BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-124L12
Chromosome9 (Build37)
Map Location 68,407,592 - 68,514,945
singlet/doubletdoublet
Overlap geneRora
Upstream geneLOC100040253, EG640799, LOC665794, 3300001A09Rik, EG244911, Vps13c, LOC100041451
Downstream gene9530091C08Rik, Narg2, EG665815, EG244913, Anxa2
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-124L12.bB6Ng01-124L12.g
ACCDH927554DH927555
length1,0891,052
definitionDH927554|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-124L12, 5' end.DH927555|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-124L12, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(68,513,852 - 68,514,945)(68,407,592 - 68,408,651)
sequence
gaattcaagaaatgccatgccagaggctggggaaatgaaacagtagtcaa
gagcattgagcactttttgtagaggtcctgggttcaattccctgcaccca
tgtggcagatcacagctgtcggtaactctagttccagaagatttgagatt
ctggactccagacatacaatgtggtgtacagatacacatgcaaaacaaaa
cattcatacacctaaaataaaaggaatgcaaccatgtgttctcacacatg
tctgctgtaagccacacagagggaatcccagaatttgtattctgagccag
tctaaggcagatgcactcatacatgtaatcgggtaataacaaatatatgc
taaaaatggcatcaggatatggtatgattataataatgagtaattatatt
atttgtcctcccccagatcataatgagcagcacctggagctccacttgag
atactgtgaaggcctttccccctcccatcccatgccaaggccccgcagcg
tctctctctacctcccacccaggactggtctcttgatctttataaggaac
atctcctaaatatgcaatgaagctaattctcagggccatgatgtgcattt
taagaaaacaaaaataacagtgaagttgagataaatgcaaatactttatg
tgaaaatacttttgtgtgtgtgcgcgtgtacatgttcacatgtacttgtt
tatgcatacccaggtatgtatgtgtatttgtacacacacaagtatgagtg
tgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgcgcgcgcgtgctcgtgcacgttcaaa
gtggcttggaatgtgcatatgccatttgggcatcagacaacaagtatttc
aaggggcaaagaatttcccaagcctaagccttcctaaaatcagactggat
gccccttttcctacacgttgactttcaaaatgtctttgtccatagaggac
aacctgaatgatttctgaatatcatgggaagctattgaagactgtggagt
cagatctatatcctttatcgcaccccctattcaaacacacatctttttag
aaggaaaaaaaagttgttttcccacataaaatatacgtt
gaattcaaagttattccacactgctgtgccgagaaactgaatgtgtgccc
tgtgctaacaaattgatcaacaatgcaaagagatttgatcagaaatctag
ggaactgcttggagctttacaaacacattcaaatattcatgggaacccag
agaaaagatgctacagtatggggaaagagaataaaatccttcattgcctg
ccctgggccaacagggtatgtgaaggtaagtgaataagacagcagtttgt
caacagagagatgagcaccgagcccaattaggcaaacctagagtgcaaat
gcagaagtcctcacacgaggactcatgtgtaagggtaacaaatgacatca
cagggcagagggagcaaacacagtttagaacgttgagagcacagacacac
ttccactcatatggaaagaaattgcaccactgtctcacactaagcatcaa
taaatcctaagaaagatttgatatgatgtaactgtaggaagaggaagcca
ctgtgtcttctgtcagaagatatgtaaggaaactcatatgacctgtgttg
aaatgtcactgcataacagaatctgggtagtaaaaaaacatatccagtaa
agactatgaaaacaaaccatgggcttggacaaactacccaacagaaacct
gacaatgcagataaagacacttcaaggattagggatgaggaattaaaaag
aaaaaagtgcaggggctgggagagatggctcaccaagtgaaggtgcttac
caccaaacctggcatcccaagttcaattcctacaatctatactatagaaa
aaagactgaccccaaagaactgccctctgacttctactctgtgccatggc
acacatgcatgtgcatgtagacaccaccctacccccccttacacactctc
acaccaccacacaccacccctgcacacacatcccctctataattgactgt
aataaaaatttaagtatataaaaataataatgtttagtattatgtttaag
cagagcagcatgaagtaggctgagccaattggactggcagaatataaaac
gc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr9_68513852_68514945
seq2: B6Ng01-124L12.b_50_1138 (reverse)

seq1  AATGTATAATTTTTATAGTGGGAAAACAACTTTTTTTTTCTTCTAAAAAG  50
      || |||||  |||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||
seq2  AACGTATA--TTTTAT-GTGGGAAAACAACTTTTTTTTCCTTCTAAAAAG  47

seq1  ATGTTGTGTTATGAAATAGGGGGTGCGCTGAAGGGTATAGTTCTGAACTC  100
      ||| |||||| || ||||||||||||| | |||| ||||| |||||   |
seq2  ATG-TGTGTT-TG-AATAGGGGGTGCGATAAAGGATATAGATCTGACTCC  94

seq1  ACAGTCTTCCATAGCTTTCCATGATATTTCAG-AATCATTCAGGTTTGTT  149
      ||||||||| ||||||| |||||||| ||||| |||||||||||||   |
seq2  ACAGTCTTCAATAGCTTCCCATGATA-TTCAGAAATCATTCAGGTT--GT  141

seq1  CCTCTATGGAACAAGACATTTTGAAGGTCACGTTGTAGG-AAAGGGGCAT  198
      ||||||||||  ||||||||||||| ||||   |||||| ||||||||||
seq2  CCTCTATGGACAAAGACATTTTGAAAGTCAACGTGTAGGAAAAGGGGCAT  191

seq1  CCAGTCTGATTTTAGGAGGGCTTAGGCTTGGG-AATTCCTTGGCCCTTGA  247
      ||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||| ||| |||||||
seq2  CCAGTCTGATTTTAGGAAGGCTTAGGCTTGGGAAATTCTTTGCCCCTTGA  241

seq1  AATACTTGTGGTCTGATGCCC-AATGGCATATGCACATTCCAAGCCACTT  296
      ||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATACTTGTTGTCTGATGCCCAAATGGCATATGCACATTCCAAGCCACTT  291

seq1  TGAACGTGCACGAGCACGCGCGCGCACACACACACACACACACACACACA  346
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAACGTGCACGAGCACGCGCGCGCACACACACACACACACACACACACA  341

seq1  CTCATACTTGTGTGTGTACAAATACACATACATACCTGGGTATGCATAAA  396
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCATACTTGTGTGTGTACAAATACACATACATACCTGGGTATGCATAAA  391

seq1  CAAGTACATGTGAACATGTACACGCGCACACACACAAAAGTATTTTCACA  446
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGTACATGTGAACATGTACACGCGCACACACACAAAAGTATTTTCACA  441

seq1  TAAAGTATTTGCATTTATCTCAACTTCACTGTTATTTTTGTTTTCTTAAA  496
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAGTATTTGCATTTATCTCAACTTCACTGTTATTTTTGTTTTCTTAAA  491

seq1  ATGCACATCATGGCCCTGAGAATTAGCTTCATTGCATATTTAGGAGATGT  546
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCACATCATGGCCCTGAGAATTAGCTTCATTGCATATTTAGGAGATGT  541

seq1  TCCTTATAAAGATCAAGAGACCAGTCCTGGGTGGGAGGTAGAGAGAGACG  596
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTTATAAAGATCAAGAGACCAGTCCTGGGTGGGAGGTAGAGAGAGACG  591

seq1  CTGCGGGGCCTTGGCATGGGATGGGAGGGGGAAAGGCCTTCACAGTATCT  646
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCGGGGCCTTGGCATGGGATGGGAGGGGGAAAGGCCTTCACAGTATCT  641

seq1  CAAGTGGAGCTCCAGGTGCTGCTCATTATGATCTGGGGGAGGACAAATAA  696
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGTGGAGCTCCAGGTGCTGCTCATTATGATCTGGGGGAGGACAAATAA  691

seq1  TATAATTACTCATTATTATAATCATACCATATCCTGATGCCATTTTTAGC  746
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAATTACTCATTATTATAATCATACCATATCCTGATGCCATTTTTAGC  741

seq1  ATATATTTGTTATTACCCGATTACATGTATGAGTGCATCTGCCTTAGACT  796
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATATTTGTTATTACCCGATTACATGTATGAGTGCATCTGCCTTAGACT  791

seq1  GGCTCAGAATACAAATTCTGGGATTCCCTCTGTGTGGCTTACAGCAGACA  846
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTCAGAATACAAATTCTGGGATTCCCTCTGTGTGGCTTACAGCAGACA  841

seq1  TGTGTGAGAACACATGGTTGCATTCCTTTTATTTTAGGTGTATGAATGTT  896
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTGAGAACACATGGTTGCATTCCTTTTATTTTAGGTGTATGAATGTT  891

seq1  TTGTTTTGCATGTGTATCTGTACACCACATTGTATGTCTGGAGTCCAGAA  946
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTTTTGCATGTGTATCTGTACACCACATTGTATGTCTGGAGTCCAGAA  941

seq1  TCTCAAATCTTCTGGAACTAGAGTTACCGACAGCTGTGATCTGCCACATG  996
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCAAATCTTCTGGAACTAGAGTTACCGACAGCTGTGATCTGCCACATG  991

seq1  GGTGCAGGGAATTGAACCCAGGACCTCTACAAAAAGTGCTCAATGCTCTT  1046
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGCAGGGAATTGAACCCAGGACCTCTACAAAAAGTGCTCAATGCTCTT  1041

seq1  GACTACTGTTTCATTTCCCCAGCCTCTGGCATGGCATTTCTTGAATTC  1094
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTACTGTTTCATTTCCCCAGCCTCTGGCATGGCATTTCTTGAATTC  1089

seq1: chr9_68407592_68408651
seq2: B6Ng01-124L12.g_69_1120

seq1  GAATTCAAAGTTATTCCACACTGCTGTGCCGAGAAACTGAATGTGTGCCC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAAAGTTATTCCACACTGCTGTGCCGAGAAACTGAATGTGTGCCC  50

seq1  TGTGCTAACAAATTGATCAACAATGCAAAGAGATTTGATCAGAAATCTAG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGCTAACAAATTGATCAACAATGCAAAGAGATTTGATCAGAAATCTAG  100

seq1  GGAACTGCTTGGAGCTTTACAAACACATTCAAATATTCATGGGAACCCAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAACTGCTTGGAGCTTTACAAACACATTCAAATATTCATGGGAACCCAG  150

seq1  AGAAAAGATGCTACAGTATGGGGAAAGAGAATAAAATCCTTCATTGCCTG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAAAGATGCTACAGTATGGGGAAAGAGAATAAAATCCTTCATTGCCTG  200

seq1  CCCTGGGCCAACAGGGTATGTGAAGGTAAGTGAATAAGACAGCAGTTTGT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTGGGCCAACAGGGTATGTGAAGGTAAGTGAATAAGACAGCAGTTTGT  250

seq1  CAACAGAGAGATGAGCACCGAGCCCAATTAGGCAAACCTAGAGTGCAAAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACAGAGAGATGAGCACCGAGCCCAATTAGGCAAACCTAGAGTGCAAAT  300

seq1  GCAGAAGTCCTCACACGAGGACTCATGTGTAAGGGTAACAAATGACATCA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGAAGTCCTCACACGAGGACTCATGTGTAAGGGTAACAAATGACATCA  350

seq1  CAGGGCAGAGGGAGCAAACACAGTTTAGAACGTTGAGAGCACAGACACAC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGGCAGAGGGAGCAAACACAGTTTAGAACGTTGAGAGCACAGACACAC  400

seq1  TTCCACTCATATGGAAAGAAATTGCACCACTGTCTCACACTAAGCATCAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCACTCATATGGAAAGAAATTGCACCACTGTCTCACACTAAGCATCAA  450

seq1  TAAATCCTAAGAAAGATTTGATATGATGTAACTGTAGGAAGAGGAAGCCA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAATCCTAAGAAAGATTTGATATGATGTAACTGTAGGAAGAGGAAGCCA  500

seq1  CTGTGTCTTCTGTCAGAAGATATGTAAGGAAACTCATATGACCTGTGTTG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTGTCTTCTGTCAGAAGATATGTAAGGAAACTCATATGACCTGTGTTG  550

seq1  AAATGTCACTGCATAACAGAATCTGGGTAGTAAAAAAACATATCCAGTAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATGTCACTGCATAACAGAATCTGGGTAGTAAAAAAACATATCCAGTAA  600

seq1  AGACTATGAAAACAAACCATGGGCTTGGACAAACTACCCAACAGAAACCT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACTATGAAAACAAACCATGGGCTTGGACAAACTACCCAACAGAAACCT  650

seq1  GACAATGCAGATAAAGACACTTCAAGGATTAGGGATGAGGAATTAAAAAG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACAATGCAGATAAAGACACTTCAAGGATTAGGGATGAGGAATTAAAAAG  700

seq1  AAAAAAGTGCAGGGGCT-GGAGAGATGGCTCACCAAGTGAAGGTGCTTAC  749
      ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAAAGTGCAGGGGCTGGGAGAGATGGCTCACCAAGTGAAGGTGCTTAC  750

seq1  CACCAAACCTGGCATCCCAAGTTCAATTCCTACAATCTATACTATAGAAA  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
seq2  CACCAAACCTGGCATCCCAAGTTCAATTCCTACAATCTATACTATAG-AA  799

seq1  AAAAGACTGACCCCAAAAGAACTGCCTTCTGACTTCTACTCTGTGCCATG  849
      |||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAGACTGACCCC-AAAGAACTGCCCTCTGACTTCTACTCTGTGCCATG  848

seq1  GCACACATGCATGTGCATGTAGACACACACACATACACACACATACACAC  899
      |||||||||||||||||||||||||| ||| | ||| | | | |||||||
seq2  GCACACATGCATGTGCATGTAGACAC-CAC-CCTACCCCCCCTTACACAC  896

seq1  ACACACACACACACACACACACACACACTGCACACACATCCCCTCTATAA  949
       | ||||| ||| ||||||| ||| | ||||||||||||||||||||| |
seq2  TCTCACAC-CAC-CACACAC-CAC-CCCTGCACACACATCCCCTCTAT-A  941

seq1  ATGGACTGTAATAAAAATTTAAGTATATAAAAATAATAATGTTTAGTATT  999
      || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGACTGTAATAAAAATTTAAGTATATAAAAATAATAATGTTTAGTATT  991

seq1  ATGTATAAGCAGAGCAGCATGAAGTAAGGCTGAGCCAATTGGACTGGCAG  1049
      |||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTTTAAGCAGAGCAGCATGAAGT-AGGCTGAGCCAATTGGACTGGCAG  1040

seq1  -ATATAAAACGC  1060
       |||||||||||
seq2  AATATAAAACGC  1052