, Kdelc2, 4930550C14Rik, Atm, Npat
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-124D05.bB6Ng01-124D05.g
ACCDH927169DH927170
length1,169849
definitionDH927169|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-124D05, 5' end.DH927170|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-124D05, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(52,347,674 - 52,348,858)(52,220,723 - 52,221,571)
sequence
gaattcttaagctatccctcccctttccttttccctccccagtagaacca
ttctgtttgccactggcagtgaaaatgtcttcctcagcctgtatcttgcc
tctccaatgaattagcatcatggtgtgggaaaagaacaaaagcaggctga
acttatttttgatctgtaattttagaaaaataataattgtatcacaagtg
tttctaatacacattgaaagacatccaatatgaagttaataacaaatttc
aatgaataaaacatcagctcactccctctgcgaatttgtcttgtgcatta
ctttcaaaatgtgagaaaaataaagatgctgagaagggctagcagctagg
aaagaaaaaatcttcatttaatgccattgcatgcagttttaaaataatga
ccaatattaagatgttatttgaaatcttatatacagccaatacccagcag
ttgacattaaggaaagggcctttgtttttttccacagagagatatttatc
tgattcctgttctagcatccactcacctagttattcacgatttaaagagg
attactaatactaaaaatattacaagctaagcctactaccattaatgtta
agtttatccttccttgatcaatttcaaacttaccttcaaacctcagccaa
gacctgcatagttataagaatgaaatatttcagttgaaaggagggatttg
acctgagacaggctgagtccatgacaggctacagactagcagttcagatg
accagacttgagtttctgcttctcagaactggccaagtcagttactggaa
caaccacaggctcctgtgaaagggatcctccccagctttggaaagacaag
tagccaagcttgtagccaagaagccaagagctacccctccttggcatgaa
gcaagaatagttaggctgaatcataggatcacccagctccccagagacag
aacccacaatcaagatatagatcacctatcactctctttttggctttaaa
ctgaatcttcaattcagtcagatccttcatccagtggatgggaccctgca
tgcaggaattgatcaataatgatctttgctttgcaataccctttgggtct
aaggtaccattccttcaatattcagatactaacctatatccatgatataa
ctgtttttccacgttattc
gaattccctcaagtccacatgttggaaaataacatagctatttgatagta
ttaagaggtgtggcttttttagaagtggtacagtcatgagagttctattt
tcatgaatggaactggtgcctttagaaaccagattgagagcaactgacaa
cttcacaccatgtgaagacacagcagtgaagtgccttcagtaggacgtgg
tgagcttcccccatcctggatttttctatgcctttagcttgtccccctcc
cccatcaggctctagagtgcttaatatattctttttgcttataagtaatt
gagttcttggtattttgtagtagcaggtggcatgtaatataacttgtaag
aacttgatagcaggggtgggtaagtacattttaagtcacaataaaatatg
aataaagtatattgcttttgtcatttgtaggtatatacttcaacatattg
tgcagatttatatcagtgaggagccatcaccaacattcaccactacagcg
ttttccctttcatagttcctatgtaattctataccatgaattttgtgttc
ccaaactagaaatctttattcattaaacagcaatttcatgttcactccaa
ccccattccctagaaaacacctctctactcccacgtcgaggagcttaacc
attcttggtaacatatggaagtaaaaccatacagtgttggcccttacatt
tccttcatattgcagcatgtgtcagaatctctcattttaagaataaataa
tattgagtgtatatatgtatatgtatatgtatatgtacatgtatatatgt
ataaattatagtacattgagagagagatagagagagagagagagagaaa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr9_52347674_52348858
seq2: B6Ng01-124D05.b_45_1213 (reverse)

seq1  GAATAACAGTTTGAAAACAGTTAAAATCATGGGATATTATGTTAGTATCT  50
      ||||||| ||   ||||||||| | ||||| ||||| || ||||||||| 
seq2  GAATAAC-GTGGAAAAACAGTT-ATATCAT-GGATA-TAGGTTAGTATC-  45

seq1  GTGAATCATTGAA-GAATGGTACCCTAGACCCAAAGAGTATGCAAAAGCA  99
       ||||| |||||| |||||||||| ||||||||||| ||||   ||||||
seq2  -TGAAT-ATTGAAGGAATGGTACCTTAGACCCAAAGGGTATTGCAAAGCA  93

seq1  AAGATCATTTATTGATCAAATTCCTGCATGCAGGGTCCCAATTCCACCTG  149
      ||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||  |||| |||
seq2  AAGATCA-TTATTGATC-AATTCCTGCATGCAGGGTCCCA--TCCA-CTG  138

seq1  GATGGAAGGATCCTGACTGAATTTGAAGATTCAGTTTAAAGCCAAAAAGA  199
      ||| ||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAT-GAAGGAT-CTGACTGAA-TTGAAGATTCAGTTTAAAGCCAAAAAGA  185

seq1  GAGTGATAGGTGATCTATATCTTGATTTGTGGGTTCTGTCTCTGGGGGGC  249
      ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||
seq2  GAGTGATAGGTGATCTATATCTTGA-TTGTGGGTTCTGTCTCTGGGGAGC  234

seq1  TGGGTGATCCTATGATTCAGCCTAACTATTCTTGCTTCATGCCAAGGAGG  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGTGATCCTATGATTCAGCCTAACTATTCTTGCTTCATGCCAAGGAGG  284

seq1  GGTAGCTCTTGGCTTCTTGGCTACAAGCTTGGCTACTTGTCTTTTCCAAA  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
seq2  GGTAGCTCTTGGCTTCTTGGCTACAAGCTTGGCTACTTGTC-TTTCCAAA  333

seq1  GCTGGGGAGGATCCCTTTCACAGGAGCCTGTGGTTGTTCCAGTAACTGAC  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGGGGAGGATCCCTTTCACAGGAGCCTGTGGTTGTTCCAGTAACTGAC  383

seq1  TTGGCCAGTTCTGAGAAGCAGAAACTCAAGTCTGGTCATCTGAACTGCTA  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGCCAGTTCTGAGAAGCAGAAACTCAAGTCTGGTCATCTGAACTGCTA  433

seq1  GTCTGTAGCCTGTCATGGACTCAGCCTGTCTCAGGTCAAATCCCTCCTTT  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTGTAGCCTGTCATGGACTCAGCCTGTCTCAGGTCAAATCCCTCCTTT  483

seq1  CAACTGAAATATTTCATTCTTATAACTATGCAGGTCTTGGCTGAGGTTTG  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACTGAAATATTTCATTCTTATAACTATGCAGGTCTTGGCTGAGGTTTG  533

seq1  AAGGTAAGTTTGAAATTGATCAAGGAAGGATAAACTTAACATTAATGGTA  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGTAAGTTTGAAATTGATCAAGGAAGGATAAACTTAACATTAATGGTA  583

seq1  GTAGGCTTAGCTTGTAATATTTTTAGTATTAGTAATCCTCTTTAAATCGT  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGGCTTAGCTTGTAATATTTTTAGTATTAGTAATCCTCTTTAAATCGT  633

seq1  GAATAACTAGGTGAGTGGATGCTAGAACAGGAATCAGATAAATATCTCTC  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATAACTAGGTGAGTGGATGCTAGAACAGGAATCAGATAAATATCTCTC  683

seq1  TGTGGAAAAAAACAAAGGCCCTTTCCTTAATGTCAACTGCTGGGTATTGG  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGGAAAAAAACAAAGGCCCTTTCCTTAATGTCAACTGCTGGGTATTGG  733

seq1  CTGTATATAAGATTTCAAATAACATCTTAATATTGGTCATTATTTTAAAA  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTATATAAGATTTCAAATAACATCTTAATATTGGTCATTATTTTAAAA  783

seq1  CTGCATGCAATGGCATTAAATGAAGATTTTTTCTTTCCTAGCTGCTAGCC  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCATGCAATGGCATTAAATGAAGATTTTTTCTTTCCTAGCTGCTAGCC  833

seq1  CTTCTCAGCATCTTTATTTTTCTCACATTTTGAAAGTAATGCACAAGACA  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCTCAGCATCTTTATTTTTCTCACATTTTGAAAGTAATGCACAAGACA  883

seq1  AATTCGCAGAGGGAGTGAGCTGATGTTTTATTCATTGAAATTTGTTATTA  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTCGCAGAGGGAGTGAGCTGATGTTTTATTCATTGAAATTTGTTATTA  933

seq1  ACTTCATATTGGATGTCTTTCAATGTGTATTAGAAACACTTGTGATACAA  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTCATATTGGATGTCTTTCAATGTGTATTAGAAACACTTGTGATACAA  983

seq1  TTATTATTTTTCTAAAATTACAGATCAAAAATAAGTTCAGCCTGCTTTTG  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATTATTTTTCTAAAATTACAGATCAAAAATAAGTTCAGCCTGCTTTTG  1033

seq1  TTCTTTTCCCACACCATGATGCTAATTCATTGGAGAGGCAAGATACAGGC  1099
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTTTTCCCACACCATGATGCTAATTCATTGGAGAGGCAAGATACAGGC  1083

seq1  TGAGGAAGACATTTTCACTGCCAGTGGCAAACAGAATGGTTCTACTGGGG  1149
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGGAAGACATTTTCACTGCCAGTGGCAAACAGAATGGTTCTACTGGGG  1133

seq1  AGGGAAAAGGAAAGGGGAGGGATAGCTTAAGAATTC  1185
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGAAAAGGAAAGGGGAGGGATAGCTTAAGAATTC  1169

seq1: chr9_52220723_52221571
seq2: B6Ng01-124D05.g_70_918

seq1  GAATTCCCTCAAGTCCACATGTTGGAAAATAACATAGCTATTTGATAGTA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCCTCAAGTCCACATGTTGGAAAATAACATAGCTATTTGATAGTA  50

seq1  TTAAGAGGTGTGGCTTTTTTAGAAGTGGTACAGTCATGAGAGTTCTATTT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAGAGGTGTGGCTTTTTTAGAAGTGGTACAGTCATGAGAGTTCTATTT  100

seq1  TCATGAATGGAACTGGTGCCTTTAGAAACCAGATTGAGAGCAACTGACAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATGAATGGAACTGGTGCCTTTAGAAACCAGATTGAGAGCAACTGACAA  150

seq1  CTTCACACCATGTGAAGACACAGCAGTGAAGTGCCTTCAGTAGGACGTGG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCACACCATGTGAAGACACAGCAGTGAAGTGCCTTCAGTAGGACGTGG  200

seq1  TGAGCTTCCCCCATCCTGGATTTTTCTATGCCTTTAGCTTGTCCCCCTCC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGCTTCCCCCATCCTGGATTTTTCTATGCCTTTAGCTTGTCCCCCTCC  250

seq1  CCCATCAGGCTCTAGAGTGCTTAATATATTCTTTTTGCTTATAAGTAATT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCATCAGGCTCTAGAGTGCTTAATATATTCTTTTTGCTTATAAGTAATT  300

seq1  GAGTTCTTGGTATTTTGTAGTAGCAGGTGGCATGTAATATAACTTGTAAG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTTCTTGGTATTTTGTAGTAGCAGGTGGCATGTAATATAACTTGTAAG  350

seq1  AACTTGATAGCAGGGGTGGGTAAGTACATTTTAAGTCACAATAAAATATG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTTGATAGCAGGGGTGGGTAAGTACATTTTAAGTCACAATAAAATATG  400

seq1  AATAAAGTATATTGCTTTTGTCATTTGTAGGTATATACTTCAACATATTG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAAAGTATATTGCTTTTGTCATTTGTAGGTATATACTTCAACATATTG  450

seq1  TGCAGATTTATATCAGTGAGGAGCCATCACCAACATTCACCACTACAGCG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCAGATTTATATCAGTGAGGAGCCATCACCAACATTCACCACTACAGCG  500

seq1  TTTTCCCTTTCATAGTTCCTATGTAATTCTATACCATGAATTTTGTGTTC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTCCCTTTCATAGTTCCTATGTAATTCTATACCATGAATTTTGTGTTC  550

seq1  CCAAACTAGAAATCTTTATTCATTAAACAGCAATTTCATGTTCACTCCAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAACTAGAAATCTTTATTCATTAAACAGCAATTTCATGTTCACTCCAA  600

seq1  CCCCATTCCCTAGAAAACACCTCTCTACTCCCACGTCGAGGAGCTTAACC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCATTCCCTAGAAAACACCTCTCTACTCCCACGTCGAGGAGCTTAACC  650

seq1  ATTCTTGGTAACATATGGAAGTAAAACCATACAGTGTTGGCCCTTACATT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCTTGGTAACATATGGAAGTAAAACCATACAGTGTTGGCCCTTACATT  700

seq1  TCCTTCATATTGCAGCATGTGTCAGAATCTCTCATTTTAAGAATAAATAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTTCATATTGCAGCATGTGTCAGAATCTCTCATTTTAAGAATAAATAA  750

seq1  TATTGAGTGTATATATGTATATGTATATGTATATGTACATGTATATATGT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTGAGTGTATATATGTATATGTATATGTATATGTACATGTATATATGT  800

seq1  ATAAATTATAGTACACTGAGAGAGAGATAGAGAGAGAGAGAGAGAGAAA  849
      ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAATTATAGTACATTGAGAGAGAGATAGAGAGAGAGAGAGAGAGAAA  849